Novým velitelem stanice se stává kapitán John Sheridan. Velitel Sinclair byl převelen na domovskou planetu Minbarů, Michael Garibaldi je stále v kómatu, G'Kar stále nezvěstný a Delenn stále zakuklená. Minbarové nejsou nadšení z jmenování Sheridana, protože má pověst nelítostného bojovníka z lidsko-minbarské války.

Navíc se objevuje velká hrozba. Minbarský válečný křižník, postrach války, patřící renegátům Bitvy o linii se blíží ke stanici Babylon 5. I když po něm Minbarové pátrají, atmosféra na Babylonu 5 houstne.

G'Kar, který před nedávnem opustil Babylon 5 létal v okrajových systémech galaxie, kde už stovky let nikdo nebyl, aby hledal možného nového nepřítele, který zničil jejich kolonii v kvadrantu 47. A opravdu. Narazil na nepřítele tak strašného, že by se jeho příchodu měla obávat celá galaxie.

Delenn se dostává ze svého kokonu a zjišťuje, že prošla obrovskou změnou. - Mezitím, na stanici přilétá sestra Johna Sheridana, Liz.

Dr. Franklin použije nezvyklou metodu, aby uzdravil Michaela Garibaldiho. Ten okamžitě začne pátrat po tom, kdo ho postřelil a proč.

Na stanici Babylon 5 přilétá několik Technomágů. Mnoho ras zná rčení, že "Vidět Technomága je vzáznost a vidět jich více pohromadě je předzvěst něčeho špatného". Protože velvyslanec Centaurů, Londo Mollari si vzpomněl na starou centaurskou legendu zahrnující právě Technomágy, okamžitě si začne žádat o jejich pozornost. Ti ale nemají zájem o jakýkoliv kontakt.

Mezitím, na stanici vypukli boje mezi dvěma skupinami Draziů. I když z lidského pohledu se jedná o nesmyslný boj, v jejich kultuře jsou boje způsobem, jak zjistit, kdo bude na dalších pět let Draziům vládnout. Jenže z bitek se náhle začne stávat krveprolití.

Ke stanici Babylon 5 přilétá gigant, masivní pozemská výzkumná loď třídy Explorer, Cortez. Velí jí kapitán Maynard, starý Sheridanův přítel. Cortez se vrací po téměř pětileté misi v hlubokém vesmíru, aby nabral zásoby. Maynard Sheridanovi vypráví o zvláštních věcech, které viděli na Okraji.

Když Cortéz opustí Babylon 5, nehoda ho vrhne do prázdnot hyperprostoru. Záchranná mise je okamžitě vyslána, ale kromě hledání Corteze se budou muset vypořádat i s něčím jiným.

K Babylonu 5 se blíží stará pozemská loď Copernicus, která se vesmírem vznáší již přes sto let. Když jí přitáhnou do doku stanice, naleznou dvě hibernační komory. Přežila však jen žena, muž zemřel. Ale na Copernicu bylo kromě těch dvou ještě něco dalšího, něco nebezpečného, co se nyní dostalo na stanici a začalo útočit.

Na Babylon přiletí zástupce pozemské korporace FutureCorps, Taro Isogi, aby jednal se zástupkyní prozatímní marťanské vlády, Amandou Carter. FutureCorp přináší řešení pro Marsu, který by mohl tak získat nezávislost do deseti let a bez krveprolití. Jenže to si ale nepřeje hodně lidí. Samozřejmě Země si nepřeje ztratit svou největší dependenci a potom jsou tu různá radikální hnutí. Isogi je brzy po jednání zavražděn a Talia Winters, komerční telepatka sloužící na Babylonu 5 je toho svědkem. Rozbíhá se nejen pátrání po něm, ale také se objevují detaily velkého spiknutí, který může ohrozit nejen základy samotné Earth Alliance, ale i potenciální nezávislost Marsu.

Londo Mollari, velvyslanec Centaurské republiky na Babylonu 5 bude slavit třicet let od svého zvolení do funkce. Císař mu za to splní jedno přání. Mollari přání využije pro rozvod se svými ženami. Má tři a tak všechny přilétají na oslavu na stanici Babylon 5. Jednu z nich si Mollari nechá, ostatní dvě opustí. Která to bude?

