Oklahomában egy farmer meglő egy menekülő klingont, akit két szulibán üldöz. Leonard admirális a vulkáni Soval nagykövet tanácsa ellenére úgy dönt, hogy hazajuttatja a sérült klingont az új 5-ös fokozatot is elérő Enterprise-szal. Archer kapitány összegyűjti legénységét, köztük a vulkáni T'Polt, aki a küldetést felügyeli. Nem sokkal később az egyik szuliábn elrabolja a klingont. A Rigel X-en az Enterprise legényége megtudja, hogy a szulibánt egy jövőből jött ismeretlen ellenség genetikailag megváltoztatta. Rájönnek, hogy az ellenség célja egy klingon polgárháború kirobbantása. A legénység követi a szulibán hajó nyomát egy gázóriás atmoszférájába. Archer és Tucker kiszabadítja Klaangot, és sikerül hazavinni a Kronoszra, ahol a klingonok megfejtik a Klaang vérébe kódolt információkat. A sikeres küldetés után a Csillagflotta úgy dönt, hogy az Enterprise-t hosszabb felfedező útra küldi.

Captain Archer wants to convert curiosity into deeds and decides to enter a ship floating in space. Hoshi has trouble adjusting to life on Enterprise.

Az Enterprise egy földszerű bolygóhoz érkezik. T'Pol, Tucker, Mayweather, Cutler és Novakovich éppen a bolygón tartózkodik, amikor egy vihar arra készteti őket, hogy a táborukat elhagyva egy barlangba meneküljenek. Hamarosan hallucinálni kezdenek. Novakovich elrohan, de sikerül felsugározni, és kigyógyítani a hallucinációkból, amelyet a bolygó pollenje okoz. Eközben Tucker fézerpisztollyal tartja sakkban T'Polt, mert úgy gondolja, hogy a vulkáni a nemlétező bolygólakókkal játszik össze. Archernek sikerül rávenni Tuckert, hogy letegye a fegyvert, és T'Polnak sikerül meggyógyítania a csapat többi tagját is.

Az Enterprise sorozatos meghibásodásokkal küzd, és kiderül, hogy azt egy álcázott xyrilliai hajó okozza, amely a másik hajó szubtérmezőjéből von el energiát. Tucker a xyrilliai hajóra megy, hogy segítsen azt megjavítani, és összebarátkozik Ah'Lennel, a női gépésszel. Miután a xyrilliai hajó elment, egy dudor kezd el nőni Trip karján. Phlox megdöbbenve állapítja meg, hogy Tucker terhes. Az Enterprise a xyrilliai hajó után megy, amely most egy klingon csatacirkálót követ álcázva. A klingon kapitány meg akarja ölni a hívatlan vendégeket, de Archernek és T'Polnak sikerül meggyőzni, hogy engedje el a xyrilliaiakat, cserébe a holotechnológiájukért. Trip "gyermekét" pedig sikeresen átültetik Ah'Lenbe.

Archert, T'Polt és Tuckert túszul ejtik az andoriaiak, akik megszállták P'Jem ősi vulkáni kolostorát. Vezetőjük, Shran, elmondja, hogy a vulkániak innen kémkedtek az andoriaiak után. Amikor a vulkáni szerzetesek visszautasítják, hogy megvédjék magukat a vádakkal szemben, Tucker kapcsolatba lép a hajóval, és Reed vezérletével egy csapat érkezik a bolygóra. Az andoriaiak visszatérnek a katakombákba, ahol Archer egy kaput fedez fel, amely egy modern vulkáni helyőrségre vezet. Archer végül megosztja ezt az információt az andoriaiakkal, akik elhagyják a kolostort.

Reed és Mayweather egy nagy üstökös felszínét vizsgálja, a T'Mur nevű vulkáni hajóval egyetemben. Az Enterprise-on kiderül, hogy T'Pol kódolt üzenetet küldött a vulkáni hajóra. Tucker megfejti az üzenetet, amiben az áll, hogy T'Pol nem tudja eldönteni, hogy a hajón maradjon, vagy visszatérjen a Vulkánra megházasodni. Eközben az üstökös egy közeli csillag hatására gyorsan melegedni kezd, így Reed és Mayweather komoly bajba kerülnek. A két férfit végül a vulkáni hajó menti meg. T'Pol úgy dönt, hogy a hajón marad.

