Der Auftakt der dritten Season beginnt genau dort, wo die zweite Season endete. Michael schwimmt im Ozean vor Miami, nachdem er aus dem Helikopter des Managements sprang. Mit letzter Kraft kann er zum Strand schwimmen. Dort wartet in Form eines Polizisten sofort Ärger auf Michael. Nachdem er sich kurz in einem Hotel verschanzt hat, befolgt Michael Fionas Rat und stellt sich. Doch im Gefängnis ist Michael nur kurz, denn Harlan - ein Spion, mit dem Michael in seinem früheren Leben einige Missionen durchführte - holt Michael wieder rauß. Harlan konnte ihn finden, da Michael nun nicht mehr vom Management geschützt wird, so können ihn nun alte Feinde auf ihrem Radar finden. Im Haus von Michaels Mum wartet bereits Ärger auf ihn, denn seine Mutter ist sauer, nachdem Sam das halbe Haus in die Luft jagdte (Episode 2.16). Harlan bittet Michael um Hilfe, um den venezuelanischen Verbrecherkönig Rufino Cortez zu stellen und an Venezuela aufzuliefern. Rufino Cortez nimmt in Venezuela armen Dorfbewohnern mit Hilfe korrupter Behörden das Land, Harlan wurde von einer jungen Frau um Helfe gebeten, deren Vater wegen Cortez unschuldig im Gefängnis sitzt. Nachdem ein erster Versuch Cortez zu entführen auf Grund der schlechten Planung von Harlan fehlschlägt, übernimmt Michael das Ruder. Sams alter Freund Barry verschafft Michael die Tarnidentität eines Anwalts, der Cortez im Namen einiger Leute Land abkaufen will. So wollen Michael, Fiona, Sam und Harlan den Gängsterboss Cortez aus einer fahrenden Festung entführen.

Michaels Geburtstag steht an. Doch zum Feiern bleibt keine Zeit, denn mit Detektive Michelle Paxson stellt sich eine neue Polizistin bei Michael vor, die gegen ihn ermittelt. Sam stellt bei Nachforschungen fest, dass Michelle Paxson eine Stalkerin mit Polizeimarke ist. Sie hat sich Michael als ihr neues Opfer ausgesucht, macht ihn für die jüngsten Explosionen in Miami verantwortlich. Unglücklicherweise hat Michelle Paxson ihn auch auf einem Überwachungsband einer Lagerhalle gesehen. Dort lagert Michael in einer der Garagen C4, das er nun schnell verschwinden lassen muss. Doch das Lagerhaus wird bereits von Polizisten überwacht. Zudem muss Michael dem frisch geschiedenen Ehepartnern Melinda und Howard helfen, deren Sohn Brandon vom Verbrecher Santora entführt wurde. Santora will dadurch Informationen von Howard über einen Diamanttransport erpressen. Um Brandon wiederzufinden wenden Michael, Sam und Fiona bei Santora die Methode des umgekehrten Verhöres an.

Michaels Bruder Nate ist aus Las Vegas angereist, um einen Vertrag wegen seiner Limo-Firma abzuschließen. Er wird sogleich abgefangen und erfolglos von Detektive Paxson befragt, ehe sie ihn bei Michael abliefert. Dieser hat daher einen Plan ausgeheckt, um Paxson loszuwerden. Dazu versuchen Sam und Fiona gemeinsam mit Barry eine falsche Verbindung von Michael zu einen Angehörigen des Bürgermeisters zu legen. Doch plötzlich hat Michael ganz andere Problem als Detektive Paxson. Der Geschäftspartner von Nate entpuppt sich als Tyler Brennen, ein Waffenhändler, den Michael aus Miami vertrieben hatte (Episode 2.15). Brennen hält Nate durch einen sizilianischen Killer gefangen und zwingt so Michael drei Aufträge für ihn auszuführen. Als erstes soll Michael eine Hightechkarte aus einem Bürogebäude entwenden. Dabei kann Michael Sam über die Situation informieren. Dieser versucht nun mit Fiona und Barry den Aufenthaltsort von Nate ausfindig zu machen. Als Michael bei seinem zweiten Auftrag die Stimme eines Waffenentwicklerns aufnehmen soll, erkennt er, dass Brennen offensichtlich eine neuartige Waffe der Regierung stehlen will. Dies kann Michael nicht zulassen, auch wenn das Leben seines Bruders auf dem Spiel steht.

