Une attaque surprise de Cobra, utilisant les nouveaux BAT, révèle que les Joe sont devenus négligents. Le général Hawk demande au sergent Slaughter d’aider à remettre l’équipe en forme. Pendant ce temps, une série de rêves incite le Dr. Mindbender à concocter un plan pour construire un nouveau leader Cobra à partir de l’ADN de conquérants morts depuis longtemps. Un paquet abattu Night Raven révèle que Zartan a été invité à élargir son équipe de Dreadnoks alors il se tourne vers ses frères et sœurs, Zandar et Zarana pour obtenir de l’aide, et les Joes enquêtent et découvrent le plan, seulement pour être coincé par Thrasher et sa Thunder Machine.

Les Joes envoient des équipes pour garder les tombes sur la liste de Zartan, mais chaque équipe est vaincue à son tour : par Zarana en Égypte, les Crimson Twins à Paris, les Dreadnoks au Yucatan et la Baronne en Transylvanie. L’équipe de Duke et la Garde d’Oktober sont dans une impasse avec les BAT tout en défendant la tombe d’Ivan le Terrible.

Cobra prend l’ADN des tombes d’Ivan le Terrible et d’Alexandre le Grand. Le sergent Slaughter récupère un paquet d’ADN du raid de Cobra sur la tombe de Sun Tzu, et les Joes supposent que Cobra construit une nouvelle race de soldats. Le Dr. Mindbender a l’intention d’utiliser l’ADN de Slaughter comme substitut, et feint ainsi la défaite comme un stratagème pour récupérer le sarcophage de Genghis Khan et capturer Slaughter.

Cobra Commander sabote la première expérience du Dr. Mindbender, et il s’élève comme un monstre hideux. Le sergent Slaughter s’échappe brièvement, puis est repris mais parvient à détruire son échantillon d’ADN. La deuxième tentative est réussie, et Serpentor est créé. Pendant ce temps, une équipe de recherche de Joe est envoyée sur l’île Cobra pour sauver Slaughter et en apprendre plus sur les plans de Cobra.

Sergent Slaughter et l’équipe de secours s’échappent de l’île Cobra, mais Serpentor capture Washington D.C. juste au moment où les Joe apprennent l’existence du nouveau chef. Mais le manque d’expérience de Serpentor dans la guerre moderne désavantage Cobra lorsque G.I. Joe lance une contre-attaque.

Lady Jaye se déguise en baronne afin d’en apprendre davantage sur une arme Cobra créée pour former des tourbillons et des raz-de-marée.

Lorsque les Joe cherchent à récupérer un échantillon d’anti-matière d’un navire coulé, Zarana est envoyée à leur quartier général pour saboter l’opération. Elle et Mainframe découvrent qu’ils ont des sentiments l’un pour l’autre. Au lendemain d’une bataille, l’USS Flagg est coulé.

Un amiral vieillissant apprend que son navire doit être mis au rebut, et il se tourne vers Cobra pour obtenir de l’aide. Cobra rend son vaisseau imperméable aux vaisseaux électroniques, donc G.I. Joe doit utiliser l’USS Constitution vieux de deux cents ans pour le vaincre.

Cobra découvre une sève d’arbre asiatique qui lave le cerveau des gens et l’utilise pour asservir la population indigène. Leatherneck doit s’occuper de quatre orphelins tandis que les autres Joes essaient d’empêcher Cobra de commercialiser la sève comme chewing-gum.

Lorsqu’un orphelinat est accidentellement endommagé pendant une bataille, Shipwreck et d’autres membres de G.I. Joe se portent volontaires pour l’aider à le réparer. Ce faisant, Shipwreck est entraîné à raconter aux enfants un conte de fées... une extravagance typiquement cockeyed Shipwreck!

Bree Van Mark, une jolie femme riche, développe un béguin pour Lifeline après qu’il l’ait sauvée, elle et son père, d’un yacht qui coule lors d’une bataille entre G.I. Joe et Cobra. Lifeline découvre que Cobra est après le père de Bree, un riche industriel qui détient une société de défense. Mais les Joe pensent que Bree travaille pour Cobra puisque certains de ses cadeaux, y compris un hélicoptère plaqué or, ont des retours de flamme. Elle s’envole dans un Tomahawk prenant Lifeline avec elle. Ils se dirigent vers une cabane dans les Rocheuses et sont suivis par Cobra. Lifeline, qui est un pacifiste, doit repousser Cobra jusqu’à ce que le reste des Joe arrive.

Cobra organise un téléthon pour collecter des fonds pour un virus informatique qui détruira tous les systèmes informatiques du monde, alors que les Joe tentent de sauver Sci Fi et Lifeline...

Leatherneck assiste aux cérémonies de remise des diplômes dans une nouvelle académie et découvre qu’elle est dirigée par l’ancien ennemi Buck McCann, qui est fidèle à Cobra. Leatherneck doit déjouer le plan de McCann de détruire Parris Island Marine Academy.

Madame Vail accepte de vendre sa machine de transfert de jeunesse, qui rend les gens jeunes (et beaux), en échange de l’enlèvement de certains des meilleurs modèles du monde, qui la jeunesse et la beauté seront transférés à l’utilisateur de la machine. L’un de ces modèles est la sœur de Low Light, Una...

Les Joe visitent une région arctique où Icebergs Girlfriend prélève des échantillons de tissus animaux pour ses oncles de recherche au Tropadome. Icebergs va à la Trapadome seulement pour être capturé par le Docteur Mindbenders nouvelle armée animale mutante...

