Dirigés par Gerentex, les mercenaires sont chargés de deux missions : tuer Dylan Hunt et investir l'Andromeda. Tyr, mercenaire nietzschéen, retrouve Dylan et tente de l'arrêter afin de retrouver son honneur perdu au cours d'une bataille. Mais son plan échoue et Dylan parvient à s'enfuir. C'est au tour de Trance Gemini, accompagnée par deux mercenaires, d'affronter Hunt. Mais celui-ci déjoue leur piège, une fois de plus. Beka, qui comprend que Hunt a toutes les cartes en main, propose à Gerentex d'abandonner temporairement la mission. Frustré par son échec, Gerentex abat froidement la jeune femme...

En patrouille dans un système envahi par les Magog, les membres de l'Andromeda sont à la recherche d'un endroit où ils pourraient effectuer quelques nécessaires réparations sur le vaisseau. C'est alors que le capitaine Hunt et ses hommes parviennent à une station spatiale complètement abandonnée. Alors qu'il pénètre dans la station à la recherche de pièces utiles, l'équipage de l'Andromeda découvre des locaux totalement dévastés et criblés de balles. Après quelques heures de recherches, ils font une découverte étonnante, un groupe d'enfants, qui vit dans les décombres de la gigantesque station, attendant l'apparition d'un hypothétique messie. L'arrivée de Dylan Hunt comble tous leurs espoirs...

Lors d'une mission diplomatique, Tyr rencontre un clan nietzschéen rival du sien qui lui propose d'errer sur l'astéroïde qu'ils habitent. Le canon à plasma des Nietzschéens constitue une menace pour l'Andromeda et Dylan veut essayer de signer un traité entre les Than et les Nietzschéens...

Anasazi initie Gemini au pilotage, estimant que chaque personne à bord doit en savoir le plus possible. Mais l'inexpérience de la jeune extraterrestre provoque un incident qui projette l'Andromeda dans le passé, à la veille d'une bataille ayant entraîné la chute de la République et la destruction de l'alliance...

Lors d'une mission diplomatique à bord de l'Andromeda, le président de la République de Castalia est assassiné. Les soupçons se portent aussitôt sur Tyr...

L'Andromeda entre en communication avec un vaisseau frère, le Pax Magellanic, commandé par des androïdes qui entendent supprimer tous les membres d'équipage...

Lors d'une mission de recherches à bord de Eureka Maru, Dylan, est capturé par l'équipage du Mobius. Il se retrouve confronté une fois de plus à ses agissements du passé, alors que les hommes du Mobius préparent son procès. Trois-cents ans auparavant, lors d'une mission effectuée avec Venetri, il avait tué le chef du royaume de Mobius et renversé le gouvernement. A son grand étonnement, Dylan retrouve Venetri sur Mobius. Celui-ci a succédé au chef défunt. De retour sur Eureka Maru, Trance s'aperçoit de l'absence de Dylan et découvre des traces laissées par les hommes qui l'ont capturé...

Le révérend Bem reçoit un appel au secours de Thaddeus Blake. Son ami a besoin d'aide pour sauver le peuple Hajina, une ethnie pacifique dont les installations sont à la merci d'un peuple avide de pouvoir. Dylan accepte tout naturellement de leur venir en aide. Mais pour cela, il doit leur enseigner les bases des techniques de combat et de défense, ce qui risque d'altérer pour toujours le capital génétique de la race...

Dylan se précipite en salle des machines à la suite d'une défectuosité du système principal. Soudain toutes les lumières s'allument et l'équipage apparaît au grand complet. Tous les membres de l'Andromeda se sont réunis pour fêter l'anniversaire de Dylan. Beka propose de lui offrir un magnifique cadeau, un retour sur sa planète d'origine, Tarn-Vedra. Mais le voyage, sur un territoire particulièrement dangereux, tourne très vite au désastre. D'autant que Beka, désorientée par ce trajet agité, n'a pas pu résister bien longtemps à l'insidieux appel de substances artificielles et s'est encore droguée au Flash...

Harper termine des réparations qui activent accidentellement une ancienne version de la personnalité d'Andromeda. Cette personnalité force le vaisseau à reprendre une mission non achevée dans son passé, avant le séjour de trois siècles dans le trou noir. Hunt et les autres sont considérés comme des intrus...

Une attaque du Magog Worldship abîme de façon préoccupante l'Andromeda. L'équipage est touché, tandis que Tyr et Harper, blessés, sont retenus à l'intérieur du Magog Worldship. Rev Bem se porte à leur secours, mais il se trouve également menacé. C'est au tour de Dylan et Rommie de lancer une opération de sauvetage. Il leur faut pénétrer dans le vaisseau de l'ennemi et délivrer les trois membres d'équipage...

L'équipage de l'Andromeda participe à une tentative de négociation entre deux partis. La tâche s'avère ardue pour les médiateurs, tant l'objet du désaccord semble profondément ancré. Afin de simplifier les tractations, le capitaine prend la décision de remplacer une relique disparue, visiblement source de conflit, par sa copie...

