Un sottomarino russo chiamato Prometeo viene attaccato da Hypnotia, servitrice del Mandarino, un potente supercriminale, e gli uomini all'interno del mezzo vengono apparentemente uccisi. Successivamente altri due suoi uomini, Dreadknight e Turbine, rubano un circuito integrato a Tony Stark, famoso miliardario che, segretamente, veste i panni del supereroe Iron Man. Un anno più tardi Iron Man indaga sul Prometeo, che si trova ancora sott'acqua, venendo tuttavia attaccato dal drago Fin Fang Foom, alleato del Mandarino. A quel punto gli uomini nel sottomarino vengono risvegliati come mostri al servizio del Mandarino, ma vengono fermati da Iron Man e fatti poi tornare normali da Century, potente mago alleato di Tony Stark. Iron Man deve poi affrontare il potente robot Titanium Man, ma riesce a spedirlo nello spazio grazie all'aiuto del suo alleato War Machine.

Il Mandarino riesce a risvegliare un potentissimo robot alieno distruttivo di nome Ultimo e, perché ubbidisca ai suoi ordini, gli impianta sul collo un particolare dispositivo. Lo mette così contro Iron Man e i suoi aiutanti che tuttavia riescono a sconfiggerlo dopo che Occhio di Falco (l'arciere del gruppo) lo colpisce con una potente freccia.

MODOK, aiutante del Mandarino, riesce a comandare la mente di James "Jim" Rhodes (alias War Machine), inserendogli in testa una piccola forma di vita di nome ELF. Così facendo Jim dichiara che Tony Stark sia stato autore di alcune truffe di cui era sospettato, finendo nei guai. Iron Man riesce poi ad arrivare in una base spaziale dove si trova il Mandarino, venendo seguito dai suoi aiutanti. War Machine si mette tuttavia contro Iron Man, che riesce però a far uscire ELF, facendo tornare normale Jim. La base spaziale viene poi fatta esplodere.

Julia Carpenter, alias la Donna Ragno, vorrebbe che sua figlia Rachel ascoltasse della musica di Van Cliburn, e le dà così un suo disco. Rachel tuttavia finisce in una trappola del Mandarino e Justin Hammer, miliardario alleato del suddetto, dice a Tony Stark di volerla tenere in ostaggio finché non gli venissero consegnati i progetti di un carro armato di Stark. Tony, nei panni di Iron Man, riesce a trovare Rachel, ma i due rimangono imprigionati dato che l'armatura del supereroe si scarica. L'armatura viene perciò ricaricata grazie alla potenza musicale del disco di Van Cliburn, e così i due riescono a fuggire.

Gli uomini del Mandarino riescono a rubare il prototipo di un aereo da combattimento delle industrie Stark, nonostante il suddetto risultasse presente fino a un attimo prima di essere misteriosamente scomparso. Tony non si dà pace e passa moltissimo tempo per capire come ciò sia accaduto, trascurando le sue già precarie condizioni fisiche. Tony si rende tuttavia poi conto che ci sono riusciti indossando delle tute che li hanno posizionati in una diversa linea temporale, e così, nei panni di Iron Man, li attacca e riesce a recuperare il prototipo, che viene consegnato ad alcuni militari. Poi Tony capisce che però i militari erano in realtà uomini del Mandarino travestiti, e così parte a recuperarlo, per poi farlo finire in mare così che diventi innocuo.

Iron Man riesce a entrare in possesso di una scatola nera del Mandarino all'interno della quale c'è un diario elettronico. La Donna Ragno, Scarlet e Century lo guardano, e nel suddetto è raccontato come il Mandarino, un tempo chiamato Arno Brock, abbia acquisito i suoi poteri dopo essere entrato in contatto con alcuni cristalli alieni. Ciò era però una trappola, dato che la Donna Ragno, Scarlet e Century sono in realtà stati ipnotizzati a distanza, facendo sì che lascino entrare il Mandarino nella sala delle armature di Iron Man, dove si fa costruire un'armatura su misura, così da essere più potente. Nonostante ciò Iron Man riesce ugualmente a sconfiggerlo.

