Prošlo je šest tjedana od početka misije Enterprisea, a posada nije napredovala. Napokon su krenuli prema rudarskoj koloniji u kojoj se nalazi Xindi radnik. Pokušaj da nauče više o rasi koja prijeti Zemlji vodi Archera i Tripa u zamku.

Na Enterpriseu se događaju čudne stvari i kvari se sustav navođenja. Prije nego što posada uspije sve popraviti, grupa Osarianaca se ukrcava i pljačka brod. Posada ih progoni kako bi vratila ukradeno, ali kad Archer sazna da su se susreli s Xindijima, mijenja ploču kako bi iz njih izvukao podatke...

Enterprise stiže na planet koji je posjetio i brod Xindija. Na planetu su Archer Reed i Hoshi zaraženi čudnim mutirajućim virusom. On ne djeluje jedino na T'Pol. Dok Phlox pokušava pronaći lijek, na planet stižu tuđinci koji znaju sve o porijeklu i svrsi virusa.

Enterprise odlazi na tuđinski sajam zbog formule za sintetiziranje trelija-D. Na planetu Archer spašava robinju Rajiin i dovodi je na brod u namjeri da je vrati na rodni planet. Ali Rajiin svoje moći iskušava na članovima posade, a sve je to dio plana o skupljanju podataka za Xindije.

Posada prima poziv u pomoć s vulkanskog broda, ali kad Archer, T'Pol, Reed i Hawkins krenu u misiju spašavanja, nađu se u zamci na brodu okruženi poludjelim Vulkancima. Ne vrate li se brzo na Enterprise, ista sudbina čeka i T'Pol. Trip i Mayweather uspijevaju nabaviti trelij na jednom asteroidu.

Tarquin, tuđinac s telepatskim moćima, kontaktira Hoshi i predlaže da sazna podatke o Xindi i njihovu oružju. Za uzvrat traži da Hoshi bude s njim na planetu dok prikuplja te podatke. No, ona uskoro shvati da je on više nikada ne namjerava pustiti od sebe. Enterprise putuje na mjesto na kojemu je T'Pol otkrila novu veliku kuglu.

Archer, Mayweather i T'Pol putuju u arktički svijet gdje moraju uhititi bjegunca. Misija postaje opasna kad T'Pol počinje dobivati bljeskove kroz koje se prisjeća bivše misije, ali ne onako kako se dogodila.

Archer jednog dana otkriva da 12 godina živi na planetu s T'Pol. Ona mu objašnjava da je zbog anomalije zaražen čudnim parazitima i zato se ne sjeća svog prijašnjeg života. Archer je povučen s dužnosti, a posada je nastavila s misijom koja završava neuspjehom i Zemlja je uništena. Sada Phlox ima lijek za kapetanovo stanje i mogućnost da 12 godina vrati unatrag, ali mora se požuriti jer Xindi namjeravaju uništiti ostatke ljudske vrste.

Archer, Trip i T'Pol spuštaju se na planet na kojemu ljudi žive u društvu organiziranom kao zemaljski Divlji zapad. Ovamo su ih doveli Skagarani prije 300 godina kao roblje, ali ljudi su se pobunili i okrenuli ploču. Ljudski su potomci na vlasti, a Skagarani se moraju pokoravati zakonima pred kojima nisu svi jednaki.

Nešto je pošlo po zlu u pokušaju poboljšanja warp strojeva, Trip je ranjen, a Enterprise oštećen. Archer dopušta doktoru da stvori Tripov simbiont koji će živjeti samo 15 dana i dati živčano tkivo neophodno za transplantaciju. Simbiont Sim pomaže da se Enterprise izvuče iz teške situacije, ali ipak treba donijeti tešku odluku da ga se ubije iako mu se životni vijek može produžiti.

Daniels posjeti Archera koji tako sazna da su tri Xindija u Detroitu s početka 21. stoljeća. Archer i T'Pol doputuju u Detroit ne bi li ih pronašli i saznali što namjeravaju. Xindiji operiraju iz stare tvornice, a Loomis otima ljude koji za reptile dovršavaju bio-oružje.

