Le Capitaine Elisabeth Lochley, des Forces Terriennes, arrive sur Babylon 5. Elle va remplacer John Sheridan en tant que Commandant de la station. John, de son côté, se prépare pour la cérémonie d'investiture qui va faire de lui le premier président de l'Alliance Interstellaire (A.I)...Il ignore encore qu'il existe un complot visant à l'assassiner! Il demande à G'Kar d'écrire une déclaration de principes pour l'Alliance. Garibaldi est nommé chef des Services de Renseignement de L'A.I. Sheridan et Lochley ont la visite de Byron, un télépathe: celui-ci demande l'autorisation pour les siens (des télépathes fuyant le Corps Psi) de s'installer sur Babylon 5, jusqu'à ce qu'ils trouvent un monde où vivre...

Delenn est stupéfaite en apprenant que Lennier envisage de quitter son poste pour rejoindre les Rangers. Mais elle et John ont des soupçons quant à la raison qui le pousse à faire cela...Londo subit une violente attaque cardiaque. Alors qu'il est inconscient, il est victime de visions: son subconscient semble avoir beaucoup de choses à se faire pardonner...

G'Kar tente de trouver la meilleure Déclaration de Principes pour l'A.I, afin que tous les peuples acceptent de la ratifier...Un Ranger, gravement blessé, arrive à regagner Babylon 5 mais tombe dans le coma aussitôt après. En le scannant, Lyta découvre qu'une colonie, proche de l'espace Drazi, est attaquée: Sheridan envoie alors la flotte d'Etoiles Célestes à son secours...Garibaldi tente de convaincre Byron d'associer ses télépathes aux actions des Services de Renseignement de l'A.I. Comme Byron refuse, Lyta est chargée d'aller lui parler: le chef du groupe rebelle de télépathes va lui apprendre quelque chose de très intéressant concernant l'origine des attaques contre la fameuse colonie bordant l'espace Drazi...

Mack et Bo, deux membres de l'équipe de maintenance de la station, sont les observateurs privilégiés de différents évènements se déroulant sur Babylon 5, lors d'une attaque par une race extra-terrestre inconnue. Au fil des travaux qu'ils se voient confiés, ils vont rencontrer les différents résidents de la station...

Tannier et Rastenn, deux apprentis Rangers, accompagnent leur mentor, Turval, sur Babylon 5 dans le but de rencontrer Delenn. Turval en profite pour parler à celle-ci de Lennier et de son zèle excessif dans son entrainement...Garibaldi continue d'harceler Lochley afin de savoir de quelle côté elle était durant les récents conflits sur Terre...Un homme, nommé Trace, cherche à reprendre le contrôle de la pègre et du marché noire sur la station: il ordonne à ses hommes de tuer Zack, le chef de la sécurité...Devant les soupçons de Delenn, John est contraint de lui révéler certaines choses concernant Lochley et lui...

Bester vient une fois de plus sur Babylon 5: il veut convaincre les télépathes rebelles de Byron de rentrer dans "le droit chemin". Garibaldi n'est pas ravi du tout de le voir arriver: de tous les résidents de la station, Michael est celui qui a le plus de raisons de le détester...Londo s'est fait de nombreux ennemis par ses actions: Delenn décide de lui attribuer un garde du corps pour le moins surprenant...Lochley et Garibaldi continuent leur petit affrontement verbal...Lyta décide de rejoindre le groupe de Byron: peut-être s'est-elle enfin trouvé un nouveau but à suivre...

Le peuple Hyach est en train de s'éteindre. Le docteur Franklin découvre qu'autre fois, il existait deux races sur leur planète: les Hyachs et les Hyachs-Do. Mais les premiers ont exterminé les seconds, et depuis leur race connait un déclin constant...Lyta et Byron sont de plus en plus intimes et deviennent amants. Byron va ainsi découvrir quelle est l'origine des télépathes et dans quel but ils ont été créés...

