Tras dos semanas en su primera misión de exploración del espacio profundo, el equipo de Enterprise todavía está adaptando su nave y preparándose para un primer contacto con otra civilización. El Enterprise en su búsqueda de otras especies sólo había logrado encontrar a un gusano que permanece en la enfermería por su mal estado y al que buena parte de la tripulación y en especial Hoshi le ha tomado mucho cariño. Pero el primer contacto aparece ante sus ojos en forma de una nave espacial. T'Pol, como buena vulcana, no siente gran interés por introducirse en la nave a investigar ya que no responde a sus llamadas, pero el capitán decide investigar lo que allí ocurre.

El capitán Archer autoriza a algunos miembros de la tripulación a acampar en un planeta que parece inofensivo. Al acercarse una tormenta deciden refugiarse en unas cuevas. Pronto comenzarán a tener extrañas alucinaciones que provocarán situaciones muy peligrosas.

La nave Enterprise contacta con otra que necesita asistencia técnica. Al facilitarles la ayuda, el ingeniero Trip Tucker coquetea con una de las tripulantes Xyrilianas. Poco después, descubrirá con incredulidad que ha quedado embarazado sin haber tenido ningún tipo de relación con la alienígena.

La Enterprise se aproxima a una colonia con la que se perdió el contacto hace 75 años, situada en el planeta Terra Nova. Al descubrir una radiación misteriosa, el capitán Archer decide investigar y enviar un equipo de salida al planeta que se tendrá que enfrentar a una emboscada de los Novanos, los habitantes de ese mundo que viven en cavernas.

El capitán Archer y Trip visitan un monasterio vulcaniano en el que descubren a una tropa de andorianos, una raza enfrentada a los primeros. Los andorianos afirman que el monasterio es en realidad una instalación militar vulcaniana utilizada contra su raza.

Malcolm Reed y Travis Mayweather han sido enviados a una misión en un cometa. Cuando solicitan la ayuda del Enterprise, el capitán Archer no tendrá más remedio que solicitar asistencia a una nave vulcaniana a pesar de la poca simpatía que tiene por esta raza.

El Enterprise encuentra una nueva civilización, los Akaali. El capitán Archer descubre que otros alienígenas ya han llegado con anterioridad a ese planeta. Al ser acusado por los habitantes del planeta de la propagación de una enfermedad, Archer se da cuenta de que los otros alienígenas se están adueñando de los recursos de ese mundo.

El Enterprise contacta con un carguero que ha realizado una llamada de socorro al haber sido atacado por planetas. El capitán Archer se da cuenta de que la tripulación del carguero tiene secuestrado a un Nausicaano al que están torturando para sacarle información.

Tras un acto de sabotaje del Enterprise que a punto está de costarle la destrucción por una tormenta de plasma, un miembro de la tripulación revela al capitán Archer que procede de 900 años en el futuro y le desvela información sobre una supuesta Guerra Fría Temporal.

Hoshi Sato es elegida por la tripulación para que averigue la comida favorita de Malcolm Reed con motivo de su cumpleaños. Sin embargo éste cree que Hoshi tiene hacia él otras intenciones totalmente distintas. Mientras tanto, una nave alienígena ataca al Enterprise.

Phlox está tratando de encontrar la cura de una enfermedad que afecta a 50 millones de valakianos. Sin embargo, descubre que si consigue la cura, el futuro del planeta cambiará profundamente.

La Enterprise descubre a una nave klingon atrapada por un gigante gaseoso y trata de ayudarlo. Los klingons consideran que aceptar la ayuda es un deshonor y no colaboran en el rescate, lo que provoca que el equipo enviado a la nave klingon quede atrapado e incomunicado.

Los vulcanianos quieren llevarse a T'Pol del Enterprise acusando al capitán Archer de la destrucción del templo de P’Jem. La situación se complica cuando T'Pol y el capitán Archer son rescatados en una misión por unos inesperados aliados.

Trip y Malcolm Reed quedan atrapados en una lanzadera que se encuentra a gran distancia del Enterprise. El tiempo va transcurriendo y el oxígeno se termina, lo que obliga a buscar a contrarreloj algún tipo de plan que salve sus vidas.

La Enterprise se encuentra con un grupo de vulcanianos que ha decidido no rechazar sus emociones, algo totalmente censurado por su sociedad. Este grupo provoca el rechazo de T'Pol que, sin embargo, tiene una profunda curiosidad.

Un equipo de exploración del Enterprise encuentra en un planeta a un grupo de Eskanos que dicen estar de caza de animales salvajes. El capitán Archer descubre que en realidad su presa es un ser inteligente que necesita su ayuda.

Cuatro ferengis invaden el Enterprise con el objetivo de robar. El capitán Archer pronto descubre que el egoismo de esta raza puede ser de vital ayuda para conseguir recuperar el control de la nave.

La Enterprise descubre el lugar en el que, según una leyenda, se estrelló una nave fantasma. La tripulación descubre unas figuras que no son detectadas por los sensores y encuentra un cadáver momificado que aclara muchas cosas.

El capitán Archer y Travis son encarcelados por los tandaranos acusados de haber invadido una zona militar. En la prisión, repleta de sulibanes hay incluso niños y esto obliga a Archer a organizar una multitudinaria fuga.

Una extraña criatura invade el Enterprise atrapando a varios tripulantes en una especie de red que forma su propio cuerpo. Antes de que los tripulantes mueran será necesario encontrar una forma de comunicación con la criatura para que los libere.

A Archer le han encargado recoger a la embajadora vulcaniana V'lar en el planeta Mazar puesto que está recibiendo importantes acusaciones. T'Pol no puede creer que las acusaciones sobre una persona tan honorable puedan ser ciertas y decide investigar.

Tras las reparación de una nave averiada, el capitán Archer y Trip son invitados por su capitán a cenar a un desértico planeta. Cuando el campamento es atacado, Archer y Trip tendrán que luchar por su supervivencia en el desierto.

El capitán Archer, Hoshi, Trip y Malcolm Reed visitan el planeta Risa durante un permiso en el que conocen a distintos personajes que les llevarán a extrañas situaciones dispares.

Una lanzadera del Enterprise provoca una explosión que mata a todos los colonos de un planeta. Este accidente provoca que se le ordene al Enterprise regresar a la Tierra y cancelar su misión de exploración. Antes del regreso, un viajero del futuro descubre que hubo otros implicados en la explosión.