不远的未来，一群变种的海洋生物与人类展开对抗，导致海平面上升，淹没了许多陆地。人类为了夺回赖以生存的土地，深入海洋寻找怪物巢穴，而“青之6号”就是人类寄予最后希望的一艘威力强大的潜水艇。

De ooit beroemde en gerespecteerde wetenschapper Zorndyke heeft een nieuw genre van levende wezens voortgebracht, een genre dat gedijt op de oceanen en leeft om mensen te vernietigen. Zorndyke gelooft dat het tijd is dat de mensen worden ontheven van hun heerschappij over de aarde. Het is aan Blue Submarine No. 6 en de rest van de Blue Fleet om een ​​einde te maken aan de waanzin en creaties van Zorndyke.

The once famous and well respected scientist Zorndyke has bred a new genre of living being, one that thrives on the oceans and lives to destroy humans. Zorndyke believes it is time that the humans were relieved of their rule of the earth. It is up to Blue Submarine No. 6 and the rest of the Blue fleet to put an end to Zorndyke's madness and creations.

Au cours du 21ème siècle, les calottes polaires ont fondu et ont submergé la surface terrestre, faisant plusieurs milliards de victimes. Dans ce paysage apocalyptique, où l'eau est devenue synonyme de mort, les survivants tentent de résister aux assauts des hybrides, des créatures mi-humaines mi-animales.

Die Menschheit hat es geschafft: Durch den per Umweltverschmutzung verstärkten Treibhauseffekt, ist das Eis an den Polarkappen geschmolzen. Es gibt nur noch wenige Orte, wo Menschen leben können - und als ob das nicht schon schlimm genug wäre, schmiedet ein verrückter Professor, der durch Kreuzungen zwischen Mensch und Tier eine neue Rasse von Hybridwesen erschaffen hat, auf seiner Insel Pläne zur Vernichtung der Menschheit. Die übrig gebliebenen Staaten wollen das natürlich nicht zulassen und schicken ihre verbliebenen Kriegsschiffe los, um den Professor und dessen Ungeheuer aufzuhalten. Eines der Schiffe ist die Blue 6, ein hochentwickeltes U-Boot, dessen Crew im Militär hohes Ansehen genießt. Zwei Mitglieder dieser Crew sollen heimlich auf die Insel geschleust werden, um den Wahnsinn des Professors zu stoppen. Die junge U-Boot-Pilotin Mayumi Kino und der Kriegsveteran Tetsu Hayami machen sich, wie befohlen, auf den Weg, um das Unheil aufzuhalten, bevor alles zu spät ist.

Il livello delle acque è salito tanto da sommergere alcune grandi città e le navigazioni nei mari e nelle città costiere sono minacciate da una nuova razza di umanoidi con sembianze di pesci. Questa razza intelligente e guerrafondaia è guidata da un crudelissimo uomo squalo ed è dotata di una corazzata marina altamente tecnologica e con un potenziale bellico estremamente elevato. Il Blue Submarine No. 6 cerca di opporsi loro e fermarli, ma ha sia problemi interni al proprio equipaggio che uno svantaggio dal punto di vista militare. Inoltre alcuni membri dell’equipaggio inizieranno ad interrogarsi se la loro missione sia davvero quella giusta, e se la nuova razza non abbia gli stessi loro diritti di vivere in questo, già pesantemente devastato dall’uomo, pianeta.

近未来。地球の人口は膨れ上がり、環境は劣悪化するばかりであった。世界各国は人類最後のフロンティア＝海に希望を求め、新たな世界を築こうとしていた。そして、海上及び海中での安全保障や環境保護を目的として、世界各国から潜水艦を集結させ超国家組織「青」を結成した。日本の自衛隊から「青」へ向かった潜水艦も6号艦となり、任務に就くことに。しかし、そんな折、海洋開発のリーダー的存在だった転載科学者ゾーンタイクが、突如反旗を翻し、海洋テロ結社を率いて人類殲滅を宣言、無差別テロを開始したのだ！それに対抗すべく「青」は、究極の作戦を発動させ、人類の存亡を賭けた戦いへ挑むのだった……。果たして、人類は人類殲滅を宣言したゾーンダイクの野望を阻止することができるのか？