Les deux célèbres comiques, Rebo et Zooty, sont de passage sur Babylon 5, alors que les Brakiris s'apprêtent à célébrer une de leurs fêtes les plus importantes: le Jour des Morts. A cette occasion, Lochley accepte de leur céder une partie de la station, qui sera donc considérée comme "Brakiri" pour la durée de la célébration. D'après leurs croyances, les morts reviennent rendre visite aux vivants; certains résidents de Babylon 5 vont en faire l'expérience...

Certains vaisseaux de l'Alliance Interstellaire continuent d'être mystérieusement attaqués...Parmi les télépathes rebelles de Byron, quelques uns ont décidé d'employer la force et se sont procurés des armes. Devant l'aggravation de la situation, Lochley demande à Bester de venir, afin de les capturer...

Alors que G'Kar a accompagné Londo sur Centauri 1er, en tant que garde du corps, les deux hommes découvrent stupéfaits qu'il y a encore un Narn prisonnier dans les geôles du palais centauri...Mais d'autres choses anormales se passent aussi au palais...La situation avec les télépathes rebelles ne fait qu'empirer sur Babylon 5...

Bester est toujours sur la station alors que Byron, Lyta et les télépathes rebelles continuent de se cacher. Afin de stopper l'escalade de la violence, Byron et les siens décident de sortir de leur retraite. Mais Bester ne veut pas de compromis: seule la capture des télépathes l'intéresse. Il ne reste alors que deux choix à Byron et ses amis: retourner au Corps Psi ou mourir...Garibaldi confronte Bester: il veut le faire payer pour tout ce qu'il lui a fait endurer. Mais le flic du Corps Psi avait prévu cette réaction...

Depuis sa confrontation avec Bester, Garibaldi s'est remis à boire. Il est envoyé en mission sur la planète des Drazis à la recherche d'un témoin concernant les attaques répétées des vaisseaux de l'A.I...Alors que G'Kar est de retour sur Babylon 5, il découvre que quelqu'un a trouvé son livre et l'a publié, sans l'en avertir: G'Kar est en train de devenir un prophète pour son peuple...Le docteur Franklin reçoit une proposition de travail sur Terre comme directeur de recherche en Xénobiologie...

Au siège du Corps Psi, Bester doit s'occuper de deux jeunes recrues télépathes. Mais le meurtre, sur lequel ils vont enquêter, va les mener à Babylon 5...

Delenn demande secrètement à Lennier de collecter autant d'informations que possible sur le rôle des Centauris dans les attaques envers les vaisseaux de l'A.I : le jeune Ranger est envoyé sur une des Etoiles Célestes, officiellement pour son entrainement...Londo annonce à Vir qu'il compte sur lui pour le remplacer en tant qu'ambassadeur Centauri de Babylon 5, lorsque lui-même deviendra l'Empereur Mollari...Le docteur Franklin installe à G'Kar son nouvel oeil synthétique. Stephen en profite pour lui parler de son livre, le Livre de G'Kar, et lui demande la permission de venir assister aux discussions "philosophiques" qu'il anime...Garibaldi s'enfonce de plus en plus dans ses problèmes d'alcoolisme, et de ce fait, néglige ses responsabilités...

Alors que Garibaldi, toujours sous l'emprise de l'alcool, est en train de faire un cauchemard, il aperçoit Lyta dans son rêve...Lorsqu'il se réveille, il découvre que Lise est là, dans sa chambre sur Babylon 5. La jeune femme ne mettra pas longtemps à comprendre que Michael s'est remis à boire. Un peu plus tard, elle lui annonce la raison de sa visite: certaines choses l'inquiètent concernant la gestion des entreprises Edgars et elle aimerait avoir son aide...Lyta, de son côté, s'est décidée à mettre ses pouvoirs au service des télépathes réfugiés afin de terminer ce que Byron avait commencé. Elle va alors se souvenir d'une proposition que G'Kar lui avait faite en 2257: de l'argent en échange de son patrimoine génétique...Du fait des accusations qui pèsent sur eux, les Centauris sont de plus en plus isolés au sein de l'Alliance Interstellaire: Londo et Vir commencent à réaliser qu'ils sont mis à l'écart et que les autres se méfient d'eux...Lennier quitte l'Etoile Céleste à bord d'une navette: il est toujours à la recherche d'une preuve sur l'identité des attaquants des vaisseaux de l'A.I...Le gouvernement Centauri informe Londo que s'ils sont accusés officiellement d'être responsables des attaques, alors ce sera la guerre...

