수도 도쿄의 3분의 2 정도의 크기를 가진 거대 도시. 이 도시는 총 인구 230만 명 중 약 80%가 학생이이기 때문에 '학원 도시'라고 불리는 곳으로 대부분의 주민인 학생들에게 초능력을 개발하는 특수한 커리큘럼이 마련되어져 있는 조금은 특수한 도시이다. 그뿐만 아니라 길거리에선 청소 로봇의 모습도 흔히 볼 수 있을 정도의 최첨단 도시의 면모를 갖추고 있는데... 이 학원 도시에 사는 고등학생, 카미죠 토우마의 초능력 능력은 낙제 직전의 무능력인 레벨 0이었다. 그가 레벨 0일 수밖에 없는 비밀은 그의 오른손에 '이능의 힘이라면 뭐든지 지워버리는' 불가사의한 능력이 잠재돼 있었기 때문이었다. 그뿐만 아니라 그는 '신의 가호'까지 지워버리는 오른손 때문에 불행이 끊이지 않는 인생을 보내고 있었다. 그러던 중, 여름방학을 맞은 토우마 앞에 순백색 수도복을 입은 수녀로 보이는 '인덱스'라는 여자아이가 나타난다. '인덱스'는 자신이 마술과 관련이 있으며 자신이 소유한 10만 3000권의 마도서 탓에 적들한테 쫓기고 있다는 알 수 없는 말을 하는데...

보충수업을 끝내고 학교에서 돌아온 토우마는 자기 집 앞에 청소 로봇들이 모여 있는 것을 발견한다. 청소 로봇들의 행동에 의심을 품고 집 앞에 다가온 토우마는 낮에 자신의 집 베란다에 널브러져 있던 수녀님, 인덱스가 피투성이가 된 채 정신을 잃고 쓰러져 있는 걸 발견한다. 그녀를 그렇게 만든 것은 그녀를 회수하려고 쫓아왔다는 마술사의 짓으로 보이는데... 인덱스에게 말을 거는 토우마 앞에 나타난 건 빨간 머리에 눈 밑의 바코드, 검은 수도복을 입은 장신의 외모 특징을 가진 젊은 마술사의 이름은 스테일마그누스였다. 그는 인덱스를 데리고 가려는 자신을 막아서는 토우마를 향해 갑자기 룬 마술을 쓰는데... 그러자 불꽃의 모습을 띠는 '마녀 사냥의 왕(이노켄티우스)' 이 나타나고 토우마는 이 '이노켄티우스'의 습격을 받아 절체절명의 위기에 놓인다. 그러던 중, 그런 토우마를 향해 의식을 잃었던 인덱스가 갑자기 눈을 뜨고는 이상한 말을 하기 시작하는데...토우마는 과연 인덱스를 데리고 가려는 스테일을 물리치고 인덱스를 지켜낼 수 있을까?

인덱스의 '자동 서기'가 발동된 덕분에 토우마는 구사일생으로 목숨을 구한다. 그 후, 다시 의식을 잃은 인덱스의 상처를 치료하기 위해선 마술에 의한 치료가 필요했는데... 하지만 초능력을 개발하는 사람들은 초능력의 영향 탓에 마술을 사용하면 몸에서 피를 내뿜으며 죽는다는 걸 알게 된 토우마는 초능력을 가지고 있지 않은 담임선생님, 코모에를 찾아가 인덱스의 치료를 부탁한다. 자신의 오른손은 모든 마술을 지워버리는 탓에 어쩔 수 없이 코모에의 아파트 밖으로 나가게 된 토우마는 인덱스의 치료를 위해 아무것도 할 수 없는 자기 자신을 보며 분해한다. 한편, 다시금 '자동 서기'가 발동된 인덱스의 지시에 따라 코모에는 상상 속의 천사를 떠올리는 방법으로 인덱스의 치료를 시작하고 드디어 인덱스의 상처를 치료하는 데 성공한다. 치료가 끝난 후, 코모에의 아파트로 돌아온 토우마에게 인덱스는 자신의 머릿속에 마도서를 집어넣게 된 배경을 설명하기 시작하는데... 과연 인덱스에게는 어떤 사연이 숨겨져 있는 것일까?

