A Xindi Tanács öt fajból álló tagjai az emberek állítólagos inváziója ellen bevetendő fegyverről tanácskoznak. Ezalatt az Enterprise az első térbeli anomáliákat észleli a Térségben. Archer és Tucker egy bányászkolóniára érkezik, ahol egy xindi is tartózkodik. Amikor a kolónia vezetője a xindivel együtt csapdába csalja őket, menekülni próbálnak, de fogságba esnek. Végül sikerül kiszabadítni őket, de a xindit is megölik. Nem sokkal a halála előtt megadja Phloxnak az anyabolygója koordinátáit, de az Enterprise ott csak egy korábban lakott bolygó törmelékeit találja. Az Enterprise a Térség belseje felé veszi az irányt.

Térbeli anomáliák gyötrik az Enterprise-t, amikor a hajó egy idegen hajóval találkozik, amelyet megtámadtak, a legénységét megölték. Aztán az Enterprise-t is megtámadják, a nélkülözhetetlen készleteket ellopják. Az idegeneket Phlox osszariánokként azonosítja. Az idegen hajó ionnyoma egy hatalmas mesterséges gömbhöz vezeti, amelyet egy álcázómező takar. Az Enterprise legénysége visszaszerzi az ellopott rakományt. Hoshi néhány olyan jelet talál,ami xinditől származik. Ezután Archer a kalózhajót csapdába csalja, hogy letölthesse a teljes adatbázisukat.

Az Enterprise egy lakatlan bolygóra talál, amelyre leszállva Archer, Reed, T'Pol és Hoshi egy xindi kompot és egy holttestet talál. A három ember hamarosan különböző fajokká kezd mutálódni, és egy "Urquat" nevű helyet kezdenek keresni. A hatás T'Polt kevésbé érinti. Az egység tagjai egy mutagenikus vírus áldozatai, amelyet a már kihalt loque'eque faj hozott létre, hogy fenntartsa a faját. Urquat már csak rom. Később két csillaghajó áll orbitális pályára, és egy idegen közli, hogy megölnek minden mutálódott egyént. Az idegen leszálló csapata elleni harc után a mutálódott embereket sikerül eredeti formájukra visszahozni, köszönhetően egy T'Pol testéből kifejlesztett antivírusnak. Phlox az antivírust az idegenek is átadja. Azonban Archer ragaszkodik hozzá, hogy a vírusból megtartsanak egy mintát a kihalt faj egy utolsó emlékeként.

Amikor egy kutatócsapat a xindiről és trellium-D-ről keres információkat, egy nő megszökik egy rabszolgapiacról. Archer menedéket ad a Rajiinnak, a nőnek. Tuckernek és T'Polnak nem sikerül szintetizálni a trellium-D-t. Ezalatt Rajiin üzenet küld valakinek, de lelepleződik, és fogdába kerül. Két xindi hajó jelenik meg. Miután betörtek a hajóra, a xindiknek sikerül kiszabadítania Rajiin, aki az emberektől gyűjtött információkat egy a xindik által építendő biofegyverhez.

Az Enterprise egy vulkáni hajóról kap segélykérő üzenetet. A Seleya egy aszteroidamezőben hánykolódik, amelyben magas a trellium szintje. Amikor egy csapat a hajóra lép felfedezik, hogy a legénység megőrült. A csapatot a vulkániak elvágják a komptól, és hamarosan T'Polon is megjelennek a tünetek. Közben Phlox kideríti, hogy a trellium az oka. A visszatérés után a doktornak sikerül helyrehoznia T'Polt.

Hoshit hallucinációk gyötrik, amelyekről kiderül, hogy üzenetek egy Tarquin nevű telepatától, akit egy bolygóra száműztek, mert a népe félt tőle. Amikor az Enterprise egy újabb álcázott gömböt talál, Hoshi Tarquinnal marad, aki megígéri, hogy információkat ad a xindikről. De Tarquin igazából maga mellett akarja tartani Hoshit, mint négy korábbi másik társát. Csak akkor engedi el amikor Hoshi megfenyegeti, hogy elpusztítja a telepatikus erősítőjét. Tarquin végül megadja egy xindi kolónia koordinátáit, ahol a fegyver darabjai készülnek.

