現世で虚が次々と消滅しているのが観測され、尸魂界・技術開発局は騒然となる。その頃空座町では、新任の担当死神・行木竜ノ介と斑目志乃が、到着早々に虚と遭遇。突然の襲撃になす術もない二人の窮地を助けたのは、死神代行・黒崎一護と仲間たちだった。翌々日、意識を取り戻した竜ノ介と交流する一護たちの前に、仮面をつけた一人の男が現れる。一方、尸魂界でも異変が起きていて…。

竜ノ介の伝令神機を介し、謎の侵入者による尸魂界襲撃事件とその被害の甚大さを聞いた一護たち。その場は解散となるも、落ち着かない一護が町内を見廻っていると、かつて行動を共にした破面、ネル・トゥとペッシェ・ガティーシェが虚圏からやってきた。虚圏もまた正体不明の敵に攻撃されており、一護に助けを求める二人。虚圏へ向かおうとする一護たちの前に現れたのは、浦原喜助だった。

浦原喜助の案内のもと虚圏に到着した一護達は、敵の指揮官キルゲ・オピーと対峙し、その正体が滅却師であることを知る。同刻、尸魂界では護廷十三隊の隊長たちが、十二番隊の調査報告を受けて同じ答えに達していた。先の襲撃時に5日後の開戦を告げられた総隊長・山本元柳斎重國は、敵の再来に備えるよう全隊長に命じる。一方、「見えざる帝国」を率いるユーハバッハは闇の中で不敵な笑みを浮かべ…。

「見えざる帝国」による尸魂界殲滅戦が始まった。瀞霊廷内に幾本もの巨大な霊子の火柱が立ち上る。敵勢力・星十字騎士団の廷内への侵入を許してしまった護廷十三隊は、瞬く間に多大なる犠牲者を出す事態となる。隊長格の死神が前線に加わるが、敵に攻撃が通らず戦況は好転しない。朽木白哉をはじめとする隊長たちは、状況を打開するためにもそれぞれ卍解する決意を固めるが…。

一護が救援に向かっているとの知らせに死神たちは安堵するが、黒腔の中で、一護はキルゲ・オピーの能力に囚われてしまう。技術開発局との通信も途絶えたかに思われたその時、死神たちの声が聞こえてくる。怒声や悲鳴、絶望に満ちた響きの中で、一護の耳に届いた言葉は…。一方、朽木白哉は自身の卍解を奪ったエス・ノトを前に先手を引き受け、その戦いから敵の能力を見極めるよう阿散井恋次に命じるが…。

千年の時を経て邂逅する、山本元柳斎重國とユーハバッハ。ナナナ・ナジャークープ、エス・ノト、バズビーも集い参戦しようとするが、元柳斎の一撃で吹き飛ぶ。部下が目の前で退けられても動じないどころか愚かと蔑むユーハバッハの態度に、昔と変わらないと元柳斎は断じる。満を持して抜刀するユーハバッハに対し元柳斎は…。そして、死神たちは瀞霊廷に起こる異変を察知する。

山本元柳斎重國の前に立っていたユーハバッハは偽物だった。現れた真のユーハバッハの一撃にあっけなく両断される元柳斎。事態を察知した京楽春水や浮竹十四郎に、これ以上ないほどの戦慄が走る。護廷十三隊が、そして元柳斎がいかに変わったかを語るユーハバッハ。星十字騎士団によって徹底的に蹂躙される尸魂界。破壊され崩れ落ちる瀞霊廷。絶望が溢れる状況の中、瀞霊廷の上空に、凄まじい霊圧が奔る。

星十字騎士団が姿を消した瀞霊廷の各所では、懸命に負傷者の救護が行われていた。四番隊の隊舎で治療を受けていた恋次やルキアを見舞う一護は、折られた天鎖斬月の件で涅マユリに呼び出され、卍解の破壊について説明を受ける。話を聞いて動揺した一護を連れ、マユリはある場所へと足を運んだ。護廷十三隊隊長たちが揃って待っていたのは、上空の霊王宮からやってくる「零番隊」だった。

零番隊に連れられ霊王宮を訪れた一護。最初にやってきた麒麟殿では、予想外の方法で麒麟寺天示郎による治療を受ける。だが効果は抜群で、体の傷が癒えた一護は恋次と共に臥豚殿、曳舟桐生のもとへと進む。そこではまたも予想外の「もてなし」が二人を待っていて…。そのころ瀞霊廷では、新たな総隊長及び一番隊隊長に任ぜられた京楽が、中央四十六室を前にある計画を口にしていた。

