Detective Kogoro is asked to investigate the damages and theft of a melon farmer's crops. While at the farm, there are several mysteries they will have to solve...

Kogorô est sollicité par Kumagai, un producteur de melons, afin de mettre la main sur le voleur dérobant ses cucurbitacées. Accompagné par Conan et Ran, il apprend plus tard que les suspects auxquels pense l'agriculteur sont en fait des animaux…

毛利探偵事務所にメロン農家の熊谷一樹がやって来る。依頼内容は「畑を荒らす犯人を見つけてほしい」というもので、容疑者は付近に居る鹿、イノシシ、アライグマだった。野生動物が相手ということで困惑する小五郎。しかし、おいしい最高級マスクメロンをご馳走になり「高いものだとひと玉数万円もするため、ちょっと被害に遭っただけでも大変だ」という苦労話を聞いて、依頼を引き受けることになる。そこへやってきたのは近所のメロン農家仲間である鹿戸貫太、新井猛三、猪瀬学。競い合ってメロンを作るライバルだという彼らは、「熊谷のメロンは頭一つ抜けてる」と熊谷を褒める。今回も熊谷の泥棒被害を心配して来ており、日頃から切磋琢磨している様子だ。

その後、熊谷にメロン畑を案内されたコナン、蘭、小五郎。監視カメラや動物除けの電気柵と案山子など泥棒対策を行っていたが、どれも不発に終わっている様子だ。そんな中、「泥棒！」という叫び声が聞こえてくる。コナンたちが駆け付けると、そこにはアライグマの姿があった。役所の許可を得ているということで、アライグマを捕獲することになるコナンたち。長い時間をかけて、アライグマをビニールハウスから追い出すことに成功する。しかしそこで、新井の叫ぶ声がする。駆け付けたコナンたちが見たのは、仰向けに倒れている猪瀬と、砕けて散乱したメロン。猪瀬は意識を失っていたが息はあり、その後やってきた救急隊に運ばれていった。

事件の捜査のため“猪瀬を恨んでいる人物”について話を聞いているうちに、メロン農家仲間たちはそれぞれの理由で揉めていたことが分かる。