Nach sechs Wochen in der Delphic-Ausdehnung erfahren Captain Archer und seine Crew von einem Xindi, der in einer Minenkolonie arbeitet. Sie beschließen, ihn zu finden um Informationen über die mysteriöse antagonistische Spezies der Xindi zu erhalten.

Nachdem die Enterprise tiefer in der Delphic-Ausdehnung eindringt, kommt es auf der Enterprise vermehrt zu Anomalien, welche zu kleinen Beschädigungen an den Systemen der Enterprise führen. Währendessen findet die Crew der Enterprise ein im All treibendes unbekanntes Schiff. Bei einer Untersuchung stellt sich heraus, das die Crew tot ist, weil das Lebenserhaltungssystem an Bord ausgefallen war. Plötzlich wird die Enterprise von einem fremden Schiff angegriffen.

In einem Dschungel wird ein transformierter Außerirdischer von einer Gruppe Aliens in Raumanzügen gejagt. Der Außerirdische versucht in ein Shuttle zu flüchten, wird aber von der Gruppe bei lebendigem Leibe verbrannt. Wenig später stehen Captain Archer und Hoshi kurz davor ebenfalls zu transformieren.

Der Xindi-Rat diskutiert darüber, was mit der Enterprise geschehen soll. Die Humanoiden drängen darauf Geduld zu haben, während die Reptilien und Insektoiden die Waffe vollenden wollen. Unterdessen leidet Archer noch an den Nachwirkungen der Transformation in ein fremdes Wesen. Er führt ein Außenteam auf einen Basar in der Hoffnung einen Wissenschaftler zu finden, der ihnen helfen kann Trellium-D zu synthetisieren.

Als sie ein schwer beschädigtes vulkanisches Schiff in einem Asterioidenfeld betreten, findet das Außenteam der Enterprise heraus, dass sich die überlebenden Crewmitglieder in gewaltätige, zombieartige Kreaturen verwandelt haben. Als auch T'Pol beginnt sich zu verändern, beginnt für das Team ein Kampf gegen die Zeit, um die Vulkanierin nicht für immer zu verlieren.

Hoshi hört plötzlich eine Stimme und sieht eine Person in ihrem Quartier. Reed überprüft die Sicherheit, findet aber nichts. Währenddessen konnte T'Pol anhand der Anomalien die Position einer zweiten Sphäre identifizieren woraufhin die Enterprise neuen Kurs auf die Sphäre nimmt.

Archer, Reed und Major Hayes infiltrieren eine Kolonie der Xindi, um dort mehr über eine Waffe zu erfahren, mit der ein Angriff auf die Erde erfolgen soll. Die Xindi lassen offenbar dort ein Material produzieren, das für den Bau der Waffe benötigt wird. Nachdem Archer den Cheftechniker Gralik in dessen Quartier damit konfrontiert, stellt sich heraus, dass Gralik nichts davon weiß.

Nachdem die Enterprise von einer schweren Anomalie getroffen wird verliert Captain Archer die Fähigkeiten sein Langzeitgedächtnis zu nutzen. So wacht er jeden morgen auf ohne zu wissen, was am Tag zuvor geschehen ist. Trotz den Bemühungen der Crew Archer in wichtige Entscheidungen zu involvieren wird nach einiger Zeit klar, dass er seiner Funktion nicht mehr nachkommen kann. So übernimmt Trip das Kommando über das Schiff.

Archer, T'Pol und Tucker kommen in einer menschlichen Siedlung innerhalb der Delphic Ausdehnung an, die an die Erde des 19. Jahrhunderts erinnert. Sie sind erschrocken darüber, wie die dortigen Menschen die Skagaraner, eine andere humanoide Spezies, misshandeln und der Willkür der Behörden ausgeliefert sind.

Trip wird bei einem Versuch, den Warp-Antrieb zu verbessern lebensgefährlich verletzt. Damit er überlebt, will Dr. Phlox einen Klon von Trip erschaffen und die beschädigten Bereiche transplantieren. Jedoch beginnt Sim - Trip's Klon - sich in die Crew zu integrieren. Dr. Phlox muß leider feststellen, dass Sim durch die Transplantation nicht überleben wird.

Im Jahr 2004 wird einem Mann namens Loomis von einem Xindi Geld im Austausch für einen Menschen versprochen. Er greift eine Prostituierte auf, die er aus der Blutbank kennt bei der er arbeitet, setzt sie unter Drogen und bringt sie in ein Lagerhaus, in dem bereits einige andere Menschen auf Betten liegen.

Die Enterprise empfängt einen Hilferuf und rettet kurze Zeit später die Crew eines scheinbar in Not geratenen Schiffes. Tatsächlich verfolgt der Anführer der Fremden D'Jamat die Absicht die Enterprise mit Hilfe von Selbstmord-Attentätern in ihre Gewalt zu bringen. Er demonstriert seine Entschlossenheit indem er ein Attentat ausführen läßt bei dem auch ein Mitglieder der Enterprise-Crew ums Leben kommt. Captain Archer hat keine Wahl: Er muss D'Jamat die Kontrolle der Enterprise übergeben.

