Alors que la rencontre sportive est sur le point de débuter, les différents organisateurs sont à la recherche d'une personne pour le discours d'ouverture parmi les niveaux 5.

Pendant ce temps, Shokuhô Misaki, la cinquième plus puissante niveau 5, s'intéresse aux clones de Misaka Mikoto. Que désire-t-elle accomplir ?

総人口230万人を数える、東京西部に広がる巨大な都市。 その人口の約八割を学生が占めることから、「学園都市」と呼ばれているその都市では、世界の法則を捻じ曲げて超常現象を起こす力――超能力の開発が行われていた。

特殊な授業(カリキュラム)を受け、能力を得た学生たちは、定期的な『身体検査(システムスキャン)』によって、『無能力(レベル0)』から『超能力(レベル5)』の6段階に評価されている。

その頂点に立ち、最強と謳われるのが、7人の『超能力者』たちである。

そのひとり、御坂美琴。

電気を自在に操る『電撃使い(エレクトロマスター)』最上位の能力者にして、『超電磁砲(レールガン)』の異名を持つ彼女は、名門お嬢さま学校・常盤台中学に通う14歳の女子中学生。

後輩で『風紀委員(ジャッジメント)』の白井黒子。その同僚でお嬢様に憧れる初春飾利と、都市伝説好きな彼女の友人、佐天涙子。

そんな仲間たちとの、平和で平凡で、ちょっぴり変わった学園都市的日常生活に、年に一度の一大イベントが迫っていた。

『大覇星祭』。 7日間にわたって開催され、能力者たちが学校単位で激戦を繰り広げる巨大な体育祭。期間中は学園都市の一部が一般に開放され、全世界に向けてその様子が中継されるにぎやかなイベントを前に、誰もが気分を高揚させていた。その華やかな舞台の裏側で蠢くものには、まったく気づくこともなく――。

总人口230万人，蔓延东京西部的巨大都市。因为学生约占其中人口的八成而称为“学园都市”的这座城市，正在进行着透过扭曲世界法则来引发超常现象的力量——超能力的开发。

接受特殊课程而获得能力的学生们，根据定期的“身体检查”，被分为“无能力（Level 0）”到“超能力（Level 5）”等六个阶段，位于顶点的就是七名的“超能力（Level 5）”。

位于其顶点的，就是被誉为最强的七名“超能力者”。其中之一的御坂美琴是能够自由操纵电力的“电击使”中最上位的能力者，拥有“超电磁炮”之名的她是在常盘台中学就读的14岁女子中学生。作为后辈，同时是“风纪委员”的白井黑子，景仰大小姐的初春饰利，和她那喜欢都市传说的朋友佐天泪子。这样的同伴们一起过着和平但又有点奇妙的日常生活，而这时一年一度的盛大活动迫近了。

“大霸星祭”。7天时间里，能力者们以学校为单位展开激战的巨大体育祭。期间，学园都市的一部分向公众开放，在面向全世界转播的这场盛大活动面前，每个人都情绪高涨。但在华丽的舞台背后的蠢蠢欲动，却完全没有注意到——

초능력 개발이 이뤄지고 있는 학원도시에서 일어나는 일을 다룬 애니메이션

Una ciudad enorme en el oeste de Tokio con una población total de 2,3 millones. Alrededor del 80% de la población son estudiantes, por lo que la ciudad se llama 'Ciudad Academia', donde se estaba llevando a cabo el poder de torcer las leyes del mundo y causar fenómenos paranormales: el desarrollo de poderes sobrenaturales. Los estudiantes que han adquirido habilidades a través de clases especiales (plan de estudios) se someten a 'exámenes físicos (escaneos del sistema)' regulares y pasan por seis etapas desde 'incompetencia (nivel 0)' hasta 'poder sobrenatural (nivel 5)'. Parados en la cima y promocionados como los más fuertes están los siete 'psíquicos'. Una de ellas es Mikoto Misaka. Ella es una niña de 14 años que asiste a la escuela secundaria Tokiwadai Junior High School, una prestigiosa escuela para señoritas, y es conocida como Railgun.