L'équipage de l'Andromeda se voit confier une mission hautement risquée. Une fièvre destructrice se propage rapidement et le convoi de médicaments destiné à lutter contre cette épidémie est mis sous la protection de l'Andromeda. L'itinéraire de traverser par une zone contrôlée par les Nietzschéens...

Un étranger prend contact avec l'équipage de l'Andromeda et leur affirme que sa planète accueille des survivants et des descendants de l'ancien équipage. Il va même jusqu'à transmettre à Dylan un message de sa fiancée, pourtant présumée morte. Dylan décide de mettre le cap sur cet endroit et d'y conduire son équipage...

Le capitaine Dylan Hunt et l'ensemble de l'équipage de l'Andromeda prêtent main-forte au seul survivant d'une famille royale massacrée, afin qu'il puisse réconquérir son trône et assumer au mieux les futures responsabilités qui l'attendent...

Menacé par l'éclosion imminente de l'oeuf de Magog qui lui a été implanté, Harper reçoit l'aide de tout l'équipage de l'Andromeda...

Après avoir pénétré à l'intérieur d'un vaisseau qui dérive dans l'espace, l'équipage d'Andromeda y trouve des personnes blessées à la suite d'une attaque. Les ayant ramenées à leur bord, ils s'aperçoivent avec horreur que les victimes ont été touchées par une arme biologique qui les transforme, aussitôt après leur mort rapide, en redoutables zombies. A bord de l'Andromeda, qui est simultanément victime d'une attaque inexpliquée de la part des Than, normalement alliés des Terriens, la résistance s'organise pour faire face au déferlement des zombies...

L'Andromeda capte un signal radio amenant Hunt à conclure que des réfugiés de la légendaire capitale républicaine Tarn Vedra ont fondé une colonie. Sur la planète en question, Hunt rencontre une scientifique Védranne qui possède un appareil donnant accès à la quatrième dimension spatiale, comme celui sur lequel travaille Harper...

Le capitaine Dylan Hunt et les membres de l'équipage de l'Andromeda tentent de sauver un groupe de vaisseaux alliés, menacé par les Nietzschéens...

Plusieurs délégués du Commonwealth sont à bord de l'Andromeda afin de ratifier la Charte. Tandis que Dylan se lance dans un discours d'introduction, une violente déflagration en provenance de la salle des machines secoue le vaisseau. L'explosion, d'origine criminelle, semble avoir atteint l'intelligence artificielle de Rommie. Trance décide d'enquêter sur les invités à bord et remarque la présence d'une étrange personne, Severin, un Nitzschéen déguisé en humain. Tyr et Beka parcourent le vaisseau à sa recherche. Lorsqu'ils le retrouvent, celui-ci est interrogé par Dylan. C'est alors qu'une force mystérieuse blesse mortellement le Nitzschéen...

Tyr et Beka ont quitté le Maru, mais personne ne sait comment ils ont disparu. Hunt et Rommie se lancent à leur recherche et tentent de localiser le passage qui mène à la réalité alternative duquel ont surgi les ennemis. L'équipement qu'utilise Harper pour accéder à la quatrième dimension permet de rouvrir le passage durant un court moment et ouvre un accès au journal de bord du Maru. Hunt apprend alors qu'Anasazi et Valentine ont quitté leur poste durant une attaque, un comportement pour le moins étrange...

Dylan est accusé de meurtre. Une personne cherche alors à le faire chanter, dans l'espoir de s'emparer d'un morceau de céramique qu'il possède...

Sid, l'oncle de Beka, est de retour. Il souhaite se présenter à l'élection du chef de la République et compte se servir de l'Andromeda. Mais il ignore qu'un assassin a d'autres projets pour lui...

Le capitaine Hunt part à la poursuite d'un assassin, appelé «le lépreux», qui projette de tuer l'un de ses amis, Man Ka-Lupe, un haut responsable de la République...

Afin d'empêcher l'explosion de l'Andromeda et la mort de ses amis, Trance entreprend plusieurs retours dans le passé. Elle découvre alors qu'un intrus s'est glissé à bord du vaisseau...

Beka rencontre un vieil ami accusé d'un crime : elle accepte de témoigner en sa faveur. Le procès se déroule sur Veras, planète où le mensonge a été éradiqué. Beka est arrêtée, mais elle parvient à s'évader...

Alors que l'Andromeda supervise l'évacuation des habitants d'une planète sur le point d'être anéantie, l'équipage intercepte la transmission d'un vaisseau en approche. Après avoir identifié le message, il réalise que c'est un appel à l'aide provenant de leur ami, Rev Bem, qui se trouve sur la planète...

L'équipage de l'Andromeda est à la recherche d'une flotte nietzschéenne perdue depuis 300 ans. Ces vaisseaux pouvant rendre les Drago-Kasovs invisibles, Hunt doit les retrouver en premier...

Alors que Hunt et Tyr sont à la recherche d'une colonie disparue dans le désert d'Amarna, ils tombent dans une embuscade. Ils sont sauvés in extremis par un groupe inconnu, les Templiers...

Le Résolution est sur le point d'être lancé, lorsque Rommie est frappée de folie. Elle s'empare du vaisseau tout en bombardant ses amis. L'équipage de l'Andromeda cherche à comprendre ce qui contrôle Rommie...