여름방학은 마지막을 향해 가지만, 미코토의 부탁으로 어쩔 수 없이 데이트 약속을 들어주랴, 아즈텍의 마술사와 싸움하랴, 카미죠의 일상은 변함없이 바쁘다. 덕분에 쌓여 있던 여름방학의 과제는 아직 손도 대지 못한 상황! 마음을 다잡고 숙제를 해 보려 하지만 카미죠가 놀아주지 않는데 심통이 난 인덱스가 TV의 볼륨을 높여놓고 카미죠를 방해하기 시작한다. 이렇게 카미죠가 여름방학 숙제에 쫓기고 있을 무렵, 학원 도시 가까이의 바다에서는 영국 청교의 기사들이 나타나고, 갑작스런 공격에 하나, 둘 쓰러져 간다. 그들을 가로막는 자, 칸자키 카오리의 무시무시한 등장!! 대체 그녀는 정체는 무엇일까?!

암호로 쓰여 진 마도서 「법의 책」과 그것을 해독할 수 있는 수녀가, 아마쿠사식 십자처교에 의해서 납치된다. 원래 아마쿠사식의 여교황인 칸자키와 연락이 되지 않자, 영국 청교는 마도서의 주인인 로마 정교와의 충돌이 일어날까봐 노심초사 하며 다른 일이 일어나기 전에 이 사건을 해결하기 위해 학원 도시에 스테일을 파견한다. 한편, 학원 도시는 가을 축제들로 분위기가 한껏 들떠 있다. 각 학교에서는, 능력을 최대치로 사용할 수 있는 학교 대항 운동회(대패성제)를 최초로 개최 하게 된다. 하지만 들떠있는 것도 잠시, 카미죠에게 인덱스가 납치 되었다고 하는 통지가 날아오고, 범인의 요구대로, 학원 도시의 밖에 있는 폐극장을 향하는 카미죠는 버스 정류장에서 매우 차분한 성격을 가진, 수녀 올소라 아퀴나스와 만나게 되는데..

아마쿠사식 십자처교에 의해 납치된 올소라를 찾기 위해 카미죠는 스테일과 로마 정교의 아녜제와 함께, 아마쿠사식이 잠복하는 패러렐 스위트 파크로 향한다. 그들이 특수한 이동법 「축도 순례」의 힘으로 도망 가버리기 전에 올소라를 확보하고 아마쿠사식을 제압하지 않으면 안 되는 상황. 아마쿠사식과 싸움을 하며 겨우 올소라와 만나게 된 토우마는 테이프로 봉인되어 있던 올소라를 오른손의 힘으로 풀어 준다. 올소라를 로마 정교에 넘겨준 토우마에게 아마쿠사식 십자처교의 타테미야 사이지는 토우마에게 잘못된 판단을 했다고 말하는데..!

올소라의 보호에 성공한 카미죠 일행. 그러나, 아마쿠사식 십자처교교황 대리 타테미야 사이지는, 그녀를 로마 정교에 건네주어선 안 된다고 말 한다. 사이지의 말을 믿지 못하던 카미죠 토우마는 올소라가 갑자기 납치를 당하게 되고, 로마 정교 수녀들에게 공격을 받게 되면서 그의 말을 믿게 된다. 로마 정교에 의해 살해당하려는 순간, 올소라를 찾아낸 카미죠. 위기일발의 순간 등장한 스테일과 인덱스는 카미죠와 올소라의 목숨을 구해준다. 뒤늦게 싸움에 합류한 사이지까지 힘을 합쳐 보지만 수녀들과의 싸움은 끝이 보이질 않고, 조금씩 지쳐갈 무렵 들려오는 마멸의 목소리(셰올피아). 사이지는 인덱스가 가진 엄청난 힘을 보고 크게 놀라게 되는데..!

