Vremenski hladni rat mijenja tok kad se Enterprise s cijelom posadom vraća u 1944. godinu. Archer sazna da je nova vremenska frakcija promijenila tijek 2. svjetskog rata u pokušaju da izmijeni budućnost Zemlje.

Archer se utrkuje s vremenom kako bi tuđince spriječio da unište vrijeme. Silik, koji se ušuljao na Enterprise prije njegova povratka u prošlost, postaje Archerov saveznik u borbi protiv neprijatelja.

Enterprise se sa svom posadom vraća na Zemlju. Dočekuju ih poput heroja, s mimohodima, udarnim vijestima i školama preimenovanim u njihovu čast. Ali Archer ne može samo tako zaboraviti protekle ratne strahote. Kad eksplodira na sastanku veleposlanika Sovala, admiral Forrest mu zapovijedi da smjesta ode na odmor. T'Pol pozove Tripa u posjet majci na Vulkan. Travis, Mayweather i Phlox na vlastitoj koži shvate kakva je ksenofobija zahvatila Zemljane.

Arika Soonga dovode na Enterprise kako bi pomogao u traganju za genetski pojačanim ljudima koje je stvorio nakon što je ukrao promijenjenu DNK koja je preostala iz eugeničnih ratova.

Soonga oslobađaju njegova umjetno stvorena djeca i on želi ostale embrije koji se čuvaju na Hladnoj postaji 2 kako bi stvorio još djece i započeo osvajanje poznatih svjetova. Onamo kreće u brodu koji su njegova djeca ukrala Klingoncima. Enterprise ih mora spriječiti da stignu na Hladnu postaju i ujedno smiriti Klingonce koji prijete ratom.

Nakon što su se okrenula protiv svoga stvaraoca, pojačana ljudska djeca pokušavaju započeti rat između ljudi i Klingonaca.

U zemaljsko je veleposlanstvo na Vulkanu podmetnuta bomba, a tragovi upućuju na Siranite, skupinu koja slijedi revolucionarno naučavanje Suraka, oca vulkanske logike. T'Pol i Archer kreću na putovanje kroz vulkansku pustinju u potragu za njima.

Nakon duge potrage Archer i T'Pol privode pravdi krivce koji su napali zemaljsko veleposlanstvo na Vulkanu. Ali to nije bio običan teroristički čin...

Archer i T'Pol pokušavaju sveti artefakt odnijeti vulkanskom Velikom vijeću. Artefakt čuva ključ vječne vjerske borbe na Vulkanu i to je pravi razlog bombardiranja zemaljskog veleposlanstva. Ali moćne se osobe opiru tome da artefakt dospije do Velikog vijeća.

Izumitelj transportera u upotrebi tvrdi da je izumio novi, napredniji, koji ljude može prenijeti na goleme udaljenosti i kojim će međuzvjezdani brodovi postati zastarjeli. Enterprise odlazi u udaljeni zvjezdani sustav kako bi provjerio tu tvrdnju...

Bestjelesni tuđinci koji druge vrste proučavaju tako da uđu u njihova tijela, proučavaju kako posada Enterprisea reagira na različite podražaje. Najbolje rezultate postižu kada druge vrste podvrgavaju smrtnim opasnostima.

Archer uspijeva ishoditi krhko primirje između zaraćenih strana i Vulkanaca, ali samo dok ne otkrije neznance koji napadaju sve tri zaraćene strane. Problem mu otežava sposobnost tuđinaca da maskiraju svoj brod...

Archer i Shran pokušavaju pridobiti na svoju stranu tajnoviti ksenofobični telepatski narod s Andorije poznat kao Aenar. Nakon što su pronašli napadački brod, saveznici otkrivaju da je bio vođen telepatskim moćima. No telepatski Andorijci su pacifisti koji odbijaju braniti i svoj vlastiti planet.

Enterprise se vraća na Zemlju kako bi sudjelovao u svečanosti prvog putovanja Columbije, novog broda NX klase.Ubrzo nakon izlaska iz broda Phloxa otimu Klingonci jer im on treba kako bi otkrio lijek protiv zaraze koja prijeti istrebljenjem cijelog naroda.Archer ima oskudne tragove po kojima kreće u potragu za svojim liječnikom.

Enterprise i Columbia sve su bliže Phloxu i Klingonci pokušavaju sabotirati Archerov brod. Phlox vodi bitku s vremenom da izolira lijek protiv virusa koji kosi Klingonce, no i ako ga pronađe na vrijeme, hoće li to spasiti Enterprise od uništenja?

Nakon uspješno obavljenih pregovora sa sindikatom Oriona, Archer na dar dobiva tri ropkinje s Oriona.

U zrcalnom svemiru posadu Enterprisea predvodi kapetan Forrest dok mu je Archer prvi časnik. Archer predlaže da krenu u tolijski prostor gdje se nalazi tajanstveni brod. Archer vjeruje da brod posjeduje tehnologiju budućnosti, a Forrest se boji da mu je potraga za brodom samo izlika da se domogne vlasti...

Eksploziju na Enterpriseu posada je, s Archerom na čelu, izbjegla jer se tada nalazila na brodu Defiant. Njime sada bježe Tolijcima. No nisu sami na Defiantu. Tu je i neobično reptilsko biće Gorn. Čini se da ono želi sabotirati brod...

Ksenofobična frakcija Zemljana postaje opasnost u pregovorima za novi savez planeta.

Vođa zemaljske frakcije koja se zalaže za izolaciju prijeti da će uništiti zapovjedništvo Zvjezdane flote ako svi tuđinci smjesta ne napuste Zemlju.

Šest godina u budućnosti kapetan Archer i njegova posada vraćaju se na Zemlju jer se Enterprise povlači iz upotrebe.