Mezitím, na Babylon 5 přilétá i muž jménem Stoner, kterého zná Talia Winters z minulosti. Garibaldi se o něj hned začne zajímat i o účel jeho návštěvi na stanici.

Na stanici Babylon 5 přilétá Bester, člověk ze sboru Psi. Jeho úkolem je najít základnu odpadlích telepatů, kterým se podařilo uprchnout ze Země a ukrývají se. Bester se dozvěděl, že tato základna se nachází právě na Babylonu 5. Po minulých zkušenostech ho zde však nevidí nikdo rád.

Mezitím, Sheridan a Ivanova řeší problém s kajutami, rozpočtem a střechou nad hlavou.

Na Babylon 5 přiletí císař Centaurské republiky. A to i přes svůj špatný zdravotní stav a námitky Narnského Režimu. Na sklonku svého života chce ještě udělat dvě věci.

Mezitím, Londo Mollari a jeho přítel Refa kují pikle proti všemu a každému. Tentokráte se ale rozhodli zajít mnohem dále než je zdrávo a následky přicházejí záhy. Nastává temná doba.

Sheridan a jeho letka se vydávají do blízkého systému prozkoumat podivné údaje, které zachycují prolétající lodě. Během mise jsou napadeni neznámou lodí, tři letouny jsou zničeny a Sheridan unesen. Shridan se probere na neznámé lodi, kde ho okamžitě napadnou jiné bytosti.

Mezitím, na Babylon 5 přilétá generál William Hague, Sheridanův přítel. Bohužel, přináší mu špatné zprávy o stavu pozemské vlády, o intrikách a podezřeních. Sheridan nyní čelí zásadní otázce.

Jak trvá válka mezi Centaury a Narny, i na stanici se mezi těmito dvěma druhy vaří krev. Poté, co je napadena další narnská kolonie, obě strany se začnou na stanici mlátit hlava nehlava. Bohužel, dojde i na prolévání krve. G'Kar žádá Zemi i Minbary o pomoc, ale nikdo se nechce oficiálně zapojit do další války.

Mezitím, na Babylon 5 dorazí lumatijský delegace. Země potřebuje nové spojence a oni se zdají býti dobrými kandidáty. Ivanová je pověřena vést s nimi dialog. Ukazuje se ale, že to nebude jednoduché.

The president's physician comes to Babylon 5 on the run from Earth Force special intelligence. They say he has classified information he plans to sell to alien governments, though Sheridan soon learns otherwise.

Sheridan is assaulted by the Minbari Lovell, and is forced to kill him in self-defense. But a Minbari who witnessed the incident claims Sheridan assaulted Lovell - and everybody knows Minbari do not lie.

We see life on Babylon 5 through the eyes of ISN, supplemented by interviews, statistics and even a few commercials.

Sheridan is shocked to learn that one of the crew of the Icarus, a science ship that exploded with his wife aboard, is alive - namely Mr. Morden. A representative of the Ministry of Peace comes to the station to recruit personnel to the Nightwatch.

Londo gets a visit from an old friend who seeks his help after being called a traitor by the Centarum. Sheridan starts hallucinating after being attacked by a dead alien.

A 100% fatal and 100% contagious plague is killing the Markabs. Dr. Franklin tries to find a cure, but is being opposed by the Markabs themselves, who believe the plague only affects the immoral.

Lyta Alexander returns to Babylon 5 with a message from the telepath resistance: one of the command staff is a mole for PSI Corps.

Draal reveals himself to Sheridan, while Refa and Londo set a plan in motion that will lead to the final defeat of the Narns.

Kosh summons an inquisitor to test Delenn's motives, and G'Kar tries to maintain his position as leader of Babylon 5's Narn population while organizing an underground resistance.

Two officials from the Ministry of Peace come to Babylon 5; one to deal with the Centauri's continued expansion, and the other to check on the local Nightwatch. Meanwhile, a Narn heavy cruiser seeks sanctuary while they make repairs, and Keffer continues his search for proof that Shadow ships exist.