絶滅の危機に瀕した人類を救うといわれる伝説の救世主を連れ帰るため、途方もない旅を続ける超大型の宇宙戦闘母艦アルゴノート。わずかな痕跡を頼りに辿り着いた惑星オロンで、救世主の波動を確実に感じたディアネイラは、惑星降下の決意をする。そこには、荒廃した地表と朽ちた惑星移民艦のみが存在していた…。

青銅の種族との戦闘ののち、エイジを救世主としてアルゴノートに迎えることになった。歓迎式典で、ディアネイラは12の契約をエイジと結ぼうとしたが、エイジは何の興味も示さずに行方をくらましてしまう。人類の常識を理解していないエイジにクルーは戸惑い、理解しようとするが、常識外れな行動に驚かされることに…。

エイジに教育を施そうとしたディアネイラたちであったが、当のエイジはマイペース。カーゴエリアで見つけた塗料で絵を描くエイジに周囲のクルーは興味を示し、ノドスであっても同じ人類であると認識する。一方、ベルクロスの力を試そうと銀の種族パエトーが追撃に入り、迎撃に出撃するイオラオスはパエトーと対峙する。

物資補給などのため、数多のスター・ウェーが集中する｢中立なるターミナル・プラネット｣惑星ティターロスに入港するアルゴノート。ノドスの一人であるカルキノスがティターロスに到着し、エイジに接触する。カルキノスは｢ともに戦うべき仲間｣としてエイジをいざなうが、エイジはそれを拒絶する。

化身せずに戦うエイジとカルキノス。イオラオスは、突然現れたカルキノスが銀の種族の側のノドスであることを知る。エイジとカルキノスはノドスへと化身し、出来るだけティターロスを破壊しないように戦おうとするが、青銅の種族がティターロスへと侵攻してしまう。それを防衛するために出港するアルゴノートだったが…。

ディアネイラとアルゴノートは、人類圏へエイジを送り届けるべく、ティターロスを飛び立つ。だが｢五人目のノドス｣の報とティターロスの戦火を知った周辺の星々の民は、アルゴノート寄港を拒む。ディアネイラは再びスターウェーから外れ、人類圏までの道を切り開くことにする。それは苦難の道のりを意味していた…。

ベルクロスとレルネーアが戦う一方、アルゴノートはパエトーと青銅の種族の猛追から逃れるため、不眠不休で戦っていた。戦いを拒絶するメヒタカのもとへ、業を煮やしたユティが現れ叱咤する。メヒタカは泣く泣くその身にやどる英雄の種族である｢アルテミア｣を呼び化身し、アルゴノートの進路を断つべく攻撃を仕掛けた。

人類側の攻撃に耐久しながら、閃光の一撃で戦艦を破壊するアルテミア。アルゴノートを逃がすため、ニルバール率いるアズ・アゾート艦隊がアルテミアを引きつけ足止めする。アルゴノートはディアネイラの精神感応を頼りに、被害が少ない進路を辿りながら追手を振り切ったかに思えた。だが、パエトーがその前に立ち塞がる！

ディアネイラの捨て身の精神攻撃でパエトーが戦線離脱し、止まらないベルクロスの猛攻でレルネーアが打撃を被る。ユティは意識を喪ったカルキノスに、怒りや不安や安堵を感じるが、それらの感情が何なのかわからず困惑する。一方、アルゴノートでは、帰還しないエイジを探しに行くためにイオラオスが部隊を編成していた。

惑星デュイーに到着し、人類の歓待を受けるアルゴノートのクルーら。アルトリア星系の王族であるディアネイラの兄たちは｢五人目のノドス｣を見つけたディアネイラを称えつつも、その功績を自分たちのものとする。そして人類連合は五人目のノドスを旗頭に、人類全体の悲願としての地球奪還への全面戦争へと傾いてゆく。

地球奪還という大義のもと、太陽系に通じるスター・ウェー確保の為、様々な種族が統治するターミナル・プラネットを次々に接収してゆく人類連合艦隊。そんな中、エイジはペ・イ・ン・トで｢破滅の光景｣を描く。ニルバールは未来を暗示するかのような不吉な絵の中に、一点の光が小さく輝いているのに気がつき…。

銀の種族の大船団とそれに付き従う青銅の種族の大群が木星の影から現れた。開始される戦いの中、単身で戦い続けるベルクロス。そして、圧倒的な物量に苦戦するメレアグロスとアタランテスは、起死回生の戦術を仕掛ける。その一方で、カルキノスがベルクロスを狙い、レルネーアに化身して木星圏内に突入して…。

