Daniels en Archer moeten een manier vinden om terug te keren naar de 22e eeuw om ervoor te zorgen dat de geschiedenis zich volgens plan ontvouwt. Ondertussen hebben de Suliban het schip overgenomen, maar Reed, Trip en T'Pol bedenken een plan om de aliens te verdrijven.

T'Pol vertelt Archer en Trip over de eerste ontmoeting tussen Vulcans en mensen in 1957, nadat een Vulcan-schip op Aarde is neergestort.

Terwijl Enterprise probeert een nieuwe planeet te verkennen, wordt er per ongeluk een verborgen mijn geactiveerd.

Na beschadigd te zijn geraakt in het Romulan mijnenveld en niet in staat om zelf de reparaties te voltooien, geeft Archer het bevel om een noodsignaal uit te zenden.

Archer brengt tijd door in de ziekenboeg met Dr. Phlox nadat Porthos een dodelijk virus heeft opgelopen.

De Enterprise zoekt brandstof op een mijnkolonie, ontdekt dat Klingons de kolonisten onderdrukken en helpt hen zich te verzetten.

Archer, Mayweather en T'Pol worden naar een arctische wereld gestuurd om een voortvluchtige te vangen, maar de missie neemt een gevaarlijke wending wanneer T'Pol twijfelt aan haar herinneringen aan een vorige missie.

Archer en Reed gaan terug naar een pre-warp samenleving die op het randje van oorlog staat.

Terwijl de Enterprise een zwart gat onderzoekt, veroorzaakt het fenomeen vreemde effecten op de bemanning.

Hoshi ondergaat haar eerste transporterervaring en bizarre nawerkingen doen haar twijfelen of dat wel goed is gegaan.

Trip gaat aan boord van een buitenaards vrachtschip om te helpen bij het repareren van een cryostasekamer, waarin een mooie vrouw ligt.

De bemanning van de Enterprise vlucht naar de onderhoudsschachten, wanneer een dodelijke neutronenstorm te snel nadert om te ontsnappen.

Tijdens een solomissie met Shuttlepod One wordt Trip aangevallen door een alien en gedwongen te landen op de nachtzijde van een maan.

Enterprise reist naar een planeet waar een medische conferentie plaatsvindt. Dr. Phlox probeert onderzoek te doen naar een terminale ziekte van de Vulcan-delegatie, zonder de besmetting van T'Pol te onthullen.

Zowel de Vulcans als de Andorianen maken aanspraak op een kleine planeet, wat leidt tot een militair conflict.

De bemanning van de Enterprise vindt een klein vaartuig met een menselijk lijk aan boord. Dat roept vragen op...

Archer en Tucker worden gearresteerd en naar de strafkolonie Canamar gestuurd, maar ze kunnen niet ingrijpen omdat een van de gevangenen een overname van het schip beraamt.

Niet-lichamelijke buitenaardse wezens nemen bezit van de lichamen van de bemanning van de Enterprise.

In een Klingon-tribunaal wordt Archer beschuldigd van het helpen van voortvluchtigen van het Keizerrijk en riskeert hij de dood als hij schuldig wordt bevonden.

Mayweather ontdekt dat zijn vader is overleden en dat de situatie op zijn oude thuis, de E.C.S. Horizon, ingrijpend is veranderd.

Wanneer militanten een wereld overnemen, verplaatst de bemanning van de Enterprise zich om Denobulaanse geologen te evacueren die diep ondergronds zijn. Ondertussen moet Phlox een stervende Antaran redden die behandeling weigert vanwege de geschiedenis tussen hun rassen.

De Enterprise maakt een eerste contact met de Vissians, een soort met drie geslachten. Trip ontmoet een van de drie geslachten en ontdekt dat zij een ander geslacht slecht behandelen. Hij probeert te helpen, maar dat gaat in tegen de cultuur.

Een onderzoeksteam ontdekt de overblijfselen van een buitenaards schip en twee bevroren cybernetische lichamen in het Arctische gebied. Nadat deze aliens ontdooien en vluchten van de Aarde met het onderzoeksteam, krijgt Enterprise de opdracht hen te vinden, maar de bemanning beseft niet hoe gevaarlijk deze aliens werkelijk zijn.

Archer vertelt T'Pol het verhaal van toen hij en een rivaal genaamd A.G. Robinson in competitie waren om de Warp 2-barrière te doorbreken.

Archer ontdekt dat de Klingons een prijs op zijn hoofd hebben gezet wanneer hij gevangen wordt genomen door een Tellaritische premiejager. Terwijl Enterprise hen achtervolgt, raakt T'Pol door een virus voortijdig in de Pon Farr.

De Xindi lanceren een aanval op de Aarde, met grote slachtoffers en enorme schade tot gevolg. Terwijl Enterprise terugkeert naar huis, informeert een bron Archer over de Xindi en dat hun volgende aanval de Aarde zal vernietigen.