Amikor az Enterprise egy fejletlen, kezdetleges iparral rendelkező kultúrát fedez fel egy bolygón, valahonnan a felszínről neutrínó sugárzást fognak egy antianyag generátorból. Archer és csapata a nyomokat követve egy házra bukkannak, amelyben találkoznak Riannal, aki az egész várost sújtó betegség után nyomoz. Kiderül, hogy a maluriai Garos szennyezi a talajvizet mérgező anyagokkal, és ez okozza a betegséget. Amikor az Enterprise-t egy maluriai hajó támadja meg, T'Pol közvetlenül az ellenséges hajó orra elé sugározza az antianyag generátort, és felrobbantják, megsemmisítve ezzel az ellenség pajzsait.

Az Enterprise a Fortunate nevű földi teherhajónak segít a javításokban egy nauszikai támadás után. Ryan, a Fortunate parancsnoki tisztje elfog egy nauszikait, és nem is akarja elengedni. Miután az Enterprise legénységének 4 tagját is elfogják, Ryan a Fortunate-tel a nauszikaiak után ered, hogy visszavágjon. Azonban a Fortunate-t gyorsan bekerítik. Amikor az Enterprise megérkezik, Archer felajánlja, hogy átadják a nauszikai túszt, ha a két földi hajó sértetlenül távozhat. Ryant végül Mayweather győzi meg arról, hogy a bosszú nem éppen a leghelyesebb út.

Az Enterprise-t egy csoport zarándok látogatja meg, akik egy protocsillag kitöréséből akarnak spirituális élményekre szert tenni. Köztük van az átoperált szulibán, Silik is. Silik igyekszik megakadályozni egy kaszkád reakciót a reaktorban, ami egyébként megsemmisítené a hajót. Archer legnagyobb meglepetésére kiderül, hogy a legénységének egyik tagja, Daniels a 31. századból jött, hogy megállítsa Siliket. Archer vonakodva ugyan, de beleegyezik, hogy segít. Silik azonban megöli Danielst és sikerül megszöknie.

Archer kideríti, hogy fegyvermester nemsokára ünnepli születésnapját, és ezért megbízza Hoshit, hogy derítse ki, mi Reed kedvenc étele. Amikor az Enterprise-t idegen lények támadják meg, Archer a hajót a Jupiter-állomásra vezeti, ahol felszerelik az új fézerágyúkat. A gépészek rohammunkába kezdenek, hogy minél előbb használható állapotba hozzák az új fegyvert. Amikor az idegenek visszatérnek az Enterprise-nak sikerül őket visszavernie.

Egy normál meghajtású hajó hánykolódik az űrben a fedélzetén egy beteggel. A valakiánok annak reményében hagyták el otthonukat, hogy találkoznak egy olyan fejlett civilizációval, amely képes lehet gyógymódot találni a betegségre, ami rohamosan terjed a bolygójukon. Az Enterprise legénysége meglepődve veszi észre, hogy a bolygón élő másik humanoid faj tagjai, a menkek, nem betegedtek meg. Kiderül, hogy a betegség a valakiánok genetikai hibájából ered. Phlox nekilát, hogy kifejlessze a gyógymódot, de kétségei vannak afelől, hogy megzavarhatja-e a bolygó lényeinek evolúcióját, amely során a valakiánok kihalnának és a menkek fejlődhetnének tovább. Archer végül beleegyezik, hogy visszautasítsák a valakiánok kezelését.

Az Enterprise egy mozgásképtelen klingon hajót talál egy gázóriás atmoszférájában. A legénység minden tagját megfertőzte egy vírus, kivéve Bu'kaH-t, a női harcost, aki ellopja az Enterprise űrkompját. Ezzel T'Pol, Sato és Reed a klingon hajón ragadnak, amely egyre mélyebbre süllyed a gázóriás atmoszférájában. Bu'kaH visszautasítja, hogy segítsen kimenteni az Enterprise és a klingon legénységének tagjait. Reed végül egy fotontorpedót robbant fel a klingon hajó alatt, amely lökéshulláma biztonságos távolságba sodorja őket. A klingonok persze nem hálálkodnak, és Archer jobbnak látja, ha elhagyják a területet, mielőtt megérkezne az erősítés.