Als Fiona und Michael gerade von einem Schuldner für einen Klienten Geld eintreiben wollen, platzt Detektive Paxson mal wieder dazwischen. Als sie Michael auch noch unter die Dauerüberwachung durch einen Streifenwagen stellt, ist Michael klar, dass er sie endlich los werden muss. Gemeinsam mit Sam findet er auch einen Weg. Detektive Paxson arbeitet bereits seit Monaten an einem Fall, sie will den Kriminellen Matheson verhaften. Dieser raubt immer wieder Drogendealer aus, geht dabei über Leichen und trifft auch Unschuldige. Leider ist Detektive Paxson bei Matheson genau so ungehobelt vorgegangen wie jetzt bei Michael, sodass Matheson eine Unterlassungsklage gegen sie verfügte. Da Michael Paxson beweisen will, dass sie auf einer Seite stehen, will er nun Matheson stellen. Mit Tommy, der wie es Michael ausdrückt "im mittleren Management" bei Matheson arbeitet, haben sie auch einen Weg gefunden, um in die kriminelle Organisation zu kommen. Das Ziel von Michael, Sam und Fiona, die sich dazu als nicht sehr intelligente Kleinkriminelle tarnen, ist es, Matheson bei einem Raubzug zu begleiten und dann die Polizei zu informieren, sodas sie Matheson auf frischer Tat verhaften kann. Doch bis dahin ist es ein weiter Weg. Zudem hat Sam ganz eigene Probleme, denn bei ihm steht eine Steuerprüfung an. Der Name des Steuerprüfers ist Stacey Conolly. Doch zu Sams Entsetzen ist Stacey keine Frau, die er verführen könnte, um über seine zweifelhaften Abrechnungen hinwegzutäuschen, sondern ein Mann. Und der deckt jede Kleinigkeit auf.

Michael beobachtet bereits seit einer Woche gemeinsam mit Sam den Flughafen von Miami, um ein Flugzeug des Geheimdienstes zu finden. So könnte Michael an einen aktiven Spion geraten, der ihn wieder ins Geschäft bringen könnte. Nachdem das passende Flugzeug gefunden wurde, begeben sich die beiden erst einmal auf den Schießstand. Hier werden die beiden, nachdem Sams Trefferbild ein Martini-Glas widergespiegelt hat, von dem Mathematiker Spencer überrascht. Dieser wirkt durcheinander und berichtet den beiden von einer Alieninvasion. Aber er hat es geschafft, Michael Weston ausfindig zu machen. Dennoch schieben Michael, Sam und Fiona ihn erst einmal in die Psychatrie ab, wo er schon wohl bekannt ist. Doch schnell bricht Spencer wieder aus, denn er besitzt die selbe Hartnäckigkeit, die auch Michael besitzt. Michael will es zwar nicht wahrhaben, aber die beiden ähneln sich sehr, beide verfolgen strikte Ziele. Und wenn man bei Spencers Verschwörungstheorie einer US-Verteidigungsfirma, die Namen von Aliens an andere Staaten verkaufen soll, das Wort Aliens durch Agenten ersetzt, macht es auf einmal auch Sinn. Um die Chefin des Konzerns zu überführen, ist erst einmal ein Team-Building Seminar von Sam nötig.

