Mikoto und die Clique besuchen Banri im Krankenhaus. Doch plötzlich wird Erii als Geisel genommen, was eine gewalttätige Auseinandersetzung auf dem Dach zur Folge hat.

Mikotos Recherchen über die rätselhaften Umschläge voller Bargeld führen sie zu einer Schülerin, die behauptet, dass sie andere allein mit ihrer Berührung töten kann.

Ein Hinweis aus ihrem letzten Abenteuer lässt Mikoto erkennen, dass ihre vor langer Zeit gegebene DNA-Spende dazu genutzt wurde, ihre sogenannten „Schwestern“ zu klonen.

Nachdem die Gerüchte über ihre Klonung scheinbar entkräftet wurden, geht Mikoto mit Kazari und Erii einkaufen, trifft jedoch später auf ein sehr bekanntes Gesicht.

Mikoto erfährt, dass Misaka 9982 eine von 20.000 Klonschwestern ist, die alle im Kampf gegen Accelerator, den mächtigsten aller Level-5-Esper, sterben sollen.

Nach einem erbitterten Kampf mit dem reuelosen Accelerator beschließt Mikoto, die für das Sister-Experiment genutzten Anlagen zu zerstören.

Mikotos Freunde machen sich allmählich Sorgen über ihre nächtlichen Geheimaktivitäten. Ihnen ist nicht bewusst, dass sie das Klonprojekt fast vollständig zerstört hat.

Knockraven, ein Verantwortlicher des Klonprojekts, entsendet ein Söldner-Team, um Mikotos Angriffe aufzuhalten. Höhepunkt ist ein Kampf mit der tödlichen Frenda.

Mikoto wurde in ihrem Kampf gegen Frenda und die restliche ITEM-Söldnertruppe geschwächt und kann Shinobu daher nicht helfen, als diese gefangen genommen wird.

Nach einem erbitterten, aber siegreichen Kampf gegen die ITEM-Söldnerin Shizuri stellt Mikoto fest, dass die letzte Klonanlage verlassen wurde.

Mikotos Siegesfreude wird von Misaka 10031 ein Ende gesetzt, die ihr mitteilt, dass die Klonexperimente noch im Gange sind.

Mikoto hackt sich in den Supercomputer des Klonprojekts und stellt fest, dass dieser nicht mehr aktiv ist. Misaka 10031 rüstet sich für den Kampf gegen Accelerator.

Misaka 10031 wird im Gefecht mit Accelerator getötet. Als Tōma ihre Leiche findet, wird die wahre Natur der Klonschwestern enthüllt.

Mikoto ist der festen Überzeugung, dass sie das Klonprojekt nur aufhalten kann, indem sie sich von Accelerator töten lässt. Tōma schlägt einen gefährlichen Plan vor.

Tōma hält sich im Kampf gegen Accelerator trotz des Kraftunterschieds überaus wacker. Mikoto inspiriert die anderen Klonschwestern derweil, im Kampf zu helfen.

Der letzte Kampf gegen Accelerator nimmt ein überraschendes Ende, wodurch auch das Klonprojekt gestoppt wird. Mikoto denkt über die Zukunft der Klonschwestern nach.

Mikoto muss ihr Fehlen vom Unterricht entschuldigen und erfährt, dass die Lebensdauer der Klonschwestern durch eine Neukonfiguration verlängert werden soll.

Mikoto und die Clique besuchen Banri, der das Krankenhaus verlassen darf. Kuroko und Kazari bereiten sich auf den Dienst bei einer anstehenden Forschungsausstellung vor.

Die Clique bringt ein rätselhaftes weißhaariges Waisenmädchen namens Febri in Sicherheit, das Mikoto zu kennen scheint und Ruiko schnell ins Herz schließt.

Auf dem Heimweg aus dem Schwimmbad wird die Clique von einem Mech angegriffen, der sich in Febris Nähe plötzlich abschaltet. Eine erstaunliche Enthüllung folgt.

Mikoto erzählt ihren Freunden die Wahrheit über Febri. Man ist sich einig, die Herkunft des Mädchens zu untersuchen und es am Leben zu erhalten.

Mikoto macht Febris Entstehungsort – eine Fabrik – und das rätselhafte Genie ausfindig, das sie erschaffen hat. Außerdem hat sie mit Verrat zu kämpfen.

Mikoto erfährt, dass Shinobu gefangen genommen wurde und nun bei der Erschaffung einer Esper-Armee zum Angriff auf eine Forschungsausstellung helfen muss.