Na pokład Andromedy dociera kurier, który przynosi wiadomość o tym, że Federacja przestała istnieć przez Dylana Hunta. Załoga zaczyna zastanawiać się w sens dalszej walki o przywrócenie Federacji.

Andromeda wybiera się na stację Gambria, by zmodernizować uzbrojenie. Tymczasem Tiumwira prosi Dylana, aby na stacji spotkał się z wróżbitą. Właścicielem stacji jest Obywatel Ósmy, który jest również handlarzem broni. Dylan podejrzewa, że wróżbitą kieruje Obywatel Ósmy.

Andromeda zostaje trafiona przez dronę bojową, która zapoczątkowała wysysanie energii z Andromedy. Generator grawitacji, który przyciąga Andromedę, znajduje się na księżycu, w pobliżu którego budowana jest broń Magogów. Na księżycu znajduje się również, budowniczy księżyca Kroton.

Andromeda dociera do Almagestu, miejsca gdzie według jednego z podwładnych, flota Nietzschean zniszczyła Hope. Jednak na miejscu brak jest jakichkolwiek śladów walki i zniszczeń. Tymczasem z planety Andromeda zostaje wywołana przez Shiga i Lipp-Setta, podających się za biuro turystyki. Wkrótce okazuje się, że są twórcami gry, a Dylan okazuje się przymusowym graczem.

Z pokładu statku Magellan-melro, wykradziono broń o zasięgu planetarnym, niszczącą połączenia neuronowe w mózgu. Idealna broń dla Magogów. Broń wykradli Nietzscheanie, którymi przewodzi Calleb Voth. Harper dostaje zadanie zbadać „plik d” zawierający informacje o broni.

Andromeda natrafia na transportowiec więzienny pilotowany przez komandora porucznika Telemachusa Rhade, przewożącego więźnia Tyra Anasazi. Jednak więzień ucieka z transportowca w czasie ataku floty Nietzschean. Wkrótce Dylan odnajduje Trakt Wieków.

Dylan musi odnaleźć Drogę Czasu, portal do innego wszechświata. Śladem Andromedy podąża flota okrętów Nietzschean. Beka próbuje zyskać zaufanie Tyra, a Dylan nie jest pewny czy może jej zaufać. Wkrótce przez portal przelatują Maru i Andromeda.

Andromeda trafia do Gromady Baltria, gdzie od kilku dni trwają zamieszki więźniów. Po wstrzymaniu zamieszek Beka dostaje odnalezienie nieznanej uciekinierki, a Dylan ma za zadanie złamać system zabezpieczający źródło energii planety zwanego gol — rashen.

Harper ma przemawiać na konferencji największych naukowców Federacji na temat zagrożenia ze strony Magogów i możliwości ich pokonania. Tymczasem Harper dowiaduje się o zaginięciu jednego z naukowców Profesora Milliusa Wel-dara. Jednocześnie na pokład Andromedy przybywa Wywiad Federacji.

Andromeda przybywa do planety Misculon, gdzie król Shineoa San informuje Dylana o zniknięciu jego córki. Podejrzewa, że za porwaniem stoi wyjęty spod prawa Kulis Barra. Beka i Rhade, odnajdują księżniczkę wraz z Kulisem. Okazuje się, że są kochankami.

Andromeda ściga statek przemytniczy, na pokładzie którego znajdują się pancerze wykonane z bio nici. Przemytnikiem jest Rox Nave, pracująca dla króla Moldara ubiegającego się o członkostwo Federacji. Jest jednak handlarzem broni i podsyca konflikty zbrojne.

Andromeda ścigana jest przez łowców nagród. Dylan karze Harperowi uruchomić urządzenie, które ma za zadanie zamaskować okręt. Mimo sprzeciwu Harper uruchamia urządzenie i Dylan przenosi się do świata równoległego.

Andromeda ratuje dwa statki. Na każdym z nich znajduje się po jednym rozbitku. Należą do rasy Trillin, która już nie istnieje, gdyż wyniszczyli się w wojnach. Obydwoje opowiadają historie, o tym, jak zostali zaatakowani znienacka przez drugich, a sami cenią pokój.

Dylan zostaje zachęcony przez Rev Bema, aby przybył sam na planetę Juko. Bem twierdzi, że zna sposób pokonania Magogów. Wkrótce po przybyciu na planetę Dylan zostaje zaatakowany i pozbawiony przytomności, za pomocą narkotycznej strzałki Beta-Amyloid przez Kolektorów. Odzyskuje przytomność na zniszczonym statku więziennym Midian Breach, wciąganym przez czarną dziurę. Na okręcie znajduje się również Bem.

Andromeda jest ścigana przez łowców nagród. Dylan podejrzewa, że na pokładzie jest zdrajca, który podaje łowcom pozycje Andromedy. Wkrótce dowiaduje się, że zdrajcą jest Beka. Trance odkrywa, że Beka jest pod wpływem otchłani.

Maru atakują Templariusze. Porywają Harpera i Rhade. Dylanowi udaje się ukryć. Admirał Stark potrzebuje Harpera, aby dokończył budowę mostu między planetą a księżycem.

Na pokład Andromedy przybywa Isindra Xicol, która w imieniu Triumwiratu przynosi Dylanowi medal i przebaczenie Federacji. Jednak w zamian chce mapę. Isindra musi zbudować zaufanie między nią a Dylanem. Tymczasem do Andromedy zbliża się flota Federacji.

Dylan odkrywa nowy statek zwiadowczy Magogów i Harper wprowadza Andromedę w strumień. Tymczasem Beka i Dylan muszą ukryć Maru wśród asteroidów. Tymczasem Rommie zostaje odcięta od systemów Andromedy.

Na pokładzie Maru zostaje zamordowany Kustosz. Theocrattus był członkiem załogi Maru, kiedy Beka była dzieckiem. Załoga Andromedy udaje się do biblioteki Kustoszy, aby wśród archiwów, znaleźć odpowiedź, czemu Theocrattus został zabity. Tymczasem w archiwum pojawia się agentka Głębi.

Andromeda ratuje statek, na którym przebywa ambasador, który przekonany jest, że wynegocjował traktat pokojowy z Magogami. Jednak wkrótce po wylądowaniu na Andromedzie, jaja złożone w jego ciele zaczęły się wykluwać. Dylan odkrywa, że Światostatek zmierza prosto na stację Arkologia, skąd przybył ambasador.

Stacja Arkologia jest atakowana przez Magogów. Beka zamierza odejść, gdyż nie może patrzeć na bezsensowną śmierć mieszkańców stacji. Rhade zamierza zostać z Louisą na stacji i tam walczyć z Magogami. Harper próbuje naprawić stację, by mogła lecieć w strumień. Dylan atakuje Andromedą rój szturmowców Magogów. Trance namawia Dylana, aby samotnie udał się Szlakiem Wieków.