レクティがその身に宿すノドス｢エルマントス｣とレルネーアによる執拗な攻撃が続く中、ベルクロスは耐久しながらもその傷は徐々に増してゆく。本隊から遅れてアルゴノートは太陽系に最も近いターミナル・プラネットに到着。そこで戦いに傷ついた艦隊を目の当たりにしたディアネイラたちは、被害の甚大さを痛感して…。

ベルクロスの異変を感じたディアネイラ。ベルクロスの攻撃に反撃を止めたレルネーアを見て、ユティとメヒタカもその異変に気づく。その現象をノドスたちは｢狂乱｣と呼んだ。戦火の拡大に悲しむメヒタカだったが、レクティのために自分も戦うことを決意。敵味方の区別なく戦うベルクロスにアルテミアは攻撃を始めて…。

スター・ウェー上で激しい戦闘を繰り返すベルクロスとアルテミア。その後方の火星にて散発的に戦うニルバールに、アルゴノートと後続艦隊が追いつく。すぐさまベルクロスの行方を精神感応で追ったディアネイラは、艦隊での移動では間に合わないと判断する。そして、アルゴノートは単独でスター・ウェーに突入するが…。

地球圏に到着する人類連合艦隊。地球を見つめながら感慨深く頭を垂れるアタランテスとは対照的に、メレアグロスは銀の種族への報復を新たに誓うとともに、ディアネイラにも復讐することを誓う。そのころ、銀の種族はプロメのもとで鉄の種族についての検討を始めていた。そして、彼らが今後とるであろう行動を予見して…。

戦うことへの疑問、敵である種族への理解を考えるディアネイラ。一方、自らの勝利を信じて突き進む人類は、タウロンへの航路の途中にある惑星ネッソスを接収すべく、ネッソス側と一触即発の状態で対峙していた。あくまで強硬姿勢のメレアグロスは全面対決を指示し、人類に好意的だった他の種族をも敵にまわそうとして…。

惑星タウロンに向かって、熾烈な侵攻を行っている人類。活路を開くため、ベルクロスが青銅の種族の中に突入する。あまりの攻勢ぶりに高揚する人類とは別に、不思議な手応えに不安を覚えるディアネイラとモビード。そんな最中、人類の艦隊内に、捨て身のアリ塚が命令ではなく防衛本能でテレポートしてきて…。

惑星コドモスが存在する星系オルタを侵略するための作戦を立案・実行する連合艦隊。そのころ、アズ・アゾート艦隊は先陣として露払いを任されていた。ターミナル・プラネットへ向かう途中のアルゴノートには、｢評議会および連合艦隊司令部の要請｣として惑星コドモスへ攻め込み、敵の背後を突くという命令がくだり…。

惑星コドモスのプロメはアルゴノートの来訪に備えて準備を始めていた。コドモス地表において人類が生存出来る環境を…。そして、これから重大な会話がなされるであろうことをレクティに伝え、それを聞くように指示するプロメ。一方、ディアネイラはイオラオスとともにプロメとの会話に臨むべく、コドモスへと降り立ち…。

異種族間テレパシーの記憶をプロメから受け取ったディアネイラは、失われた惑星エリュシオンを見い出すために動き出す。そんな中、モビードは記録したディアネイラたちの｢対話｣に自分のメッセージをつけて他艦へ送る。ディアネイラから最初の進路が送られてきたアルゴノートは、エリュシオンに向け発進して…。

ワープアウトするアルゴノート。ここから先は未知の領域。スター・ウェーさえない暗闇で、ディアネイラの導きだけが頼りという状況の中、エイジの危機を察するクルーたち。だが、ディアネイラは助けに行かず、エイジとの約束を口にしてエリュシオンへの道を探し続ける。一方、エイジは無次元に閉じ込められていて…。

エリュシオンへ向かうアルゴノートを磁気嵐が襲う。その向こうにエリュシオンを感じたディアネイラは、アルゴノートへ主砲の発射を厳命する。マザーコンピューター｢デルフィ｣は、ディアネイラからの指示で封印していたそのロックを解除する。そのころ、エイジたちもまたパエトーとともにエリュシオンへ向かっていて…。

狂乱したケルビウスと戦うベルクロス。ロム・ローと対峙するイオラオス。各々がそれぞれの場所で戦い、傷ついてゆく。そして、アルテミアの姿は徐々に変化を見せ出す。そのアルテミアにエリュシオンの周囲で浮かぶ無数の球体が引き寄せられるかのように集まり、静止軌道上に巨大な輝きが出現した。その輝きの正体とは…。

銀の種族の大船団に遭遇するニルバール。その進路上に今まで存在しなかったスター・ウェーが生まれたことを知ったニルバールは、ディアネイラたちの仕業だと確信する。またアズ・アゾート艦隊もそれがディアネイラの導きであるとし、銀の大船団を追う。そのころ、ディアネイラはプロメたちと今後の動きを検討していた…。