사람을 쫓는 룬을 붙인 탓에 이상할 정도로 한산한 도로 한복판에 서 있던 토우마. 그의 앞에 모습을 드러낸 마술사는 스테일이 아닌 칸자키카오리였다. 칸자키카오리, 그녀는 긴 칼을 무기로 쓰는 여자 마술사로 '칠섬'이란 마술을 앞세워 토우마를 압도해 나간다. 토우마는 자신의 오른손을 이용해 그녀의 이능의 힘을 지워버리려 하지만 뜻대로 되지 않는데...토우마를 죽이기 전에 인덱스를 자신이 '보호'하게 해 달라고 몇 번이고 말하는 카오리에게 정신을 차리지 못할 정도로 심한 상처를 입으면서도 끝까지 버텨보는 토우마였지만 결국 쓰러지고 만다. 몽롱해 가는 의식 속에서도 토우마는 막강한 힘의 차이에도 불구하고 자신을 죽이지 않는 카오리가 무자비한 마술사가 아님을 직감하고 자신의 생각을 카오리에게 말한다. 이에 카오리는 뜻밖에도 자신이 인덱스와 영국 청교도에 함께 소속된 동료이자 인덱스는 자신의 소중한 친구라는 사실을 털어놓으며 모든 일의 원흉은 인덱스가 지닌 '완전 기억 능력' 때문이라고 하는데... 과연 카오리와 인덱스 사이에는 어떤 사연이 숨겨져 있을까?

10만 3천 권의 마도서의 내용을 머릿속에 담고 있는 탓에 정산인의 15%밖에 뇌를 사용할 수 없다는 인덱스. 완전 기억 능력이란 특수한 능력을 가졌기 때문에 그 기억을 정확히 1년 주기로 지워주지 않으면 그녀는 목숨을 잃을 수도 있다고 한다. 그 사실을 카오리를 통해 알게 된 토우마에게카오리가 전화를 걸어온다. 제한시간, 인덱스를 살릴 수 있는 리미트는 바로 그날 밤 자정. 그 제한시간을 지나게 되면 인덱스는 죽을 수도 있기 때문에 그 전에 자신과 스테일이 기억을 지우러 갈 것이므로 작별 인사를 하라는 카오리의 말에 충격을 받은 토우마는 인덱스의 기억을 지우지 않고도 그녀를 살릴 수 있는 방법을 찾기 위해 골몰한다. 하지만 그의 그런 노력에도 불구하고 허무하게도 시간은 제한시간인 자정, 12시가 돼 버린다. 그렇게 토우마 앞에 카오리와스테일이 모습을 드러내는데... 궁지에 몰린 토우마는 과연 인덱스의 기억을 지우지 않고도 살릴 수 있는 방법을 찾아낼 수 있을까?

인덱스의 기억을 1년 주기로 지우지 않으면 안 되는 원인은 그녀의 완전 기억 능력에 의해 뇌가 압박을 받기 때문도 아니고 10만 3000권의 마도서를 기억하고 있던 탓도 아니었다. 사소한 점에서 의문을 품기 시작한 토우마는 뭔가 다른 이유가 있을 거란 사실을 확신하다. 그 이유가 인덱스를 경계하는 교회 측에서 인덱스의 뇌에 '뭔가'의 장치를 만들어뒀기 때문이란 걸 안 토우마는 그 장치를 오른손에 실려 있는 힘 '환상 죽이기(이매진브레이커)'로 파괴시켜 버리기로 한다. 토우마의 과감한 행동한 인덱스의 몸에서는 '세인트 조지 성역'이 발동되는데... 인덱스의 뇌 안의 마도서들도 적이라고 인식한 토우마를 배제하고자 차례, 차례로 술식을 펼쳐나간다. 계속되는 술식 공격에 힘에 부쳐하는토우마를 위해 스테일과카오리 또한 자신들의 마술의 힘을 빌려주는데... 과연 토우마의 오른손은 신이 만들어내는 환상을 부술 수 있을까?

