The FBI plan on transporting Rena to another location in one of three identical vans, making the other two decoys. Elsewhere, the Black Organization cause food poisoning throughout restaurants in the city, release poisonous gas in public areas, and start a fire in a local theatre. These incidents cause a large number of people needing medical attention to flow into the hospital.

James y Jodie se reúnen con los demás agentes del FBI para explicar el plan y entre ellos aparece un nuevo miembro llamado Andre Camel. Al final de la reunión llegan Conan y Akai, quienes sin haber estado presente en la reunión, ya se imaginan en que consiste. Luego ocurren 3 accidentes casi simultáneos cerca del hospital, intoxicación por alimentos, asfixia por humo tóxico y un incendio. Esto hace que mucha gente vaya al hospital Haido y los agentes del FBI no pueden controlar el ingreso de las personas.

【主线剧情】在FBI制定作战计划的同时黑暗组织就已经展开了行动，他们以楠田陆道的名义寄给FBI一盆花，就在柯南推测敌人的意图时，杯户中央医院突然涌来大波病患，这无疑也是黑暗组织的安排，在处理完花盆里埋的炸弹后，医院陆续出现送货员，而这些货物全部都是黑暗组织送的炸弹，如果医院爆炸，后果不堪设想，柯南和赤井秀一又会采取什么行动？

3대의 차를 보내 조직을 교란시키기로 한 작전을 세운 아카이 슈이치(이상윤)과 코난. 한편, 이상한 냄새 소동과 화재와 집단 식중독을 동시에 발생시켜 병원을 마비시킨 조직은 위치추적기가 달린 폭탄을 보낸다.

Le FBI prépare un plan pour évacuer Rena Mizunashi de l'hôpital Haido, qui n'est plus sûr. Cependant, Akai et Conan semblent avoir mis au point leur propre plan. Les choses vont cependant s'accélérer quand James Black reçoit un colis piégé. Ce n'est que grâce à l'habileté de l'agent nouvellement appointé, André Camel, que tous s'en sortent indemnes. Les problèmes ne font cependant que commencer.

赤井は捜査のために組織に潜り込んだ過去があり灰原の姉の宮野明美と恋人同士だった事が判明。病院の近辺では、ほぼ同時刻にファミレスの集団食中毒、駅の異臭騒ぎ、映画館の火事という３つの事件が起きる。その頃、病院にジェイムズ宛の荷物が届く。中身はコロンバインという花。黒の組織はFBIに宣戦布告してきたのだ。