We Wszechświecie wybucha wojna domowa. Andromeda, okręt należący do Gwardii Wspólnoty Planet, odpowiada na sygnał o zagrożeniu i wpada w pułapkę Nietzschean. Gdy Dylan Hunt, dowódca jednostki orientuje się, że załogę zdradził pierwszy oficer, zarządza ewakuację. Sam próbuje odciągnąć wrogą flotę i na 300 lat zostaje uwięziony na krawędzi czarnej dziury. Razem z pierwszym oficerem jest zawieszony w czasie – decyzje zostały podjęte, kule wystrzelone, ale mija czas i nic się nie zmienia. W końcu Andromedę odnajduje nieznany frachtowiec pilotowany przez Bekę Valentine. Załoga Maru próbuje dostać się na pokład unieruchomionego okrętu, jednak plany dowódcy nie uwzględniają odnalezienia żywego kapitana Hunta.

Po wydarzeniach z pierwszego odcinka, kapitan Hunt próbuje przepędzić intruzów ze swojego okrętu. Udaje mu się odstraszyć dowódcę, Gerentexa, który jednak nie rezygnuje z wrogich zamiarów – wraca na Maru i kieruje uszkodzoną Andromedę z powrotem w kierunku czarnej dziury. Hunt musi ratować swoją jednostkę – silnik nie pracuje, nikt nie może powstrzymać grawitacji, a duża część nieprzyjacielskiej załogi dostaje się na pokład. Tymczasem na Maru wybuchają kolejne konflikty. Gerentex i Beka nie mogą ustalić wspólnego stanowiska. Plany dowódców nie pokrywają się z pomysłami załogi. Hunt nie wie, jak daleko jego wrogowie mogą się posunąć, by zrealizować swoje cele. Co stanie się z Andromedą i jej kapitanem?

Świeżo skompletowana załoga Andromedy odkrywa dawną stację Gwardii Wspólnoty Planet. W poszukiwaniu części do uszkodzonego statku, bohaterowie decydują się ją przeszukać. Okazuje się, że stacja jest zamieszkana przez potomków oryginalnej załogi. Dowodzi nimi umierająca 20-latka. Dzieci czekają na Mesjasza – oficera Gwardii, który poprowadzi ich do walki z wrogami i rozpocznie odbudowę całej Wspólnoty. Nastolatkowie wykorzystują Hunta, by zdobyć dostęp do śmiercionośnej broni. Kapitan musi zdecydować, jak poradzić sobie z nieoczekiwanym zagrożeniem, a załoga Andromedy próbuje zrozumieć, dlaczego dzieci ze stacji nie dożywają dorosłości. Tymczasem Harper buduje Rommie, nowego awatara Andromedy

Członkowie załogi szukają informacji o stacjach, gdzie mogliby zdobyć paliwo i uzupełnić zapasy. Gdy Andromeda mija pozostałości po nieuzbrojonym okręcie medycznym, nieznany przeciwnik atakuje okręt i rusza za nim w pościg. W tym samym czasie na pokładzie między Huntem a jego nową załogą narasta napięcie. Wątpliwości dotyczące struktury dowodzenia wywołują kolejne konflikty. Kto stoi na czele jednostki? Czy załoga pozostanie lojalna? A może Hunt powinien zostać sam? Bohaterowie muszą nauczyć się współpracować, jeśli chcą przeżyć wrogą napaść. Tymczasem Rommie odkrywa zdjęcie Dylana z narzeczoną i zmaga się z nieoczekiwanymi uczuciami...

Załoga Andromedy odkrywa, że w pozornie niezamieszkałym systemie gwiezdnym Nietzscheanie toczą walkę z rasą Thanów. Kapitan postanawia pomóc w rozwiązaniu konfliktu – ma nadzieję, że dzięki skutecznej mediacji zdobędzie poparcie dla swojej misji odbudowy Wspólnoty. W czasie akcji lojalność jednego z członków załogi zawisa jednak na włosku – Tyr sprzeciwia się decyzjom Hunta. Uważa, że kapitan niepotrzebnie ryzykuje życie podwładnych. Od Nietzschean Anasazi otrzymuje propozycję dołączenia do społeczności i założenia rodziny. Ogarniają go wątpliwości. Czy odejdzie z Andromedy, by zamieszkać ze swoim ludem? Jaki wpływ na jego decyzję będzie miała młoda kobieta, Freya?