참고서를 사러 외출했던 토우마와 인덱스는 우연히 길거리에서 반 친구인 모토하루와 파란 머리 피어스를 만나게 된다. 아이스크림을 먹고 싶어 하는 인덱스와 함께 아이스크림 집으로 향하는 토우마, 모토하루, 파란 머리 피어스였지만 아이스크림 가게는 수리를 위해 문을 닫은 후였는데... 이에 네 사람은 가까운 패스트푸드 햄버거 집으로 향하고 거기에서 우연히 검은 머리의 소녀를 만나게 된다. 무녀복을 입은 그녀는 100엔짜리 햄버거를 30개나 먹어서 배가 불러 몸을 주체할 수 없다고 할 뿐 아니라 돌아갈 전철비가 없다며 처음 만난 토우마에게 100엔을 빌려달라고 하는 등 특이한 행동을 서슴지 않는다. 모두들 그녀를 무녀라고 생각하지만 뜻밖에도 그녀는 자신이 마법사라고 말하는데... 이에 인덱스는 마법사란 구체적인 증거를 대라고 발끈하지만 그녀가 자신의 입장을 밝히기도 전에 그녀의 학원 선생님들이라는 검은 정장을 입은 남자들이 한꺼번에 등장해 그녀를 데리고 사라져 버린다. 기묘한 소녀와의 만남 후, 집으로 돌아가던 길에 토우마 앞에 스테일이 모습을 드러낸다. 스테일은토우마에게아우레올루스이자드란 연금술사에 의해 입시학원인 '미사와 학원' 감금돼 있는 '흡혈 살인(딥블러드)'란 능력을 가진 소녀를 구하러 같이 가자고 말하는데...

미사와 학원에 갇혀 있는 소녀의 이름은 히메가미 아리사. 바로 토우마가 패스트푸드 햄버거 가게에서 만난 무녀복을 입고 있던 그 소녀였다. 스테일과 함께 잠입한 미사와 학원의 로비에서 토우마는 뜻밖에도 갑옷을 입은 채로 피를 흘리고 쓰러져 있는 로마 정교의 13기사단의 기사의 시체를 보게 된다. 로봇이 아닌 사람이란 사실에 놀라는 토우마에 비해 로비를 지나다니는 학생들은 태연하기 그지없는데...스테일에 말에 따르면 '동전의 앞면과 뒷면'처럼 앞면에 사는 사람들인 학생들이 뒷면에 있는 외부의 적을 눈치채지 못하도록 결계를 쳐 두었기 때문에 가능한 일이라고 한다. 결계를 부수기 위해서는 마술의 핵이 되는 물건을 찾아서 부수는 방법밖에 없다고 하는데.. 앞면의 세계와는 단절돼 버린 토우마와스테일은 몇 층이나 되는 거리를 엘리베이터가 아닌 계단으로 걸어서 올라가야 하는 등, 여러 가지 어려움을 겪는다. 게다가 그뿐 아니라 앞면과 뒷면 세계의 차이로 자신들의 모습이 절대로 보일 리 없는 학생들이 갑자기 자신들이 하던 행동을 모두 멈추고 주문을 외우기 시작하는데...

흡혈귀를 유인해 내는 능력을 가진 히메가미아이사, 그리고 아이사가 유인해 낼 수 있는 그 흡혈귀의 힘을 필요로 하는 아울레올루스. 아이사에게는아울레올루스와 함께 행동할 수밖에 없는 이유가 있었다. 한편, 토우마의 뒤를 쫓아 미사와 학원에 도착한 인덱스는 그만 아울레올루스의 손 안으로 넘어가고 만다. 아울레올루스가 있는 곳을 알아낸 토우마와스테일은 그가 있는 곳에 도착하고 그들의 눈앞에는 정신을 잃은 듯 쓰러져 있는 인덱스가 있었다. 그것을 본 스테일은아울레올루스가 흡혈귀를 유인해 내려는 이유가 금서목록, 인덱스의 고통을 덜어주기 위한 것임을 알아채고 그 일은 이미 자신과 함께 있는 토우마가 해냈음을 아울레올루스에게 알려준다. 자신이 지금껏 이루고자 했던 목표가 이미 물거품이 됐단 사실을 알게 된 아울레올루스는토우마와스테일은 물론 이용 가치가 사라진 아이사에게도 맹렬한 공격을 퍼붓는다. 자신의 말하는 그대로 모든 일이 실현된다는 '황금 연성(알스마그나'를 구사하는 아울레올루스에게토우마는 자신의 이미진 브레이커, 오른손을 무기로 맞서는데...