Après la tenue d'un conseil à huis clos, les membres de l'Alliance informent Londo qu'ils détiennent enfin la preuve que les Centauris sont responsables des attaques. Un blocus de leurs vaisseaux est aussitôt mis en place. Mais le gouvernement Centauri refuse de reconnaitre ses torts et semble décidé à répondre par la force. Sheridan, afin d'éviter le pire en cas d'affrontements, demande à une patrouille d'Etoiles Célestes de se tenir prête à intervenir depuis l'hyperespace: il charge Garibaldi de le tenir au courant...Mais la tension est si grande que la guerre semble à présent inévitable...Londo décide de quitter Babylon 5 pour Centauri 1er. Malgré les risques, G'Kar est bien décidé à le suivre, en tant que garde du corps. Mais une fois arrivés sur la planète, ils réalisent vite qu'ils ne sont pas les bienvenus...

Les croiseurs centauris attaquent les points de saut de l'Alliance Interstellaire: Sheridan ordonne alors à la flotte d'Etoiles Célestes d'intervenir...Il envoie Delenn sur sa planète afin de convaincre les Minbaris de coopérer avec la Terre dans la construction de nouveaux vaisseaux. Mais en chemin, l'Etoile Céleste de Delenn est gravement endommagée au cours d'une attaque menée par les Centauris...Le docteur Franklin et Lyta se rendent sur la planète des Drazis, à la demande de Vir Cotto, afin de récupérer les corps des Centauris morts dans les affrontements contre les Drazis: mais ce ne sont pas des corps qu'ils vont y trouver...Londo et G'Kar sont toujours en prison sur Centauri 1er. Mollari a alors à faire à de mystérieux aliens...Avec l'aide de G'Kar, il va trouver un moyen de sortir de prison afin d'aller parler au régent. Mais il va rapidement comprendre que celui-ci n'est plus tout à fait maitre de ses décisions...Pendant ce temps, les Narns et les Drazis, malgré le désaccord de Sheridan, s'apprêtent à attaquer Centauri 1er. John envoie alors la flotte d'Etoiles Célestes pour s'interposer, car il a à présent une preuve que les Centauris se font manipuler par une race extra-terrestre inconnue...

L'Etoile Céleste, dans laquelle se trouvent Delenn et Lennier, continue de dériver dans l'hyperespace. Ces occupants n'ont plus qu'une seule chance de s'en sortir vivants: qu'un vaisseau allié les trouve et les ramène...Sur Centauri 1er, Londo et G'Kar se retrouvent pris dans les bombardements causés par les flottes Narns et Drazis. Alors que les attaques s'intensifient, G'Kar ne devra sa vie sauve qu'à l'intervention de Mollari. Celui-ci décide de se rendre auprès du Régent: l'homme lui révèle alors qu'il n'est plus maître de ses actes et qu'il est possédé par un "Gardien" des Drakhs, une race autrefois alliée des Ombres. Et tout comme les Ombres avant eux, ceux-ci utilisent les Centauris pour assouvir leurs desseins. Le Régent lui explique enfin que son temps est terminé: le "Gardien" va quitter son corps et le tuer par la même occasion. Londo deviendra alors le nouvel empereur des Centauris...mais sous le contrôle des Drakhs. Après cette entrevue, Mollari retourne auprès de G'Kar et lui demande de renoncer à être son garde du corps.