태평양의 한가운데. 해저 화산안에 있는 거대한 돔. 세계 각국의 협력으로 설립된 바다의 안전을 지키는 조직, '아오'(청(靑)). 그 아오에게 일본이 파견한 디젤 엔진의 고물 직전의(나중에 원자력 엔진으로 개조) 잠수함이 '쿠로시오'호. 즉, '청의 6호'다. 돌연, 정체불명의 잠수함이 나타나, 각국의 잠수함을 차례차례 격침시킨다. 그 정체는 세계 정복을 노리는 국제 테러 조직 가고일 '맥스'였다. 청의 6호는 이 수상한 잠수함을 추적해, 맥스의 파괴 활동을 저지하라는 명령을 받는다. 함장 이가 소령, 부함장 하야타 중위, 그리고 청의 6호에 탑재된 잠수정 플리퍼(flipper) 호의 파일럿으로 발탁되어 처음으로 청의 6호에 승선한 이 만화의 주인공격인 야마노 켄타와 오키타 쥬조 오키타 류지. 그들에게 맞서는 맥스의 잠수함대 '무스카'. 그 함대를 이끄는 사람은 왕년에 U보트의 명함장이었던 베르그 대령. 이 두 팀은 드디어 태평양의 해저에서 격돌한다.

거기에 맥스는 해저에 침몰했던 전함 야마토를 잠수함으로 개조. 거대 해수 '아카하게'까지 등장시켜[1] '아오'의 본부를 파괴하고자 한다.

야마토와 아카하게의 공격으로 청의 6호는 위기일발. 과연 청의 6호의 운명은? 그리고 아오와 맥스의 싸움의 결말은?

A história de Blue Submarine 6 se passa num futuro sombrio, no qual a Terra se transformou num mundo devastado e quase inteiramente submerso em água, em função de uma série de eventos desencadeados por um professor de nome Zorndyke. A catastrófica destruição causada por estes eventos ocasionou a morte imediata de 1 bilhão de pessoas em todo o mundo. Completando o cenário, uma sangrenta guerra entre a população em terra e os povos do mar traz ainda mais tristeza e sofrimento aos sobreviventes.

Hayami Tetsu vive neste cenário desolado. Ex-membro da tripulação do Blue Submarine n.6, Hayami resolveu abandonar o antigo posto, pois não vê sentido em lutar por um mundo completamente destruído e sem esperanças. A insistência emocionada da bela Kino Mayumi, tripulante novata que vem lhe entregar uma comunicação feita pela tripulação do submarino, injeta um pouco de energia no sempre sorumbático Hayami. O curso dos acontecimentos revelará um pouco mais do passado de Hayami e Mayumi, além de mostrar, aos poucos, as razões que levaram o mundo à destruição. Qual o motivo para a guerra entre terra e mar? Quem está de fato com a razão neste combate?

Когда-то уважаемый и известный учёный Зорндэйк создал новый вид существ, обитающих на дне океана и нападающих на людей. Зорндэйк искренне верил, что время людей на Земле прошло. Однако, люди не намерены так легко сдаваться. Чтобы положить конец безумию Зорндэйка и его творениям создается Синий флот и входящая в него Синяя субмарина №6.

En un futuro cercano, los océanos han inundando la mayor parte de la tierra, matando a miles de millones de personas, debido a las acciones del científico Zorndyke. La mayoría de las ciudades que quedaron de pie, fueron posteriormente atacadas por el Ejército de Chiron perteneciente a Zorndyke. Ahora, la humanidad lucha por sobrevivir contra las creaciones producidas por Zorndyke. La mayor esperanza que tiene la humanidad de solucionar el conflicto recae en su fuerza élite de submarinos Clase Azul.

En un futuro cercano, los océanos han inundando la mayor parte de la tierra, matando a miles de millones de personas, debido a las acciones del científico Zorndyke. La mayoría de las ciudades que quedaron de pie, fueron posteriormente atacadas por el Ejército de Chiron perteneciente a Zorndyke. Ahora, la humanidad lucha por sobrevivir contra las creaciones producidas por Zorndyke. La mayor esperanza que tiene la humanidad de solucionar el conflicto recae en su fuerza élite de submarinos Clase Azul.

Сюжет розповідає про затоплений світ — людство, покаране за своє нерозумне ставлення до природних ресурсів. Але екологічна тема тут відіграє скоріше другорядну роль. І тема про хоробрих підводників, що захищають свій світ від підступних мутантів також не головна. Блакитна № 6 — це в першу чергу історія про ненависть і прощення, про руйнівне начало, як про невіднятну рису всіх людей, але й про вміння відмовитися від помсти та побачити у заклятому ворогові не чудовисько, а таку саму людину.