Buscando a la esquiva raza de los xindi, el capitán Jonathan Archer y su tripulación son ayudados por un capataz minero alienígena con un horrible trofeo. Mientras, Malcolm Reed choca con los nuevos oficiales militares que se encuentran a bordo de la Enterprise.

Fuera de servicio por culpa de las terroríficas distorsiones espaciales de la Expansión, la Enterprise encuentra una nave desierta que ha sido despojada de sus aparatos por unos saqueadores sin escrúpulos. Enseguida los piratas atacan al capitán Archer y su equipo.

Buscando una nave xindi en un planeta selvático, el capitán Archer, Malcolm Reed y Hoshi Sato caen enfermos por culpa de un virus que les hace mutar en una forma primitiva de vida. La Enterprise es atacada por naves alienígenas que pretender erradicar el virus.

Mientras el consejo xindi debate como enfrentarse a la amenaza humana, el capitán Archer sigue la pista de los xindi hasta un mercado local, y embarca a un enigmático y taimado pasajero, una bella esclava llamada Rajiin.

Respondiendo a una llamada de socorro de una nave vulcaniana averiada en la Expansión Délfica, el capitán Archer y su patrulla son atacados por unos vulcanianos locos con aspectos de zombis. Atrapada en la nave, T'Pol comienza a experimentar los mismos síntomas.

Mientras el capitán Archer y su tripulación investigan las esferas alienígenas inductoras de distorsión, un poderoso telépata se pone en contacto con Hoshi, y ofrece a la Enterprise una ruta directa hacia los xindi. Sin embargo, esta información tiene un precio demasiado alto para Hoshi.

Infiltrado en una colonia industrial, el capitán Archer encuentra materiales utilizados en el arma que atacó la Tierra. Mientras una nave xindi-reptiliana les acosa, Archer pide ayuda al jefe de la colonia.

A doce años de distancia en el futuro, el capitán Archer descubre que los xindi han conseguido eliminar a todos los humanos menos a 9000. Habiendo encuntrado una cura para la incapacidad de Archer de tener recuerdos, T'Pol se da cuenta que él tiene poder para cambiar el pasado.

Habiendo descubierto en la Expansión un asentamiento de humanos que viven como en el Viejo Oeste del siglo XIX, el capitán Archer queda impresionado al ver cómo tratan los colonos a sus homólogos.

Para salvar la vida de Trip tras recibir una gravísima herida, Phlox intenta acometer un trasplante clonando al oficial. Sin embargo, al sensible e inteligente joven clon le cuesta entender por qué tiene que morir para salvar a Trip.

El agente Daniels, que viaja en el tiempo, regresa para decirle al capitán Archer que ha descubierto a un grupo de xindis fabricando un arma en el pasado de la Tierra. Con ayuda de Daniels, Archer y T'Pol viajan al Detroit de 2004 para investigar.

Habiendo traído a bordo a un grupo de fanáticos religiosos procedentes de una nave averiada, la tripulación es hecha prisionera por los alienígenas, que amenazan con destruirse a sí mismos y a la Enterprise. Escalofriantemente, los fanáticos exigen un sacrificio humano.

Habiendo sufrido graves daños al atravesar la Expansión Délfica, la Enterprise recibe la ayuda de un inverosímil aliado: una nave andoriana al mando de Shran. Juntos, se dirigen hacia la súper arma xindi.

Cuando la Enterprise captura a Degra, el diseñador de la súper arma xindi, el capitán Archer utiliza un elaborado y astuto plan para engañar al alienígena y que revele el emplazamiento del aparato.

Tras descubrir a un alienígena en una pequeña nave dentro de una anomalía espacial, el capitán Archer lo trae a bordo con desastrosas consecuencias. Mientras, tensiones largo tiempo reprimidas estallan entre los oficiales de la Enterprise.

Para atravesar una peligrosa región del espacio, Phlox pone al resto de la tripulación en coma. Cuando la nave está enteramente bajo su control, Phlox descubre con inquietud que al parecer no está solo.

Al encontrar un nido de xindi-insectoides a bordo de una nave averiada, el capitán Archer intenta devolvérselos a los xindi a toda costa. Sin embargo, varios de los oficiales se oponen a la decisión del capitán.

Habiendo localizado la súper arma xindi, el capitán Archer parte en una misión suicida para destruirla. Descubierto y capturado, Archer es torturado brutalmente mientras la Enterprise sufre un ataque que la deja gravemente dañada.

Tras el ataque de los xindi, la tripulación intenta reparar la Enterprise, uniendo sus fuerzas a una nave iliriana que también ha sufrido daños. Por desgracia, los ilirianos no pueden prestarle a la Enterprise un cilindro warp. Entonces el capitán Archer toma la decisión de ir a robarlo, un acto morablemente cuestionable porque tuvo que dejar varados a 86 alienígenas.

Dos altos oficiales xindi ofrecen deterner el disparo de la súper arma si el capitán Archer puede demostrar sus alegatos. Cuando Archer les invita a la Enterprise se producen enfrentamientos.

Intentando utilizar un peligroso pasillo subespacial, la Enterprise entra en contacto con otra Enterprise que viajó al pasado, tripulada por los descendientes del capitán Archer y del resto de la tripulación.

Mientras T’Pol y Malcolm Reed comandan una patrulla al interior, mortíferamente defendido, de una esfera, el capitán Archer y Hoshi intentan ganarse a los miembros del Consejo xindi. Fuerzas siniestras e invisibles intentan hacer fracasar sus intentos.

Flanqueadas por naves xindi amistosas, la Enterprise parte a rescatar a Hoshi, que ha sido capturada, y a impedir que los reptilianos monten la súper arma. Viendo fracasar sus planes, los enigmáticos constructores de las esferas intentan alterar el curso de los acontecimientos.

En un desesperado intento por interceptar la súper arma xindi y desmontarla desde dentro, Archer corre a contrarreloj para vencer los obstáculos interpuestos por los constructores de las esferas y los reptilianos.