由五个不同的物种组成的新地议会，就将要制造的武器以及针对所谓的入侵人类所采取的可能措施进行辩论。同时，在企业号上，进入神域后会出现第一个空间异常。亚契和塔克到达了一个采矿殖民地，在那里他们应该找到一个新地人。当殖民地的管理者将他们与新地人困在一起时，他们试图逃脱，但被俘虏。MACO成功地释放了他们，但是新地人被杀死了。在他去世之前不久，他留给了弗拉士医生据称的家乡坐标，但在那个位置，企业号只发现了一个先前居住的星球的碎片。

空间异常现象一直困扰着这艘船，当企业号撞上一艘最近遭到突袭的外星船时，其船员被谋杀。然后企业号也受到攻击，基本物资被盗。一名船员被弗拉士认定为Osaarians的外星人杀死。他们的离子轨迹导向隐藏在隐身场之外的巨大人造球。企业号工作人员取回被盗的货物。星辨认出某些标志是新地起源的，随后亚契用捕获的Osaarian提供的代码将海盗船引诱到陷阱中，以便下载整个数据库。

新地被追踪到一个看似无人居住的星球，在那里由亚契，里德，特珀和星组成的登陆小组找到了新地的一个穿梭机和一具尸体，最初发现它们不是新地人。不久，该团队的三名人类成员变异为不同的物种，并开始寻找一个名为“ Urquat”的地方，而特珀受到的影响很小。他们是诱变病毒的受害者，这种病毒很久以前是由现已灭绝的Loque'eque为了保护其物种而创建的。“Urquat”现在已成废墟。太空中出现了两个飞船，一个外星人宣布将杀死任何变异的人。与灭绝小组战斗后，可以使用特珀体内产生的抗病毒剂将变异的乘员恢复为人类形态。

当登陆方寻求有关Trellium-D和新地的信息时，一名妇女逃离奴隶市场，被亚契庇护。塔克和特珀尝试合成Trellium-D失败。同时，女子拉吉因（Rajiin）试图向某人传递信息，但她的举动被发现，并被收留在禁闭室中。两艘新地舰出现。闯入该船后，新地人设法释放了拉吉因，拉吉因将为新地人将要制造的生物武器收集有关人类的信息。

企业号收到一艘瓦肯船遇险的迹象。Seleya漂浮在Trellium浓度较高的小行星场内。当一个团队登船时，他们发现船员们疯了。肆虐的瓦肯人将登机队从航天飞机上切断，特珀很快表现出相同的症状。同时弗拉士分析了它们的状况，并确定了Trellium-D作为原因。他们返回后，他设法恢复特珀的突触途径。

星被幻觉所困扰，幻觉原来是来自塔尔奎恩（Tarquin）的消息，他是心灵感应者，由于他的人民害怕他而被放逐到一个孤独的星球。在企业号调查第二个隐蔽球体时，星留在Tarquin，后者曾答应提供有关新地的信息。但是，长寿的塔奎因（Tarquin）的真正意图是像其他四位同伴一样，将星与他在一起。只有当星威胁要摧毁他的心灵感应放大器时，他才同意释放她，并向她提供正在建造部分武器的新地殖民地的坐标。

亚契，里德和海耶斯少校准备炸毁由新地经营的一家钾铁矿精炼厂。在那里生产的陨石显然是佛罗里达使用的武器的一部分。他们俘获了总工程师，一个叫做Gralik的新地-Arboreal。当格拉利克面对自己生产的凯莫迪克的目的时，他改变了主意，决定帮助登陆队。现在的计划是准备物料，以便可以将货物跟踪到目的地。但是，客户的船Degra在能源门户中消失了。尽管如此，亚契仍然知道并不是所有的新地人都是他的敌人。

当异常现象袭击该船时，亚契感染了寄生虫，这些寄生虫经常抹掉他的短期记忆。12年后，他不记得特珀是如何指挥这艘船的，新地是如何摧毁地球的，以及少数幸存的人类如何定居在Ceti Alpha V上。与此同时，弗拉士设计了一种疗法来消灭寄生虫是在正常时空之外存在的，使用特殊腔室内的子空间内爆。该设备现在安装在企业号上，由塔克舰长指挥。但是新地已经找到了人类住区并正在袭击该系统。弗拉士发现，被根除的寄生虫不仅在现在消失，而且在过去也消失了。当攻击室被破坏时，亚契，弗拉士和特珀将扭曲核心设置为过载，以产生最终的子空间内爆。

亚契，特珀和塔克调查了一个外星星球上人类的西式住所。大约300年前，居住在那里的人类祖先被绑架，但后来他们击败了外星人。斯卡加兰人是外星种族的成员，他们也生活在这个星球上，现已被剥夺，并受到残酷的本宁斯副总统的任意审判。

当船舶的行驶被极地磁场禁用时，崔普受伤并陷入昏迷状态。根据弗拉士的建议，亚契批准使用Lyserian模仿共生体来生长一个能够存活15天的克隆，该克隆的长度足以为崔普提供神经组织。克隆人称其为Sim，他的成长很快如预期，但他也继承了崔普的记忆并发展了自己的个性。事实证明，Lyserian科学家一直在研究一种非法酶，以延长克隆的寿命，但最终Sim勉强同意为崔普牺牲自己。

