Капітан Ділан Хант на кораблі «Андромеда» поспішає на допомогу в битві Співдружності проти ніцшенаців. Корабель опиняється біля чорної діри, капітан евакуює екіпаж, а сам лишається на борту. Через сповільнення часу гравітацією чорної діри за хвилини для нього навколо минає кілька століть. Корабель «Еврика Мару» витягає «Андромеду», Ділан Хант бачить занепад цивілізації та набирає команду для відновлення Співдружності з капітана Ребекки Валентайн, інженера Шеймуса, лікаря Тренс, магога-монаха Бема, ніцшеанського раба Тіра й робота Роммі.

Однак ідею приймають далеко не всі, в пошуках однодумців команда відвідує різні планети, а Хант бачить наслідки власних минулих дій. Наприкінці сезону Хант випадково активовує приховану програму корабля, згідно якої «Андромеда» відлітає до Світу-корабля магогів.