Silik a jeho sulibanští vojáci obsadí Enterprise, aby našli kapitána Archera. T'Pol sice tvrdí, že kapitán zmizel právě ve chvíli, kdy se chtěl Sulibanům vzdát, ale Silik ji nevěří a tak ji podrobí výslechu a mučení. Mezitím Archer uvízl na zdevastované Zemi 31. století spolu s agentem Danielsem. Oba se pokoušejí zjistit, jak mohlo Archerovo zmizení ovlivnit historii natolik, že nevznikla organizace zvaná Federace...

Archer s Tripem spolu sT'Pol oslavují její první rok na Enterprise a během řeči se Archer T'Pol zeptá, proč si kdysi vzala pět dní volna, aby navštívila hornické městečko Carbon Creek v Pensylvanii. T'Pol na to odpoví, že tam ve skutečnosti proběhl první kontakt mezi Vulkánci a lidmi a to spoustu let před rokem 2063. Její praprababička byla při tom. Tucker o tom pochybuje a tak T'Pol začne vyprávět. V říjnu 1957 prolétala kolem Země malá vulkánská loď, která pozorovala vypuštění Sputniku. Na palubě byla i T'Mir, praprababička T'Pol. Při tom ale došlo k selhání systémů a loď ztroskotala poblíž Carbon Creek...

Archer pozve Reeda na společnou snídani, aby se o svém mlčenlivém zbraňovém důstojníkovi dozvěděl něco více. Reed ale bere snídani příliš formálně a nebaví se o ničem jiném než práci. Právě když to Archera přestává bavit, ozve se T'Pol, která kapitánovi oznámí, že detekovali planetu třídy Mishara. Když Enterprise vstoupí na orbitu, je zasažena masivní explozí, která vážně poškodí trup lodi na levoboku. Reedovi se podaří zjistit, že je zasáhla orbitální mina, která se přichytila na trup a jak brzy zjistí, nacházejí se uprostřed neviditelného minového pole. Reed se proto vydává ve skafandru na povrch lodi, aby minu zneškodnil, ale právě když s tím začne, demaskuje se před Enterprise romulanská loď...

Enterprise je stále vážně poškozena po výbuchu romulanské miny a jsou nutné nějaké opravy. Archer vyšle obecný nouzový signál, na které odpoví telaritská nákladní loď a pošle Enterprise souřadnice servisní stanice. Když Enterprise ke stanici dorazí, vypadá opuštěně, ale jakmile se přiblíží na malou vzdálenost, stanice se aktivuje. Překonfiguruje jeden z portů a tak Enterprise může vletět dovnitř. Jak Archer, T'Pol a Trip zjistí, stanice je plně automatická a za opravu Enterprise požaduje warp plasmu. Jakmile Archer odsouhlasí množství, stanice se dá okamžitě do práce. Opravy budou trvat 35 hodin. Co se ale v tajemných tunelech skrývá, to zatím nikdo z nich netuší...

Enterprise dorazila na svět Kreetassanů ( viz. Vox Sola) a Archer se snaží vyjednat výměnu plasmového injektoru. Vzal s sebou i svého pejska Porthose a to byla chyba. Porthos totiž urazil Kreetassany tím, že počůral jeden z jejich posvátných stromů a tak se Archer musí vrátit s nepořízenou zpět. Aby toho nebylo málo, doktor Phlox zjistí, že Porthos chytil nějaký patogen a musí zůstat v karanténě na ošetřovně. Porthosův stav se ale stále zhoršuje a doktor Phlox se snaží zabránit kolapsu jeho imunitního systému. T'Pol mezitím odhalí důvod neúspěchu mise a předloží kapitánovi seznam úkonů, které musí před Kreetassany udělat, aby mu byla urážka prominuta. Je to ale velmi ponižující a Archer to odmítá, tím spíš, když zjistí, že o nebezpečném patogenu věděli. V noci nedokáže spát a tak se přestěhuje na ošetřovnu, aby byl Porthosovi nablízku. Tam se ale střetává s bizarností doktora Phloxe a jeho zvířátky...

