Der Auftakt der dritten Season beginnt genau dort, wo die zweite Season endete. Michael schwimmt im Ozean vor Miami, nachdem er aus dem Helikopter des Managements sprang. Mit letzter Kraft kann er zum Strand schwimmen. Dort wartet in Form eines Polizisten sofort Ärger auf Michael. Nachdem er sich kurz in einem Hotel verschanzt hat, befolgt Michael Fionas Rat und stellt sich. Doch im Gefängnis ist Michael nur kurz, denn Harlan - ein Spion, mit dem Michael in seinem früheren Leben einige Missionen durchführte - holt Michael wieder rauß. Harlan konnte ihn finden, da Michael nun nicht mehr vom Management geschützt wird, so können ihn nun alte Feinde auf ihrem Radar finden. Im Haus von Michaels Mum wartet bereits Ärger auf ihn, denn seine Mutter ist sauer, nachdem Sam das halbe Haus in die Luft jagdte (Episode 2.16). Harlan bittet Michael um Hilfe, um den venezuelanischen Verbrecherkönig Rufino Cortez zu stellen und an Venezuela aufzuliefern. Rufino Cortez nimmt in Venezuela armen Dorfbewohnern mit Hilfe korrupter Behörden das Land, Harlan wurde von einer jungen Frau um Helfe gebeten, deren Vater wegen Cortez unschuldig im Gefängnis sitzt. Nachdem ein erster Versuch Cortez zu entführen auf Grund der schlechten Planung von Harlan fehlschlägt, übernimmt Michael das Ruder. Sams alter Freund Barry verschafft Michael die Tarnidentität eines Anwalts, der Cortez im Namen einiger Leute Land abkaufen will. So wollen Michael, Fiona, Sam und Harlan den Gängsterboss Cortez aus einer fahrenden Festung entführen.

Michael is bailed out of jail by an old friend who asks for his help in return.

След като похищава брат му Нейт, безскрупулен търговец на оръжия принуждава Майкъл да открадне високотехнологично оръжие и заплашва да го убие, ако се провали или откаже.

Michael se enfrenta a su detención cuando el equipo de Caral está a punto de capturarlo.

Michael, un ancien agent secret, a perdu la protection de ceux qui l'ont trahi. Recherché par la police, il est finalement arrêté. Un vieil ami parvient à le faire libérer mais en contrepartie, lui demande une faveur. Il lui propose un nouveau travail qui consiste à extrader un criminel d'Amérique latine...

Michael kiszabadul a vezérkar szorításából, aminek az ára, hogy újra nyilvántartásba kerül, így most már számos ügynökség vadászhat rá. Megkeresi egy régi barátja és volt katonatársa Harlan, hogy egy megbízást kínáljon neki. Egy venezuelai korrupció vezetőjét kell elkapni, és visszaszállítani hazájába, hogy ott vád alá helyezzék.

O comerciante de armas Brennen (de "Pecados de Omissão") retorna e sequestra Nate, forçando Michael a ajudá-lo a realizar um roubo elaborado. Michael também deve lidar com a investigação em andamento de Paxson.