Bij hun zoektocht naar het ongrijpbare Xindi ras, krijgen Archer en zijn bemanning hulp van een roekeloze mijnvoorman met een gruwelijke trofee. Reed heeft intussen een aanvaring met de aan boord van de "Enterprise" gestationeerde nieuwe militaire officieren.

De "Enterprise", die door de angstaanjagende vervormingen in de ruimte gehandicapt is, komt bij een dood schip dat door gewetenloze aasgieren is beroofd van zijn hulpmiddelen. Al gauw omsingelen de piraten Archers bemanning.

Archer, Hoshi en Reed zijn op zoek naar een jungle-planeet voor een Xindi schip, wanneer ze ten slachtoffer vallen aan een virus dat hen naar een oerleefvorm muteert. De "Enterprise" wordt bedreigd doro buitenaardse schepen die het virus willen uitroeien.

Terwijl de raad van de Xindi ruziet over een benadering van de bedreiging door de mensheid, volgt Archer het spoor van de Xindi naar een plaatselijke markt en neemt daarbij een raadselachtige en onbetrouwbare passagier mee: een knappe slavin met de naarm Rajiin.

In het antwoord op een noodoproep van een Vulcaans schip dat inde Delphic Expanse gestrand is, worden Archer en zijn transportploegen aangevallen door gestoorde zombieachtige Vulcans. T'Pol begint, nadat ze op het schip vast komt te zitten, soortgelijke symptomen te ervaren.

Archer en zijn bemanning onderzoeken de ruimtevervormende buitenaardse bollen, wanneer een krachtige telepaat contact opneemt met Hoshi en de "Enterprise" een rechtstreekse route naar de Xindi aanbiedt. De informatie wordt echter verstrekt tegen een prijs die te hoog is voor Hoshi.

Twaalf jaar in de toekomst verneemt Archer dat de Xindi erin geslaagd zijn om bijna 9.000 mensen uit te roeien. T'Pol vindt een oplossing voor het onvermogen van Archer om lange-termijnherinneringen te vormen en zij beseft dat ze het vermogen heeft om het verleden te veranderen.

Archer ontdekt een nederzetting van mensen die in een 19e-eeuwse westernachtige leefstijl leven op een planeet in de Delphic Expanse. Archer is geschokt waneer hij ziet hoe de kolonisten hun buitenaardse tegenhangers behandelen.

Om na een zeer ernstige verwonding het leven van Trip te redden, probeert Phlox een transplant te krijgen door de officier te klonen. De gevoelige en intelligente jonge kloon kan echter moeilijk begrijpen waarom hij moet sterven om Trip te redden.

Tijdreiziger Daniels keert terug om Archer te vertellen dat hij een groep Xindi ontdekt heeft die in het verleden aan het wapen aan het bouwen zijn op aarde. Met de hulp van Daniels reizen Archer en T'Pol voor onderzoek terug naar het Detroit van 2004.

Nadat een groep goddienstfanaten uit een defect schip aan voor is gekomen, wordt de bemanning gegijzeld door de aliens, die dreigen zichzelf en de "Enterprise" te vernietigen. De fanaten verlangen koelbloedig een mensenoffer.

Nadat de "Enterprise" ernstig beschadigd is tijdens de reis door de Delphic Expanse, krijgt het schip hulp van een onverwachte bondgenoot: een Andoriaans schip onder het commando van Shran. Samen koersen ze aan op het superwapen van de Xindi.

"Enterprise" neemt Degra, de ontwerper van het Xindi superwapen, gevangen. Archer bedenkt een ingewikkeld en sluw plan om de aliens zover te krijgen de locatie van het wapen prijs te geven.

In een klein ruimteschip binnen een anomalie word een "studieobject" ontdekt. Archer krijgt het aan boord, met alle gevolgen van dien. Intussen komen sluimerende spanningen tussen de hoge officieren tot uitbarsting.

Van de tocht door een gevaarlijk deel van de ruimte, brengt Phlox de rest van de bemanning in coma. Hoewel hij het hele schip onder controle heeft, schrikt Phlox als hij ontdekt dat hij niet alleen blijkt te zijn.

Archer vindt een verlaten nest van Xindi-insectoids aan boord van een beschadigd schip en hij doet zijn best om ze koste wat het kost bij de Xindi terug te brengen. Sommige hoge officieren zetten echter vraagtekens bij de beslissing van de captain.

Nadat Archer het superwapen van de Xindi heeft gevonden, vertrekt hij op een zelfmoordmissie om het te vernietigen. Na zijn ontdekking en gevangenneming, wordt hij vreselijk gemarteld, terwijl de "Enterprise" bij een aanval ernstig beschadigd wordt.

Na de aanval van de Xindi, probeert de bemanning van de "Enterprise" te herstellen, met hulp van een IIlyrisch schip dat ook beschadigingen opgelopen heeft. Helaas hebben de IIlyrians geen warpspoel over voor de "Enterprise". Moet Archer die stelen?

Twee hoog geplaatste Xindi bieden aan de lancering van het superwapen tegen te houden, wanneer Archer duidelijke tegenargumenten kan bieden. Wanneer Archer hen op de "Enterprise" uitnodigt, ontstaan er schermutselingen.

In een poging een riskante corridor in de subruimte te gebruiken, ontvangt de "Enterprise", een oproep van een andere "Enterprise" die bemand wordt door de afstammelingen van Archers bemanning!

T'Pol en Reed gaan met een team het extreem beschermde centrum van een bol in. Intussen proberen Archer en Hoshi de leden van de Xindi raad voor zich te winnen. Onzichtbare, kwaadaardige krachten proberen de inspanningen te dwarsbomen.

Geflankeerd door welwillende Xindi schepen gaat de "Enterprise" op weg om de gevangen Hoshi te bevrijden en om te voorkomen dat de Reptilians het superwapen laden. Wanneer zij hun plan zien mislukken, proberen de schimmige bolbouwers de gebeurtenissen naar hun hand te zetten.

In een wanhopige poging om het superwapen van de Xindi te onderscheppen en het van binnenuit onschadelijk te maken, vecht Archer tegen de klok om de obstakels te overwinnen die hem door de bolbouwers en de Reptilians voor de voeten geworpen worden.