Дія серіалу відбувається у невизначеному майбутньому і обертається навколо відновлення Співдружності систем, конституційної монархії заснованої у далекій зоряній системі під назвою Тарн-Ведра. Людство було частиною Співдружності, виявленою цивілізаціями екзопланет за кілька тисяч років до початку дії серіалу. Співдружність базувалася в трьох галактиках : Чумацькому Шляху, галактиці Трикутника і галактиці Андромеди. Кораблі подорожують між системами через гіперпростір, безпечний шлях крізь який можуть знаходити тільки живі пілоти, але не комп'ютери. Співдружність вважалася щасною спільнотою, але фактично перебувала у стані війни з Магогом, войовничим гуманоїдним видом, представники якого мають вигляд людиноподібних кажанів. Кількома роками раніше, в результаті переговорів про мир, щоб показати доброзичливість, Співдружність поступилося Магогам колонізованим світом. Цей світ — ключова планета одного з членів Співдружності, генетично спроектованих ніцшеанців. Ніцшеанці, розгнівані цією угодою з Магогом, стали таємно готуватися узурпувати владу над Співдружністю. Це було втіленням їхніх вірувань, оскільки вони розглядали себе расою, описаною як «надлюдина» філософом Фрідріхом Ніцше.

Співдружність захищалося Зоряною Гвардією, армадою кораблів. Головний герой серіалу, Ділан Хант, є капітаном крейсера Співдружності «Сузір'я Андромеди». Комп'ютер судна, потужний штучний інтелект, втіленням якого є робот Роммі, є ключовим персонажем у серіалі.

Перші атаки Ніцшеанського повстання застали Зоряну Гвардію зненацька. Заколотники знайшли систему, якій загрожувала мандрівна чорна діра, і послали сигнал про допомогу Зоряній Гвардії, влаштувавши засідку. Капітан Хант був змушений евакуювати свою команду, але «Андромеда» виявилася на краю горизонту подій чорної діри, через що, поки на борту минули хвилини, у всесвіті навколо минули століття.

303 роки по тому, команда корабля «Еврика Мару» виявила місцезнаходження корабля Ханта і витягнула його з метою заволодіти технологіями, які до того часу стали майже легендарними. Ніцшеанці так і не добилися втілення своїх планів, їхній флот і Зоряна Гвардія знищили одне одного і Співдружність Систем розвалилася, погрузши в міжусобицях. Настала ера, відома як «Довга Ніч». Хант збирає собі нову команду, щоб відновити Співдружність Систем і «розпалити вогонь цивілізації». Згодом він зустрічає наступ Магога і відкриває існування ще більш могутніх сил, які загрожують миру у всесвіті.