Tyr próbuje nauczyć Trance pilotażu w strumieniu. Dochodzi jednak do wypadku, Trance traci kontrolę, a statek przenosi się w czasie i trafia w środek wojny, która zakończyła się upadkiem Wspólnoty Planet. W przededniu największej bitwy załoga musi zdecydować, czy podjąć interwencję, która może drastycznie zmienić przyszłość. Czy wpływ na historię zakończy się katastrofą? A może będzie konieczny, by zachować właściwy bieg dziejów? Im dłużej trwają prace naprawcze, tym bardziej członkowie załogi chcą włączyć się w najważniejsze wydarzenia. Jeden z nich w końcu sprzeciwia się decyzjom kapitana, a pozostali muszą opowiedzieć się po jednej ze stron.

Bohaterowie odpowiadają na wysłany przez statek należący do wyznawców Drogi. Gdy Andromeda dociera do poważnie uszkodzonego statku, załoga musi ewakuować rozbitków. Beka odkrywa, że na pokładzie znajduje się jej brat. Raphael i jego przyjaciel podają się za mnichów i zapewniają o przyjacielskich zamiarach. Twierdzą, że gdy zostali zaatakowani, byli w drodze na pokojowe rozmowy z Restorianami, eko-terrorystami. Gdy Rafe dołącza do załogi Andromedy, inni są jednak wobec niego podejrzliwi, bo Beka ostrzega, że jej bratu-awanturnikowi nie można ufać. Już wkrótce okazuje się, że Raphael ma własne plany, które mogą nie tylko przeszkodzić w zrealizowaniu wizji kapitana Hunta, ale również narazić całą załogę na niebezpieczeństwo.

Z pokładu Andromedy są prowadzone eksperymenty na czarnej dziurze. Przypadkowo Dylanowi udaje się nawiązać kontakt z utraconą 300 lat temu ukochaną. Dzięki prowadzonym przez Harpera próbom teleportacji istnieje sposób, by Hunt przeniósł się w czasie i odzyskał dawne życie. To niesprawdzona i niebezpieczna metoda, ale kapitan mógłby w końcu porozmawiać z ukochaną, a nawet dotknąć jej twarzy. Czy Hunt porzuci misję odbudowy Wspólnoty Planet dla własnego szczęścia? A może spróbuje zapobiec wybuchowi wojny w przeszłości? Kapitan musi podjąć trudne decyzje, a tymczasem załoga Andromedy próbuje poradzić sobie z atakiem Nietzschean. Pierwszy rząd szykuje się też do podpisania aktu o przywróceniu Wspólnoty Planet.

Kapitan Hunt próbuje przekonać Arazjan, by dołączyli do nowej Wspólnoty, która będzie łączyła 50 planet. Trybunał Arazji odrzuca jednak jego propozycję. Kapitan zostaje aresztowany i razem z Rommie trafia do więzienia, z którego jeszcze nikt nigdy nie uciekł. Gdy wyczerpuje się zasilanie awatara, a Hunt o jedzenie musi walczyć z przerażającym przeciwnikiem, konieczność ratunku jest coraz bardziej nagląca. Załoga Andromedy nie może jednak zlokalizować swojego kapitana, sygnał Rommie jest zagłuszany, awatar bez zasilania może się rozpaść, a systemy obronne więzienia wydają nie do złamania. Czy dla Dylana i Rommie nie ma już nadziei? A może Hunt zdoła w jakiś sposób nawiązać kontakt ze swoją załogą?

Załoga organizuje uroczystą kolację. Na pokład Andromedy wchodzą przedstawiciele Castalian – oddychających zarówno wodą, jak i powietrzem. Dostojnicy mają sfinalizować umowę dotyczącą nowej Wspólnoty. Wizytę zakłóca jednak Tyr. Przypomina uczynki prezydenta Lee, który miał odmówić Nietzscheanom na Castalii udziału w tworzonej Republice i w konsekwencji zniszczyć ich stację orbitalną.. Zmuszony przez Hunta do przeprosin, Tyr odwiedza lidera gości, znajduje go martwego i sam zostaje zaatakowany. Chociaż poszkodowany Tyr sam potrzebuje pomocy, już wkrótce staje się głównym podejrzanym. Kto jest tajemniczym mordercą? Załoga Andromedy musi znaleźć winowajcę, zanim pertraktacje zakończą się katastrofą, a Castalianie dokonają zemsty..

