Die Gerüchte über Sheridans Tod auf Z’ha’dum scheinen sich zu bestätigen. Auch Garibaldi bleibt verschwunden. Delenn und Ivanova versuchen verweifelt, das Bündnis gegen die Schatten zu retten. Londo kehrt auf Wunsch des Imperators nach Centauri Prime zurück.

G’Kar macht sich auf die Suche nach Garibaldi. Doch er fällt den Centauri in die Hände. Deren wahnsinniger Imperator Cartigia läßt G’Kar grausam foltern. Sheridan, der überlebt hat, trifft in der Dunkelheit von Z’ha’dum auf den geheimnisvollen Lorien.

Sheridan und Garibaldi kehren auf die Station zurück. Der alles entscheidende Angriff auf die Schatten scheint nun kurz bevorzustehen. Auf Centauri Prime erkennt Londo, dass er Cartagias Schreckensregime ein Ende setzen muss.

Sheridan beginnt zu verstehen, welche Rolle die Vorlonen spielen. Die Allianz gegen die Schatten ist in dem ewigen Konflikt zwischen Ordnung und Chaos gefangen. Londo beginnt, mit G’Kars Hilfe seinen Plan zum Sturz Cartagias in die Tat umzusetzen.

Imperator Cartagia fliegt seinen Gefangenen G’Kar nach Nam. Dort soll ihm der Prozess gemacht werden. Londo will die Gelegenheit nutzen, Cartagia mit einem Nervengift zu töten. Indessen rüstet sich auf Babylon 5 jeder für die große Schlacht gegen die Schatten.

Die Vorlonenflotte verbreitet mit ihrem Planetenkiller Angst und Schrecken in der Galaxis. Sherdians Allianz stellt sich dem letzten großen Kampf, der über die Zukunft aller entscheiden wird. Londo weiß, dass ihm nicht viel Zeit bleibt, um seine Heimat zu retten.

Präsident Clark verhängt eine Quarantäne über Babylon 5. Er will Sheridan und seine Leute auf der Erde unglaubwürdig machen. Ausgerechnet der Psi-Cop Bester bietet Sheridan seine Hilfe an. Der Rücktritt von Garibaldi ist ein schwerer Schlag für alle.

Der Nachrichtensender ISN schickt den Reporter Dan Randall nach Babylon 5. Er kündigt an, einen objektiven Bericht über die Station zu produzieren. Als die Sendung einige Wochen später ausgestrahlt wird, bricht für Sheridan eine Welt zusammen.

Delenn muss sich auf Minbar für ihre geplante Heirat mit Sheridan rechtfertigen. Die Tradition verlangt es, dass sie sich dem Traumorakel unterwirft. Dabei gewinnt Delenn schmerzhafte Einsichten in die eigene Psyche.

Dr. Franklin und Marcus reisen zum Mars. In Sheridans Auftrag sollen sie dort Kontakt mit der Widerstandsbewegung aufnehmen. Ihr Kontaktmann, der kauzige Captain Jack, führt sie zu den Anführern der Bewegung.

Sheridan gründet auf Babylon 5 einen eigenen Nachrichtensender. Ivanova soll als Stimme des Widerstands der Galaxie die Wahrheit verkünden. Delenn erfährt, dass die Kriegerkaste auf Minbar die Macht übernehmen will. Ihrer Heimatwelt droht ein Bürgerkrieg.

Der mysteriöse Mr. Wade bietet Garibaldi einen Job an. Er soll einen Kontaktmann vom Mars auf die Station schmuggeln. Der Kontaktmann entpuppt sich als Frau: Garibaldis Ex-Geliebte Lise. Die soll ein Medikament abholen, das für das Psi-Corp überlebenswichtig ist.

Auf Minbar kommt es zum Bürgerkrieg. Als Mitglied der religiösen Kaste versucht Delenn gemeinsam mit Neroon von der Kriegerkaste den Konflikt zu lösen. Doch Neroon spielt mit verdeckten Karten. Auf Babylon 5 sammelt Sheridan seine Flotte zum Kampf gegen die Erde.

Auf Minbar kommt es zwischen der religiösen und der Kriegerkaste zum finalen Kampf. Delenn will ihr Leben opfern, um Minbar Frieden zu bringen. Als Präsident Clark einen Flüchtlingstransport zerstören lässt, erklärt Sheridan der Erde den Krieg.

Sheridan will die korrupte Erdregierung unter Präsident Clark absetzen. Zunächst plant er die Kolonien Proxima 3 und Mars zu befreien. Es kommt zu einer großen Raumschlacht gegen die Erdstreitkräfte. Währenddessen verlässt Garibaldi die Station: Sein Ziel ist der Mars.

Garibaldi tritt auf dem Mars in den Dienst des Tycoons Edgars. Dieser will Clark ebenfalls entmachten. Garibaldi soll Sheridan eine Falle stellen, um ihn an die Erde auszuliefern. Sheridan drängt Dr. Franklin, die im Kälteschlaf gehaltenen Telepathen zu aktivieren.

Garibaldi lockt Sheridan auf dem Mars in eine Falle. Truppen der Erdregierung nehmen Sheridan fest. Garibaldi erfährt nun Edgars’ Ziel: Alle Telepathen sollen mit einem neuen Serum ausgeschaltet werden. Von Bester erhält Garibaldi seine Erinnerung zurück.

Die Erdstreitkräfte unterziehen Sheridan auf dem Mars einem grausamen Verhör. Sie setzen ihn unter Drogen und foltern ihn. Sheridan soll sich öffentlich als Verräter bekennen.

Sheridan greift mit seiner Flotte die Erdstreitkräfte an. Erst soll der Mars befreit werden. Das nächste Ziel ist die Erde. Dabei sollen Sheridan die Telepathen helfen, die er einst aus den Händen der Schatten gerettet hatte. Ivanova wird beim Angriff verwundet.

Marcus opfert sein Leben, um Ivanova zu retten. Nach Präsident Clarks Selbstmord ist die Erde befreit. Aber Sheridan muss seinen Abschied von den Streitkräften nehmen. Eine andere Aufgabe wartet schon: Die neue intergalaktische Allianz bietet ihm das Präsidentenamt an.

Verschiedene historische Aufzeichnungen werfen einen Blick aus der Zukunft in die Vergangenheit. Sheridan und Delenns Werk wird aus dem Abstand von 100, 500 und 1.000 Jahren betrachtet. Jede Epoche fällt ihr eigenes Urteil über die Ereignisse um Babylon 5.