Enterprise docházejí zásoby deuteria a tak Archer s výsadkem navštěvují důlní kolonii, aby se pokusili nějaké získat. Místní obyvatelé jim ale sdělí, že až do konce sezóny nemají žádné nazbyt. Archerovi se nakonec ale přece jen podaří vyjednat výměnu malého množství za lékařské zásoby, energetické články a pomoc při opravě důlních pump. Vůdce horníků, Tessic, ale trvá na tom, aby byla oprava provedena do dvou dnů. Mezitím k planetě dorazí klingonská loď. Tessic naléhavě žádá, aby se lidé z Enterprise ukryli a tak Archer ze stanu sleduje, jak se Tessic s Klingony přátelsky uvítá. Když ale vůdce Klingonů, Korok, zjistí, že ještě pro ně nemají deuterium, začne se chovat mnohem méně přátelsky. Archer se musí rozhodnout, jestli horníkům pomůže proti utlačovatelům a znepřátelí si Klingony a nebo se bude jen dívat...

Vulkánské vysoké velení pověří T'Pol tajným úkolem a T'Pol požádá Archera, zda by jí nedoprovodil. Kapitán je její žádostí překvapen, ale souhlasí a to zejména poté, co zjistí, že jde i o něco osobního. Před mnoha lety měla T'Pol vyzvednout několik vulkánských agentů na cizích světech. Podařilo se jí nalézt všechny kromě jednoho, muže jménem Menos. Vulkánci nyní zřejmě zjistili, kde se nachází a T'Pol má po letech dokončit svůj úkol. Brzy se Archer a T'Pol s Mayweatherem u kormidla vydávají na planetu v systému Pernaia, kde byl Menos naposledy viděn a kde se T'Pol odhaluje skryté tajemství z její vlastní minulosti...

Poté, co se výsadek vrátí na Enterprise, Reed zjišťuje, že zřejmě na povrchu ztratil svůj komunikátor. Hoshi se nakonec podaří zaměřit jeho energetickou signaturu a určit, že se nachází v hostinci, který výsadek navštívil. Jedná se o společnost, která dosud nezná warp a proto je zanechání jakékoliv pokročilé technologie nežádoucí. Archer rozhodne, že musí komunikátor získat zpět a v čele druhého výsadku se vydává na povrch. Archer s Reedem navštíví onu hospodu, ale komunikátor nikde. V tom je obklopí skupina vojáků a oni jsou i se všemi svými zbraněmi a přístroji zajati a považováni za špehy nepřátelské "Aliance"...

Enterprise přejde na impuls, aby mohla zblízka prozkoumat černou díru, která je součástí trinárního hvězdného systému. Přiblížení podsvětelnou rychlostí bude trvat dva dny a tak mají všichni dost času věnovat se svým koníčkům. Čím je ale Enterprise blíže k černé díře, tím se chování posádky stává podivnější. Archer se stává posedlým psaním oslavné eseje o svém otci. Tucker všechen svůj volný čas tráví vylepšovýním kapitánova křesla a Hoshi zastoupí šéfkuchaře a zoufale se snaží připravit to nejdokonalejší jídlo. Praporčík Mayweather mezitím přijde na ošetřovnu s bolestí hlavy, ale to netuší, že se dostal do spárů doktora Phloxe, který na něm chce za každou cenu najít smrtelnou nemoc, aby ho mohl operovat. Ani Reedovi se podivná nemoc nevyhne a na vše instaluje bezpečnostní kódy a vymýšlí nové obranné techniky proti případným vetřelcům. To vše sledujeT'Pol, na kterou to má zřejmě nejmenší vliv a musí zjistit, co se vlastně děje dřív, než neovladatelnou loď rozdrtí černá díra...

Hoshi a Trip právě zkoumají staré cizí ruiny na jedné planetě. Po chvíli se s nimi spojí Archer, aby jim sdělil, že se blíží silná bouře. Jak se za chvíli ukáže, raketoplán by ji nezvládl a tak je jedinou možností oba transportovat. Pro Hoshi je to poprvé a tak má velké pochybnosti. Vynutí si, aby se Trip transportoval jako první a sama pak v sílícím větru čeká, až přijde na řadu. Transport sice proběhne v pořádku, ale Hoshi začne mít pocit, že je s ní něco špatně. Stává se jí, že jí ostatní ignorují, jako by tam nebyla, ale doktor Phlox jí jen potvrdí, že je zcela v pořádku. Druhý den jsou Trip a Mayweather zajati cizí rasou a Hoshi má rozluštit jejich jazyk. Jak ale musí po chvíli přiznat, nedokáže to a Archer jí posílá odpočinout si. Hoshi je přesvědčena, že jí přenos paprskem musel nějak změnit a tušení se změní v jistotu, když se náhle začne rozplývat...

