ยานเอนเทอร์ไพรซ์ดูเหมือนย้อนเวลากลับไปในยุคสงครามโลกครั้งที่สอง แต่ที่นั่นไม่ใช่สงครามที่เรารู้จัก

วอส์คต้องการต่อรองกับอาเชอร์ เกี่ยวกับสินค้าจากยานเพื่อประกอบเครื่อนท่องเวลาของเขาให้สมบูรณ์ แลกกับการเดินทางกลับไปยังศตวรรษที่ 22

เมื่อลูกเรือหยุดพักผ่อน อาเชอร์ได้พบเพื่อนเก่า พาลล์พาทริปไปยังวัลแคนที่ซึ่งมีเรื่องราวประหลาดใจรออยู่ พอคซ์ได้เรียนรู้ว่าโลกตื่นกลัวคนแปลกหน้า

หลังจากยานของคลิงออนถูกโจมตี ลูกเรือยานเอนเทอร์ไพรซ์ได้รู้ว่า ดร.ซูงถูกคุมขังโดยมนุษย์ที่ตัดแต่งพันธุกรรม

มนุษย์ดัดแปลงกำลังเดินทางไปยังสถานีโคลล์ 12 ซึ่งเป็นที่เก็บเอ็มบริโอของมนุษย์ดัดแปลง

มนุษย์ดัดแปลงหนีไปอีกครั้ง ขณะที่ดร.ซูงต้องการซ่อนเอ็มบริโอ มาลิกมีแผนการอย่างอื่นที่โหดร้ายยิ่งกว่า

เมื่อสถานทูตของโลกบนดาวของชาววัลแคนถูกวางระเบิด ชาวเซียร์แรนไนท์ตกเป็นผู้ต้องสงสัย

หลังจากข้ามทะเลทรายและรอดจากพายุทรายได้ พาลล์และอาเชอร์เผชิญหน้ากับชาวเซียร์แรนไนท์ที่เดอะฟอจจ์

ในขณะที่ยานเอนเทอร์ไพรซ์เดินทางไปเพื่อเตือนพลเมืองเกี่ยวกับการโจมตี อาเชอร์พยายามพาคีร์ชาราไปยังศูนย์บัญชาการ

ดร.เอ็มมอรี่ ริคสัน ขึ้นยานเพื่อทำการทดสอบการเคลื่อนย้ายแบบซับควอนตัม แต่ดูเหมือนเขาจะมีเป้าหมายอื่น

เอเลี่ยนที่ไม่มีร่างอาศัยอยู่ในร่างกายของลูกเรือของยานเอนเทอร์ไพรซ์ เพื่อศึกษาว่าลูกเรือมีปฏิกิริยากับไวรัสร้ายแรงที่ติดทริปและโฮชิอย่างไร

ลูกเรือคุ้มครองชาวเทลลาไรด์ที่เป็นทูตมาเจรจาสันติกับชาวแอนโดเรีย ระหว่างทางพวกเขาได้ช่วยเหลือชาวแอนโดเรียมากมายซึ่งยืนกรานว่าชาวเทลลาไรด์เป็นผู้โจมตี

ยานเอนเทอร์ไพรซ์พบว่าคนร้ายถูกควบคุมจิตใจโดยชาวอีนาร์ ซึ่งเป็นสายพันธุ์ย่อยจากแอนโดเรีย

พอคซ์ถูกชาวคลิงออนลักพาตัวไปและถูกบังคับให้วิจัยหาทางรักษาไวรัสที่มีเป้าหมายเพื่อทำลายล้างเผ่าพันธุ์ รี้ดได้รับคำสั่งให้หักหลังอาเชอร์

ขณะที่ทริปขึ้นยานเพื่อแก้ไขการดัดแปลงชั่วร้ายของคลิงออน พอคซ์และอันทัคพบวิธีรักษาไวรัสที่ทำให้นายพลคาวัคต้องไม่พอใจ

หนุ่มๆ บนยานเอนเทอร์ไพรซ์หลงเสน่ห์ยั่วยวนของสาวชาวโอไรออนสามคน ทริปคือชายคนเดียวที่ไม่หน้ามืดตามัวไปกับสาวๆ

เมื่อพบว่าโทห์เลียนจับกุมยานอวกาศจากอนาคตไว้ ลูกเรือของเอกภพคู่ขนานจึงทำสงครามกับพวกกบฏของจักรวรรดิ

หลังจากจับกุมยานอวกาศระดับคอนสติตูชันได้จากอนาคตได้ กัปตันอาเชอร์แห่งเอกภพคู่ขนานพยายามจะเป็นจักรพรรดิ

ทริปและพาลล์ได้รู้จากผู้หญิงคนหนึ่งว่าพวกเขากำลังจะมีลูก การสืบสวนพบว่าผู้หญิงคือสมาชิกขององค์กรอันตราย เทอร่าไพร์ม

ชาวแพ็กซ์ตันข่มขู่จะทำลายศูนย์บัญชาการของสตาร์ฟลีท เว้นแต่ว่าเอเลี่ยนทั้งหมดจะออกจากโลก ยานเอนเทอร์ไพรซ์ต้องปิดแนวรบบนดาวอังคาร แต่ที่นั้นมีกองกำลังป้องกันแข็งแกร่ง

ผู้บัญชาการวิลเลี่ยม ไรเคอร์ พยายามผ่อนคลายและหวนคิดถึงภารกิจสุดท้ายของยานเอนเทอร์ไพรซ์ลำแรกในห้องสามมิติ