2004年，三名新地-爬虫类动物前往密歇根州底特律。他们聘用了一家血库员工，绑架了不同血型的人，因为他们将以此为基础建造生物武器。仅AB阳性和B阴性的样品仍然缺失。丹尼尔斯及时送回亚契和特珀阻止新地。在抓住帮助他们的人之后，他们设法在释放毒药之前杀死了新地人。

进取号从一个大球体附近的异常情况下救出了一条小船。但是外星人的船员接管了这艘船，准备用有机炸药进行自杀式袭击。D'Jamat希望处决一名进取号工作人员，以亵渎他们的“圣洁”领域。亚契是志愿者，他使用转运蛋白假装使分子溶解。他组织了对D'Jamat的抵抗，并从Yarrick获得帮助，Yarrick是一名不同意D'Jamat极端观点的劫机者。恐怖分子不知所措后，他们到达特里亚农（Triannon），看到地球被宗教团体之间的战争破坏了。

当进取号遇到异常情况时，星和特珀已检索了宗教狂热者擦除的30%的计算机数据。Shran指挥的一艘安多利亚船来救援。跟踪标记的陨石运输痕迹，并在安多利亚传感器的帮助下，找到了新地行星杀手武器的测试范围。这两艘船共同努力，获得了原型。但是，在安多利亚皇家卫队的命令下，他们要求他们阻止瓦肯人入侵安多利亚，Shran勉强背叛了亚契，并将武器保留在他的船上。借助他的船员已经能够检索到的激活码，亚契迫使Shran释放了武器，然后在离安多利亚船不远的地方引爆。

在夺取了新地武器的设计师Degra之后，亚契让弗拉士清除了他的短期记忆，崔普和马尔科姆创造了一种场景，在这种情况下，新地类人动物将揭示武器的下落。

进取号从重量异常中释放了一艘小型船。它的乘客是一个未知的外星人，声称来自一个跨度领域。他开始越过墙壁，好像它们不在那儿一样，并试图禁用或摧毁这艘船，直到他被阻止为止。同时，崔普已与MACO之一Amanda Cole成为朋友。当特珀发现他们时，她开始嫉妒，并最终承认自己对崔普有感觉。马尔科姆和海耶斯上校（Hayes）在演习和对船舶安全的责任方面存在争议，最终导致了一场拳战，亚契愤怒地命令他们解决冲突。

通往Azati Prime的飞行路线中出现异常。尽管德诺布拉人的大脑可能不会受到影响，但是弗拉士医生必须通过使人类和瓦肯人机组的新皮质处于昏迷状态来关闭它们。过了一会儿，弗拉士开始幻觉了，当异常现象的边缘由于扩展而仍太遥远时，他别无选择，只能在塔克的帮助下按照塔克的建议激活曲速引擎。通过异常之后，弗拉士注意到特珀并非一直醒着，他只是对她产生了幻觉。

进取号发现坠毁的新地-昆虫船。一个登陆队发现了一个死亡的船员和一个孵化场，它们的生命维持将很快失效。接触到蛋后，亚契努力不惜一切代价拯救孵化场，他甚至下令牺牲进取号的反物质供应来为孵化场提供动力。

塔克和梅威瑟抵达阿扎提主星之后，乘坐被俘的新地航天飞机越过新地竖起的探测网格。他们发现超级武器淹没在海洋中，几乎准备发射了。丹尼尔斯将亚契转移到未来，并试图向他解释，新地是被联邦的未来敌人----球体制造者欺骗参加战争的。

在Degra的干预下，新地中断了进攻，使进取号瘫痪，至少有14名机组人员死亡。船长在新地水上船只的逃生舱内被发现。亚契希望他可以从损坏的外星飞船上换取曲速，但外星人拒绝。同时，特珀向弗拉士承认她已沉迷于Trellium-D，这引起了她的强烈情绪。亚契决定采取不道德的行动，并下令用武力从外星飞船上取下线圈。任务成功了，很快进取号就可以继续前进。

进取号与德格拉的船相遇，德格拉的船要求提供有关新地-爬行动物和球体制造者的秘密活动的证据。同时，里德和崔普必须密封危险反应堆附近的破裂等离子导管。亚契让崔普向死去的女船员泰勒（Taylor）的父母写信。崔普对姐姐死亡的悲痛再次浮出水面，激起了对德格拉的敌意。但是，德格拉通过摧毁新地-爬虫类船只来协助进取号，他建议亚契在新地议会面前讲话以表达自己的观点。

在子空间走廊的外面，这是与Degra开会的捷径，飞船偶然发现了另一台进取号NX-01。该进取号2已在该走廊内投入了117年的历史。该船的船员（现为进取号1船员的所有后代）决心阻止新地。特珀和崔普的儿子Lorian船长建议修改进取号 1的发动机，以将船速提高到曲速6.9。但是特珀1和仍在进取号2上存活的特珀2建议不要这样做。

当一个穿梭船上的团队正在检查附近球体的内部时，Degra最终安排了亚契在新地议会上发言。人形生物和树栖生物都信任他，鱼类生物开始怀疑新帝称之为“守护者”的球体制造者的话。在第二次会面之后，爬虫类动物同意推迟武器的发射。

新地武器和多利姆的飞船离开了地球附近的子空间管道，由亚契小组在德格拉的飞船上追踪。另一艘飞船到达高空来协助他们-这是Shran。亚契，星，马尔科姆和MACO横扫并开始禁用武器。