‘셰올피아’를 피하기 위해 아녜제의 지휘 아래 스스로의 귀를 멀게 한 로마 정교 소속의 수녀들. 무서운 기세로 다가오는 그녀들을 피해 어두운 방으로 숨어든 토우마 일행은, 법의 서를 찾아 이 위기 속에서 빠져 나가려고 한다. 그러나 그것도 잠시, 또 다시 쫓아온 수녀들을 상대하기에 이르고, 결국 그들 나름의 작전을 세우고서, 토우마 혼자 아녜제를 찾아가게 된다. 막강한 힘을 가진 주교의 장(지팡이)을 사용하는 아녜제를 혼자서 상대하기엔 힘겹기만 한데..! 한편 올소라가 알고 있던 법의서의 해독법은 인덱스에 의해 제대로 된 해독법이 아니었음이 밝혀지게 되는데, 이제 더 이상 올소라에게 목숨을 위협하는 일들은 닥치지 않는 것일까?!

미사카 미코토를 존경하고 사랑한다고 까지 할 수 있는 시라이 쿠로코는 미사카와 함께 즐거운 쇼핑을 즐기는 중이다. 그러던 중 쿠로코는 저지먼트(judgment)로 함께 활동하고 있는 우이하루로의 전화를 받고, 기숙사로 돌아가게 된다. 캐리어 가방에 들어있는 우주의 잔해를 둘러싸고 수상쩍은 행동을 하는 검은 옷을 입은 사나이들을 발견하고서 그 뒤를 쫓는 쿠로코. 검은 옷을 입은 사나이의 우두머리인 레벨 5. 무스지메 아와키와 마주하게 되는데..! 쿠로코와 같은 계통의 능력을 쓰는 무스지메는 쿠로코를 능가하는 무서운 능력의 소유자이다. ‘좌표 이동’의 능력자 무스지메와 ‘순간 이동’의 능력자 쿠로코의 긴장감 흐르는 싸움이 시작된다!

미사카 미코토가 고독한 싸움을 하며 지키고자 했던 것. ‘잔해’들이 다시 합쳐져 강력한 힘을 발휘 하지 못하도록 막기 위해 나선 시라이 쿠로코는 무스지메 아와키와 동일 계의 ‘좌표이동’이란 능력을 쓰며 힘겨운 싸움을 이어 나가는데..! 절대적으로 불리한 싸움을 싸우고 있는 쿠로코를 위해 미사카의 동생들이 나서게 된다. 미사카의 동생들이 도움을 청하러 간 곳은 다름아닌 토우마의 집. 조금만 늦었으면 아찔할 뻔 했던 순간에서, 멋지게 쿠로코를 구해 내는 토우마의 활약으로 사건은 일단락 지어지는 듯 한데...

학원도시에서 열리는 최대 규모의 운동회인 ‘대패성제’가 드디어 개최 되었다. 하지만, 무슨 이유에선지 토우마네 학교 학생들은 큰 흥미를 느끼지 못한 채 무기력함에 빠져있다. 반 아이들이 무기력한 이유를 토우마의 탓으로 돌리는 대패성제 운영위원회의 세이리. 코모에 선생님의 눈물을 보고서 힘을 내기로 하는 토우마와 반친구들은 무기력함을 벗어 던지고 경기를 즐기는 모습을 보여주는데..! 한편, 자신의 학교가 승리하면 어떤 부탁이든 들어주기로 내기를 하고 온 힘을 다해 경기에 임하는 토우마와 미사카. 토우마가 코모에 선생님의 눈물에 힘내어 경기하는 모습을 보고 ‘설마, 나에게 무슨 부탁을 하려고?!’ 하고 착각에 빠져있는 미사카 미코토는 무척이나 즐거워 보인다. 하지만 마냥 즐겁기만 한 대패성제가 될 것 같지 많은 안은데...? 대패성제의 개최로 느슨해진 경비를 틈타 침입해 온 마술사들..! 토우마는 무사히 ‘대패성제’를 마칠 수 있을까?