Der Andorianer Shran ist mit seinem Schiff der Enterprise in die Delphic-Ausdehnung gefolgt und bietet Archer seine Hilfe bei der Bekämpfung der Xindi an. Mit vereinten Kräften gelingt es den beiden Crews die Waffe der Xindi aus dem Testgelände zu stehlen. Jedoch haben die Andorianer eigene Pläne mit der Waffe.

Archer und der Xindi Degra konnten in einem Shuttle aus einem Gefängnis der Xindi fliehen und werden von Xindi-Jägern verfolgt. Degra, welcher die Waffe für die Xindi zur Vernichtung der Erde entwickelte, kann sich nicht erinnern wie er in das Shuttle gekommen ist, weshalb ihm Archer erklärt, dass der Krieg inzwischen vorbei wäre und die Erde von den Xindi ausgelöscht ist. Militärische Geheimnisse über die Waffe haben deshalb keine Bedeutung mehr. Wird Degra diese Kriegslist durchschauen?

In einer durch die Spähren erzeugten Anomalie wird ein kleines Schiff mit einer sterbenden Person entdeckt. Dr. Phlox versucht ihm zu helfen, aber der Außerirdische weigert sich und will nur zurück auf sein Schiff. Inzwischen werden auch die Konflikte zwischen Sicherheitschef Reed und Hayes, dem Anführer der MACOs immer deutlicher. Während beide Crewmitglieder ihren internen Machtkampf ausleben, versucht der Außerirdische die Enterprise zu zerstören.

Die Enterprise fliegt Richtung Azati Prime. Dort soll sich die Waffe befinden. Jedoch trifft die Crew auf eine Anomalie, welche für Menschen tödlich ist. Um sich den Umweg zu sparen, werden alle menschlichen Crew-Mitglieder in ein künstliches Koma versetzt. Jetzt muß Dr. Phlox das Schiff alleine durch diese Anomalie fliegen.

Die Enterprise entdeckt ein abgestürztes Insektoiden-Schiff. Die gesamte Crew dieses Schiffes ist gestorben, jedoch in einer Art Brutkammer werden Eier der Insektoiden entdeckt. Captain Archer will diese retten, aber behält er dafür seine eigentliche Mission im Blick?

Die Enterprise erreicht Azati Prime und entdeckt dort die fertige Waffe, mit der die Erde angegriffen werden soll. Archer fliegt alleine mit dem Insektoiden-Shuttle, um die Waffe zu zerstören. Inzwischen wird die Enterprise von Xindi-Schiffen angegriffen.

Die Enterprise erholt sich langsam von dem Angriff der Xindi. Inzwischen herrscht unter den Xindi bezüglich des Angriffs auf die Erde keine Einigkeit mehr. Unterdessen findet Hoshi in der Datenbank der Xindi-Fähre eine verschlüsselte Nachricht von Degra die Koordinaten und eine Sternzeit enthalten. Offenbar hat Degra die Absicht sich mit Archer treffen.

Nachdem Captain Archer Degra Beweise vorlegt hatte, dass die Reptilianer die anderen Xindi hintergehen, läßt sich Degra überzeugen und bietet Archer an, die Waffe nicht zu starten, wenn er beweisen kann, dass die Xindi manipuliert wurden. Doch plötzlich greift ein Schiff der Reptilianer die Enterprise an.

Um zum Xindi-Rat zu gelangen muss die Enterprise einen Subraum-Korridor der Xindi durchfliegen. Kurz vor dem Versuch den Subraum-Korridor der Xindi zu passieren trifft die Enterprise auf eine zweite Version der Enterprise, welche über 100 Jahre in die Vergangenheit zurück katapultiert wurde, nachdem sie den Subraum-Korridor versuchte zu passieren.

Die Verhandlungen Archers mit dem Rat der Xindi führten zu dessen Spaltung. Während die humanoiden Spezies und die Aquanics von der Zerstörung der Erde absehen wollen, zeigen sich die Insekten und die Reptilien in keinster weise bereit von diesem Plan abzurücken. Desweiteren lassen die "Beschützer" erkennen, dass es ihnen nicht allein um den Schutz der Xindi geht, sondern sie ganz im Gegenteil, ihre eigenen Interessen verfolgen.

Auf Degra's Schiff versuchen Archer, Reed und Hoshi mit Hilfe der neuen Xindi-Verbündeten die Waffe zu stoppen. Archer will das Energiesystem der Waffe überladen. Die Enterprise versucht zeitgleich die Sphären zu deaktivieren und nimmt daher Kurs auf Sphäre 41. Unterdessen werden die Auswirkungen der Veränderungen des Weltraums auf die Crew immer stärker.