Dva piloti retellijské nákladní lodě Firek, Goff a Firek Plinn, požádají Enterprise o pomoc při opravě systémů podpory života. Podle svých slov mají za úkol dopravit nějakou ženu do jejího domova, ale protože jsou jejich zdroje omezené, cestuje ve stázi. Firek Goff odmítá nabídku Archera, že tu ženu mohou dopravit na Enterprise, ale přijímá pomoc šéfinženýra Tuckera. Ten začne rychle pracovat na opravách, při kterých se krásná žena ze stáze probere. Trip jí rychle pomůže z kapsle a všimne si, že je svázaná. Sice mu rychle dojde, že je vlastně vězněm, ale to ho už Goff srazí k zemi. Nákladní loď rychle odlétá, ale Plinn uvízne na palubě Enterprise. Trip se po chvíli probouzí uvězněn spolu s ženou, která ho považuje za poddaného, protože je na svém světě královského rodu...

Právě když se kapitán Archer připravuje prozkoumat jednu neobydlenou planetu, dorazí k nim trojice cizinců, kteží hledají úkryt. Varují Archera před blížící se smrtící neutronovou bouří. Posádka nakonec zjistí, že před smrtící vlnou není úniku a tak ji Enterprise musí přečkat. Členové posádky se ale musí chránit před radiací a tak Trip navrhne, aby se všichni ukryli v údržbářských šachtách warp gondol Enterprise. Celá posádka i s Porthosem a třemi uprchlíky se proto stěhuje do stísněných prostor. Trip odstaví warp jádro a vyvede řízení lodi do jedné z gondol, aby loď mohli řídit. Když Enterprise přežije první nápor vlny, posádka má čas odpočívat, ale jak dny plynou, je stále těžší se něčím zabavit a při tom si vzájemně nelézt na nervy. Navíc když trojice uprchlíků není tak docela tím, za koho se vydává...

Osamocený Trip provádí testy posledního vylepšení autopilota na palubě raketoplánu 1, když na něj začne pálit cizí raketoplán a přinutí ho přistát na jednom měsíci s dýchatelnou atmosférou. Je noc a Trip se snaží opravit vysílač, aby vyslal na Enterprise nouzový signál. Při práci na něj ale zaútočí pilot cizí lodě a když se Trip ukryje ve svém raketoplánu, cizinec mu ukradne vysílač, na kterém pracoval. Mezitím Enterprise začne po Tripovi pátrat, ale při tom se setkávají s arkonijskou lodí, která Enterprise přikáže, aby okamžitě opustili oblast. T'Pol Archera varuje, že Arkoniané jsou velmi teritoriální, vztahy mezi nimi a Vulkánci jsou napjaté a tak by měli poslechnout. Archer se tak musí rozhodnout, jestli odletí nebo se pokusí najít a zachránit Tripa dřív, než ho arkonijský pilot zabije...

Vztahy mezi Andoriany a Vulkánci se stále zhoršují a když se nedohodnou o "vlastnictví" malé planety na vzájemných hranicích, dochází k pozemním potyčkám.

Skupinu Andorianů nevede nikdo jiný než Shran. Ten se nakonec rozhodne, že jediný, kdo může tento spor vyřešit, je kapitán Archer, protože se nepřikloní ani k jedné straně. Vulkánský velvyslanec Soval tím není příliš nadšen, ale když jsou Andoriany zajati tři Vulkánci, není jiná možnost a musí se svěřit do rukou Archera. Když Enterprise dorazí, Archer se okamžitě s T'Pol vydává na povrch, aby se setkal se Shranem a vyjednával o vydání rukojmí. Netuší ale, že ne všichni ze zúčastněných si přejí přerušit boje a tak možná kráčí do pasti...

Enterprise objeví podivnou futuristickou loď, která se jen tak pohybuje vesmírem. Kapitán Archer nechá loď odtáhnout na palubu, aby ji mohli prozkoumat. Když se prořežou dovnitř, v křesle pilota objeví mrtvé lidské tělo. Nikdo z nich netuší, jak se mohl člověk dostat tak daleko od Země, když oni jsou jedinou pozemskou lodí takto daleko. Phlox začne zkoumat mrtvolu, zatímco Tucker s Reedem prohledávají podivný člun. Při tom objeví jakési prostorové zakřivení, kde se skrývají další prostory, v nichž najdou černou skříňku. Dříve než ji mohou pořádně prozkoumat, se objevuje sulibanská loď a její velitel žádá vydání podivného člunu z budoucnosti. Podle jeho slov ji objevili dřív, ale teprve teď si ji přiletěli vyzvednout. O loď nemají ale zájem jen Sulibani - objevují se také Tholiané, jejichž lodím se Enterprise nemůže rovnat...