우연히 마주친 올리아나 톰슨과 악수를 하게 된 토우마는 자신의 오른손의 힘에 의해 어떤 술식이 부서진 듯한 이상한 기분이 들어, 상대인 올리아나 톰슨의 뒤를 밟게 된다. 마침 모토하루의 전화를 받은 토우마는 올리아나 톰슨이 ‘자돌항검’의 운반자임을 알게 된다. 올리아나의 뒤를 쫓아 보지만 결국 놓쳐 버리게 되고, 그녀를 다시 찾기 위해 스테일은 고통을 참아내며 마술을 펼친다. 한편, 그녀가 걸어놓은 요격 술식이 중학교에 있다는 사실을 알아낸 모토하루와 토우마는 서둘러 경기가 열리고 있는 중학교를 향한다. 토우마와 모토하루는 학생들을 요격 술식에서 지켜낼 수 있을까?!

올리아나 톰슨을 찾아낸 토우마와 모토하루. 모토하루는 올리아나의 술식에 의해 쓰러져 버리고 토우마 혼자서 상대를 하려 하지만 그녀는 사라져 버리고 만다. 한편, 학원도시에서 이루어지려는 ‘거래’가 ‘자돌항검’이 아닌 ‘사도십자’라는 것을 알게 된 토우마 일행은, 그 물건이 거래되었을 때 일어나게 될 무시무시한 일- 모두가 행복함만을 느끼게 되는 일-을 막으려 애쓰는데..! ‘모두가 행복함을 느끼게 되는 세상’이란 것이 무엇일까 생각하던 토우마는 자신을 찾아 해매이던 인덱스와 만나게 된다. 인덱스는 반가움과 섭섭함에 토우마를 실컷 두들겨 패주고, 토우마는 미안한 마음에 인덱스와 함께 식당으로 향한다. 식당에서 만난 부모님과 미코토, 그리고 미코토의 누나로 보이는 이 분의 정체는 과연..?!

올리아나 톰슨의 위치를 추적하기 위해 다시 ‘이파사진’으로 탐색 시작하는 모토하루. 겨우 그녀의 위치를 알아냈다고 생각했더니, 반대로 올리아나에게 모토하루의 위치가 알려지고 만다. ‘이파사진’의 사용으로 이미 많은 힘을 써 버린 모토하루는 올리아나를 쉽게 당해내지 못하고, 속심수를 써서 올리아나를 따돌려 버린다. 한편, 모토하루를 돕기 위해 찾으러 다니던 스테일과 토우마는 올리아나에 의해 피투성이가 되어 쓰러져 있는 히메가미 아이사를 발견하게 된다. 분노하는 토우마와 냉정하게 상황을 수습하기 시작하는 스테일.. 아이사를 다시 살려내기 위한 코모에 선생님의 노력이 스테일의 마음을 움직이게 되는데..?

대패성제가 한창인 학원도시에 숨어든 불청객 올리아나. 위험한 거래를 하려는 올리아나를 막기 위해 그녀의 뒤를 쫓던 토우마는 그만 그녀를 놓치고 만다. 그러다, 올리아나가 위험을 감수하면서 까지 거리를 활보하는 이유에 대해 의문을 품게 된 토우마는 모토하루와 이야기를 나누면서 그 이유가 ‘사도십자’를 발동 시킬 적절한 조건을 탐색하기 위한 것 이었음을 알게 된다. 또한 올소라에게 얻게 된 정보에 의하면 ‘사도십자’의 사용 조건은 ‘별자리’로, 일몰 후면 ‘사도 십자’를 발동시킬 수 있다고 하는데..! 해는 뉘엿뉘엿 넘어가고, 올리아나가 있는 곳을 계속해서 찾고 있는 토우마 일행, 과연 해가 지기 전 그녀를 찾아내 ‘사도십자’의 발동을 막을 수 있을까?

