Po zničení zbraně, kterou vyvíjeli Xindové, je Enterprise na cestě k Zemi. S velením Hvězdné flotily nemůže navázat kontakt, je tedy nutné na povrch vyslat raketoplán. Ten je však po vstupu do atmosféry okamžitě napaden starodávnými stíhačkami...

Archerovi se podaří spojit se s Enterprise a je transportován na palubu. Umírající Daniel mu řekne, že mimozemští spojenci nacistů jsou další frakcí studené časové války, která je přesvědčena, že má právo využívat technologii cestování časem k takovým změnám minulosti, které jim vyhovují. Na Zemi staví stroj času, jehož pomocí se chtějí vrátit. Vyspělejší technologie Enterprise by se hodila, a tak se jejich vůdce Vosk snaží získat Archera jako spojence. Archer však věří Danielsovi a vrací se na Zemi, kde za pomoci Silika, který proti časovým extremistům také bojuje, a domácího odboje stroj času zničí. Minulost se vrací do normálu a Daniels se s Archerem loučí s tím, že se zřejmě vidí naposledy. Enterprise se ocitá u Země na jaře roku 2154 a vstříc jí letí vše, čím Země disponuje.

Enterprise se vrací domů. Na posádku čekají oslavy ale i obviňování. Kapitán Archer musí čelit hněvu Vulkánců, zatímco odpor k mimozemšťanům na Zemi se zvyšuje.

T'Pol odlétá navštívit matku na Vulcan a bere Tuckera sebou jako hosta. Tam na ní ale čeká několik nepříjemných překvapení.

Klingonská loď je napadena a její posádka je zabita a vyhozena do vesmíru. Na jejich tělech se najde lidská DNA. Ale ne jen tak obyčejná. DNA souhlasí se vzorky odebranými zárodkům tzv. Vylepšených. Ty byly uschovány po Eugenických válkách, které ve 20. století zdevastovali Zemi a zabili 30 milionů lidí. Před deseti lety je však ukradl Dr. Soong a jejich další osud byl neznámý. Až doposud. Proto se Enterprise vydává Vylepšení hledat, protože Klingoni hrozí válkou. Dr. Soong v tom má posádce pomoci. Během jejich mise jsou však napadeni Orionským syndikátem.

Doktor Soong se znovu shledává se svými Augmenty a odhaluje jim další plán na osvobození zbývajících Augmentů. V kryogenických skladech na tajné vědecké základně C-12 je přísně uchováváno ještě zhruba osmnáct set geneticky modifikovaných embryíí z dob Eugenických válek...

Akce na C-12 se zdařila, ale Soongovi se Augmenti vymykají z rukou a začínají se projevovat jejich vrozené agresivní sklony. A tak doktor zjistí, že už nevelí on, ale ctižádostivý Malik, který dobře ví, kde je jeho místo. Co ale neví je, proč by měl přijímat rozkazy od obyčejného člověka.

Kapitán Archer a T'Pol našli syrranity ve svatyni T'Karath. Je mezi nimi T'Pau i T'Polina matka T'Les. Archer má náhle zvláštní vidiny, v nichž hovoří se Surakem. Ukazuje se, že má v hlavě Surakovu katru, již mu Arev před svou smrtí předal. T'Pau se o přítomnosti Surakovy katry splynutím myslí přesvědčí a pokouší se přenést ji na sebe, Surak ji však odmrští.

Archer, T'Pol a T'Pau se snaží donést Kir'Sharu do hlavního města do sídla Vysokého velení, kde by dokázala, že vulkanská společnost se odchýlila od pravé Surakovy cesty. V'Las na ně pošle své lidi, podaří se jim však uniknout a za pomoci Kosse se transportovat přímo do Vysokého velení. Ukazuje se, že Kir'Shara je holoprojektor promítající autentické Surakovy spisy. V'Las se jejímu svědectví tak brání, že je zbaven velení.