인덱스에 관한 사건에 휘말리느라 결과적으로 여름 방학에 들어야 했던 보충수업을 땡땡이치게 된 토우마는 어쩔 수 없이 7월 하순에 마쳐야 했을 보충수업을 8월 하순이 돼도 들을 수밖에 없었다. 보충수업을 마치고 학교에서 돌아오던 길, 자판기에 돈을 먹히는 그에게는 항상 있는 '불행'에 휘말리고 만 토우마 앞에 토키와다이의 중학교에 다니는 찌릿찌릿 중학생, 미사카미코토가 나타난다. 하지만 기억을 모조리 잃어버리고 만 토우마는 그녀와 전에 만난 적이 있었단 사실을 기억하지 못한다. 그 사실을 모르는 미코토는토우마에게 자판기에 먹힌 그의 돈, 2천 엔을 돌려주겠다고 말하고는 자신이 가진 초능력, '찌릿찌릿'을 이용해 자판기에서 2천 엔어치 이상의 음료수 캔을 뱉어내게 해준다. 미코토의 이런 모습에 놀란 토우마는정신없이 그녀의 곁에서 도망치지만 그런 그의 앞에 모습을 드러낸 건 특이한 말투와 함께 군용 고글을 쓴 소녀였다. 자기 자신을 '미사카'라고 칭한 그 소녀는 바로 미사카미코토의 여동생이었다. 그 소년을 본 미코토는 당황한 모습으로 여동생을 데리고 황급히 토우마의 앞에서 모습을 감춘다. 한편, 그런 그녀들이 떠나는 모습을 보고 집으로 향하던 토우마는 좀 전에 미코토와 돌아간 미코토 동생과 다시 또 만나는데...

미사카미코토의 여동생 '미사카'와 함께 길에서 주운 검은 고양이를 데리고 집으로 향하던 토우마는 도중에 고양이를 기르는 법에 대한 책을 찾기 위해 검은 고양이를 '미사카'에게 맡겨둔 채, 혼자 서점 안으로 들어간다. 하지만 원하던 책을 골라 서점 밖으로 나온 토우마를 기다리고 있던 건 '미사카'가 아닌 혼자 울고 있는 검은 고양이 뿐이었다. 토우마는 서점 주변의 '미사카'가 갈 만한 곳을 찾기 시작하고 그러다 어두컴컴한 좁은 골목길에서 벗겨져서 나뒹굴고 있는 '미사카'의 신발과 피투성이가 된 채 토키와다이 중학교의 교복을 입고 있는 소녀, 미사카미코토의 여동생, '미사카'의 모습을 발견한다. '미사카'가 죽었다고 확신한 토우마는 놀란 마음을 진정시키지 못한 채, 경비원(안티 스킬)에게 신고를 하고 그들과 함께 '미사카'의 시체가 있던 사건 현장으로 향하지만 그곳에 남아 있는 건 그녀의 신발뿐이었다. 시체는 물론 여기 저기 뿌려져 있던 피마저 감쪽같이 사라지고 없었다. 자신이 헛것을 봤을 리 없다고 확신하는 토우마는 이상하단 생각에 그 주변을 훑고 다니고 그러다 침낭을 안고 있는 자신이 죽었다고 생각한 '미사카'와 만나게 되는데...

미사카미코토와 쏙 빼닮은시스터즈(여동생들) '미사카'가 미코토의 클론임을 알게 된 토우마는미코토의 기숙사를 찾아간다. 미코토는 방에 없었지만 룸메이트인 쿠로코의 도움으로 미코토의 방에 들어가게 된 토우마는 우연히 침대 밑에 숨겨져 있던 보고서를 발견하고 그 보고서를 통해 미코토 그리고 그녀의 여동생들인 '미사카'와 관련된 '실험'이 진행 중임을 알게 된다. 그 실험이란 바로 학원 도시 최강의 능력자 '액셀러레이터(일방통행)'을 현재의 능력 단계 레벨 5에서 그 누구도 도달하지 못했던 레벨 6로 만드는 것이었다. 갑작스럽게 알게 된 진실에 충격을 감추지 못하던 토우마는미코토가 걱정되는 마음에 그녀를 찾아 나선다. 한편, 그 시각 자신이 어렸을 적 제공한 DNA 맵 때문에 자신의 클론이 만들어지고 그로 인해 자신의 클론인 시스터즈가 하나, 둘씩 목숨을 잃고 있다는 죄책감에 괴로워하던 미코토는 '액셀러레이터(일방통행)'을 멈출 수 있는 사람은 자신밖에 없다는 생각에 '액셀러레이터(일방통행)'를 만나 정면으로 맞서 싸워 보기로 결심한다. 그렇게 이미 죽음까지 각오한 미코토의 앞을 가로막아선 건 다름 아닌 그녀를 찾아 헤매던 토우마였는데...