Michael bekommt erneut ein Geschenk von Tom Strickler. Um herauszufinden, ob dieser ihn wirklich wieder zu seinem alten Job als Spion beim Geheimdienst verhelfen kann, sucht Michael die Hilfe von Diege Garza. Dieser ist zwar erneut alles andere als begeistert über Michaels Anwesenheit, aber zur Hilfe gezwungen, da er in Schwierigkeiten kommt, wenn seine Vorgesetzten beim Geheimdienst erfahren würden, dass er Kontakt zu einem verbrannten Spion hat. Bis die Überprüfung abgeschlossen ist, eröffnet sich für Michael ein neuer Fall. In Fionas Wohnung kann er zusammen mit Fiona einen Einbrecher stellen - den 13 jährigen Joey, der eine Waffe stehlen wollte. Joey berichtet nach einigen Zögern davon, dass er mit der Waffe seinen Stiefvater töten wollte. Um mehr über die Hintergründe zu erfahren, nehmen Michael, Fiona und Sam Kontakt zu Joey's Mutter April auf, auch wenn Sam wenig darüber begeistert ist, sich in häusliche Sachen einzumischen. April berichtet davon, dass sie von Joey's Stiefvater Erik geschlagen wurde und sich nun von ihm getrennt hat. Doch da Erik als bekannter Geschäftsmann viele Kontakte hat, befürchtet sie, dass dieser bei der Sorgerechtsverhandlung in einer Woche das Sorgerecht für Joey bekommt. Hinzu kommt, dass hinter Erik mit seinem Bruder Quinn ein stadtbekannter Gangster steckt. Genau hier sieht Michael einen Anhaltspunkt. Er will das eingespielte Duo von Quinn, der sich mit seinen dunklen Machenschaften hinter dem Saubermannimage seines Bruders versteckt,und Erik sprengen und Erik so dazu zwingen, die Stadt zu verlassen.

Strickler hat den ersten Auftrag für Michael. Diebe haben aus einem geheimen Waffenlager eines Geheimdienstes Waffen gestohlen, in den nächsten Tagen wollen die Diebe dieses Waffen weiterverkaufen. Michael soll herausfinden, wann und wo der Übergabeort ist und dann von den beteiligten Personen Fotos machen. Fiona und Sam zeigen sich skeptisch über die Zusammenarbeit von Michael mit Strickler, zumal Michael für die Observierung des Cleaners, dem Saubermann der Diebe, seine Mutter anheuern muss. Zudem meldet sich der Geldwäscher Barry bei Michael, der nun eine Gegenleistung für seine ganzen Gefallen einfordert. Sein Notzibuch mit sämtlichen Kontodaten seiner vielen Klienten ist gestohlen worden, nun wird Barry erpresst, soll fünf Millionen Dollar Lösegeld zahlen. Tut er das nicht, wollen die Diebe sein Notizbuch weiterverkaufen, was das Ende für Barry bedeuten würde. Michael, Sam und Fiona können mit der Immobilienmaklerin Natalie und ihrem Boss, der sich selber George Washington nennt, schnell die vermeintlichen Diebe ausmachen. Um sie zu verhören muss Michael aus Sam's Liebesnest vorübergehend ein Gefängnis machen.

Michael erfährt von Diego, dass dank Strickler seine Burn Notice überprüft wird. Bis dahin soll sich Michael auf Anweisung von Strickler einfach ruhig verhalten und kein Aufsehen erregen. Doch das ist leichter gesagt als getan. Denn Fiona will nach einem Streit mit Michael zurück in ihre Heimat nach Irland, doch dann taucht ihr Bruder Sean auf, der berichtet, dass ihr Erzfeind Thomas O'Neill in der Stadt ist, um Fiona zu töten. Fiona arbeitete einst zu Zeiten der IRA für O'Neill, verweigerte dann jedoch eine Schule in die Luft zu sprengen, wodurch dieser dann ihre kleine Schwester tötete. Auch wenn es Fiona nicht wahr haben will, ist nun sie die neue Klientin von Michael, der sich doch eigentlich ruhig verhalten sollte. Doch auf Grund der Impulsität von Sean, der Michael ebenfalls für einen Iren hält, ist dies nicht möglich. Schnell kommt es zu einem Schusswechsel mit O'Neills kleiner Privatarmee. Gemeinsam mit Sam will Michael Fiona und Neil retten, doch diese halten sich nicht an seine Anweisungen, wodurch Sams 50s Buick Skylark dran glauben muss. Zu allem Unglück will Michaels Mutter Madeline auch noch ihr Haus verkaufen.

