Enterprise již šest týdnů pátrá uvnitř Delfské oblasti po záhadných Xindech, ale prozatím bezúspěšně. Posádka se mezitím sžívá s novými členy vojenské jednotky MACO, jejíž velitelem je major Hayes.

Enterprise proniká stále hlouběji do Delfské oblasti, když je zasažena nevysvětlitelnými ničivími anomáliemi, které ruší tradiční zákony fyziky. Většina lodních systémů včetně warp pohonu a zbraní je tak k ničemu.

Při prohledávání xindské databáze, kterou posádka získala, kapitán Archer zjistí, že přepadení Xindové nedávno navštívili nedalekou planetu. Enterprise ihned k planetě zamíří, protože Archer doufá, že se jim o Xindech podaří zjistit další podrobnosti.

Enterprise zachytí nouzový signál z vulkánské lodi, Seleya, na které T'Pol kdysi sloužila. Loď zřejmě uvízla ve zrádném poli asteroidů. Pohyb jednotlivých asteroidů je chaotický a nepředvídatelný díky působení prostorových anomálií v Delfské oblasti. A co víc, asteroidy jsou plné trellia-D.

Hoshi je ve své kajutě telepaticky kontaktována záhadným mužem, který si vybírá chvíle, když je sama a tak ho nikdo jiný nevidí ani neslyší.

Enterprise zamíří ke xindské kolonii, jejíž souřadnice se dozvěděli od Tarquina v naději, že zjistí více o xindské zbrani.

Kapitán Archer se probouzí o dvanáct let později, ze kterých si nepamatuje vůbec nic. Poslední, na co si vzpomíná, je jak mířil s T'Pol na můstek Enterprise.

Posádka Enterprise nalezne v Delfské oblasti planetu, kde žije asi 6,000 bývalých Pozemšťanů. A co víc, jejich kultura ustrnula v období divokého západu.

Trip je vážně raněn při testování warp pohonu a upadá do komatu. Při svém heroickém pokusu zabránit protržení warp jádra dostal Enterprise do nebezpečného polarického pole, z kterého Enterprise nemůže uniknout.

Archera opět navštěvuje agent z budoucnosti a cestovatel v čase Daniels, který mu již v minulosti pomohl. Daniels Archerovi prozradí, že na počátku 21.století detekovali na Zemi ve městě Detroit tři Xindy ještěřího druhu. Žádá Archera, aby s ním spojil své síly.

Posádka Enterprise narazí na další obří sféru a okamžitě ji začne zkoumat. Při tom je detekuje loď Triannonů, pro které jsou sféry náboženským symbolem a zkoumání Enterprise podle všeho považují za svatokrádež.

Enterprise konečně objeví stopu Gralikem sabotovaného kemocitu (ENT: Zásilka) a okamžitě zamíří ke zdroji. V cestě jim ale brání hustý a obrovský shluk anomálií, přes který se musí dostat, protože obletět ho by trvalo příliš dlouho.

Konstuktér xindské zbraně Degra se probudí v malé lodi, která uniká před palbou lodí Insektoidů. Je zmatený, protože to poslední, co si pamatuje, je jak byl na své lodi. Poté je ještě zmatenější, když u kormidla uvidí zarostlého Archera.

Enterprise na své cestě k Azati Prime objevuje abnormálně velkou prostorovou anomálii, v níž je uvězněna malá kapsle, dost velká na to, aby se do ní vešel člověk.

Přímo v cestě Enterprise k Azati Prime je část prostoru, která je pro lidský mozek smrtící. Obletět ji by znamenalo ztratit několik týdnů a tak doktor Phlox navrhne riskantní řešení. Celou posádku uvede do stavu podobného komatu a těch pár dní bude řídit loď sám, protože na jeho nervovou soustavu by to nemělo mít vliv.

Enterprise při cestě na Azati Prime narazí na pustou planetu, na které ztroskotala loď Insektoidů.

Enterprise konečně dorazí k Azati Prime, kde se má stavět xindská superzbraň. To se jim také potvrdí, když do systému přilétá Degrova loď v doprovodu dalších xindských lodí.

Poškozená Enterprise bojuje o přežití. Náhle je kapitán vrácen na loď v raketoplánu vodních Xindi žijících na Azati Prime a útočící loď Ještěrovitých odlétá. Při analýze raketoplánu se nalezne Degrův šifrovaný vzkaz udávající Archerovi místo schůzky. Enterprise je však bez warpu a zoufalý kapitán sáhne k nevídanému činu: ukradne warp cívku poškozené illyrianské lodi. Zanechá jí sice jiné suroviny a zásoby, přesto ho děsí, kam až ho tato mise dotlačila.