尸魂界・真央地下大監獄最下層「無間」で剣を交えるのは、眼帯を外した更木剣八と、初代「剣八」である卯ノ花烈こと卯ノ花八千流。激しい斬り合いの中、二人は流魂街で出会い初めて刃を交えた日に想いを馳せる。そして卯ノ花は、戦いに悦びを感じる剣八の力に隠されたとある真実を見据える。一方霊王宮の一護と恋次は、鳳凰殿へと向かう。そこで待つ二枚屋王悦は「斬魄刀を創った男」だといい…。

王悦に「不合格」の判定を下された一護は霊王宮を追い出され、気が付くと現世の自宅前にいた。仲間や父・一心に合わせる顔がないと逃げ出した一護は、バイト先のうなぎ屋を頼る。死神姿でそんな一護を迎えに現れた一心は、自分のことを何も知らない一護では折れた卍解を治せるはずがないと告げ、過去を語り始める。明かされる一護の両親の出会い、母・真咲の真実。その日も、雨が降っていた。

護廷十三隊・十番隊隊長の志波一心は、現世での滅却師・黒崎真咲との遭遇を総隊長には報告しなかった。もう一度真咲に会いに行こうと決める一心。一方真咲は、滅却師の身でありながら死神を助けたことで、石田竜弦の母・依澄に厳しく責められていた。竜弦は真咲を庇おうとするが、突如、真咲の体に異変が起きる。依澄の制止を振り切り、真咲を抱えて家を飛び出す竜弦。そこへ一心が現れて…。

その体に流れる、死神と滅却師の血。自身の出生の真実を知った一護は覚悟を新たにし、尸魂界に戻ることを決めて再び鳳凰殿へと向かう。一方、尸魂界では死神たちが次なる戦いに備えていた。基礎から鍛え直す者、新たな力を求める者。各々が前を向いて、今の己に成せることに励む。そして浅打と共に先へと進んだ一護だったが、王悦から、ここで「斬月」に別れを告げることになると言い放たれる。

瀞霊廷が消えた。ユーハバッハによる「世界の終わる9日間」が始まり、影の領域に呑まれた瀞霊廷に星十字騎士団が侵攻してくる。京楽のもとに現れたハッシュヴァルトは、「瞬時に全軍を殲滅」するよう命を受けていると語り、死神たちはその言葉通り敵に蹂躙される一方だった。そんな中、聖兵を先導し攻め進むバズビーの前に日番谷と乱菊が立ちはだかる。卍解を失ったままの日番谷が、バズビーの炎に対抗する手段とは…。

バズビーのもとに現れた蒼都は、止めを刺そうと卍解・大紅蓮氷輪丸で日番谷に迫る。他の隊士たちも、各地で敵の攻撃に対し劣勢を強いられていた。その頃、技術開発局のマユリの所に、浦原からの通信が入る。浦原はキルゲとの戦いで得た情報を元に、奪われた卍解を取り戻す方法を虚圏で探していたのだった。各隊長・副隊長に宛てた天挺空羅の呼びかけは、BG9と対峙していた砕蜂・大前田希千代のもとにも届き…。

隊長たちが卍解を取り戻したことで、形勢は逆転かと思われた。だが、滅却師・完聖体の力が解放された星十字騎士団は、さらに死神たちを追い詰めていく。逆撫の力で優位に戦っていた平子真子はバンビエッタの爆撃を喰らって倒れるが、そこに鎧を纏った姿の狛村左陣が戻ってきた。一方、京楽と静かに向き合っていたハッシュヴァルトは、戦況の拮抗を崩さんと動き出すが、的確にその攻撃を阻む伊勢七緒の術を称賛するのだった。

敵に撃破されていく死神たち。死者・負傷者は増え続け、いまや護廷十三隊の戦力は３割以下にまで落ちていた。総隊長として態勢の立て直しを図る京楽の指示が、各地の隊士たちへと飛ぶ。一方、倒れた檜佐木修兵、斑目一角、綾瀬川弓親に代わりマスキュリンとの戦闘に入った六車拳西は、手ごたえのなさに拍子抜けしていた。共に駆け付けた鳳橋楼十郎も出る幕なしと静観していたが、意識が戻った檜佐木は必死に警告する。