Michael soll für die noch verletzte Fiona einer gewissen Calia helfen, deren Mann wegen großer Geldsorgen diverse Versicherungen abgeschlossen und anschließend einem inszenierten Unfall zugestimmt hat, bei dem er eine Genickverletzung vortäuschen sollte. Doch etwas ist offenbar schief gelaufen, denn jetzt ist er tot und Unbekannte erpressen Calia.

Sam hat beschlossen wieder bei Michaels Mutter Madeline auszuziehen. Noch während er seine Sachen zusammenpackt wird er von seinem alten Freund Mack überrascht, den Sam jedoch mit einem kräftigen Fausthieb begrüßt, da er früher ein Verhältnis mit seiner Frau hatte. Mack behauptet dem brutalen Kindesentführer Rincon auf den Fersen zu sein, der angeblich bei einem Brand in seinem Haus ums Leben gekommen sein soll.

Für Michael gibt es ein überraschendes Wiedersehen mit seinem ehemaligen Nachbarn Sugar: Der Drogendealer den Michael damals angeschossen hatte ist aber nicht gekommen um Rache zu nehmen sondern um Michaels Hilfe zu erbitten: Sein Cousin Dougie werde seit längerem von einem zwielichtigen Typen namens Lynch umgarnt.

Sam und Michael erleben eine böse Überraschung: Die Tür zu Michaels Loft wurde aufgebrochen sie finden eine Leiche und vor ihnen steht plötzlich Larry Sizemore - ein alter CIA-Kollege. Larry behauptet er habe Michael gerade noch einmal das Leben gerettet, denn der Tote sei ein Auftragskiller eines kolumbianisches Kartells. Doch wie sich herausstellt ist Larry daran nicht ganz unschuldig, denn er hat Michaels Namen für seine eigenen schmutzigen Geschäfte benutzt.

Sam überzeugt Michael den Auftrag einer neuen Klientin namens Isabella Corvino anzunehmen die ein elegantes Modelabel besitzt. Isabella hat den Verdacht, dass einer ihrer Mitarbeiter regelmäßig Geld unterschlägt - und sie ist sich auch schon sicher wer der Verantwortliche sein muss: ihr Geschäftspartner Tim Hastings. Doch noch bevor Sam und Michael erste Schritte unternehmen können wird Isabella ermordet.

Ein ehemaliger Kontaktmann von Fiona tritt mit einem Jobangebot an sie heran das überraschend gut bezahlt werden soll. Sam ist entsprechend misstrauisch und behält Fiona deshalb im Auge als diese in einem Lagerhaus verschwindet um ihren zukünftigen Auftraggeber Gabriel kennenzulernen. Gabriel stellt Fiona in mehreren mitunter tödlichen Prüfungen hart auf die Probe bevor er endlich Vertrauen zu ihr fasst und sie in seine Geschichte einweiht.

Michael überlebt die Explosion von Mason Gilroys Truck nur knapp. Doch nun ist er auf der Flucht, denn Gilroy ist tot und sowohl die Polizei von Miami als auch das FBI halten ihn für schuldig. Auch sein Loft wird von Polizisten belagert und seine Mutter Madeline von Agent Callahan aufgesucht. Michael trifft sich mit seinen Freunden Sam und Fiona an einem geheimen Ort um einen Plan zu schmieden, wie sie aus der Sache wieder herauskommen.