MacGyvers Hausboot ist abgebrannt. Bei dem Bildhauer Mel kommt er zunächst unter. Dort lernt der Agent die junge Schauspielerin Kelly kennen. Die wird zufällig Zeugin, wie drei Männer planen, einen Kornzeugen zu ermorden. Damit bringt sich Kelly in Lebensgefahr. MacGyver, der ihr helfen will, gerät in die Gewalt der Gangster.

Immer wieder träumt MacGyver von dem Killer Murdoc und ist beunruhigt. Sollte der Totgeglaubte doch noch am Leben sein? Beim Prozess gegen den Ex-Diktator Delarosa ist MacGyver für die Sicherheit zusändig. Kollegin Cindy Finnegan würde ihn nur allzu gerne ablösen. Da wird auf Delarosa ein Attentat verübt. Das trägt ganz die Handschrift Murdocs.

Ein Sprengstoffanschlag wurde verübt, der eindeutig auf das Konto des Brandstifters Prometheus geht. MacGyver setzt alles daran, den gefährlichen Feuerteufel endlich auszuschalten. Doch der wechselt plötzlich seine Strategie. Freund und Kollege Earl kommt beim nächsten Anschlag ums Leben. Agentin Rachel, ebenfalls an dem Fall Prometheus dran, verbietet MacGyver daraufhin jede weitere Ermittlung.

Die Colton-Brüder, drei auf Kopfgeldjagd spezialisierte Privatdetektive und Freunde MacGyvers, retten eine blutjunge Frau. Die wurde zufällig Zeugin des Mordes an einem chinesischen Gangsterboss. Als ihr klar wird, dass die Killer nun hinter ihr her sind, schaltet ihre Mutter die Coltons erneut ein. Der korrupte Staatsanwalt aber lockt sie in einen Hinterhalt.

Auf Haiti wird MacGyver Zeuge, wie die Studentin Cherine gekidnappt wird. Die junge Frau hat den Seilschaften des alten Regimes, die unter der neuen Führung wieder an Einfluss zu gewinnen scheinen, den Kampf angesagt. MacGyver findet heraus, dass die Bewohner des Viertels wissen, wer Cherine entführt hat. Aus Angst aber schweigen sie. Der Agent setzt alles daran, die mutige Studentin zu befreien.

MacGyver betreibt gerade ein wenig Ahnenforschung, als ihm ein Blumentopf auf den Kopf fällt. Daraufhin findet er sich im 7. Jahrhundert am Hofe des legendären Königs Arthur wieder. Der ist nicht minder über das plötzliche Erscheinen des Fremden verduzt als die Ritter seiner Tafelrunde. Einer von ihnen, Ritter Duncan, fühlt sich besonders gestört. Denn der plant gerade, Arthur zu ermorden.

MacGyver entdeckt in Morganas Schloss einen seiner Vorfahren, Iain M’Iver. Und nicht nur das. In den Kerkern wird Cecilia, Galahads Braut gefangen gehalten. MacGyver befreit sie, flieht zusammen mit ihr und Merlin. Morgana aber stöbert sie auf und kerkert die drei ein. MacGyver gelingt es, das Labor der Burgherrin zu zerstören. Die aber feuert einen Schuss auf ihn ab.

Pinky Burnette, ein Stummfilmkomiker, entdeckt ein paar seiner alten Filme. Er will sie bei der Phoenix Foundation restaurieren lassen. Als er und MacGyver sich die Filme ansehen, tauchen zwei maskierte Gestalten auf und rauben sie. MacGyver setzt den Dieben nach. Eine Spur führt ihn in das Studiogelände, auf dem Pinky einst mit seinem Partner Banky Kassenhits produzierte.

Earl Dent, ein ehemaliger Boxchampion, taucht bei MacGyver auf: Dent möchte endlich mit seiner Tochter Ronnie zusammenleben. Seit dem Tod der Mutter wurde das Kind von einer Pflegefamilie zur anderen gereicht. Weil Dent kein geregeltes Einkommen nachweisen kann, verweigert die Jugendwohlfahrt ihm das Erziehungsrecht. MacGyver soll helfen.

MacGyver betreut mit Mrs. Jeffries und deren Söhnen Kelvin und Brian ein Umweltprojekt. Der Club, in dem das Projekt angesiedelt ist, liegt im Revier der berüchtigten Oliver-Street-Gang. Brian gehörte früher zu den Ice-Boys, einer verfeindeten Gang. Die Probleme lassen nicht lange auf sich warten. Die Oliver-Street-Jungs ermorden einen Cop und lenken den Verdacht auf Brian.

Lobo, ein stadtbekannter Graffitikünstler, bittet MacGyver um Hilfe. Seine Großmutter, die in einer heruntergekommen Mietskaserne lebt, soll ihre Wohnung verlassen. Ihr Vermieter, Mr. Kasanti, hat dafür einen guten Grund. Er will das Grundstück verkaufen. MacGyver geht der Sache nach und steckt schon bald bis zum Hals in einem Sumpf aus Lüge und Korruption.

Eine chinesische Untergrundorganisation droht, die Handelsgespräche zwischen den USA und China scheitern zu lassen. Sie können beweisen, dass ihre Regierung entgegen allen Menschenrechtsabkommen Gefangene in Arbeitslager steckt und dort unter grausamen Bedingungen Handelsgüter produzieren lässt. MacGyver versucht, der Gruppe zu helfen.

Jack Dalton sitzt nach einer Bruchlandung in Kablustan fest. MacGyver soll seinen alten Kumpel retten. Tatsächlich findet er ihn schon bald unmittelbar neben der Absturzstelle. Doch Jack denkt nicht daran, sich retten zu lassen. Er hat gehört, dass die Bewohner eines kleinen Tals einen wirklichen Jungbrunnen entdeckt haben.