Después de un encuentro con Misaki Shokuhō, otro esper de nivel 5 de la escuela secundaria Tokiwadai, Mikoto Misaka se encuentra con Kuroko Shirai, Kazari Uiharu, Ruiko Saten y Erii Haruue mientras visitan a Banri Edasaki en un hospital.

Mikoto sueña con que científicos se acerquen a su yo más joven y quieran usar su mapa de ADN para ayudar a curar a los pacientes con distrofia muscular. A la mañana siguiente, Kuroko intenta llevar a Mikoto por un callejón para llegar al centro comercial, y se encuentran con algunas personas que pasan.

Mikoto recuerda los rumores sobre tener un clon e intenta interrogar a la chica, quien fue la responsable de distribuir los sobres para llenar los callejones que las cámaras de seguridad no pueden alcanzar con los ojos humanos.

Tres meses antes, en una instalación desconocida, un par de mujeres científicas llamadas Yumi Kusakabe y Eiga Kanmi habían asesorado el nacimiento de un clon de Mikoto, etiquetado como Misaka 9982, e instalaron sus funciones de memoria a través de una máquina similar a una cápsula llamada Testament.

Después de ayudarla de mala gana a rescatar a un gatito de un árbol, Mikoto intenta interrogar a Misaka 9982 pero no puede descifrar una palabra clave que le dio el clon. Ella la sigue en caso de que regrese a sus instalaciones, pero en su lugar terminan haciendo algunas actividades fraternales.

Mikoto desata su ira contra Accelerator, quien rápidamente deduce que ella es la original, y se enfurece aún más al ver la pierna rota de Misaka 9982 y escuchar las razones egoístas de Accelerator para participar en el experimento. Sin embargo, incluso sus ataques más poderosos se reflejan simplemente en su habilidad.

Eliminando la mayor cantidad de instalaciones involucradas con el Proyecto Nivel 6 Shift a través de la guerra electrónica antes de que ella quede fuera de sus líneas de comunicación, Mikoto comienza a pasar varias noches atacando las otras instalaciones directamente.

Con solo dos instalaciones restantes, Keitz recurre al servicio del equipo de mercenarios ITEM. Cuando Mikoto se infiltra en una de estas instalaciones, se encuentra con uno de sus miembros, Frenda Seivelun, quien le causa problemas usando cinta inflamable y muñecos de peluche que contienen bombas.

Mikoto intenta escapar de los ataques de Shizuri, lo que resulta difícil debido a que el tercer miembro de ITEM, Rikō Takitsubo, usa su habilidad AIM Stalker para ayudar a Shizuri y Frenda a atacar su posición.

Al encontrarse cara a cara con Shizuri, Mikoto usa algunas de las muñecas explosivas que Frenda dejó sin darse cuenta para compensar sus poderes debilitados. Shizuri lucha contra estas muñecas usando tarjetas de fragmentos de silicio para dividir sus láseres, pero Mikoto logra noquearla con una de las muñecas restantes.

Mikoto se encuentra con Tōma, quien parece tener problemas para recordar quién es ella, y destroza una máquina expendedora para escupir bebidas para compensar algo de dinero que le había robado. Kuroko llega a la escena y, a pesar de no estar contenta con la presencia de un supuesto 'novio', se siente aliviada de que Mikoto parezca haber vuelto a ser alegre.

Mikoto decide piratear y destruir el diagrama de árbol, la supercomputadora responsable de los cálculos del experimento, con la esperanza de poder detenerlos. Mientras tanto, Tōma se encuentra con Misaka 10032, quien lo obliga a ayudarla a cuidar de un gatito abandonado que había encontrado.

Mikoto se desespera al darse cuenta de que con Tree Diagram destruido, no tiene forma de detener los experimentos. Ella trata de aferrarse a su causa destruyendo sin piedad otra instalación, pero pierde toda esperanza cuando ve una transmisión en vivo de Misaka 10031 siendo asesinada por Accelerator.

Tōma llega a los dormitorios de Tokiwadai, donde Kuroko lo saluda de mala gana. Cuando el supervisor del dormitorio de Tokiwadai llega para una inspección, Kuroko se ve obligada a esconder a Tōma debajo de la cama de Mikoto debido a que su Imagine Breaker niega su teletransportación.

Tōma llega al sitio donde Accelerator y Misaka 10032 están peleando y declara su firme deseo de rescatar a la Hermana. Cuando comienza su pelea, Tōma inicialmente lucha contra Accelerator mientras le lanza proyectiles y provoca una explosión de polvo.

Accelerator exige saber por qué Mikoto está protegiendo a Misaka 10032, a lo que ella responde que es simplemente porque es su hermana. Antes de que Accelerator pueda intentar matarlos, Tōma logra recuperar el equilibrio y usa el resto de su fuerza para noquear a Accelerator con un último golpe.

Cuando el supervisor del dormitorio de Tokiwadai le pide que explique sus ausencias, Mikoto fanfarronea diciendo que estaba teniendo sesiones de estudio con sus amigos.

Una organización misteriosa supervisa a ITEM mientras luchan contra un grupo de robots. Al día siguiente, Mikoto y sus amigos visitan a Banri, quien pronto será dada de alta del hospital y se mudará a un departamento con Erii.

Las chicas no pueden obtener más información de Febri, quien parece ser un poco cautelosa con Mikoto y le gusta Ruiko. Después de que Febri pasa una noche con Ruiko en el departamento de Kazari, el grupo, creyendo que Febri es un error infantil,

A medida que Aiho siente curiosidad por saber cómo funcionaban los robots de seguridad sin baterías, Mii trata a Mikoto y a los demás llevándolos a los baños públicos, donde Mikoto le permite a Febri quedarse con su rara marioneta de dedo rosa Gekota de su colección.

Heaven Canceller le explica a Mikoto que el cuerpo de Febri secreta un veneno y requiere que ella chupe piruletas especiales para neutralizarlo. Mientras mantiene esto en secreto para los demás, Mikoto se encuentra con Misaka 10032 quien, después de haber visitado a Febri la noche anterior, le informa que Febri quería conocer a su hermana mayor.

Mikoto se niega a irse hasta que obtenga información de Therestina para salvar a Febri. Therestina revela vacilante que Febri es un humano artificial llamado quimioide, que sus creadores iban a exhibir en la Asamblea de Exhibición de Investigación de Ciudad Academia.

Aritomi revela que comenzó Project Chemicaloid, que creó a Janie y Febri debido a su amargura de que los espers ganan fama y reconocimiento mientras que intelectuales como él son ignorados. Para finalmente mostrar su poder, STUDY encontró una manera de producir espers en masa que traerán una revolución en Ciudad Academia mañana.

La totalidad de Judgement se une para luchar contra los robots de STUDY. Mientras tanto, Mikoto y Febri llegan a la base oculta de STUDY en un estadio. STUDY responde enviando una señal para cortar las comunicaciones de todos y enviando mechs más avanzados después de cada grupo.