Matthew Burke aide bénévolement les Joe à transporter le gaz neurotoxique vers une installation sûre.

Cobra vole le traitement de Madame Versalles. Les Joe essaient de comprendre pourquoi et cela les mène au Ageless Care Spa, où Lady Jaye, Mainframe et Dial Tone sont transformés en enfants de sept ans...

Le sergent Slaughter accompagne Sci-Fi à une convention de science-fiction, où le Dr. Mindbender recrute un scientifique handicapé pour réparer sa dernière arme. Les fausses promesses de Mindbender pour permettre au scientifique de marcher à nouveau le conduisent à marcher sur tout son frère.

Wet-Suit et Leatherneck ne se sont jamais, jamais entendus, mais leur rivalité houleuse doit prendre un siège arrière lorsque Serpentor commence à collecter des artefacts de ses anciennes vies pour gagner du pouvoir, et Leatherneck est empoisonné en essayant de l’arrêter. Wet-Suit doit prouver qu’il n’a pas de rancune pour Leatherneck, car lui et Lifeline risquent leur vie en essayant de récupérer un antidote du sang de Serpentor.

Les Joe tombent sur une plate-forme pétrolière utilisée par Cobra pour tenter de sauver la capsule anti-matière qui a coulé avec l’USS Flagg et l’héliporteur Cobra. Les Joes enquêtent, suivis par Zartan et les Dreadknocks, mais les deux équipes sont capturées par un cuisinier Cobra fou nommé LaCar...

Sergent Slaughter est capturé par Cobra Commander et passe par une série de sports de sang avec le prix étant d’assassiner Serpentor...

Il y a une bataille Joe / Cobra sur le canal de Suez quand un vaisseau spatial vole au-dessus et laisse tomber une bobine incandescente. Quand les équipes de Joe et Cobra sont envoyées pour enquêter, elles sont renvoyées en Grèce antique...

Tous les Joe font un cauchemar avec un énorme serpent qui les attaque. Au début, ils pensent que c’est à cause du stress de la situation. Comme les cauchemars continuent, il commence à affecter la performance Joes combattant Cobra. En fait, Cobra contrôle les rêves des Joe dans un effort pour les désactiver...

Un groupe de Joe assiste au mariage de la sœur de Lifeline tandis que d’autres Joe sont dans un dépôt d’armes à proximité pour tester de nouvelles armures. Les Dreadnoks sont capables d’attacher de petits récepteurs à l’arrière du cou des Joes et de capturer Roadblock. Le Dr. Mindbender utilise un organe pour envoyer des signaux aux récepteurs qui contrôlent les émotions de Joes...

Wet Suit, Leatherneck, Dial Tone et leurs dates assistent à l’ouverture d’une nouvelle boîte de nuit tendance. Le club s’avère être sur une fusée Cobra et est envoyé en orbite autour de la terre. Serpentor exige que le Dr. Mullaney se rende à Cobra avec son moteur à carburant azoté ou ils feront exploser le club. La combinaison humide sort du club et, avec l’aide de Leatherneck, désactive les bombes. Pendant ce temps, le Dr. Mullaney se rend à Cobra. Les Joe utilisent le moteur Nitrogen pour ramener le Club sur Terre et le Dr. Mullaney s’échappe, lorsque tous les jets Cobra avec les nouveaux moteurs s’écrasent grâce au carburant Nitrogen instable, transformant tous les jets Cobra en bombes incendiaires.

Lady Jaye et Hawk sont sur l’émission télévisée Twenty Questions débattant avec Cobra Comm, Serpentor et Dr. Mindbender si oui ou non Cobra a abattu un prototype de jet, le Ghost. Pendant ce temps, les forces de Joe et de Cobra cherchent les deux pilotes qui ont éjecté...

Cobra Commander tente de communiquer avec la créature dans la fosse de la maison ancestrale de Destro en Écosse et échoue. Pendant ce temps, Dial Tone est libéré des Joe et est embauché pour travailler sur un projet de communication qui s’avère être en communication avec la créature. Flint est envoyé pour espionner Dial Tone déguisé. Dial Tone fait fonctionner la machine et Cobra Commander lui dit de détruire Serpentor... (le "chant ancien" de Destro est un discours inversé, révélant un message humoristique qui se moque du problème de masquage arrière pertinent à l’époque lorsqu’il est joué en sens inverse.)

Slipstream dans sa conquête intercepte un message Cobra, qui contient un code de commandement important. Un escadron de Night Raven sont envoyés après lui. Lui et l’un des Night Ravens s’écrasent sur une île reculée de la base de Cobra. La Stratoviper, une dame nommée Raven, est blessée et peu amicale vers Slipstream. Mais quand les BAT atterrissent sur l’île et commencent à tirer sur les deux, ils sont obligés de faire équipe et d’entrer dans la base abandonnée de Cobra, avec le Docteur Mindbender qui regarde...

Les Joe sont très ennuyés par la musique country de Cross Country et sont heureux lorsque son magnétophone est détruit lors d’une bataille Cobra. Lorsque son nouveau magnétophone est volé au QG, il a l’intention de découvrir ce qui se passe et pose un piège. Il repère un rat robotique qui vole le magnétophone et le suit à une réunion Cobra de la Bobine, un groupe contre Serpentor dirigé par Cobra Commander...