Gdy Andromeda zbliża się do stacji Eldorado, Beka otrzymuje wiadomość od dawnego wspólnika swojego ojca. "Wujek Sid" wydaje się być w tarapatach, więc Beka i Trance ruszają na jego poszukiwania. Okazuje się, że mężczyzna jest jednym z największych przewoźników w galaktyce, i oczekuje od Beki pewnej przysługi – kobieta ma przekazać mu informacje, którymi nie chciał podzielić się jej ojciec, a które mogą mieć jakiś związek z pewną uzależniającą substancją. Flash sprawia, że ludzie stają się szybsi i bystrzejsi, ale ma również niebezpieczne skutki uboczne... Ukryte dane mogą być bardzo cenne...W tym samym czasie załoga Andromedy postanawia wyprzedać niepotrzebne przedmioty, by zebrać pieniądze na części do statku.

Andromeda odkrywa złoty okręt Gwardii Wspólnoty, który okazuje się jej starszą siostrą, Pax Magellanic. Na pokładzie okrętu żyje 300-letnia załoga, która podobnie jak Hunt nie postarzała się nawet o jeden dzień. Przewodzi jej Jill Pearce, która przejęła dowodzenie po śmierci kapitana. Według Gwardzistów ich nieśmiertelność wynika z promieniowania pobliskiej, zniszczonej przed laty planety. Kapitan Andromedy nie może jednak uwierzyć w taką teorię. Gdy Rommie zmaga się z przestarzałym systemem SI okrętu, pozostali członkowie załogi postanawiają odkryć tajemnicę długowieczności Pax Magellanic i naprawić unieruchomiony statek. Jakie tajemnice skrywa tajemniczy okręt? Czy próba udzielenia pomocy obróci się przeciwko załodze Andromedy?

Tyr rozbija się na planecie kontrolowanej przez Nietzschean. W wyniku wypadku traci pamięć – nie ma pojęcia, co robił w tym rejonie, co transportował i dlaczego. Nie pamięta nawet swojego imienia. Jego statek jest zniszczony, z planety nie ma ucieczki, a we wraku znajduje się tajemnicza skrzynia, której poszukują członkowie nietzscheańskiego klanu Drago-Kazov. Tyr musi odzyskać swoje wspomnienia, jeśli chce przetrwać na wrogim terytorium. Co próbował przewieźć? Dokąd powinien się udać? W poszukiwaniu odpowiedzi, pomocy udziela mu Yvaine, ludzka kobieta, która w trudnych warunkach wychowuje 16-letniego przybranego syna. Czy Tyr narazi ich na niebezpieczeństwo?

Na statek dociera ranny Perseid. Przed śmiercią razi Harpera tajemniczą energią. Bohater już wkrótce odkrywa, że stał się geniuszem – w niesamowitym tempie uczy się obcych języków, udoskonala systemy Andromedy i projektuje nowe gadżety. Rommie próbuje dowiedzieć się, kim był zmarły przybysz i dlaczego zginął, tymczasem na statku w poszukiwaniu Perseida pojawia się łowca nagród z nakazem jego aresztowania. Jeger jest zdesperowany, by zdobyć informacje, który były w posiadaniu ściganego mężczyzny. Czy po jego śmierci dane zostały ukryte na Maru? Gdy stan Harpera się pogarsza, zaczyna się wyścig z czasem. Kapitan Hunter i jego załoga muszą odkryć tajemnice Perseida, zanim będzie za późno...

Kapitan Hunt, szukając części do Andromedy, zostaje aresztowany pod zarzutem spisku i morderstwa sprzed ponad 300 lat. Trafia do więzienia, jest bity i torturowany. W jego zatrzymaniu bierze udział człowiek odpowiedzialny za to samo przestępstwo, więc załoga Andromedy musi poradzić sobie z podwójnym problemem – musi nie tylko uratować swojego kapitana, ale także dowiedzieć się, jakim cudem rozpoznany mężczyzna przeżył 300 lat. Czy będą musieli przekroczyć granice, by uratować jednego ze swoich? A może Trance znajdzie inny sposób? Przeszłość miesza się z teraźniejszością, dawne grzechy ścigają Hunta, a lojalność miesza się ze zdradą. Kapitan musi podjąć decyzje, które zaważą na jego życiu.

