Archer und seine Crew finden heraus, dass sie in die Zeit des Zweiten Weltkriegs der Erde gereist sind, der durch den temporalen Kalten Krieg beeinflußt wurde. In dieser Zeitlinie haben die Nazis Amerika besetzt. So wie die Enterprise sind auch die Reptilianer Ghrath und Vosk in dieser Zeitlinie gefangen und versuchen in ihre Zeit zurückzugelangen. Archer findet heraus, dass er die beiden von ihrem Vorhaben abhalten muss, um zu verhindern, dass anderenfalls die gesamte Zukunft verändert wird.

Captain Archer versucht die Veränderung der Vergangenheit wieder zu korrigieren. Er kann die Übergabe von Mayweather und Trip, die Gefangene der Deutschen sind, erreichen. Im Gegenzug möchte Vosk die Technologie der Enterprise nutzen, um in seine Zeit zurückzukehren. Als Archer feststellt, dass die Deutschen ihm Silik anstelle von Trip ausgeliefert hatten, beschließt er mit Unterstützung einheimischer Widerstandskämpfer Trip aus dem Lager zu befreien.

Die Crewmitglieder der Enterprise werden bei Ihrer Rückkehr als Helden gefeiert. T'Pol unt Trip fliegen weiter nach Vulkan zu T'Les, der Mutter von T'Pol. Zurück im Hauptquartier der Sternenflotte versuchen die Vulkanier unterdessen Archer für den Verlust des vulkanischen Schiffes Seleya verantwortlich zu machen.

Genetisch verbesserte Menschen - die Augments - stehlen einen klingonischen Bird of Prey und töten die Crew. Archer soll diese mit Hilfe von Dr. Soong, der die Augments erschaffen hatte und dafür im Gefängnis sitzt, verfolgen und stoppen. Jedoch verfolgt Soong eigene Pläne und bringt dadurch die Crew der Enterprise in Gefahr.

Nachdem Zusammentreffen des kriminellen Dr. Soong und seinen Kindern, den Augments, brechen diese in einen medizinischen Außenposten ein, in welchem Dr. Soong arbeitete, um hunderte von potentiellen Augment-Embryos zu stehlen. Sie drohen, tödliche Erreger welche in der Station lagern, freizusetzen, sollten sich die Wissenschaftler, geführt von Dr. Jeremy Lucas, Soongs Plan widersetzen.

Malik, einer der Augments übernimmt die Kontrolle des klingonischen Bird of Preys. Er läßt Dr. Soong einsperren. Aber seine Gefährtin ist noch ihrem "Vater" treu und verhilft ihm zur Flucht. Die Augments nehmen aber weiter Kurs auf eine klingonische Kolonie und wollen diese mit biologischen Waffen angreifen. Dies könnte einen Krieg zwischen den Klingonen und der Erde auslösen.

Die Botschaft der Erde auf Vulkan wird Opfer eines Bombenanschlags, bei dem auch Admiral Forrest ums leben kommt. Die Enterprise wird bei den Ermittlungen hinzugezogen. Archer und T'Pol begeben sich auf eine religiöse Reise durch die vulkanische Wüste um die "Syrranniten" zu treffen - eine Gruppe von Vulkaniern, die sich sehr an Surak's Lehren halten.

Archer und T'Pol sind bei den Syrranniten, die von der vulkanischen Regierung für den Bombenanschlag verantwortlich gemacht werden und deshalb bombardiert werden sollen. Botschafter Soval führt mit einem im Koma liegenden Opfer des Anschlags eine Geistesverschmelzung durch und enttarnt so den wahren Bombenleger. Währenddessen suchen Archer, T'Pol und T'Pau nach Kir'Shara einem Artefakt von Surak, dem Vater der vulkanischen Logik.

Archer, T'Pol und T'Pau versuchen Kir'Shara zur vulkanischen Hauptstadt zu bringen. Es soll die Original-Schriften von Surak beinhalten. Währenddessen gerät die Enterprise zwischen die Fronten von Vulkaniern und Andorianern. Zusammen mit T’Pol und T’Pau macht sich Archer auf den Weg, in die vulkanische Hauptstadt um mit Hilfe der Kir’Shara den Ausbruch eines Krieges zu verhindern.

Der Erfinder des Transporters, Emory Erickson, kommt zusammen mit seiner Tochter Danica an Bord der Enterprise um ein riskantes Transporter-Experiment durchzuführen. Während der Vorbereitungen stellt sich heraus, dass Erickson eigene Pläne verfolgt: Er möchte versuchen seinen Sohn Quinn, der beim Test eines Transporters verschwunden ist, wieder zurückzuholen.

Nach Abschluss einer Außenmission kehren Hoshi und Trip von einem Planeten zurück. Trip hatte sich dabei mit einem hochansteckenden tödlichen Virus infiziert. Dr. Phlox kann das Virus zwar identifizieren, jedoch findet er keine Möglichkeit, Hoshi und Trip zu retten. Währenddessen sind zwei körperlose Außerirdische in die Körper von Reed und Mayweather geschlüpft um den weiteren Verlauf der bevorstehenden Pandemie der gesamten Menschheit zu beobachten.

