Иванова, Деленн и Лита отправляются к За’ха’думу в поисках Шеридана, а Г’Кар решается отправиться на поиски Гарибальди. Лондо обнаруживает, что новый император Центавра совершенно безумен.

Г’Кар, преследуемый агентами Центавра, и Маркус продолжают поиски Гарибальди. Шеридан пытается «вернуться к жизни» при помощи таинственного существа Лориена.

Зак Аллан отправляется на поиски Гарибальди, Маркус и Иванова находят скрытую группировку сил Ворлона, а Деленн сталкивается с трудностями при попытках преобразования союза против Теней.

В качестве первого шага к окончанию войны, Шеридан решается открыто выступить против Ворлона, удалив нового посла со станции. Г’Кар, находящийся в руках императора Картажье, подвергается пыткам.

Шеридан готовит план финальной битвы с Ворлоном и Тенями, а Лондо и Вир заканчивают приготовления к убийству императора Картажье.

Шеридан ведет флот на финальную биту с Ворлоном и Тенями у Кориана-VI. Лондо пытается спасти родной Центавр от гнева Ворлона.

Прибывший на станцию Бестер сообщает о готовящейся провокации со стороны Земли и нацеленной против станции. Гарибальди покидает пост шефа безопасности, оставляя вместо себя Зака.

На станцию, с обещаниями сделать правдивый репортаж, прибывает корресподент ISN.

Деленн обязана вернуться на Минбар, дабы объяснить и защитить свои отношения с Шериданом перед минбарским народом. Шеридан отправляет Маркуса и Стивена на Марс, для установления контакта с местным сопротивлением.

Франклин и Маркус продолжают свою поездку к Марсу. Отношения между Шериданом и Гарибальди окончательно испорчены, и Майкл находит новую работу.

В результате расследования нападений на соседние с Минбаром миры, Деленн сталкивается с новой расой — Дракхами. Франклин и Маркус уговаривают марсианское сопротивление помочь Шеридану.

Выполняя свою первую работу для нового заказчика, Гарибальди внезапно сталкивается с прошлым. Станция начинает вещание своего собственного, альтернативного канала — «Голос сопротивления».

Шеридан уловкой вынуждает Лигу Неприсоединившихся Миров вступить в новый альянс. Деленн вступает в союз с Неруном для спасения Минбара от гражданской войны.

Каста воинов на Минбаре ожидает капитуляции Деленн и касты жрецов. Бестер делает предложение Лите вернуться в пси-корпус и завещать тело исследователям, а Шеридан окончательно принимает решение выступить против президента Кларка.

Шеридан вступает в бой с кораблями президента Кларка с целью освобождения колонии Проксима-3. Лондо и Г’Кар совместно принимают решение о дипломатической поддержке действий Шеридана.

Гарибальди прилетает на Марс для встречи со своим новым работодателем Уильямом Эдгарсом. Франклин и Лита работают с замороженными телепатами, использование которых входит в план Шеридана.

Гарибальди оказывается перед выбором выдавать или нет Шеридана властям. Лита и Франклин прибывают на Марс с «грузом» телепатов.

Шеридан допрашивается земными властями.

Шеридан все ещё находится в заключении, Иванова принимает на себя командование, а Гарибальди пытается доказать марсианскому сопротивлению свою невиновность.

Шеридан ведет флот на решающую битву с президентом Кларком. Маркус решает пожертвовать собой для спасения Ивановой.

Шеридан сдается новым земным властям и ждет судебного разбирательства его действий. Маркус спасает Иванову, но впадает в кому. Деленн, Г’Кар и Лондо предлагают различным расам объединиться в новый Межзвёздный Альянс.

Деленн и Шеридан, вступив в брак, возвращаются на станцию. Показаны последствия деятельности Шеридана и существования станции Вавилон-5 через год, сотню, пятисот, тысячу и миллион лет.

На Шеридана готовится покушение, которое должно произойти во время его инаугурации. На станцию прибывает новый командующий, назначенный вместо Шеридана, — капитан Элизабет Локли. Группа беглых телепатов просит убежища на станции.