Enterprise spašava trianonsku posadu, rasu koja obožava kreatore kugla u Delfskom prostranstvu. D'Jamat sa sljedbenicima preuzima brod i prijeti da će ga uništiti ako Archer ne bude surađivao. Nije zadovoljan kad sazna da je Enterprise istraživao kugle i traži za kaznu smrt jednog člana posade.

Enterprise otkriva signal koji ga vodi do područja na kojemu se testira oružje Xindija. Da bi ranije stigli, moraju proći polje anomalija. Brod je oštećen, ali na kraju ga spašava andorijanski brod kojim upravlja kapetan Shran. Shran Archeru nudi pomoć u traženju oružja. No Andorijanci imaju svoje planove s oružjem...

Degra se budi u teretnom šatlu koji je pod opsadom i kojim pilotira kapetan Archer. Archer mu objašnjava da su prošle tri godine i da su pobjegli iz zatvoreničke kolonije. No sve je to pažljivo isplanirana prijevara koju je posada izvela tri dana nakon hvatanja Degrova broda.

Enterprise otkriva golemu anomaliju i u njoj tuđinski šatl. Jedini putnik u šatlu je na samrti, ali dr. Phlox ga spašava i zatim ga i liječi. U međuvremenu časnici na Enterpriseu pokazuju osjećaje i netrpeljivost kakvu dosad nisu iskazivali.

Put na Azati 1 postaje sve teži kad Enterprise naiđe na višedimenzionalne poremećaje. Trebaju im dva tjedna da ih obiđu, pa Archer dopušta Phloxu da ljudsku posadu stavi u komu kako bi podnijeli poremećaje. No poremećaji imaju i nepredviđene učinke na Phloxa koji počinje halucinirati.

Archer vodi ekipu u istraživanje srušenog broda Ksindija. Svi odrasli insektoidi su umrli, ali njihovo je mrijestilište netaknuto. Archer odluči takvim ga i ostaviti kako bi Ksindijima dokazao da ljudi nisu zvijeri kakvima ih smatraju. No njegovo se ponašanje počinje mijenjati i posada odluči poduzeti drastične mjere...

Na Azatiju 1 posada otkriva da je oružje Ksindija na oceanskom planetu. Netko mora krenuti u samoubilačku misiju i uništiti oružje. Iz budućnosti stiže Daniels i uvjerava Archera da sa Ksindijima treba pregovarati, no Archer ipak odlazi na misiju. Ksindiji ga hvataju...

Brodovi Ksinda povučeni su iz bitke, Enterprise ostaje s velikim oštećenjima i gubicima. Dok se posada bori s popravcima, Ksindi šalju Archera natrag na Enterprise. Nedugo nakon njegova povratka, Enterprise nailazi na brod oštećen u anomalijama. Archer pokušava nabaviti bitnu navojnicu za warp, ali kapetan broda je ne želi dati.Prvi put Archer će pribjeći sili i otet će navojnicu.

Posada se sprema ući u podprostorni prolaz koji će im pomoći da dođu do komore vijeća Ksinda, no na putu susreću brod klase NX. To je zapravo Enterprise kojim upravljaju potomci sadašnje posade.

Uz Degrinu pomoć Enterprise stiže na planet na kojemu se nalazi komora vijeća Ksindi. Hoshi prevodi Archerov govor kojim ih uvjerava da Zemlja ne smije biti uništena i da su graditelji sfera izmanipulirali Ksinde. Graditelji sfera znaju da im je plan u opasnosti i reptile i insektoide nagovaraju da preuzmu kontrolu nad oružjem Ksinda. T'Pol predvodi ekipu koja ulazi u sferu kako bi izvukla podatke iz njezine memorije.

Vrijeme istječe i ksindi oružje spremno je za napad. Archer se mora nagoditi sa Ksindima.

Archer predvodi ekipu koja će zaustaviti oružje prije nego što stigne do Zemlje. Enterprise se mora suočiti s graditeljima sfera.