Při odletu z mateřské planety Enolianů jsou Archer s Tripem omylem identifikováni jako pašeráci a bez prodlení zavřeni na vězeňskou loď, která právě míří do nápravné kolonie. Vězni nejsou jenom Enoliané, ale zločinci z celého okolí včetně jednoho Nausicaana. Na Enterprise se mezitím T'Pol snaží přesvědčit enolijské úřady, aby kapitána Archera a Tripa propustily. Po chvíli přesvědčování se jí to skutečně podaří a úřady souhlasí. Teprve nyní se však dozvídá, že oba už dávno míří k jiné planetě. V té chvíli se ale jeden z vězňů, Kuroda, osvobodí a podaří se mu zneškodnit všechny stráže a zabít pilota. Stává se neomezeným pánem deportační lodi a jako prvního osvobodí mohutného Nausicaana. Ostatní vězni ale zůstávají připoutáni k lavicím. Teprve když se Archer přihlásí, že je jediný, kdo dokáže řídit loď, Kuroda propustí i jeho a přinutí ho změnit kurz. Mezitím je začnou stíhat lodě Enolianů, kterým je jedno, že jsou na palubě dva nevinní, a začnou střílet...

Enterprise se střetává s obrovskou cizí lodí, na které podle senzorů není živá duše. Poté co se s ní snaží neúspěšně komunikovat, se otevřou obrovská vrata a cizí loď Enterprise spolkne - při tom zneschopní zbraně i motory a tak je posádka bezmocná.

Archer je na planetě Narendra III. postaven před klingonský soud. Řvoucí dav Klingonů lační po jeho krvi, protože je obžalován ze spiknutí proti Říši.

Enterprise mění kurs, aby prozkoumala zvláštní geologický jev na jedné planetě, která má být zanedlouho pokryta vybuchujícími vulkány. Kurs je zavede velmi blízko nákladní lodi E.C.S. Horizon, lodi, kde vyrostl kormidelník Travis Mayweather.

Enterprise je požádána, aby evakuovala skupinu denobulských geologů z Xantorasu, světa, který ovládla militantní frakce.

Enterprise přilétá k superobří hvězdě a Archer se už nemůže dočkat, až ji osobně zblízka prozkoumá. Při tom je kontaktuje loď Vissianů, která sem také přiletěla jev zkoumat. Když jim kapitán Vissianů Drennik vysvětlí, že stejně jako oni chtějí poznávat nové rasy, Archer pozve Vissiany na palubu Enterprise.

Arktický výzkumný tým objeví na Zemi trosky mimozemské lodi, která zde ztroskotala asi před sto lety. Trosky i těla mimozemské posádky pokryl led a tři členové týmu se je snaží vysvobodit. Když se jim podaří odkrýt tvář, jsou překvapeni, protože tvář humanoida je pokryta kybernetickými implantáty (jsou to Borgové ze ztroskotané koule, což ale nikdo netuší).

Archer dostává zprávu, že jeho starý rival A. G. Robinson zemřel při výstupu na Mt. McKinley. Oba byli součástí NX testovacího programu a byli první, kteří překonali bariéru warp 2. Enterprise se právě chystá prozkoumat jev, který vypadá jako temná mlhovina. Archer odlétá sám s T'Pol a je nezvykle zamlklý. T'Pol se ho nakonec podaří rozmluvit a Jonathan ji začne vyprávět, jak spolu bojovali o místo prvního pilota, který překoná bariéru a jak komodor Forrest na celý program dohlížel...

Posádka Enterprise se setkává s Tellaritem Skalaarem, který jim nabídne, že je provede po nedaleké planetě. Jakmile se ale dostane na palubu, zaútočí na "uvítací výbor" a podaří se mu omráčit a unést kapitána Archera. Enterprise nemůže sledovat jeho loď, protože Skalaar střelil do gondol Enterprise a tak přišli o warp.

K Zemi dorazí podivná cizí sonda, která bez varování vypálí na Zemi svůj smrtící paprsek, který se zařízne do oblasti od Floridy po Venezuelu a zabije milióny lidí.