Na příkaz Hvězdné flotily bere Enterprise na palubu doktora Emoryho Ericksona a jeho dceru Danicu. Doktor Erickson je vynálezce transportéru a kromě toho byl dobrým přítelem Henryho Archera, obě rodiny se stýkaly léta, od dětství kapitána Archera. Erickson v současnosti vyvíjí subkvantový transportér, který by dokázal přenášet hmotu na nepředstavitelné, teoreticky neomezené vzdálenosti. Když však Enterprise doletí do naprosto pusté oblasti vesmíru, ukazuje se, že experimenty se subkvantovým transportérem byly falešnou záminkou. V této části vesmíru zůstal při nezdařeném experimentu s transportérem před 15 lety uvězněn mimo naši dimenzi Ericksonův syn Quinn. Erickson je přesvědčen, že je stále naživu, a je rozhodnut přitáhnout jej zpátky, i když musí lhát kapitánu Archerovi a ohrozit bezpečnost lodi i posádky. Quinna se podaří přitáhnout, ten ale po několika okamžicích umírá.

Trip a Hoshi se vrátili z průzkumu planety, na níž našli pozůstatky klingonského tábora. Už při návratu raketoplánem se u Tripa projevuje infekce a krátce nato onemocní i Hoshi. Oba jsou umístěni do přísné karantény, zatímco doktor Phlox zkoumá, čím se nakazili. Zjišťuje, že se jedná o rychle se množící virus na křemíkové bázi a že Tripovi a Hoshi zbývá pět hodin života, pokud nepřijde na to, jak virus zabít. Vyvine léčbu radiací, ale příliš pozdě, Hoshi umírá a Tripovi zbývá pár minut.

Pozitivní vliv Hvězdné flotily v oblasti se začíná projevovat. Má být prostředníkem při jednáních o dlouhotrvajících obchodních rozepřích mezi Andoriany a Tellarity, která se plánují na planetě Babel I. Enterprise kapitána Archera tam přepravuje tellaritského vyslance Grala s doprovodem, když zachytí volání o pomoc andorianské Kumari komandéra Shrana. Kumari napadla údajně tellaritská loď, zcela ji zničila a Enterprise zachránila pouhých 19 členů posádky. Potom na Enterprise zaútočí pro změnu Andoriani. Kapitán Archer se dává do stíhání útočníka. Ukazuje se, že je to loď neznámé konstrukce, která díky množství holoemitorů dokáže vypadat jako cokoliv. Trip a Malcolm se na ni přenesou, aby ji prozkoumali, vtom však loď vstoupí do warpu a zmizí. Vrací se do prostoru těch, kdo ji na dálku řídí - a jsou to Romulani.

Enterprise sleduje warp stopu útočící lodi, zatímco se Trip a Malcolm na její palubě snaží loď zneškodnit zevnitř. Jedná se však o velmi vyspělou, i když experimentální technologii, loď se dokáže sama opravovat. I když musí opět zprovoznit úspěšně vyřazený warp pohon, aby tajemný nepřítomný velitel lodi nezabil Tripa radiací, způsobí lodi před svou záchranou vážné škody.

T'Pol a Phlox zjistili, že loď útočníků je na velkou vzdálenost ovládána telepaticky, a podle vzorce mozkových vln zjišťují, že jsou velmi podobné andorianským. Enterprise tedy letí k Andorii a Archer se Shranem se vydávají najít Aenary, slepé telepatické obyvatele Severní pustiny. Dívka Jhamel tuší, že oním telepatickým pilotem by mohl být její bratr Gareb, který před rokem zmizel. Souhlasí, že se na Enterprise pokusí s ním telepaticky spojit a přesvědčit ho, aby přestal s tím, co dělá.

Při návštěvě Země je unesen doktor Phlox a zřejmě transportován z planety. Satelity však nic nezaznamenaly, což je podivné. Reeda, který, jak se ukazuje, býval členem tajné služby Flotily, kontaktuje Harris, jeho bývalý šéf, a dává mu rozkaz sabotovat pátrání Enterprise po Phloxovi. Reed nevidí jinou možnost, než uposlechnout, jeho snahy si ale všimne kapitán a spolu s T'Pol zjistí, že Malcolm falšoval údaje. Reed končí ve vězení.

