Michael aide Fiona et Sam à protéger un avocat contre le gang de motards le plus dangereux de la ville. Pendant ce temps, Michael doit faire équipe avec un allié inattendu afin de déjouer une menace terroriste imminente. Pour l'instant ils n'ont qu'une seule piste : ils ont récupéré le numéro de compte en banque d'un homme qui, pour protéger sa fortune, est prêt à laisser tout Miami partir en fumée. Et leur seul lien avec ce numéro de compte est un trafiquant d'armes, qu'ils parviennent à localiser. Malheureusement, ils ne sont pas les seuls sur le coup. Michael va vite s'apercevoir qu'aucune mission n'est sans prix...

Vaughn est prêt à torturer Jesse Porter, un agent du contre-espionnage récemment grillé, tout comme Michael. Celui-ci le convainc de le laisser faire, en garantissant qu'il peut gagner la confiance de l'ex-espion. Il propose à Jesse de l'aider à blanchir son nom, mais doit d'abord le faire sortir de la ligne de mire d'un trafiquant de drogue impitoyable, qui cherche à se venger : Ming Khan. Pour ce faire, Michael se fait passer pour l'ennemi de Jesse, afin que le caïd accepte de le prendre comme allié, ce qui lui permettra de s'approcher de lui. Mais Jesse, en véritable tête brûlée, fait capoter toute l'affaire et doit trouver une planque...

Hank, un docker au port de Miami, en Floride, est menacé par des gangsters. Michael et Jesse, qui mènent une opération de surveillance et enquêtent sur un trafic d'armes livrées à partir de l'Algérie, le rencontrent. Les deux compères, touchés par son histoire, décident de lui venir en aide. Pour cela, ils doivent neutraliser un grand parrain de la région grâce à leurs contacts à New York. Mais Michael, qui agit sous couverture, ne tarde pas à être démasqué par les gangsters. Sam doit alors se porter à son secours au plus vite avant qu'il ne soit tué. L'opération se révèle extrêmement dangereuse. Les malfrats passent Michael à tabac..

Kendra cherche par tous les moyens à retrouver Michael pour récupérer un ordinateur volé, tandis que ce dernier et Fiona tentent d'en percer les secrets. Mais la jeune femme parvient finalement à déjouer sans peine le piège qu'ils lui tendent en lui fixant un rendez-vous. Parallèlement, l'équipe est sollicitée par Lauren, un médecin, dont l'ami dirige une clinique : celui-ci est menacé par des dealers depuis qu'il a appelé la police pour mettre un terme au trafic qu'ils mènent jusque devant les portes de l'établissement. L'homme a besoin rapidement d'aide pour réussir à se sortir de cette situation à la fois compliquée et dangereuse...

Sam et Jesse interrogent un tueur à gages qu'ils ont capturé pour découvrir l'identité de son commanditaire. La mission s'annonce délicate. Sam et Jesse multiplient alors les techniques pour réussir à faire parler la personne retenue et obtenir les informations recherchées. Pendant ce temps, Michael et Fiona cherchent un moyen d'empêcher un vol. Ils finissent par se faire passer pour des consultants en sécurité afin de piéger un voleur d'antiquités. Celui-ci cherche absolument à s'emparer d'une épée ancienne d'une valeur inestimable. Michael et Fiona espèrent que leur couverture va fonctionner auprès de ce voleur...

Lors d'une convention internationale d'espions à Miami, en Floride, Jesse retrouve son ancien chef, Marv. Celui-ci croit en son innocence, mais a trop peur pour sa carrière pour l'aider de quelque manière que ce soit. De son côté, Michael cherche à venir en aide à Paul Anderson. Cet espion légendaire, aujourd'hui à la retraite, s'est exposé par accident. Des agents russes l'enlèvent et le torturent pour lui soutirer des informations. Il s'agit en fait d'anciens agents du KGB, qui veulent se venger du temps de la guerre froide. Pour le sauver, Michael détruit des documents qui auraient pu aider Jesse à sortir de sa situation...

Sam Axe sollicite l'aide de ses collègues afin d'assurer la sécurité lors de la fête organisée par Christian Aikin, un puissant homme d'affaires. Celui-ci redoute plus que tout que la précieuse invention de sa société ne soit dérobée durant la soirée, ce qui aurait des conséquences désastreuses. Mais lors de la réception, des malfrats débarquent bel et bien. Leur but est de kidnapper Sarah, l'épouse du magnat. Alors qu'ils étaient sur une autre mission périlleuse, qui consistait à braquer une banque afin de copier le contenu d'un coffre, Michael et Jesse arrivent à la rescousse. L'équipe part à la recherche de Sarah...

Après qu'un ouragan particulièrement violent a frappé les côtes de Floride, et la ville de Miami en particulier, Lane et Harris, deux agents du FBI, ont perdu la trace de James Bailey. Celui-ci est un témoin capital dans une grosse affaire, qui a nécessité des mois de travail de la part de l'agence fédérale. Ils ont aussi perdu de vue le meurtrier engagé pour éliminer l'homme trop bavard. Michael accepte alors de se faire passer pour un tueur à gages, afin de retrouver Bailey. Par ailleurs, il tente de convaincre Vaughn de lui arranger une rencontre avec Simon. Il espère ainsi pouvoir enfin décoder le message caché dans une bible...