Aussitôt après la mort du Régent, Londo est nommé empereur: sa première action est de contacter Sheridan, et les autres membres de l'A.I, afin de leur expliquer que le Régent était le responsable des attaques envers leurs vaisseaux et qu'il a agit seul. Après cela, Sheridan se rend sur Centauri 1er, au palais impérial: il demande à Londo de l'aider à retrouver l'Etoile Céleste de Delenn. Le nouvel Empereur lui répond alors que s'il aide, ce sera une faveur qu'il lui accorde, car les Centauris ne veulent plus rien avoir à faire avec l'Alliance Interstellaire...

G'Kar est de retour sur Babylon 5. Sa popularité a encore augmenté et la situation devient ingérable: non seulement les Narns le considèrent comme un prophète mais ils souhaiteraient à présent le voir prendre la tête de leur gouvernement...L'alcoolisme de Garibaldi finit par apparaître au grand jour lorsqu'il arrive soûl à une réunion: il est suspendu provisoirement de ses fonctions. Lochley découvre ainsi qu'ils ont une histoire en commun...Elle demande alors à Lise de revenir sur Babylon 5 afin d'aider Michael à se désintoxiquer. Lise lui propose de retourner avec elle sur Mars et de l'épouser: ainsi Michael prendra le contrôle des entreprises Edgars. Il réalise alors qu'il va pouvoir utiliser sa position pour se venger de Bester. Dans ce but, il va trouver Lyta qui vient d'être arrêtée pour terrorisme envers le Corps Psi et dont les pouvoirs ne cessent d'augmenter: il lui promet de l'argent pour sa cause si en échange elle l'aide à se débarrasser de Bester...G'Kar ne peut retourner sur sa planète, ni rester sur Babylon 5: sa seule chance d'avoir la paix est de partir pour un long voyage dans l'espace. Il va proposer d'emmener Lyta avec lui...Delenn est victime d'un malaise dû au surmenage. Mais son examen de santé va révèler qu'il existe une autre raison à son évanouissement...

Ta'Lon, le Narn à qui Sheridan avait sauvé la vie en 2259, découvre que G'Kar lui a laissé un message enregistré avant de partir: il lui demande d'être le nouvel ambassadeur Narn de Babylon 5...Franklin, de son côté, propose au Dr Hobbes de le remplacer en tant que directeur du Medlab. Après cela, il quitte définitivement la station pour la Terre, où un poste de directeur de recherches en Xénobiologie l'attend. Les locaux de l'Alliance Interstellaire sont terminés sur Minbar. John et Delenn font alors leurs adieux à Babylon 5 et prennent une des Etoiles Célestes pour se rendre à Tuzanor, la ville où siègera l'Alliance. Lennier les a rejoints afin de les aider à déménager. Mais à mi-chemin entre Babylon 5 et Minbar, leur vaisseau est victime d'une avarie. En tentant d'intervenir, John se retrouve enfermé dans un sas où il risque de mourir: Lennier, aveuglé par sa jalousie, décide de ne pas l'aider. Il ne se pardonnera pas son geste et préfèrera s'enfuir de l'Etoile Céleste...En arrivant à Tuzanor, les Sheridans ont la surprise de trouver l'Empereur Mollari: il est venu leur apporter un présent pour leur futur fils, David: ils devront le lui remettre le jour de ses seize ans. Ils ne peuvent se douter qu'ils vont ainsi servir les desseins des Drakhs...

Nous sommes en 2281 sur Tuzanor, à Minbar. Depuis plusieurs nuits, John Sheridan fait le même rêve: cela fait vingt ans qu'il est "mort" à Z'ha'dum, et il sait que sa vie est sur le point de s'achever. Il décide de réunir tous ses amis afin de les revoir une dernière fois et de leur dire adieu...Près d'Epsilon 3, la station Babylon 5 vit elle aussi ses dernières heures. Durant 25 longues années, elle a participé à l'Histoire de cet univers: d'un simple avant-poste terrien dans l'espace, elle est devenue le symbole de la lutte contre les ténèbres et a permis l'union de peuples que tout séparait. Mais aujourd'hui, son temps est terminé: dans quelques jours, elle sera détruite et rejoindra l'Histoire qu'elle a contribué à écrire.