미사카미코토의 전기 공격을 받고 기절했던 토우마가 일어나 엑셀러레이터가 있는 곳을 가르쳐 달라고 한다. 지금의 몸으론 무리라며 가지 말라고 하는 미코토를 뒤로한 채 토우마는엑셀러레이터와미사카10032호가 있는 실험장으로 간다.

레벨 제로인 토우마 자신이 레벨 5의 엑셀러레이터를 이기면 실험은 더 이상 진행되지 않을 것이란 생각에서 였다. 이미 엑셀러레이터와미사카 10032호의 실험은 시작되었고, 미사카10032가 위험에 빠진 순간 토우마가 나타나 당장 그녀에게서 떨어지라고 말한다. 미사카 10032호는 자신은 복제품이며 아직도 재고가 잔뜩 있는 자신과 같은 존재를 구하려 위험을 자초한 토우마의 행동에 의아해한다. 토우마는 넌 단 하나뿐인 존재라며 쉽게 죽으려 하지 말라고 말하는데...

학원도시 최강인 레벨 5가 학원도시 최약인 레벨 0 에게 간단히 패배한다면, 이런 터무니 없는 실험은 중지될 것이라고 생각한 토우마는엑셀러레이터와미사카1003

2호의 실험장으로 찾아간다. 말처럼 간단한 것은 아니지만 해볼 가치는 있을 거라고 느낀 토우마의 반격이 시작되고 뒤이어 따라온 미코토까지 공격에 가담해보지만 엑셀러레이터의 실력은 만만치 않다. 공기를 압축시켜 플라즈마를 형성해 공격하려고 엑셀러레이터가 준비중인 바로 그 때, 미코토는 한가지 묘안이 떠올라 미사카10032에게 도와달라고 호소한다. 그 말에 감동을 받은 미사카10032호와 나머지 미코토의 클론들은 모두 모여 풍력발전기에 전파를 내보내 바람의 방향을 바꿔버려 공격에 혼란을 준다. 이 때를 놓치지 않고 토우마의 공격이 이어진다.

토우마는엑셀러레이터와의 사건으로 학원도시가 좀 시끄러워졌는지, 코모에 선생님으로부터 학원도시를 잠시동안 떠나 있으면서 쉬다가 오라는 지시를 받는다. 그래서 인덱스와 둘이 바다에 가게 되고, 그 곳으로 토우마의 부모님도 오시기로 했다는 연락을 받는다. 기억을 잃은 탓에 부모님의 얼굴도 모르는 토우마는 두근거리는 마음으로 부모님이 오시길 기다리고, 다음 날 아침, 아버지와 함께 토우마를 찾아온 어머니는 바로 인덱스였다! 그리고, 미코토는 자신이 사촌 동생이라고 소개하며 토우마에게 애교를 부리고 스테일은 여관 주인 행세를 하고 같은반 친구인 파란머리의 피어스는 인덱스의 옷을 입고 나타났다. 모두가 뒤죽박죽이 된 세상! 토우마는 자신을 놀리기 위해 모두가 작정하고 몰래카메라라도 찍는 줄 알고 있는데, 몰래 카메라라고 하기엔 이상한 부분이 너무 많다. 혼란스러워하는 토우마의 앞에 이상한 복장의 작은 소녀 마술사가 나타나 그에게 위협을 하고, 같은반츠치미카도모토하루와스테일과 같이 있던 칸자키카오리가 나타나 작은 소녀 마술사를 막아서는데...

학원도시를 떠난 여름 바다에서, 토우마는 가족과 재회했다. 하지만 엔젤폴이라는 마술의 영향으로 가족과 친구들은 모두 본래의 모습이 아니라 다른 사람이 되어 있었고, 혼란스러워 하는 토우마의 앞에 러시아 교회의 미샤크로이체프와칸자키카오리, 츠치미카도모토하루가 나타났다. 모토하루는 자신도 실은 네세사리우스의 멤버라고 신분을 밝힌다. 다음 날 현관문 잠그는 걸 깜박했다며 인덱스의 모습을 한 어머니가 집에 다녀오시려는데미샤가따라나선다. 뭔가 이상하다고 느낀 토우마가모토하루와 집으로 향하는데, 도착한 토우마 아버지의 집에서 그들은 놀라운 걸 발견한다.

