The repaired Jupiter 2 launches into space once more, to escape the destruction of Priplanus following a series of cataclysmic earthquakes. The Robinson's crash-land on a strange new world, to become planet-bound again for another season.

Au premier épisode, les Robinson se voient contraints de quitter la planète sur laquelle ils ont vécu la plus grande partie de la saison 1 car le cœur de cette planète, devenu instable à cause des travaux d'un prospecteur intergalactique, menace d'exploser. Le Jupiter 2 met alors le cap sur Alpha du Centaure mais le docteur Smith trafique le système navigationnel pour le diriger vers la Terre et, à cause de cela, l'engin manque de peu de s'écraser sur le Soleil. Les manœuvres pour l'éviter font que le Jupiter 2 se perd de nouveau dans l'espace. À l'épisode 3, il se pose sur une nouvelle planète sur laquelle il va rester pour toute la suite de la saison. Le reste de la saison, les Robinson vont vivre une série d'aventures autant humoristiques que tragiques dans lesquelles le docteur Smith va, presque à tout coup, les mettre dans le trouble. Ils rencontrent alors des extraterrestres tous plus fantaisistes les uns que les autres. Ils font ainsi connaissance entre autres avec un prospecteur sorti tout droit du XIXe siècle, un chevalier du Moyen Âge accompagné d'un basset muni de lunettes, un directeur de cirque ambulant, un sheik arabe, un magicien, un fabricant de jouets, une déeese norvégienne, un fantôme écossais, un amiral du XVIIIe siècle. Les épisodes mettent l'emphase sur le docteur Smith, Will, le Robot et, dans une moindre mesure, Penny.