Enterprise se včas dostane na tajné místo schůzky s Degrou. Archer bere na palubu Degru a člena Rady z druhu Opovitých a ukazuje jim důkazy. Jestli Xindi zničí Zemi, zničí pak Stavitelé sfér je. Oba zástupci Xindi dojdou k přesvědčení, že Archer mluví pravdu. V tom je Enterprise objevena Ještěrovitými a Degrovi nezbyde nic jiného, než se se svou lodí postavit po boku Enterprise a společnými silami Ještěrovité zničit. Pro Degru už není cesta zpět. Přesvědčí Archera, že musí předstoupit před Radu Xindi a předložit jim své důkazy. Aby se tam relativně pomalá Enterprise dostala včas, dá Archerovi souřadnice subprostorového tunelu sloužícího jako zkratka. Sám slibuje, že zatím udělá vše, aby odpálení superzbraně zdržel.

Útok Xindi na Enterprise u Azati Prime stál posádku 18 životů. Trip se trápí, co má napsat rodičům padlé členky osazenstva strojovny. T'Pol mu pomůže konečně se vyrovnat se smrtí Elizabeth a Trip se dopisem rodičům Taylorové loučí zároveň se svou sestrou.

Enterprise míří k souřadnicím subprostorového koridoru, který chrání rasa Kovaalanů, když se setká s pozemskou lodí s číslem NX-01. Její posádku tvoří jejich vlastní potomci. Kapitán Lorian, syn T'Pol a Tripa, Archera přesvědčuje, že cesta koridorem nebude fungovat, vysvětluje, že ve stejné situaci je to vrhlo o 117 let do minulosti. Od té doby létají Delphským oblakem a snaží se bojovat proti Xindi. Ovšem odpálení zbraně proti Zemi před rokem zabránit nedovedli. Lorianův plán je vylepšit motory Archerovy Enterprise, aby byla schopná krátkodobého vysokého warpu. Starší T'Pol, Lorianova matka, je stále ještě naživu a myslí si, že Lorianův plán selže. Radí svému mladšímu já, aby raději provedli úpravy, které zabrání destabilizaci koridoru. Lorian to zprvu nechce dovolit, dokonce na Archerovu loď stříli, ale nakonec pomůže s úpravami a pak odláká Kovaalany, aby Archerovi umožnil vlet do koridoru. Archer úspěšně proletí koridorem, ale Lorianova loď za nimi nedoletí, a tak se Archer domnívá, že prostě přestala existovat, když se minulost "opravila". Proč si to však pamatují? Na druhé straně ale už čeká Degra...

Archer přednáší kompletní Radě Xindi své důkazy o tom, že Stavitelé sfér, které Xindi nazývají Strážci, protože je po zničení jejich domovské planety dovedli na další obyvatelné světy, a které proto nyní uctívají jako bohy, mají v plánu nejprve zničit lidstvo, které by jim v budoucnosti zabránilo/zabrání zmocnit se Delphského oblaku, a potom také Xindi, a zdá se, že mu věří nejen Humanoidní a Opovití, že zviklal i Ještěrovité a Insektoidní. Jedna z transdimenzionálních bytostí však Ještěrovité přesvědčuje, ať se nebojí občanské války, že jim zajistí vítězství. Jejich velitel zabije Degru, a přestože má pouze dva ze tří autorizačních kódů potřebných k odpálení zbraně, Ještěrovití a Insektoidní superzbraň ukradnou a zmizí. Těsně předtím však ještě transportovali Hoshi na její palubu... T'Pol a několik členů posádky mezitím vnikli do jedné ze sfér a podařilo se jim získat její paměťové jádro.

Archer a jeho noví spojenci z Rady Xindi - Humanoidní a Opovití - se pokoušejí zaútočit na superzbraň, kterou ukradli jejich protivníci, Ještěrovití a Insektoidní. Zbraň je na cestě k Zemi, ovšem prozatím nejde odpálit, protože Ještěrovitým a Insektoidům chybí jeden kód. Proto také unesli Hoshi, jejíž pověst skvělé lingvistky ji předurčuje k rozluštění třetího kódu. Hoshi, nadrogovaná a s vymytým mozkem, se ze všech sil snaží vzdorovat, ale podlehne dřív, než ji část posádky Enterprise, sledující superzbraň na Degrově lodi, ze zbraně dostane.

Archer s ostatními letí na Degrově lodi za superzbraní mířící k Zemi. Plánuje dostat se do zbraně, přetížit její energetické systémy a způsobit její předčasnou explozi. Je v podstatě úspěšný, ovšem zdá se, že ve výbuchu nezahynul, naopak, dostal se na nečekané místo do nečekaného času. V Delphském oblaku zatím T'Pol vede Enterprise do pokusu zničit sféru 41 v naději, že se tak zhroutí celá síť. Je to závod s časem, protože tato oblast vesmíru má degenerativní účinky na jejich těla a zuřiví Stavitelé sfér, transdimenzionální bytosti, se snaží roztrhat Enterprise na kusy.