Archer megtudja, hogy az andoriaiak lerombolták P'Jem kolostorát a rejtett helyőrséggel együtt. Soval nagykövet erre bejelenti, hogy befejezik az emberekkel közös űrprojektet, és visszahívja T'Polt. Utolsó küldetésükön Archert és T'Polt lázadók ejtik foglyuk a Coridanon. A megmentésükre siető Tucker és Reed meglepetésükre andoriaiakkal találkoznak, akiket Shran vezet. Adósságát leróva Shran elvezeti a két férfit a lázadók táborába, amikor egy vulkáni csapat is megérkezik. A négy fél egymásnak ront, és a csetepatéban T'Pol is megsebesül. A vulkánit visszaviszik az Enterprise-ra, ahol úgy dönt, hogy a hajón marad.

Tucker és Reed egy küldetés során az 1-es űrkomp célzószkennereit igyekszik beállítani, amikor az érzékelőik elromlanak és a kommunikáció is megszűnik. Amikor visszatérnek az Enterprise-hoz, felfedezik a hajó roncsait egy közeli aszteroidán. Abban a hitben, hogy az Enterprise elpusztult, elindulnak a közeli Echo 3-as szubtérerősítő felé. Az Enterprise azonban nem semmisült meg, bár súlyos sérüléseket szenvedett egy teszniai hajó rosszul sikerült dokkolási manővere után. Az idegeneket a hajóra sugározták, és elindultak az otthonuk felé. Mivel a levegőjük fogytán van, Tucker és Reed felrobbantják a hajó hajtóművét, ezzel jelezve a helyzetüket az Enterprise-nak, amely így megtalálja őket.

Egy csillagköd vizsgálata közben az Enterprise találkozik a Vahklas nevű vulkáni hajóval, amelynek utasai felhagytak az érzelmeik elnyomásával. Egyikük, Tolaris érdeklődni kezd T'Pol iránt. A férfi azt javasolja T'Polnak, hogy elalvás előtt ne meditáljon. A nő így is tesz, és álmában egy "Egyesülés" nevű éjszakai klubban találja magát, ahol minden megzabolázott érzelmét átélheti. Amikor Tolaris egy különös, a legtöbb vulkáni számára ismeretlen fajtájú agyegyesítést hajt végre T'Polon, a vulkáni nő elájul. Archer ideges lesz, és addig provokálja Tolarist, amíg az elegendő indokot ad arra, hogy a vulkániakat visszaparancsolja a saját hajójukra.

Egy vörös bolygón az Enterprise legénysége egy Eskának nevezett vadászcsoportra bukkan. Archer nem sokkal később egy fiatal nőt lát a bolygón, de a vadászok szerint csak képzelődött. Az igazság az, hogy az Eska tagjai alakváltókra vadásznak, és az egyik alakváltó lépett kapcsolatba a kapitánnyal. Az alakváltók védelmében Archer és Phlox egy olyan szerkezetet dolgoz ki, amely megzavarja az Eska által használt érzékelőket.

Ferengik egy csoportja igyekszik megszerezni az Enterprise-t, ezért elkábítják a legénység legtöbb tagját, kivéve Tripet, aki a fertőtlenítőben bújik el. Amíg Archer a ferengi Kremmel beszélget, Trip és T'Pol csapdát állítanak. A hajó egyik részébe - ahol az állítólagos kincs van - csalják a ferengiket, majd elfogják őket. Miután az ellopott tárgyakat visszaviszik az Enterprise-ra, Archer figyelmezteti Kremet, hogy a saját érdekében kerülje el a Föld illetve a Vulkán hajóit.

Az Enterprise egy három évvel korábban (állítólag) megtámadott és lezuhant űrhajó túlélőire bukkan a bolygón. Amíg Tucker egyre több időt tölt Lianával, Reed számos különös nyomra bukkan a hajó roncsainál. Kiderül, hogy nem is volt semmiféle támadás, és ez a hajó már több mint 20 éve van a bolygón. Amikor visszatérnek, a túlélők elfogják Tuckert és T'Polt, és csak akkor engedik el őket, ha a többiek megjavítják a számítógépes rendszert. Liana elmondja Tuckernek az igazságot, miszerint ő és apja, Ezral voltak az egyedüli túlélők. Ezral miatta hozta létre a legénység többi tagjának holografikus képét. Archer végül beleegyezik, hogy megjavítják a hajót, amivel elindulhatnak hazafelé.