로마 정교에 의해 학원도시가 지배를 당하게 될지도 모르는 긴급한 상황에서 해가 지기 전에 겨우 올리아나 톰슨을 찾아낸 토우마 일행. 그녀가 바라는 건 모두가 한 마음으로 행복함을 느끼며 살아가는 세상이라고 한다. 하지만 그 세상을 얻기 위해서는 모두의 자유를 희생해야 하고, 그렇게 되는 것을 두고 볼 수 없다고 소리치는 토우마! 토우마와 모토하루, 스테일은 온힘을 다해 그녀를 저지하려 하지만 이미 체력이 바닥난 모토하루는 그만 쓰러지고 만다. 스테일과 토우마가 협공하여 올리아나를 무찌르며 겨우 상황이 종료되는 것처럼 보였으나, 더 큰 문제는 아직 남아 있었다. ‘사도십자’를 가지고 있는 리드비아가 그것을 발동시키기까지 몇 분 남지 않은 상황! 해가 지는 6시 30분! 좌절하듯 주저앉은 토우마에게 한줄기 희망은 떠오르게 될까?

언제나 ‘불행해’를 외치고 다니는 토우마. 대패성제 기간을 돌이켜 봐도 그건 거짓이 아닌 사실로 보이는데, 대패성제의 마지막 날. 경품 추첨에 당첨되어 북 이탈리아 여행권을 얻게 된다. 인덱스와 함께 짐을 챙겨 들고 설레는 마음으로 북 이탈리아로 떠나게 되는데, 인덱스가 그만, 거리에서 풍겨오는 맛있는 음식의 향기에 이끌려 어디론가 사라져 버리고 만다. 이탈리아 한 복판에서 미아가 된 토우마는 올소라의 도움으로 무사히 인덱스와 다시 만나게 된다. 한편 올소라의 이사를 도와주게 된 토우마는 접시를 포장할 신문지를 찾다가 그만 올소라가 있는 욕실문을 열게 되는데..! 토우마는 이번 여행에서도 ‘불행’의 역사를 새기게 되는 것일까?!

올소라를 공격해온 자객들과 싸우다 ‘아드리아 해의 여왕’함대에 올라타게 된 토우마와 올소라. 그러다 ‘여왕함대’에 잡혀있는 아녜제와 만나게 된다. 아녜제는 토우마에게 함대를 탈출하도록 도와주는 대신 안젤레네와 루치아 수녀를 찾아내어 함께 도망가 달라고 부탁한다. 아녜제의 부탁을 들어주기 위해 토우마와 올소라는 루치아와 안젤레네를 찾아내어 탈출하게 되지만, 그들로부터 충격적이 이야기를 듣게 된다. 바로 ‘아드리아 해의 여왕’을 발동시키기 위해서는 아녜제의 희생이 필요할 것이라는 것..! 급히 아녜제를 구하려고 하지만 적의 함대가 끊임없이 공격을 해오고, 때마침 나타난 사이지와 아마쿠사식 일원들의 도움으로 아녜제를 구하러 갈 수 있게 된 토우마와 인덱스 그리고 올소라. 과연 토우마는 아녜제를 데리고 무사히 빠져나올 수 있을 것인가..?!

아녜제를 구하기 위해 사이지와 아마쿠사식 일원들, 그리고 토우마, 인덱스, 올소라는 힘을 모으게 되는데, ‘여왕 함대’의 수녀들과 싸우다가 안제레네 수녀는 그만 큰 부상을 입게 된다. 사이지와 그의 일행들이 ‘여왕 함대’의 수녀들과 싸우고 있는 사이 토우마와 인덱스 그리고 올소라는 ‘아드리아 해의 여왕’함대에 숨어든다. 하지만 갑작스럽게 나타난 얼음으로 된 병사들을 토우마 혼자서 따돌리기로 하고 인덱스와 올소라는 아녜제를 찾아 나선다. 얼음병사들과 싸우던 토우마는 비아지오 브조니라는 십자가의 마술을 펼치는 남자와 맞닥뜨리게 된다. 힘껏 싸우던 토우마는 비아지오의 십자가 공격에 그만 크게 다치고 만다. 목숨을 건 싸움 속에서, 토우마는 아녜제를 무사히 구해내고 함께 탈출 해 나올 수 있을 것인가..?!