대규모 마술 '엔젤 폴(천사 타락)'을 멈추기 위해서는 술사를 쓰러뜨리던지 의식장을 부수는 두 가지 방법 중 하나밖에 없다. 몇 가지 의심되는 행동을 하는 미샤가 술사라고 예측한 토우마와모토하루는 그녀를 쫓아서 토우마의 부모님이 사는 집으로 향한다. 그녀보다 한 발 앞서 현지에 도착한 두 사람의 눈에 띈 것은 토우야가 찍혀 있는 사진이 끼워진 액자였다. 그 모습은 바닷가에서 봤던 것과 너무나도 똑같았는데... 마술의 영향을 받지 않는 건 술사뿐이란 사실을 아는 토우마는 당황스러운 마음에 다시 여관으로 돌아오고 바닷가에서 그의 아버지, 카미죠토우야와 이야기를 나눈다. 어째서 초자연 현상에 관여했느냐고 묻는 토우마에게토우야는 자신이 아들인 토우마의 불행한 인생을 바뀌기 위해서 했던 일들을 말하기 시작한다. 아들과 아버지가 대화를 나누는 곳에 갑자기 나타나 자신의 표적을 없애려고 하는 미샤. 그리고 그녀를 말리기 위해 그곳에 나타난 카오리는미샤의 정체에 대해 생각지도 못한 말을 입에 담는데...

여름방학의 마지막 날. 방학 숙제가 있었음을 깨달은 토우마는 숙제를 끝내기 위해 모토하루와 파란 머리에게 도움을 청해 보지만 그들은 토우마의 부탁을 장난으로 넘기기만 한다. 결국 토우마는 방학 숙제를 끝마치기 위해 고군분투하는데... 한편, 여느 때처럼 편의점에 가려고 기숙사 현관 앞을 나선 미코토 앞을 한 명의 남자가 막아선다. 그 남자는 우나바라미츠키. 미코토가 다니는 토키와다이 중학교의 이사장의 아들로 일주일 동안 미코토의 뒤를 졸졸 따라다니던 남자였다. 그가 탐탁치 않았던 미코토는 때마침 기숙사 앞을 지나가던 토우마에게 하루만 자신의 연인인 척 해 달라는 부탁을 한다. 바로 토우마와 자신이 사귀는 척 해서 자신을 귀찮게 따라다니는 그 남자, 미츠키를 떼어내려는 속셈이었다. 하지만 결국 연인 연기를 하던 도중 토우마와미코토는 그 계획을 포기하기로 한다. 미코토는 미안한 마음에 토우마에게 맛있는 것을 사주겠다며 혼자 햄버거 가게로 향한다. 그렇게 홀로 남겨진 토우마 앞에 미츠키가 나타난다. 하지만 바로 그 순간, 미츠키와 똑같은 겉모습을 한 '또 다른 한 명의 미츠키'가 미코토 뒤를 쫓아서 햄버거 가게로 들어가는 모습을 목격하는데...

레벨 6 시프트(절대 능력 진화)' 계획의 실패, 다시 말해 토우마와의 싸움에서 진 액셀러레이터(일방통행)는 날마다 불량한 녀석들의 공격을 받으며 수난의 나날을 보내고 있다. 잠시 편의점을 들렀다 집으로 향하는 길, 그의 앞에 담요를 뒤집어쓴 한 소녀가 나타난다. 그 소녀는 다름 아닌 '미사카시스터즈' 중 1명으로 '시스터즈'의 최종 생산품인 20001번째 라스트 오더(마침표)였다. 라스트 오더는 자신이 한창 성장하는 도중에 계획이 중단되는 바람에 곤란해졌다면서 액셀러레이터에게 잘 아는 연구자를 소개시켜달라고 부탁한다. 싫다고 거절하는 액셀러레이터의 대답에도 굴하지 않고 라스트 오더는 그의 뒤를 졸졸 따라가 그가 사는 집까지 간다. 액셀러레이터의 집은 불량한 녀석들에 의해 이미 엉망이 된 상태였지만 라스트 오더는 개의치 않고 액셀러레이터의 침대에서 잠을 청하고 다음날 액셀러레이터 보다 먼저 일어나 그를 깨운다. 그리고 그에게 요리를 부탁하지만 매몰차게 거절당하고 두 사람은 고픈 배를 채우기 위해 근처의 한 식당으로 향한다. 그곳에서 라스트 오더는 자신이 생각하는 액셀러레이터에 대해 털어놓는 한편, 액셀러레이터는 그 식당 밖의 주차장에서 자신의 세워뒀던 차를 타고 그곳을 황급히 빠져나가는 '레디오노이즈(양산화 능력자)' 담당 연구자 아마이아오의 모습을 발견하는데...