Columbia dohoní Enterprise a Reed odvážným manévrem dostává na palubu Tripa, protože ten ví, jak se viru v počítači zbavit. Reed byl nucen přiznat své spojení s rozvědkou, protože T'Pol se podařilo obnovit všechny soubory, které smazal. Když si musí vybrat, rozhodne se, že chce sloužit kapitánu Archerovi, a sdělí mu, co ví, zejména skutečnost, že Klingoni mají genetickou výzkumnou laboratoř v kolonii Qu'Vat. Enterprise i Columbia se vydávají do klingonského prostoru.

Enterprise vyhledá orionský korzár Harrad-Sar a učiní kapitánu Archerovi překvapivou a velmi dobrou nabídku: poskytne mu souřadnice planety s mimořádně bohatými ložisky magnezitu za 10 % zisku, až Federace vybuduje doly. Navíc slibuje, že se zasadí o zlepšení vztahů mezi Orionským syndikátem a Hvězdnou flotilou. Na znamení přátelství dá Archerovi dar - tři otrokyně. Orionky velmi rychle omámí všechny muže a inženýr Kelby pod vlivem jejich feromonů zcela vyřadí warp pohon. Harrad-Sar je na cestě zpět a je jasné, že cílem jeho operace bylo získat Enterprise a kapitána Archera, na jehož hlavu vypsal Syndikát odměnu. Trip je naštěstí díky spojení s T'Pol vůči orionským feromonům imunní, a tak je schopen ve spolupráci s ní plán Orionců překazit.

ISS Enterprise NX-01 kapitána Forresta míří na setkání s útočnou flotilou, protože Terranské impérium se potýká s rebelií. Jeho první důstojník komandér Archer také chce rebelii rozdrtit, má však jiné představy o prostředcích. Jeho zdroje ho informovaly, že Tholiané nalákali do interdimenzionální trhliny USS Defiant NCC-1764, která je nejen z jiného vesmíru, nýbrž také z budoucnosti vzdálené sto let, a Archer je rozhodnut ji získat. S pomocí majora Reeda a jeho lidí zbaví kapitána velení, zavře ho do vězení a vyrazí do tholianského prostoru. Forrestovi věrná část posádku vedená komandérem T'Pol ho osvobodí, je však už pozdě: Enterprise je v nepřátelském tholianském prostoru. Výsadek se dostane na Defiant z budoucnosti, Enterprise však objeví Tholiané a několik lodí ji uzavře do proslulé tholianské sítě a zničí. Posádka uniká v únikových modulech a kapitán Forrest zahyne se svou lodí. Explozi Enterprise bezmocně sleduje výsadek vedený Archerem z paluby Defiantu.

Defiantu se podaří uvolnit se z doku a odletět ze stanice. Cestou nabere posádku Enterprise v únikových modulech a spěchá na místo bitvy s povstalci. Archer se musí vypořádat s Gornem, který řídil otroky demontující Defiant a který ho nyní sabotuje, pak ale rozhodujícím způsobem zasáhne do bitvy ISS Avatar s povstalci. Archer žádá od admirála Blacka, který velí Avataru, okamžité povýšení a přidělení Defiantu. Když mu admirál nevyhoví, zabije ho phaserem z 23. století.

Posádka Enterprise se na Zemi účastní první konference zástupců řady druhů o budoucí koalici planet. Nebude to tak snadné, protože na Zemi existuje organizace Terra Prime, která je proti veškerým kontaktům s mimozemskými druhy. O přestávce dorazí Susan Khouriová, která T'Pol předá zkumavku s vlasy a pak se zhroutí. Je postřelená fázovou pistolí a krátce nato umírá v nemocnici.

Trip a T'Pol se při pátrání po své dceři dostali do zajetí Terra Prime. Paxton, její vůdce získal kontrolu nad dělem na povrchu Marsu a teď hrozí, že pokud všichni cizinci neopustí Zemi, odpálí ho na sídlo Hvězdné flotily. Posádka kapitána Archera má na záchranu budoucnosti jen pár hodin...

Komandér Riker stojí před důležitým rozhodnutím a poradkyně Deanna Troi mu poradí, aby strávil nějaký čas v simulátoru, kde třeba najde odpověď. Přehrává si příběh posádky úplně první vesmírné lodi Enterprise, která objevovala nové světy až do roku 2161. Archerův tým stál v onom památném roce u založení Spojené Federace planet...