‘대패성제’가 열리던 때 미코토와 내기를 하게 된 토우마는 내기에서 진 벌칙으로 미코토가 말하는 대로 모두 따라줘야 하는 ‘벌칙 게임’을 받게 된다. 미코토가 처음 제시한 벌칙 게임은 바로 핸드폰 가게에 커플로 가입하는 것이었다. 어색한 두 사람에게 필요한 것은 커플이라는 것을 입증할 수 있는 사진 이었는데, 아직 커플 사진이 없는 둘은 즉석으로 핸드폰 사진을 찍게 된다. 두근거리는 마음으로 커플 사진 찍기에 돌입하지만 좀처럼 자연스러운 표정이 나오지 않는 두 사람..! 과감하게 밀착한 채로 사진을 찍어보려 하는데, 미코토를 사모하는 쿠로코의 분노의 발차기에 그만 토우마는 바닥에 내동댕이쳐지고 만다. 결국 커플사진 찍기는 물거품이 되고 벌칙게임은 없었던 일이 되고 마는 듯 보이는데-. 미사카 미코토는 토우마를 상대로 벌칙게임을 제대로 해 낼 수 있을까?!

벌칙게임을 받고 있던 토우마는 학원도시의 상점들이 즐비해 있는 거리에서 미사카의 복제 인간, 미사카 10,032호와 만나게 된다. 고글을 빼앗긴 채 돌아다니는 미사카 10,032호에게 다 똑같이 생긴 미사카 동생들을 구분 짓는 방법으로 액세서리를 선물하는 토우마. 그런데 어째서인지 미사카 10,032호는 자꾸 반지에 집착하는 모습을 보이는데… 미사카 10,032호와 함께 있는 장면을 목격한 미코토는 제대로 벌칙게임에 응하지 않으면서 자신의 동생과 즐거운 시간을 보내고 있는 토우마가 왠지 거슬리기만 한다. 한편 아이호의 집에 맡겨진 액셀러레이터는 갑자기 사라져 버린 라스트 오더를 찾아 나서게 된다. 그러다 배가 고파 쓰러져 있는 인덱스와 만나게 되는데… 토우마를 찾아 나선 인덱스와 라스트 오더를 찾으러 다니는 액셀러레이터. 두 사람 다, 찾고 있는 상대와 무사히 만날 수 있을까~?

그토록 찾아 다니던 라스트 오더와 만나게 된 액셀러레이터는 라스트 오더와 함께 집으로 돌아간다. 걱정 끝에 만났건만 촐랑대다 넘어져서 무릎을 다친 라스트 오더를 보자 괜히 화를 내는 액셀러레이터. 하지만 그것도 말뿐인 듯, 라스트 오더가 쉬도록 남겨두고 혼자 반창고를 사러 간다. 돌아오는 길에 갑자기 습격해오는 하운드 독(사냥개 부대)의 키하라 아마타. 라스트 오더는 이미 아마타의 손에 정신을 잃은 듯 보이는데.. 분노한 액셀러레이터는 자신의 온 힘을 다해 아마타와 싸우지만 아직 다친 몸을 회복중인지라 아마타를 상대 해 낼 수가 없다. 마지막 힘까지 모두 쏟아서 라스트오더를 빼돌리는 데 성공하지만, 다시 그녀를 찾으려는 하운드 독(사냥개 부대)의 움직임은 액셀러레이터를 초조하게 만든다. 긴박한 상황 속에서 갑자기 모습을 드러낸 건 다름 아닌 인덱스..! 그녀가 대체 여길 어떻게..?

학원도시에 들어온 침입자들에 의해 도시는 암울한 분위기에 휩싸이게 된다. 아마타에게 공격 당한 액셀러레이터는 기지를 발휘하여 하운드 독(사냥개 부대)의 일원을 미끼로 도주에 성공한다. 인덱스와 함께 도망가게 된 액셀러레이터는 인덱스가 은혜를 갚으러 돌아왔다고 하는 말에 황당한 표정을 지어 보이는데. 액셀러레이터는 자신과 함께 하려는 인덱스를 떼어 놓기 위해 개구리 의사에게 다녀오라고 부탁을 한 뒤 조용히 사라져 버린다. 한편 라스트 오더와 만나게 된 토우마는 ‘하느님의 오른편’의 일원인 ‘전방의 벤트’로 부터 그녀를 지키기 위해 몸을 던진다. 무섭게 싸움을 걸어오던 벤트는 갑자기 이상한 반응을 보이며 도망 가 버리고 마는데..이유를 알 수 없이 쓰러져 가는 학원도시의 사람들. 안티스킬은 그 중심에 액셀러레이터가 있는 것으로 판단하고 그를 잡으려 한다. 과연 액셀러레이터는 ‘살인 미수’라는 누명을 벗을 수 있을 것인가..?!

