1944年，纳粹在沃斯克（Vosk）的率领下，借助其29世纪的外星同盟征服了美国部分地区。美国的抵抗力量释放了亚契，后者在纳粹占领的布鲁克林的艾丽西亚公寓中醒来。丹尼尔斯快要死了，他出现在进取号上，解释了暂时性的冷战已经升级，而且有人在许多世纪以来都在改变历史。

回到进取号之后，据称的塔克原来是Silik。尽管如此，亚契和西里克仍在努力寻找塔克并摧毁旨在将沃斯克带回到他的世纪的临时管道。艾丽西亚（Alicia）和抵抗组织帮助他们进入建筑物。Silik被杀，但是亚契可以在进取号炸毁该设施之前找到塔克。该船返回22世纪，一切恢复正常。

在正式的庆祝活动中，亚契参加了一次简短的汇报，索瓦尔对他进行了指责，没有试图挽救在神域的瓦肯船上的船员，这使亚契不高兴。当NX-02哥伦比亚号的舰长Erika Hernandez突然加入他时，舰长休息并进行了一次攀岩之旅。当弗拉士医生在酒吧被骚扰时，仇外心理在地球上显示出丑陋的面孔。同时在瓦肯星上，特珀拜访了她的母亲T'Les，并向她介绍了塔克。

Augments是经过遗传改良的人类，其胚胎是优生学战争遗留下来的。大约20年前，冷酷的科学家Arik Soong从实验室偷走了几个成年的Augments，他们在边境区（猎户座和克林贡帝国之间的动荡地区）捕获了一艘克林贡船。

Soong和其他Augments已占领了冷站12号设施，其中存储了剩余的1800个Augment胚胎。在这里工作的人类和Denobulan科学家（其中包括弗拉士的朋友Lucas医生）被劫为人质。

进取号从该站撤离了冷站12号的工作人员和着陆队，并设置了追击猛禽舰的航向。当Augment在天然气巨星的大气层中将Denobulan航天飞机降落时，阻止它们的尝试失败。星际舰队的船员首先必须执行救援任务。

瓦肯联合地球大使馆发生炸弹爆炸，炸死至少43人，其中包括Forrest海军上将，他挽救了Soval大使的性命。DNA残留表明一个名叫T'Pau的妇女植入了炸弹。T'Pau是一个名为Syrranites的教派成员。亚契和特珀在特珀的母亲T'Les（她自己也是Syrranite教徒）的地图的帮助下，在熔炉中寻找Syrranites。熔炉是瓦肯沙漠，电磁风暴严重，无法进行任何通讯。同时，在进取号上，发现针对T'Pau的证据是伪造的。

亚契和特珀到达Syrranite避难所，在那里他们得知那个自称为Arev的人实际上是该运动的创始人Syrran。事实证明，亚契现在正在携带苏拉克的katra（瓦肯人的灵魂）。

索瓦尔和塔克会见Shran，并将瓦肯最高指挥部的议程告知他。安多利亚指挥官不相信索瓦尔会背叛他的人民。他绑架并折磨了索瓦尔。但是他意识到索瓦尔在说实话。

传送器的发明者埃默里·埃里克森（Emory Erickson）和他的女儿达尼卡（Danica）将使用新的亚量子传送器在进取号上进行实验，这可能有一天使星际飞船成为可有可无。

进取号正在与泰拉尔大使一起运送一个泰拉代表团，与安多利亚在巴别星上进行和平会谈。亚契在穿越安多利亚太空的途中捡起了Shran和他的巡洋舰的19名幸存者，他们据称被泰拉人攻击。很快，进取号也受到了安多利亚巡洋舰的攻击。

