ยานเอนเทอร์ไพรซ์อยู่ในผืนอวกาศเดลฟิกมาหกสัปดาห์แล้ว แต่ยังไม่ได้ข้อมูลใดๆ เกี่ยวกับชาวซินดี้

หลังจากถูกโจมตีจากโจรสลัดชาวโอซาเรียน ยานเอนเทอร์ไพรซ์ติดตามพวกมันจนไปถึงดาวปริศนา

อาเชอร์ รี้ด และซาโต้แปลงกายเป็นเอเลี่ยนเพื่อเข้าไปในดาวเคราะห์แห่งหนึ่ง

ลูกเรือช่วยเอเลี่ยนสาวคนหนึ่งหลบหนีจากการเป็นทาสโสเภณี เมื่อขึ้นยานเธอใช้ความสามารถเอเลี่ยนของเธอรวบรวมข้อมูลชีวภาพเกี่ยวกับมนุษย์

ยานเอนเทอร์ไพรซ์ตอบสัญญาณขอความช่วยเหลืออัตโนมัติจากยานของวัลแคน เซเลยา ที่หายไปในผืนอวกาศเมื่อเก้าเดือนก่อน

โฮชิ ซาโต้ได้รับการติดต่อจากเอเลี่ยนอายุ 400 ปีที่มีพลังอ่านใจได้ที่ถูกเนรเทศไปอยู่ในดาวเคราะห์ในเอ็กซ์แปน เอเลี่ยนตนนั้นถูกขับไล่เนื่องจากความสามารถของเขา

ลูกเรือยานเอนเทอร์ไพรซ์ค้นพบห้องทดลองของชาวซินดี้ ที่สกัดธาตุเคโมไซท์ ซึ่งเป็นส่วนประกอบสำคัญของอาวุธที่สร้างมาเพื่อทำลายโลก

เพราะไม่ยอมทิ้งพาลล์ไว้ อาเชอร์ติดอยู่ในสิ่งผิดปกติ ทำให้สมองของเขาติดเชื้อปรสิตที่ทำให้ไม่สามารถสร้างความทรงจำใหม่ได้

อาเชอร์ตัดสินใจสร้างโคลนที่เติบโตไวของทริปเพื่อช่วยชีวิตของเขา ขณะที่ยานเอนเทอร์ไพรซ์ติดอยู่สนามอนุภาคนิวคลีโอนิก

อาเชอร์และทีโลกเดินทางย้อนเวลาไป 150 ปีของโลก เพื่อหยุดยั้งเร็ปทิเลี่ยนชาวซินดี้

นักบวชคลั่งศาสนากลุ่มหนึ่งยึดยานเอนเทอร์ไพรซ์เพื่อจะนำยานไปใช้ทำสงครามกับพวกนอกศาสนา

ลูกเรือของยานเอนเทอร์ไพรซ์พบตำแหน่งห้องทดลองอาวุธของชาวซินดี้ แต่ได้รับความช่วยเหลือจากคนที่ไม่คาดคิด

อาเชอร์และชาวซินดี้ชื่อเดกร้าอยู่ในกระสวย แต่เดกร้าเกิดสูญเสียความทรงจำ อาเชอร์บอกเขาว่าพวกเขากำลังหลบหนีจากคุก

ขณะที่รี้ดและเฮยส์ทะเลาะกัน ส่วนทริปทำให้พาลล์อิจฉา ลูกเรือพบกับเอเลี่ยนใกล้ตายในกระสวยที่มีเทคโนโลยีคล้ายกับระบบจักรวาล

ขณะรับหน้าที่ควบคุมยานเอนเทอร์ไพรซ์เพราะลูกเรือทั้งหมดอยู่ในภาวะโคม่า ดร.พอคซ์เริ่มได้ยินเสียงประหลาด

กัปตันอาเชอร์สั่งการให้ยานเอนเทอร์ไพรซ์รักษาที่ฟักไข่ของซินดี้ อินเซ็คทอยด์

อาเชอร์ตัดสินใจจะขับยานพลีชีพเพื่อทำลายอาวุธของซินดี้ เจ้าหน้าที่ชั่วคราวแดเนียลพยายามให้เขาคิดทบทวนดูอีกครั้ง

สภาซินดี้ส่งตัวอาเชอร์ไปยังยานเอนเทอร์ไพรซ์เพื่อฟังคำตัดสิน แต่หลังจากการโจมตี ยานอวกาศจึงถูกทิ้งปราศจากเครื่องขับเคลื่อนวาร์ป

กัปตันอาเชอร์พยายามโน้มน้าวเดกร้าและชาวอาร์บอเรียล แจนเนอร์ ว่าการทำลายโลกคือส่วนหนึ่งของแผนการของผู้สร้างระบบจักรวาลที่คิดจะครอบครองจักรวาล

เมื่อพยายามผ่านขอบอากาศย่อย ยานเอนเทอร์ไพรซ์จึงเข้าหยุดยั้งยานเอนเทอร์ไพรซ์

ยานเอนเทอร์ไพรซ์เดินทางมาถึงสภาซินดี้ ที่อาเชอร์สามารถแก้ตัวได้ตรงหน้าชนเผ่าทั้งห้าของซินดี้

ขณะที่พวกเร็ปทิเลี่ยนบังคับให้โฮชิถอดรหัสปล่อยอาวุธ ไพรเมต อาร์บอเรียล และอาเชอร์คิดหาทางเพื่อหยุดยั้งอาวุธของซินดี้

อาเชอร์ได้รับการช่วยเหลือที่เหนือความคาดหมาย เมื่อเขายึดยานของเดกร้าเพื่อปกป้องไม่ให้โลกถูกทำลาย ยานเอนเทอร์ไพรซ์พยายามทำลายระบบจักรวาล 41