Archer, Redd és Hayes őrnagy egy xindi kemocit finomító felrobbantására készül. A kemocit a Florida ellen bevetett fegyver legfontosabb része. Elfogják a vezetőt, Gralikot. Amikor Gralikot szembesítik a kemocit céljával, a xindi úgy dönt, hogy segít a csapatnak. A terv már az, hogy szabotálják az anyagot, így a szállítmányt követhetik a célig. Azonban Degra, a vevő, eltűnik egy energiaportálban. De Archer számára kiderül, hogy nem minden xindi az ellensége.

Amikor valami eltalálja a hajót, Archer egy parazitával fertőződik meg, ami időnként kitörli a rövidtávú memóriáját. 12 évvel később nem emlékszik arra, hogy T'Pol vette át a hajó irányítását, a xindik elpusztították a Földet és a kevés túlélő a Ceti Alpha V-ön telepedett le. Közben Phlox kitalálta, hogyan lehetne elpusztítani a parazitákat, amelyek a normál téridőn kívűl léteznek. Az immáron Tucker kapitány irányította Enterprise-ba egy speciális kamrát szerelnek, amely szubtéri implóziót hoz létre. A xindi azonban felfedezi az emberi kolóniát és megtámadják a rendszert. Phlox rájön, hogy az elpusztított paraziták nemcsak a jelenben, hanem a múltban is eltűnnek. Amikor a kamra megsérül, Archer, Phlox és T'Pol beállítják a reaktormagot egy hatalmas szubtéri implózió létrehozására. A hajó felrobban, és a múlt megváltozik.

Archer, T'Pol és Tucker egy idegen bolygón egy emberi vadnyugati településre bukkan. Az emberek őseit 300 évvel korábban rabolták el a Földről, de később legyőzték az idegeneket. Az idegenek, a szkagaránok is a bolygón élnek, most már elnyomva, és kitéve a kegyetlen Bennings önkényuralmának. Csak Bethany, a tanár segít a szkagaránoknak, habár ez illegális. Archer elkíséri Bethanyt a szkagarán táborba, ahol Bennings letartóztatja. Archer kiszabadítja a börtönből és egy csapattal tér vissza. Bennings és emberei legyőzésé után, Archerék úgy hagyják el a bolygót, hogy megtették az első lépést, hogy a lakosokat újra beillesszék az emberi társadalomba.

Amikor a hajó hajtóműveit egy polarizált mező kiiktatja, Trip megsérül és kómába esik. Phlox tanácsára Archer jóváhagyja egy 15 napig élő klón létrehozását egy liszerián szimbionta segítségével. A tervek szerint a klónból nyernének neurális szövetet. Sim, a klón, gyorsan felnő, de Trip emlékeit is hordozza, és saját személyiséget fejleszt ki. Kiderül, hogy a liszerián tudósok egy illegális enzimen dolgoztak, hogy megnöveljék a klón élethosszát. Sim végül beleegyezik, hogy feláldozza magát Tripért.

Három xindi utazik Detroitba, 2004-be. Felfogadnak egy vérbank alkalmazottat, hogy különböző vércsoportú embereket raboljon, akik segítséget nyújthatnak a biofegyverük létrehozásához. Csak AB pozitív és B negatív minták hiányoznak. Daniels Archert és T'Polt küldi vissza, hogy megállítsák a xindiket. Miután sikerül a xindiket segítő embert elfogniuk, megölik a xindiket, mielőtt azok kiengednék a mérget.

Az Enterprise megment egy kishajót a nagy gömbök egyikének közelében található anomáliától. A kis hajó legénysége egy vallásos csoport a Triannon nevű bolygóról, vezetőjük D'Jamat. D'Jamat és emberei átveszik az Enterprise irányítását, és felkészülnek egy organikus robbanóanyagokkal végzendő öngyilkos támadásra. D'Jamat ki akarja végeztetni az Enterprise legénységének egy tagját, mert megszentségtelenítették a szent gömbjüket. Archer önként jelentkezik, és a transzporter segítségével megakadályozza, hogy a molekuláit megolvasszák. Ellenállást szervez D'Jamat ellen. Yarricktól kap segítséget, aki nem ért egyet D'Jamat szélsőséges nézeteivel. Miután sikerül legyőzni a terroristákat, megérkeznek a Triannonra, ahol szemtanúi lehetnek, hogy a vallásos csoportok közötti háborúk hogy pusztították el a bolygót.