Archer und seine Crew finden heraus, dass ein einzelnes Schiff für die Angriffe verantwortlich ist, die einen Krieg zwischen den beiden Spezies in der Region entfachen sollen. Um das getarnte Schiff zu lokalisieren formt Archer eine noch sehr brüchige Allianz zwischen Andorianern, Tellariten und Vulkaniern. Auch das Leben von Tucker und Reed steht auf dem Spiel, die noch in einer Sektion ohne Lebenserhaltung auf dem feindlichen Schiff festsitzen.

Das Schiff, welches für die Angriffe verantwortlich ist, wird von den Romulanern ferngesteuert. Da der Pilot zur Steuerung des Schiffes telepathische Fähigkeiten benötigt, haben die Romulaner einen Aenar (blinde, telepathische Subspezies der Andorianer) entführt. Während Archer und Shran die Aenar auf der andorianischen Heimatwelt suchen, bereiten die Romulaner den Einsatz von zwei ferngesteuerten Schiffen vor: die Zerstörung der Enterprise.

Phlox wird auf der Erde von Aliens entführt. Reed behindert auf Befehl des Geheimdienstes der Sternenflotte die Nachforschungen der Enterprise. Die Klingonen, als Drahtzieher der Entführung, zwingen Phlox zur Entwicklung eines Heilmittels gegen eine Seuche. Archer überführt Reed und bringt diesen in eine Zwickmühle: Einerseits will Archer wissen, warum Reed ihn hintergangen hat; andererseits darf Reed nicht preisgeben, daß die Klingonen in Phlox' Entführung verwickelt sind.

Phlox hat nur wenige Stunden, um ein Heilmittel gegen die Seuche in einer klingonischen Kolonie zu finden. Die Seuche soll nämlich auf "klingonische" Art eliminiert werden: durch Zerstörung der Kolonie. Die Enterprise hat inzwischen ohne Reeds Hilfe die Klingonen als Drahtzieher der Entführung ausgemacht und fliegt zusammen mit der vor kurzem fertiggestellten Columbia (NX-02) in klingonisches Territorium, um Phlox zu befreien.

Harrad-Sar vom Orion-Syndikat schlägt Archer, gegen eine kleine Beteiligung, die Möglichkeit der Ausbeutung riesigen Magnesitvorkommen vor. Archer willigt ein und Harrad-Sar schenkt ihm zur Besiegelung des Handels drei Orion-Sklavinnen, welche die Crew der Enterprise allmählich unter ihre Kontrolle bringen: Während die Männer ihnen aufgrund ihrer Pheromone hörig sind, leiden die Frauen zunehmend unter Kopfschmerzen. Nur T'Pol und Tucker sind gegen die Reize der Sklavinnen immun und versuchen die Übernahme der Enterprise durch Harrad-Sar noch abzuwenden.

Im Spiegeluniversum wurden die Vulkanier beim ersten Kontakt von Zefram Cochrane und seinen Leuten angegriffen. Jahre später fliegt die Enterprise unter dem Kommando vom Captain Maximilian Forrest durch das All um Rebellen zu jagen. Als die Enterprise sich zur Niederschlagung einer Rebellion mit der Flotte treffen soll, zettelt der erste Offizier Archer eine Meuterei an.

Archer war mit seinem Team auf der Defiant, als die Enterprise von einem tholianischen Netz zerstört wurde. Mit der Defiant konnte die Crew den Tholianern entkommen. Hoshi findet inzwischen heraus, dass das terranische Imperium im Parallel-Universum nicht existiert, sondern lediglich eine Föderation der Planeten. T’Pol und Soval, die sich mittlerweile verbündet haben, versuchen Archer zu stoppen, doch dem gelingt es, Sovals Schiff stark zu beschädigen.

Eine Konferenz über die weitere Zusammenarbeit der verschiedenen Planeten findet auf der Erde statt. Dagegen wendet sich eine alienfeindliche, terroristische Gruppe "Terra Prime" mit John Paxton als Anführer. Die Gruppe hat das Ziel sämtliche Kontakte zu außerirdischen Spezies zu stoppen und alle Fremden von der Erde zu vertreiben. Währenddessen finden T'Pol und Trip heraus, dass sie eine Tochter haben - ohne jedoch dass T'Pol jemals schwanger war.

Der Anführer von Terra Prime, Paxton verlangt, dass alle Nicht-Menschen die Erde verlassen. Ansonst will er das Sternenflotten-Hauptquartier in San-Francicso vernichten. T'Pol, Trip und Elisabeth - deren Tochter - sind in inzwischen Paxton's Gefangene. Gannet Brooks - eine alte Freundin von Travis ist als Reporterin auf die Enterprise gekommen, entpuppt sich jedoch als Spionin.

Commander Riker und Diana Troi haben sich auf den Weg zur Pegasus ein historisches Holodeckprogramm über die Rolle der Enterprise bei der Gründung der Förderation geladen. Als Koch getarnt kann Ryker mitverfolgen wie Captain Archer und seine Crew auf dem Weg zur Unterzeichnung der Charta der Föderation einen Umweg machen um einem alten Freund Shran zu helfen seine Tochter aus der Gewalt von Außerirdischen zu befreien.