克羅斯瓦德是一位資產家居住在一座孤島上的城堡裡，他罹患一種會重複攝取並排出大量水分的怪病。想要解開這個怪病之謎的黑傑克，最後發現這座島上並不是只有克羅斯瓦德受到這種怪病的侵襲...。

黑傑克在雪夜裡邂逅里枝，二個月次後再次相遇。在這短短的時間內，里枝就因為車禍意外和自殺而失去了二位友人。里枝害怕失去自己的第三位友人，所以她懇求黑傑克拯救她的另一位朋友。

阿爾提卡共和國的將軍因為涉嫌販賣毒品的嫌疑而被聯合連邦逮捕。被屬下給救回來的將軍已經是癌症末期。為了讓將軍活著返回故國，他的女兒瑪莉亞找上黑傑克請求協助。

第一次參加電影演出的女演員蜜雪兒，在她初次的螢幕大作即將完成之前罹患原因不明的厭食症。黑傑克受到委託前去幫她治療，但在以安樂死的天才聞名的奇利柯醫生卻出現在黑傑克的面前...。

正在歐洲旅行的黑傑克和皮諾可，遇到一位受到戰爭的幻像和神祕出血所苦的年輕人。黑傑克在他的身上發現天才般的外科手術痕跡，為了和那執刀醫生見一面，他開始去探尋根源。

黑傑克收到二年前所寄出的將近三百八十萬日圓的委託金，於是黑傑克和皮諾克前去造訪病人所在之處，但在雪中等待著他們的卻是受到病魔給侵擾的美麗的公主和侍奉在她身邊的鎌倉時代武將...。

黑傑克在一個內戰中的國家成功的為一名少女完成心臟手術。史丹菲爾德教授為了少女的術後療養將她接到紐約並且非常感謝黑傑克天才般的技術，為了感謝黑傑克的教授召開會議打算給他國際醫生執照...。

黑傑克前去為一名英國少年治病，這位少年罹患一種身體會長出植物的芽的奇病。同一時間少年的雙親所居住的南美小村莊，有一名老人正為了守護一棵即將因為道路開發而被砍掉的巨樹而奮鬥。

黑傑克受到邀請要他前去三月市擔任公害病「三月病」救援委員會的主治醫生。他在那裡遇見一名少女，少女因為沒有戶籍而無法被認定為受害者。黑傑克在為她治療的期間，他的內心產生一種近乎戀愛的情感...。

皮諾可原因不明的病變發作，同時又有人委託黑傑克進行困難的手術，而那病患的名字讓黑傑克回想起過去的某個重要的「回憶」。這次的內容是以古都為舞台，與皮諾可的出身之謎有關的悲哀故事。

黑傑克被一個神祕組織給帶到名叫「安遼國」的軍事獨裁國家，神祕組織要求黑傑克為治療該國國家主席。但那位重要的人物對麻醉有重度的過敏，最嚴重的話會引起過敏性休克。在內戰動亂的國情中黑傑克與負責護衛他的神祕美女一起被捲入戰亂的旋渦，更是從安遼國國內的背後中發現有著不可告人的秘密與那位女子的悲傷與憎恨交接的復仇過去...。