Brian réouvre le Babylon mais les clubbers ne sont plus de la fête. Au même moment, Justin fait son retour à Pittsburgh après que son projet ait été annulé par les producteurs hollywoodiens. Pour se remettre d'une déconvenue sentimentale, Ted décide de changer radicalement de look et teste les cheveux peroxydés. Alors que Michael essaie d'obtenir le droit de garde de sa fille, Emmett est engagé pour être le "Queer Guy" d'une chaîne de télévision locale.

Brian et Michael s'éloignent de plus en plus. Tandis que le playboy de Pittsburgh se bat pour sauver l'identité de Liberty Avenue, Michael découvre les joies de la vie domestique. Debbie décide de prendre sa retraite et elle accueille sa remplaçante, Loretta Pye.

N'en pouvant plus de rester chez elle à ne rien faire, Debbie retourne à son ancien lieu de travail et réalise que Loretta Pye est en train de lui voler la vedette. Loretta lui avoue alors qu'elle compte quitter la ville pour se protéger de son mari... Pendant ce temps, Brian promet à Michael de lui rendre visite si ce dernier accepte de venir voir le nouveau Babylon. Hunter dispute un championnat de natation. A la fin de l'épreuve, il provoque la panique générale en se blessant dans la piscine.

Alors qu'Emmett fait comprendre à Debbie que Loretta est sûrement amoureuse d'elle, Brian apprend qu'il a attrapé la syphilis. Pendant ce temps, Hunter doit subir les menaces des parents d'élèves qui ne supportent pas que leurs enfants étudient en présence d'un ancien prostitué, qui plus est séropositif. Cet ostracisme pousse Hunter à retourner vivre dans la rue. Mais pour Michael et Ben, il est hors de question que le jeune homme gâche sa scolarité et son avenir. Après être resté reclus chez lui, Ted ose enfin dévoiler son nouveau visage à ses amis....

L'époque où Brian était le plus beau mec de Pittsburgh semble bel et bien révolue avec l'arrivée de Brandon, une bombe qui attire tous les regards. À la salle de sport, Ted retrouve Troy, un ancien amant qui avait couché avec lui par pitié lors de la Gay Pride 2002. Grâce à son opération de chirurgie esthétique, Ted a gagné en sex appeal et a désormais les moyens de se venger de Troy. Alors qu'Emmett se pose de plus en plus de questions sur sa participation dans « Queer Guy », Ben et Michael essaient de convaincre Hunter de retourner à l'école. Le rôle de femme au foyer ne convient vraiment pas à Debbie qui frôle la dépression. Après une conversation avec Carl, elle décide de reprendre son travail au « Liberty Diner ».

Ben est persuadé qu'il est un mauvais père et qu'il n'a pas fait tout ce qu'il a pu pour retenir Hunter. Michael essaie de le convaincre de l'accompagner à un meeting contre la proposition 14 qui menace les droits des couples homosexuels. Rencontrant des difficultés financières, Lindsay retourne vivre chez sa mère. Alors que Justin prend une décision radicale, Brian se dispute toujours avec Brandon la place de mec le plus sexy de Pittsburgh. Ted a du mal à se rappeler qu'il est avec Troy par vengeance.

Justin se retrouve en prison après avoir protesté contre la Proposition 14 dont son propre père est partisan. Toujours à la recherche de Hunter, Ben apprend que son fils a quitté Pittsburgh pour un lieu plus accueillant. Melanie et Lindsay vivent de nouveau sous le même toit tout en faisant chambre à part. Lindsay est sûre qu'elles vont réussir à se réconcilier mais ses espoirs s'évanouissent quand elle surprend Mélanie embrassant une autre femme. Alors que la compétition entre Brian et Brandon continue, Emmett découvre l'identité de l'homme qui le harcèle.

Alors que les rapports entre Lindsay et Melanie dégénèrent, Brian tente de se réconcilier avec Michael, mais en vain. Drew fait son coming out à la télévision et remercie Emmett de l'avoir aidé à s'assumer. Bien qu'il n'ait jamais eu autant de partenaires sexuels, Ted trouve que sa vie est fade. Melanie lui conseille de se trouver un vrai "mari" et l'oriente vers un groupe de rencontres pour les juifs homosexuels.

Brian se prépare à partir au Mardi Gras de Sydney. A la demande de Michael, il accepte qu'une soirée contre la Proposition 14 soit organisée au Babylon en son absence. Ted en profite pour proposer à Lewis, un garçon légèrement agoraphobe, d'être son chevalier servant. Le grand soir, Emmett a l'honneur d'introduire Cyndi Lauper en personne qui vient chanter au Babylon. Mais un évènement dramatique va bouleverser la vie de la bande de Pittsburgh...

Le bilan de l'explosion du Babylon est dramatique. Michael est toujours à l'hôpital dans un état critique. Ted n'a pas le courage d'aller lui rendre visite car il se sent responsable de cette tragédie. Melanie et Lindsay, de nouveau réconciliées, décident de passer le reste de leur vie ensemble. Projetant d'aller voir Michael, elles appellent leur amie Dusty pour garder les bébés et apprennent avec horreur qu'elle fait partie des victimes du Babylon. Encore sous le choc, Brian réévalue ses priorités. Il veut changer de vie et demande Justin en mariage.

Tout le monde est surpris de recevoir un carton d'invitation pour le mariage de Justin et Brian. Melanie et Lindsay envisagent de partir au Canada, car elles pensent que la vie y est plus facile pour les familles homoparentales. Mais elles se heurtent au refus de Brian qui n'est pas d'accord pour que son fils vive loin de lui. Alors que Ted croit enfin avoir trouvé l'homme de sa vie, Emmett découvre que Drew voit d'autres garçons.

A quelques jours de leur mariage, Justin trouve que Brian a énormément changé. De son côté, Brian pense que Justin ne doit pas sacrifier sa vie privée à sa carrière et doit partir à New-York poursuivre ses études. Mélanie et Lindsay disent adieu à leurs amis et partent à Toronto.