霊王宮での修業を終えた一護は、既に滅却師の侵攻が始まっていると聞き、すぐさま飛び出す。瀞霊廷を目指し降下する中、浦原との通信で、自分が必ず何とかすると告げる一護。その頃、雨竜を連れて銀架城の処刑場へ赴いたハッシュヴァルトは、敗北した蒼都・BG9を容赦なく処断し、ユーハバッハがいかなる存在かを語り始める。一方、エス・ノトと対峙したルキアは、“恐怖”を前に臆すことなく袖白雪を振るう。

拳西たちの治療にあたっていた勇音とやちるは、姿ばかりか自らに関する相手の記憶まで自在に消す能力を持つ滅却師・グエナエルの襲撃を受ける。「初対面」を繰り返すやちるたちだったが、やちるは本能と反射で見えない敵に一矢報いると、斬魄刀を抜き始解してさらに攻撃を仕掛ける。その始解の能力は勇音を驚かせるとともに、グエナエルを追い詰めていく。だがその時、もう一人の敵が音もなく結界の内側に現れた。

グレミィを倒したのも束の間、キャンディスの雷撃に撃たれる剣八。特記戦力である剣八を狙って、ミニーニャやジゼル、リルトットも集結し、4人の激しい攻撃は辺り一面を破壊し死神たちを餌食にしていく。剣八の霊圧の変化を察知したルキアと白哉は、同時に、別のよく知る霊圧が上空から迫るのを感じ取る。そして、その霊圧の主が尸魂界に降り立つのを待っていたかのように、ユーハバッハもまた行動を開始するのだった。

ユーハバッハの狙いが霊王宮にあると知り、阻止しようとする一護たち。そこに立ちはだかったのは雨竜だった。死神と滅却師という互いの立場は分かりつつも、予期せぬ再会に動揺する一護。虚圏から駆け付けた織姫やチャドと語らいながら、雨竜と共に戦った日々を思い起こした一護は、ひとつの決断に至る。その頃、ルキア・恋次はバズビーと、一角・弓親はジゼルと対峙していた。ジゼルの掛け声を受け飛び出してきたのは…。

破面たちとも共闘し、ジゼルの操るゾンビと戦う一角と弓親。だが、次なる手駒としてジゼルが用意していたのは、十番隊隊長・日番谷だった。ゾンビ化した日番谷の容赦ない攻撃の前に、倒れる一角たち。日番谷はさらにマユリにも斬りかかるが、マユリはものともせず、試したい薬があると言い放つ。一方、ロバートたちと戦っていた白哉のもとに、檜佐木がやってきて刀を振るう。しかし、檜佐木の刀の先にいたのは…。

ついに霊王宮・表参道へと足を踏み入れ、大内裏を見上げるユーハバッハ。ハッシュヴァルトと雨竜を連れた滅却師の王を出迎えたのは、零番隊・修多羅千手丸だった。「霊王の刃」に命じ戦闘を開始するが、影より現れたニャンゾルの能力により攻撃は通らない。だが、修多羅の表情は変わることなく…。そして旧十二番隊隊舎の地下では、設けられた砲台を利用し霊王宮へ上がろうとする一護や織姫たちの前に、岩鷲が現れる。

偽の霊王宮に仕掛けられた檻からひとり抜け出したユーハバッハは、真の霊王宮を守る兵主部と向かい合う。巨大な筆のような斬魄刀を振るい、気安く名を呼ぶなと言う兵主部。続けて発現させた巨大な平手が、ユーハバッハを参道から叩き出す。一方、「産褥」の中では、ナックルヴァールの能力が王悦を苦しめ、麒麟寺は激しくハッシュヴァルトに斬りつけていく。そして、修多羅と対峙することになる雨竜だったが…。

ユーハバッハの聖別により力を与えられ、倒れたはずの親衛隊は完聖体となり再び立ち上がる。それぞれに繰り広げられる、修多羅vsジェラルド、曳舟vsペルニダ、麒麟寺vsナックルヴァール、王悦vsリジェの激戦。親衛隊との熾烈な戦いの中、零番隊は新たな一手を打つ決意を固める。強大な霊圧による衝撃が、尸魂界から現世にまで届く。ユーハバッハと兵主部の死闘も壮絶を極め、そして…。