У Лондо происходит сердечный приступ, и он оказывается в сюрреалистичном сне, в котором должен столкнуться со своим страхом, чтобы выжить. Ленньер решает покинуть пост помощника Деленн и уйти в рейнджеры.

Шеридан, при помощи Г’Кара, составляет декларацию принципов, однако во время её одобрения Альянсом возникают трения. Изолированный мир Энфли запрашивает защиту от пиратов, а Гарибальди предлагает использовать телепатов для военной разведки.

Во время атаки неизвестной инопланетной расы на станцию, два техника поддерживают её работоспособность.

Два новобранца рейнджера прибывают на станцию вместе со своими наставниками. Зак Аллан в это время расследует убийства на Нижних уровнях, а Гарибальди пытается разгадать тайну прошлого Локли.

Командование станции и руководство Альянса занимают различные стороны, когда на станцию прибывает Альфред Бестер, планирующий арестовать колонию беглых телепатов.

Лита Александер все больше сближается с лидером беглых телепатов - Байроном. А Стивен расследует прошлое расы Хаяк.

Вавилон-5 становится одним из мест проведения бракирского «дня мёртвых», во время которого людей посещают призраки из их прошлого. Известные комики Рибо и Зути прибывают на станцию.

Лондо возвращается на Центавр, причем он берет Г’Кара в качестве своего телохранителя. Байрон выдвигает ультиматум Межзвездному Альянсу.

Телепаты баррикадируются на нижних уровнях, и для разрешения кризиса с телепатами на станцию вызывается Бестер. Г’Кар обнаруживает, что его бывшая атташе На’Тот содержится на Центавре, и просит Лондо помочь с её освобождением.

Бестер разрешает кризис телепатов, однако многие беглые телепаты гибнут.

Для расследования нападений на транспортные корабли Гарибальди отправляется на родную планету дрази. Г’Кар, вернувшийся на станцию, обнаруживает, что его книга стала очень популярна и его признают новым религиозным лидером.

Вместе с двумя пси-копами курсантами Бестер преследует беглого телепата-убийцу с Марса до Вавилона-5.

Деленн дает Ленньеру задание помочь в поиске улик, доказывающих причастность Центавра к нападениям. Лондо назначает Вира новым послом республики на Вавилоне-5.

Ленньер рискует жизнь для выполнения задания Деленн. Лиза прибывает к Гарибальди и требует, чтобы он отказался от выпивки. А Лита вспоминает о старом предложении Г’Кара и принимает его.

Шеридан и Деленн принимают санкции против Центавра, в результате которых Альянс и Центавр оказываются на грани войны.

Конфликт между Альянсом и Центавром перерастает в войну, а Лита и Франклин обнаруживают, кто на самом деле стоит за атаками.

Столица Центавра подвергается бомбардировке силами нарнов и дрази, и практически захвачена. Деленн и Ленньер в результате атаки центаврианского флота оказываются дрейфующими в гиперпространстве.

Г’Кар пытается сбежать от своей славы, Деленн узнает, что она беременна, а Локли пытается помочь Гарибальди справиться с алкоголизмом.

Г'Кар планирует покинуть станцию вместе с Литой. На Гарибальди и Лизу готовится покушение, о чем становится известно, благодаря старому союзнику.

Шеридан и Деленн покидают станцию, отправляясь в новую штаб-квартиру Альянса на Минбаре; Гарибальди улетает на Марс, дабы принять руководство бизнесом Лизы; Франклин получает новую работу на Земле; а Ленньер совершает ужасную ошибку.

В 2281 году срок, отпущенный Шеридану Лориеном, подходит к концу. Старые друзья — бизнесмен Майкл Гарибальди, ксенобиолог с мировым именем Стивен Франклин, генерал Сьюзан Иванова, император Вир Котто, прибывают на Минбар к Джону и Деленн, дабы попрощаться с Шериданом, вспомнить прошлое и друзей, которых уже нет с ними — Лондо Моллари, Г’Кара, Ленньера, Маркуса. Приходят последние дни и станции Вавилон-5 — принято решение о её закрытии. Последний техник (камео создателя сериала — Джозефа Майкла Стражински) на станции выключает свет, после чего она прекращает существование во взрыве, как и было предсказано.