미사카 네트워크'의 사령탑, 즉 총괄 책임을 짊어지고 개체로서 만들어진 '라스트 오더'. 액셀러레이터는 그녀, 라스터 오더에 대한 이야기를 나누기 위해 '레벨 6 시프트(절대 능력 진화)' 실험 계획의 연구 담당자, 요시카와키쿄우를 찾아간다. 키쿄우를 통해 라스트 오더의 머릿속에 시스터즈를 폭주시킬 수 있는 바이러스가 심어진 사실을 알게 된 액셀러레이터는 두 가지 선택의 갈림길에 놓이게 된다. 선택지 중 하나는 라스트 오더를 데리고 와 그녀가 들어 있던 배양기 안으로 되돌려 놓는 것이었고 또 다른 하나는 그녀의 머릿속에 바이러스를 심어 넣은 아마이아오란 연구자를 찾는 일이었다. 라스트 오더의 바이러스가 기동되는 시간은 키쿄우가 행동에 나선 바로 그날, 9월 1일 자정 12시까지였다. 라스트 오더를 혼자 식당에 두고 키쿄우를 만나러 갔던 액셀러레이터는 다시 그녀를 찾아 식당으로 가지만 여종업원으로부터 흰 가운을 입은 사람이 그녀를 데리고 갔다는 말을 듣는다. 흰 가운이라는 말에 낮에 봤던 아마이아오의 모습을 떠올린 액셀러레이터는 그를 찾아 나서고 결국 폐쇄된 연구소에서 그를 찾아낸다. 도망치려는 아마이아오를 붙잡는 한편, 라스트 오더를 보호하는 액셀러레이터였지만 그의 노력이 허무하게도 제한시간을 4시간이나 앞두고 바이러스가 기동을 시작하는데...

드디어 개학을 맞이한 토우마는 기억을 잃어버린 탓에 마치 전학생이라도 된 듯 긴장감을 느낀다. 그런 토우마의 앞에 나타난 진짜 전학생은 인덱스? 가..아니라 아이사였다. 그후 인덱스와 함께 만나게 된 효우카라는 학생은 뭔가 평범한 학생은 아닌 듯 한데... 과연 그녀의 비밀은 무엇일까?

인덱스와 효우카와 함께 지하 상가로 놀러간토우마는골렘을 조종하는 쉐리를 만나게 된다. 인덱스와 효우카를 지키기 위해 쉐리에게 맞서 싸우려는 토우마의 앞에 나타난 미코토와쿠로코. 쿠로코가미코토와 인덱스를 텔레포트 시켜 피신시키고, 토우마는효우카와 단 둘이 남게 되는데...코모에 선생은 전화로 효우카에 대한 정보를 알려주는데 효우카의 정체는?

효우카의 정체는 바로 AIM 확산력장이 만들어낸 물리 현상에 불과할 뿐이었다. 쉽게 말해 유령이나 마찬가지라고 할지라도 친구가 된 효우카가 그냥 사라지게 둘 수는 없는 일이라고 결정한 토우마는 그녀를 지키기 위해 골렘앨리스와쉐리의 앞에 나서는데...토우마가쉐리와앨리스를 물리치려는 순간 둘은 사라진다. 도망간 줄로 알았던 쉐리가 인덱스를 목표로 삼았다는 걸 깨달은 토우마는 조급한 마음에 걱정을 하는데..

도망간 줄로 알았던 쉐리가 인덱스를 목표로 삼았다는 걸 깨달은 토우마는 조급한 마음에 걱정을 하는데 그를 가로막으며 쉐리를찾아나선다. 도망간 스핑크스를 잡으러 가기 위해 미코토와 헤어져 혼자가 된 인덱스 앞에 골룸앨리스가 나타난다. 인덱스는 마도서의 지식을 사용해 골룸을 조정하여 공격이 빗나가게 하는데 성공한다. 하지만 한계에 부딪히고 공격을 받는다.