Como consecuencia del nuevo acuerdo con la CIA, Michael está de encubierto en República Dominicana, donde su tarea es infiltrarse en un grupo terrorista.

Michael regresa a Miami en busca de un sociópata que intenta develar su identidad falsa. Sin embargo, está advertido: no puede ponerse en contacto con sus amigos.

Mientras Michael intenta obtener más información sobre la red de Burke, Fiona y Madeline deben liberar a un prisionero de un centro clandestino de detención ruso en Cuba.

Para escapar de Cuba, Michael une fuerzas con un exagente ruso que trabaja en la organización de Burke.

Michael lucha con sus recuerdos y sentimientos del pasado mientras trabaja con Fiona para robar información de un sindicato de programación para Sonya.

El líder de la organización que Michael intenta desmantelar lo droga y lo pone en riesgo de revelar peligrosos secretos.

Por orden de la organización a la que busca infiltrarse, Michael deberá ir tras un traficante de drogas en República Dominicana.

Cuando un grupo de extremistas libaneses envenena a un diplomático de Medio Oriente, Michael y el equipo deben apresurarse a conseguir el antídoto para salvarlo.

Un viejo amigo comienza a revelar secretos que podrían exponerlo, y Michael deberá decidir hasta dónde está dispuesto a llegar para proteger la misión.

Mientras Michael entra en un dilema aún mayor con respecto a su misión, deberá viajar a México con Sonya para ayudar a James con un trabajo importante.

Fiona, Sam y Jesse temen que Michael corra demasiado peligro después de verse obligado a revelar su identidad a James y a Sonya.

Aún en desacuerdo con la CIA y sin poder perdonarse haber traicionado a su equipo, Michael lucha por recuperar su confianza y por terminar lo que comenzó.