崔普和马尔科姆禁用罗慕伦无人机的翘曲驱动器。当罗慕兰人威胁要让绊倒在死于辐射中毒的服务通道中的崔普死掉时，马尔科姆同意恢复推进系统。

对罗慕兰飞行员大脑模式的分析表明，他是埃纳尔人-只是在50年前才发现其存在的心灵感应安多利亚种的成员。Shran和亚契参观了安多上秘密的埃纳尔城市，希望在那里找到解决难题的方法。

进取号到达地球，参加姊妹船哥伦比亚号的下水。崔普加入了哥伦比亚号的工作人员。在旧金山，弗拉士医生被绑架并带到克林贡殖民地，以找到一种对付在克林贡帝国中传播的病毒的治疗方法，这种病毒可能使数百万人丧生。

在一个大胆的演习中，崔普从哥伦比亚号转移到进取号，在那里他通过对翘曲反应堆进行冷启动来避免灾难，而哥伦比亚号正在维护翘曲场。随着克雷尔指挥的克林贡舰队正在消灭被感染的殖民地，在克林贡科学家安塔克的支持下，弗拉士正在努力设计出一种治疗病毒感染的方法。

与猎户座商人Harrad-Sar达成交易后，亚契和里德获得了三位漂亮的奴隶妇女作为礼物——Navaar，D'Nesh和Marras，这三名女性对船员产生了破坏性影响。他们开始引诱男人达到心理控制点，而女人则遭受头痛。弗拉士医生发现信息素是造成这种现象的原因。

在残酷的镜像宇宙人族帝国中，进取号的上校亚契叛乱了，福雷斯特船长被取代。他的目标是将这艘船带到Tholian空域，去寻找从主宇宙来到联邦星舰挑战号NCC-1764。据报道，这艘先进的船只掌握在敌对的非类人动物手中。当亚契和弗拉士施加酷刑时，被俘获的Tholian人透露了秘密设施的位置。不久之后，指挥官特珀帮助Forrest重新获得指挥权。但是，亚契已经用加密代码锁定了航向，而星际舰队司令部批准了亚契的任务。机组人员发现联邦星舰挑战号NCC-1764已准备好在船坞中发射。

凭借一艘比其他任何船只都强大的战舰，他打破了包括瓦肯人，安多利亚人和泰拉人在内的其他物种对帝国的叛乱。在分歧之后，亚契杀死了布莱克海军上将。在此期间，特珀，复仇者号的Soval和弗拉士结成了反对亚契的联盟。挑战号前往地球，在那里亚契将宣布自己为新皇帝。但是他的情妇佐藤星毒死了他。在地球的轨道上，她向困惑的星际舰队司令部宣布自己为女皇。

进取号小组成员在出席塞缪尔部长与地球上的外星人代表的会议时，一名身受重伤的妇女跌跌撞撞地走进会议室。她警告特珀，有人在威胁她的生命，并递给她一头发。令所有人惊讶的是，弗拉士发现头发是来自一个拥有瓦肯和人类DNA的孩子，这个女孩的父母是特珀和塔克。该名叫苏珊·科里的妇女一直在从事被称为“地球盛世”的孤立主义运动。

帕克斯顿（Paxton）瞄准了星舰舰队司令部，其火星上的战利品阵列最初是为偏转小行星而建造的。为了在不伤害特珀，塔克，孩子和邻近的乌托邦殖民地的情况下淘汰武器，有必要进入Paxton的船内。

联邦星舰进取号NCC-1701-D的瑞克中校焦急地等待与他的前任指挥官Pressman将军的对峙，后者负责测试一种非法隐形装置，该装置杀死了73名飞马号的机组人员。瑞克打破了困境，他邀请迪安娜·特洛伊顾问在全息甲板模拟进取号NX-01的最后一项任务。早在2161年，Shran要求亚契帮助他释放被绑架的女儿。他们成功了，但后来绑架者登上了船。崔普自我牺牲，炸毁了等离子导管并死亡。完整程序以亚契在联邦成立典礼上的讲话结束。瑞克决定让皮卡德舰长了解飞马号灾难的真相。