Durante un attacco del Mandarino Occhio di Falco non si presenta, mettendo Iron Man e la sua squadra di supereroi in seria difficoltà. Occhio di Falco tuttavia non vuole dare spiegazioni al riguardo, ritenendo che si tratti di questioni private. Successivamente Hypnotia lo ipnotizza, costringendolo a comparire in alcune fotografie, successivamente divulgate, nelle quali sembra fare affari con Justin Hammer. Iron Man e il suo gruppo tuttavia scoprono la verità, riuscendo così a sconfiggere il Mandarino durante un suo attacco, nonostante il suddetto volesse distrarre i supereroi visto l'accaduto. Successivamente Occhio di Falco rivela di non essere stato presente in precedenza poiché era andato da suo nonno, che aveva dei problemi di salute.

MODOK riesce a creare un robot in tutto e per tutto somigliante a Iron Man e il Mandarino lo manda a "rubare" dalle industrie di Hammer (che è in realtà d'accordo col Mandarino) gli unici campioni rimasti di vaccino contro la febbre delle acque nere, anche se alla cosa non viene data molta importanza essendo la malattia sparita dalla circolazione. Successivamente il falso Iron Man manda al mondo un messaggio nel quale ordina di consegnargli cento milioni di dollari entro mezzanotte, altrimenti avrebbe rimesso in circolazione la febbre delle acque nere. Questo mette in cattiva luce Iron Man, anche perché il vero Tony Stark non si fa vedere da parecchio tempo.

La Donna Ragno e Scarlet trovano il vero Iron Man negli abissi dell'oceano, intento in una missione subacquea. Nel frattempo i milioni stanno per essere consegnati al falso Iron Man, ma in realtà il Mandarino non ha intenzione di rispettare l'accordo e diffondere in ogni caso la malattia: lui infatti non vuole i soldi, ma soltanto avere il mondo in pugno. A quel punto però appare il vero Iron Man, che sfida il falso e, dato che questo è stato programmato per comportarsi come Iron Man, rimane confuso quando quello vero adotta modalità di combattimento diverse dal solito. Così il vero Iron Man riesce a sconfiggere il falso.

Mentre Iron Man è in missione tra i monti ghiacciati, viene attaccato da Fin Fang Foom, sotto ordine del Mandarino. Poiché MODOK è riuscito a far credere alla squadra di Iron Man, al momento altrove, che il supereroe non sia contattabile per un guasto, i suddetti non accorrono quando il drago lo attacca, ferendolo gravemente. Iron Man riesce a nascondersi all'interno di una montagna attivando la riparazione dell'armatura, che sarà pronta però solo dopo diverse ore. Mentre è lì dentro, Tony utilizza un modulo di memoria per rivedere i suoi ricordi passati. Rivede perciò di quando suo padre è morto a seguito di un incidente alle industrie Stark, il cui colpevole era in realtà Justin Hammer, che successivamente ha attaccato anche Tony, facendogli penetrare una scheggia sulla colonna vertebrale, e l'ha successivamente condotto dal Mandarino, che gli ha ordinato di costruire un'armatura che lo renda invincibile.

Tony completa l'armatura assieme al fisico Wellington Yinsen, anche lui rapito dal Mandarino. Quando però la suddetta viene completata, Tony la indossa e fugge con un fantoccio con le sue sembianze (così che i nemici non capiscano che si tratti della stessa persona), mentre Yinsen viene colpito da una pistola, scomparendo. A seguito del ricordo di Tony, la sua squadra di supereroi lo raggiunge dopo aver scoperto l'inganno. Il gruppo sconfigge gli uomini del Mandarino, mentre Fin Fang Foom se ne va via.

Il Mandarino si rende conto che Iron Man e Tony Stark sono in realtà la stessa persona, e perciò ha intenzione di uccidere Stark quando è in borghese. Tony tuttavia se ne rende conto e attua un piano per risolvere il problema: annuncia il suo matrimonio con Julia Carpenter, ma il Tony che si presenta alle nozze è, segretamente, un robot. Il Mandarino attacca Julia e il robot e, vedendo arrivare Iron Man al loro soccorso, si convince del fatto che il supereroe e Tony siano in realtà due persone diverse, e così se ne va.