천사의 날개가 펼쳐진 곳에서 뿜어져 나오는 빛을 따라 달려가던 토우마는 인덱스와 미코토를 만나게 된다. 인덱스는 토우마가 효우카를 만나게 되면 토우마의 오른손의 힘으로 효우카가 사라져 버릴까봐 걱정하며 천사의 날개가 있는 곳으로 가지 못하게 말린다.

한편, 아마타에게 납치를 당한 라스트오더를 찾기 위해 찾아간 액셀러레이터. 아마타와 온힘을 다해 싸워야 하는 찰나에 전지가 다 닳아 버리는 비상 상황이 발생한다. 아마타에게 공격을 당하던 액셀러레이터는 전지가 없는데도 불구하고 갑자기 몸을 움직이기 시작하는데..!

학원도시를 파괴하려 하는 벤트의 공격을 막기 위해 그녀를 쫓아간 토우마. 과학을 증오하고 혐오하는 벤트는 효우카와 토우마를 없애려고 한다. 하지만 그녀가 공격을 하고 날 때마다 몸에서 이상한 변화가 일어나게 되고, 점차 공격하는 것을 버거워하게 되자 그 틈을 타 토우마는 그녀를 공격하게 된다. 그러던 중, 그녀가 어째서 과학을 그토록 증오하는 것인지를 듣게 된 토우마는 그녀의 생각이 잘못 되었다는 것을 말해주려 하지만 전혀 들으려 하지 않는 벤트. 결국 ‘이매진 브레이커’에 의해 그녀의 잘못된 환상은 산산조각이 나게 된다.쓰러져있던 벤트를 데려가기 위해 나타난 남자 ‘아쿠아’는 토우마에게 다음을 기약하며 사라져 버린다.. 아쿠아..과연 그의 정체는 무엇인지...?!

천사의 날개는 사라지고.. 빛 또한 사라졌다. 무사히 효우카를 구해낸 토우마에게도 다시 일상의 평온함이 찾아 왔다. 즐거운 학교생활과 반 친구들과 가지는 행복한 점심시간까지, 평소와 다름없던 하루라 여겼지만, 문득 들려오는 전쟁에 관한 이야기가 평온하던 일상의 발목을 붙잡아 버리는데..한편, 학원도시를 어지럽히는 무리들인 ‘스킬 아웃’을 처단하기 위해 투입된 액셀러레이터와 무스지메 아와키. 스킬 아웃으로 똘똘 뭉친, 레벨 제로(0)의 그들이 지키고자 하는 것은 과연 무엇인가?!

학원도시에 일어나려는 전쟁.. 전쟁이 일어나면 학원도시 내의 학생들이 위험해 질지도 모른다는 생각에, 학생의 부모들은 아이들을 학원도시에서 데리고 돌아가기 위해 행동하기 시작한다. 미코토의 엄마인 미사카 미스즈가 부모들의 대표로 움직이게 되면서 안티 스킬의 표적이 된다.

한편 술에 취한 미사카 미스즈를 만나게 된 액셀러레이터는 미스즈의 얼굴에서 라스트 오더의 모습을 발견하게 된다. 미스즈를 택시에 태워 보내버린 액셀러레이터. 이번엔 술에 취한 미스즈를 토우마가 발견하게 되는데.. 미스즈의 목숨을 노리는 안티 스킬로부터 토우마는 그녀를 무사히 지켜 낼 수 있을까...?