Trance i Harper odkrywają intruza na pokładzie Maru. To Gerentex, aktualnie ukrywający się przed łowcą nagród. Dawny przywódca porywa ich i zmusza do pomocy w wyrównaniu rachunków. Chce zdobyć fortunę i władzę – twierdzi, że zna położenie mapy do zaginionej stolicy Wspólnoty Planet. Wskazówki mają znajdować się w pamiętniku szalonego Perseida. Gerentex planuje go odnaleźć i wykorzystać. Czy Trance i Harper będą musieli udać się z nim aż na Tarn-Vedrę? Zbliża się rocznica objęcia przez Dylana dowództwa na Andromedzie. Wspomnienia sprzed 300 lat dają o sobie znać i kapitan zaczyna wątpić w słuszność swoich decyzji. Nową Wspólnotę Planet czekają wielkie problemy...

Gdy większość załogi Andromedy pomaga kolonii Thanów, Dylan i Rev Bem zostają wezwani przez jednego z przyjaciół Magoga. Brat Thaddeus Blake potrzebuje wsparcia w ochronie niewinnych i spokojnych ludzi przed atakami handlarzy niewolników. Sprawy znacznie się komplikują, gdy okazuje się, że chronieni ludzie mają doskonałą pamięć genetyczną - jeśli kapitan Hunt nauczy zabijać aktualnie żyjących dorosłych, kolejne pokolenia urodzą się już jako pozbawione niewinności. Czy warto chronić jedną generację, uszkadzając kolejne? Decyzja musi być podjęta natychmiast, bo zbliża się atak łowców. Kapitana Hunta postanawia wesprzeć rodzeństwo – Tiama i Arun

Dwa zwaśnione nietzscheańskie rody zawierają układ z kapitanem Huntem – jeżeli Andromeda zabezpieczy podróż księżniczki jednego z nich na jej ślub z przedstawicielem drugiej rodziny, klany wejdą w sojusz i zakończą wieloletni konflikt. Razem będą mogły pokonać ród Drago-Kazov, któremu Tyr zaprzysiągł wieczną nienawiść. Postępując wbrew radom Rev Bema, Hunt naraża załogę na niebezpieczeństwo i już wkrótce razem z księżniczką musi uciekać. Okazuje się, że nic nie jest takie, jak się początkowo wydawało i sojusz skłóconych rodzin może być najgorszym rozwiązaniem. Kim naprawdę jest księżniczka Elssbett? Dlaczego nosi przy sobie niebezpieczną broń? Załoga Andromedy musi odkryć jej tajemnice, by nie dopuścić do katastrofy.

Andromeda jest świadkiem restoriańskiego ataku na pasażerski okręt. Chociaż załoga próbuje pomóc atakowanym, ginie ponad 500 osób. Udaje się uratować tylko jednego rozbitka, androida Gabriela. Rommie zakochuje się w ocalonym, który chce zostać na pokładzie Andromedy jak najdłużej. Rozbitek twierdzi, że jest nauczycielem uciekającym od swoich oprawców. Już wkrótce okazuje się jednak, że jego prawdziwa tożsamość jest zupełnie inna, a przyjmując go na swój pokład, Andromeda ściągnęła na siebie poważne niebezpieczeństwo. Najbardziej zagrożona jest Rommie, ale kolejne działania androida mogą okazać się śmiertelne także dla pozostałych członków załogi. Jak się uratować

Zbliżają się urodziny kapitana Hunta. Harper nadpisuje protokoły Andromedy, by przygotować mu specjalną niespodziankę. Beka wręcza niezwykły prezent – mapę do legendarnej stolicy Wspólnoty Planet. Załoga namawia kapitana do podjęcia ryzykownej podróży, jednak już w trakcie przygotowań na statku narasta pełne niepokoju napięcie. Czy uda im się dostać na mityczną Tarn-Vedrę? Seamus i Beka są zainteresowani pewnym przedmiotem, który chcieliby tam odnaleźć... Podróż okazuje się bardziej wyczerpująca, niż ktokolwiek mógłby przypuszczać. Z każdą minutą cała załoga znajduje się w coraz większym niebezpieczeństwie. Czy za próbę dotarcia do Tarn-Vedra bohaterowie będą musieli zapłacić najwyższą cenę?

Kiedy Harper (Gordon Michael Woolvett) przypadkowo zamienia osobowość Andromedy na starszą wersję, zaczyna ona polować na załogę, podejmując się wykonania dawnej misji, która doprowadziła do masakry poprzedniej załogi