Juan Ruiz, un ami de Sam, purge une peine dans un établissement de haute sécurité. Il est menacé de mort par un autre prisonnier, particulièrement dangereux : un chef de gang qui a juré d'avoir sa peau. Désespéré, il lance un appel à l'aide. Sam se tourne alors vers Michael, qui ne voit qu'une solution. Pour réussir à faire quelque chose pour lui, il faut s'infiltrer dans la prison, en tant que prisonnier. Par ailleurs, il rencontre Simon, un vieil ennemi. Contre toute attente, celui-ci lui révèle où trouver des preuves incriminant Vaughn. Il lui indique une piste : une tombe dans un cimetière. Sam et Fiona cherchent à vérifier ses dires...

Sam et Jesse tentent de rentrer en contact avec un certain John Barret, le PDG qui souhaite mettre la main sur la bible codée de Simon. L'homme semble intouchable, mais Michael et Jesse vont tout mettre en oeuvre pour l'attirer à Miami. Pendant ce temps, Jesse découvre que Michael était présent le jour où il a été dénoncé. Par ailleurs, un escroc séduit des femmes dans le but de les dépouiller plus facilement de leurs biens. Sam décide de se faire passer pour un escroc afin de se rapprocher du malfrat. Il espère pouvoir obtenir assez d'éléments pour avancer dans l'enquête...

Mike, Fiona et Sam tentent de retrouver la trace de Becky, la fillette d'Adam Scott, un avocat qui défend les pires escrocs de Miami. Becky, 5 ans, a été enlevée par le frère d'un criminel, qui cherche à faire pression sur l'avocat. Jesse, quant à lui, rumine sa vengeance contre Michael, dont il sait désormais qu'il l'a dénoncé. Estimant lui devoir des explications, voire des excuses, Fiona veut absolument le rencontrer. Comptant sur les bonnes relations de Madeline avec Jesse, la jeune femme décide d'emmener la mère de Michael avec elle, histoire d'amorcer le dialogue...

Michael se réveille dans un hôpital de Miami. Restée à son chevet, Fiona lui apprend qu'il a subi deux interventions chirurgicales consécutives et qu'il est demeuré inconscient durant plusieurs jours. La jeune femme lui révèle également que John Barrett est mort. Malgré l'avis des médecins, Michael décide de sortir de l'hôpital pour reprendre son enquête et retrouver au plus vite la Bible qui contient les noms qu'il recherche. Mais rien ne se passe comme prévu. Une bombe explose en plein centre-ville. La panique et le remue-ménage que suscite l'événement le contraignent à différer ses projets...

Michael s'est introduit dans le commissariat local afin de récupérer des dossiers confidentiels le concernant, avant de s'enfuir avec l'aide de Sam. Fiona et Jesse acceptent de se porter au secours d'un homme dont la soeur est retenue prisonnière dans la villa d'un diplomate vénézuélien. Il s'agit en fait d'un piège tendu par Natalie, une tueuse à gages. Usant d'un odieux chantage, la jeune femme veut récupérer une arme chimique cachée dans la fameuse villa. Pendant ce temps, déterminée à réunir Michael et Jesse pour une explication à coeur ouvert, Madeline les invite à sa table, avec l'espoir qu'ils se réconcilient enfin...

Sam et Jesse sont en déplacement en République Dominicaine. Ils sont chargés de mettre la main sur la liste des personnes qui ont trahi Michael. Pendant ce temp, Michael se rend à l'aéroport de Miami, pour récupérer son frère Nate. Il comprend rapidement que Nate n'est pas venu uniquement pour voir la famille. Il doit en effet rendre un service aux frères Taylor, de vieux copains. Il s'agit de retrouver une voiture qui transporte vingt kilos d'héroïne. Nate rassure Michael en lui disant que cette affaire sera vite réglée. Mais les deux frères ignorent cependant qu'ils vont tomber dans un piège...

Michael, qui est à nouveau en possession de la liste de Barrett, décide de remettre aux autorités cette précieuse clé USB, qui contient les noms de toutes les personnes qui l'ont grillé. Avant de la transmettre, l'ex-agent et ses collègues tentent de trouver une personne de confiance. Leur choix finit par se porter sur Marv, l'ancien patron de Jesse. Mais sa mission ne va finalement pas du tout se passer comme prévu. Pendant ce temps, Sam, très en colère, veut venger la mort de son ami Baruchel, un policier de Miami qui aurait été assassiné par son partenaire...

Michael, Fiona, Sam et Jesse doivent tout tenter pour récupérer la liste qui a été dérobée par Brennen. Ils sont d'ailleurs surpris d'apprendre que Brennen invite Mike pour un tête-à-tête. Afin que tout se passe sans la moindre difficulté, Sam pense qu'il est préférable d'escorter son ami. Brennen propose alors un marché étrange à l'ex-agent. Il accepte d'aider Michael à retrouver les personnes de la liste, mais à condition que Micheal les tue à sa place. Et c'est Larry, l'ancien mentor de Brennen, qui sera son coéquipier. Contre toute attente, Michael accepte le contrat qui lui est proposé...

Sam propose de remettre la fameuse clé USB, qui comporte la liste de Barrett, à Bill Cowley, l'un des membres du Congrès. Mais il va falloir amadouer le politicien, qui risque fort d'accueillir froidement Mike en raison de leur dernière entrevue. Sam décide alors d'emmener Madeline avec lui pour lui proposer cette mission. Pendant ce temps, Michael et les autres sont à la recherche d'un lieu sûr où la liste pourra être cachée. Mais repérés par une équipe de Vaughn, ils se réfugient dans un hôtel abandonné. Ils se retrouvent bientôt encerclés...