Hoshinak és T'Polnak sikerül a vallásos fanatikusok által kitörölt adatok 30%-át visszanyernie, amikor a hajó egy anomáliának ütközik. Egy andoriai hajó - Shran vezetésével - érkezik segítségnek. A kemocit szállítmány nyomának követésével és az andoriaiak segítségével az Enterprise megtalálja a xindi bolygógyilkos fegyverének tesztelési helyét. A két hajó összefog, hogy megszerezhessék a prototípust. Azonban az andoriaiak ráteszik a kezüket a fegyverre és a hajójuk rakterébe zárják. Az aktivációs kód segítségével sikerül visszaszerezni a fegyvert, és Archer ráveszi az andoriaiakat, hogy semmisítsék meg. Azonban az egyik andoriai az eszközt részletesen letapogatta, és az adatokat titkosított üzenetben a földi hajónak küldi.

Miután elfogták a xindi fegyver tervezőjét, Degrát, Archer Phloxszal kitörölteti a xindi rövidtávú memóriáját. Trip és Malcolm olyan forgatókönyvet tervez, amelyben a xindi felfedi a fegyver hollétét. Degra egy kompon találja magát, amint épp egy börtönből szökik meg, ahol három évet töltött Archerrel. Ráveszik, hogy az Azati Egyesnél lévő építési helyhez menjen, de aztán rájön, hogy becsapták. Mivel az út odáig három hétig tart, az Enterprise legénysége ezalatt egy másik csapdát állít, amelyben az Enterprise a csillagrendszerbe érkezik, és Degra megerősíti, hogy ez a keresett hely.

Az Enterprise kiszabadít egy kis hajót egy gravimetrikus anomáliából. A hajó utasa egy ismeretlen fajú idegen, aki azt állítja hogy egy transzdimenzionális világból jött. Az idegen képes átmenni a falakon, és megpróbálja leállítani vagy megsemmisíteni a hajót, míg végül megállítják. T'Pol közben bevallja, hogy érez valamit Trip iránt. Malcolm és Hayes őrnagy a harci gyakorlatokról és a hajó biztonságáért való felelősségről vitatkozik. A vita verekedéssé fajul, mire Archer utasítja őket, hogy hagyjanak fel a viszálykodással.

Egy anomália hatásai jelentkeznek az Azati Egy felé vezető úton. Mivel az anomália Phloxra nincs hatással, a doktor a legénység többi tagját sztázisba helyezi. Egy idő után Phlox hallucinálni kezd, és mivel az anomália határa túl messze van, nem lát más kiutat, mint hogy T'Pol segítségével aktiválja a térhajtóművet Tucker tanácsa ellenére. Kiérve az anomáliából Phlox észreveszi, hogy T'Pol végig aludt, és a vulkáni is csak hallucináció volt.

Az Enterprise egy lezuhant xindi hajóra bukkan. A leszálló csapat egy holttestet és egy keltetőre bukkan, amelynek a létfenntartása hamarosan elromlik. Archer igyekszik megmenteni a tojásokat, és elrendeli, hogy az Enterprise antianyag készleteit felhasználva biztosítsák az energiát a keltető számára. Miután Archer T'Polt és később Reedet is felmenti a szolgálat alól, csak Hayes marad a kapitánnyal. A többi rangidős tiszt sikeres zendülés szervez. Phlox kideríti, hogy a tojás egy bonyolult neurokémikus anyagot tartalmaz, ami Archerben apai ösztönöket ébresztett a keltető iránt.

Az Azati Primehoz való megérkezéskor Tucker és Mayweather a zsákmányolt xindi hajóval repül keresztül a xindik érzékelő hálóján. A fegyvert egy óceánba süllyesztve találják, készen a kilövésre. Daniels Archert a jövőbe viszi, és elmagyarázza neki, hogy a xindiket a gömbök építői - a Föderáció jövőbeni ellenségei - akarják háborúba rántani. Azonban Archer a xindi kompon öngyilkos küldetésre indul, hogy felrobbantsa a fegyvert. A küldetés elbukik, és a xindik elfogják a kapitányt. Habár Archernek majdnem sikerül Degrát meggyőzni az emberek igazi szándékairól, a xindik pusztító támadást indítanak az Enterprise ellen.

A xindik beszüntetik a támadásukat, köszönhetően Degra beavatkozásának. Az Enterprise súlyos sérüléseket szenvedett, és legalább 14-en meghaltak. A kapitányt egy xindi mentőkabinban találják. Archer egy szubtértekercset akar szerezni egy sérült idegen hajótól, de az idegen visszautasítják. Közben T'Pol bevallja Phloxnak. hogy trellium-D függőségben szenved, amely erős érzelmeket idéz fel benne. Archer etikátlan lépésre szánja el magát, és a tekercset erővel szerzi meg. Az Enterprise teret válthat.