Egy bolygó felfedezése közben Archer és Mayweather a szulibánokkal háborúban álló tandaraiak katonai övezetébe lép, ahol elfogják majd börtönbe viszik őket. Archer rájön, hogy egyik bebörtönzött szulibán sem esett át genetikai átalakításon, és nem követtek el semmilyen bűnt. Grat tábornok elmondja, hogy a bebörtönzés a szulibánok biztonsága érdekében történt, hogy elkerüljék, hogy katonák legyenek a temporális hidegháborúban. Archer azonban úgy dönt, hogy kiszabadítja a foglyokat. Az Enterprise segítségével a szulibánok a saját hajóikon menekülhetnek el.

Egy kultúrális félreértés miatt a sértett kreetassaiak elhagyják a hajót. Közben egy csápos élőlény észrevétlenül feljut az Enterprise fedélzetére. Amikor a legénység meghibásodásokat fedez fel a hajón, a lény elkapja őket egy hálóval. Archer, Tucker és három másik ember esik így csapdába, míg a legénység többi tagja igyekszik kiszabadítani őket. Végül Reed egy erőtér segítségével közel kerül a lényhez, míg T'Pol és Hoshi kommunikálni kezd a lénnyel. Az élőlény, amely egy nagyobb organizmus része, a legénységet azért fogta el, hogy pótolja az övéivel elveszett kapcsolatot. Végül beleegyezik, hogy elengedje a foglyokat, cserébe az Enterprise elviszi őt a bolygójára.

Az Enterprise a neves vulkáni diplomatát, V'Lart, a mazari nagykövetet viszi egy másik vulkáni hajóhoz. A Mazaron V'Lart számos bűncselekmény elkövetésével vádolják, de ő nem akar ezekre reagálni. T'Pol kérésére Archer folytatja küldetésüket, bár mazarita hajók a diplomata kiadatását követelik. Amikor a mazarita hajók az Enterprise-ra támadnak, Archer igyekszik húzni az időt a vulkáni hajó megérkezéséig. Végül a mazaritákat legyőzik, és V'Lart biztonságban a hajójára szállítják. A vulkáni küldetése az volt, hogy leleplezze a korrupciót a mazarián kormányban, de ezt nem mondta el, mert nem bízik az emberekben.

Miután sikeresen megjavították a hajóját, Zobral meghívja Archert és Tuckert a sivatagi táborába. A bolygó kormánya figyelmezteti ez Enterprise-t, hogy Zobral egy terrorista, és a hajó két tisztjét a bűntársainak tekintik. Ezalatt Zobral igyekszik meggyőzni Archert és Tuckert, hogy segítsenek neki az ügyében. Amikor a tábort megtámadják a Csillagflotta tiszteknek sikerül elmenekülni a nyílt sivatagba. Hosszú gyaloglás után végül egy komp menti meg őket, mitután T'Pol meggyőzte Zobralt, hogy segítsen a bajba jutottakon.

A legénység egy része a Risa-n tölti megérdemelt pihenését. Trip és Malcolm egy bárban próbálnak ismerkedni, de a két vonzó lányról kiderül, hogy tolvajok. Hoshi egy idegen férfival találkozik, és nem sokkal később sokkal érdekesebb elfoglaltságot is találnak, mint egymás anyanyelvének megismerése. Travis sziklamászással próbálkozik, és megsérül, ezért Dr. Phloxot felkeltik a hibernációjából. Archer találkozik egy nővel, de kiderül, hogy egy átoperált tandarai kém.

Egy Enterprise komp látszólag több ezer ember öl meg egy bolygón, amikor begyulladnak az atmoszférában található gázok. Forrest admirális visszahívja az Enterprise-t a Földre. Daniels, a 31. századi időutazó azonban tudja, hogy a szulibánok felelősek a tragédiáért, akik egy készüléket szereltek a komp burkolatára. Archert elküldi, hogy találjon meg egy álcázott szulibán hajót, semlegesítse és szerezze meg a bizonyítékot. A visszaúton az Enterprise-t szulibán hajók veszik körül. Archert a 31. századba küldik, hogy megpróbálják helyrehozni a történelmet. De a hiánya egy olyan jövőt hoz létre, amelyben a Föld elpusztul. Időutazó eszköz nélkül Archer és Daniels a 31. században reked, míg az Enterprise a szulibán hajókkal igyekszik felvenni a harcot.