Egy szubtérfolyosón kívül az Enterprise egy másik NX-01-es Enterprise-szal találkozik, miközben a Degrával való találkozás helyéhez halad. A második Enterprise 117 évet dobódott vissza a múltba a folyosó belsejében. A hajó legénysége, mely az első Enterprise leszármazottaiból áll, elhatározta, hogy megállítja a Xindit. Lorian kapitány, T'Pol és Trip fia, felajánlja, hogy módosítják az első hajó hajtóművét, hogy elérjék a 6.9-es fokozatot. De az egyes és a még mindig élő kettes T'Pol ellenzi. Lorian bűnösnek érzi magát, hogy nem sikerült megakadályozni a xindik első Föld elleni támadását. Lorian kap az alkalmon, ellopja az első hajó szubtér-befecskendezőit, és a második hajóval megpróbálja időben elérni Degrát. Archernek erővel kell megállítania Loriant. Végül fegyverszünetet kötnek, és együtt haladnak keresztül a folyosón, ahol az ellenséges kovaalánok várják őket, hogy megakadályozzák az időutazást. Ekkor az első Enterprise a rendes időben hagyja el a folyosót, de a második bentragad. Nem derül ki, hogy mi történt a második hajóval.

Amíg egy csapat egy közeli gömb belsejét igyekszik megvizsgálni, Degra végre megszervezi, hogy Archer a Xindi Tanács előtt beszélhessen. Három faj képviselői hisznek neki, és azt gyanítják, hogy a Gömépítők a xindik által Őrzőknek hívott faj lehet. Egy újabb találkozó után a hüllő xindik beleegyeznek, hogy felfüggesztik a fegyver kilövését. De ez csak időhúzás, hogy megszabaduljanak Degrától, akit a hüllők vezetője, Dolan öl meg. A hüllő és rovar xindik kilövik a fegyvert, de szükségük van még egy kódra az aktiváláshoz. Az Enterprise és a támogató xindik lefoglalják a hüllő és rovar xindiket, de azoknak sikerül elszökni a fegyverrel egy szubtéri örvényben az elrabolt Hoshival.

Hoshit Dolan egy neurális parazitával fertőzi meg és azt a feladatot adja neki, hogy törje fel a fegyver kilövési kódját. Amíg Trip és T'Pol a gömbről gyűjtött adatokat elemzi, Archer találkozik a xindikkel, és megígéri nekik, hogy tudja hogyan lehet kiiktatni a gömböket, amire beleegyeznek, hogy elfogják a fegyvert. Miután az ellenállása megtört, Hoshi megfejti a harmadik kilövési kódot. Egy xindi flotta és az Enterprise egy szubtéri örvénybe lép be, és megtámadja a fegyvert. Hayes és csapata kiszabadítja Hoshit, de az őrnagy nem éli túl. A Gömbépítők közbeavatkoznak, és segítenek megszökni a hüllő és rovar xindiknek a fegyverrel. A rovarok rájönnek, hogy a Gömbépítők valóban az Őrzők. Dolan megsemmisíti a rovarok hajóját. Közben Archer és Reed elhagyja az Enterprise-t és Degra hajóján a fegyver megsemmisítésére indulnak.

A xindi fegyver és Dolan hajója a Föld közelében lép ki a szubtérfolyosóból. Archer és csapata követi őket. Még egy hajó érkezik segítéségként - Shran. Archer, Hoshi és Malcolm a fegyverre sugároznak, hogy kiiktassák. Ezalatt az Enterprise a 41-es gömböt igyekszik elpusztítani, ezért a hajó a transzdimenzionális világba lép át, és Gömbépítők kezdik ellepni. A merész akció sikeresen végződik, és a gömbhálózat elpusztul. A xindi fegyveren Archer már beállítja a robbantást, amikor szembekerül Dolannal. A gömb felrobban, mielőtt Archer kisugározhatna. Amikor az Enterprise visszatér a Földre nyoma sincs a Csillagflotta Parancsnokságnak. Trip és Travis kompját ősi USAF repülők támadják meg. Archer életben marad, de német nácik veszik körül - és egy nácinak öltözött ronda idegen.