Una banda de vigilantes está destrozando algunas casas de la ciudad. MacGyver sospecha de un exmarine del centro de la juventud como el entrenador de estos jóvenes.

MacGyver salva la vida de un soldado rumano que lo ha tomado como rehén y nuestro héroe trata de apelar al sentido de humanidad del soldado.

Tras disparar a un policía, se encuentran con que la pistola que se utilizó fue la misma que la empleada para asesinar a un candidato presidencial hace años, llevando a los investigadores a acusar al amigo de MacGyver del centro juvenil del crimen.

Lisa, la joven amiga de MacGyver, está en problemas con el alcohol. La chica ha sido arrestada porque se la relaciona con varios robos.

Con la ayuda de MacGyver, un anciano alemán se reúne con la nieta que perdió hace tiempo. Sin embargo, ella es una agente que está implicada en una trama que planea robar el oro de su abuelo.

El infame doctor Zito consigue escaparse. MacGyver y la policía, incluido el mismo oficial que se encargó de encarcelar a Zito, resultan ser víctimas de los juegos sádicos del doctor.

La última voluntad de Harry es que una camioneta vintage acabe en las manos de MacGyver. Sin embargo, un grupo de ladrones tiene gran interés en encontrar el coche, creyendo que dentro se encuentra un colgante de diamantes de un valor incalculable.

Hallan muerto a un organizador de trabajadores agrícolas que descubrió pruebas contra los cultivadores que empleaban pesticidas mortales. MacGyver va encubierto a investigar la muerte de dicho hombre.

Mientras conduce por una pequeña ciudad, MacGyver ve algo similar a un aterrizaje de un OVNI. A partir de ahí comienza a investigar.

Mama Colton, MacGyver y la hija de una leyenda del béisbol unen sus fuerzas para acabar con un grupo de criminales que producen tarjetas de béisbol, y otro artículos de coleccionista relacionados con este deporte, falsas.

MacGyver se vuelve a ver con su novia de secundaria en una competición deportiva internacional que está patrocinada por el marido de la mujer.

MacGyver llega a un sitio pruebas de tierras propiedad de la Fundación Phoenix. Allí descubre un sobre que contiene un cassette de audio con instrucciones. Una voz le dice que tiene que esperar a MacGyver y luego descubrir la zona en la que murió; incluso el aire es peligroso para respirar. La voz está convencida de que esto es lo que le sucederá a la ciudad de Maple Ridge si el programa del constructor Bartlett se convierte en una realidad.

MacGyver está ayudando a los arqueólogos a encontrar la tumba de Alejandro Magno, pero pronto descubre que no son los únicos que la buscan.

Earl Dent ha sido puesto en libertad condicional y pide ayuda a MacGyver. Él le consigue un trabajo, pero algunos de sus antiguos socios quieren que los lleve a la persona que los traicionó. Pero Dent se niega, así que deciden decirle que él los ayude. Cuando Angus se entera de esto, saca su vieja bicicleta y se une a ellos. Sin embargo, el oficial que le concedió la libertad condicional de Dent los sigue.

MacGyver inicia una investigación muy personal para encontrar al asesino de un sacerdote, que hacía una gran labor con las personas sin hogar.

MacGyver deberá substituir a Pete en una misión tras revelar que padece un glaucoma en el ojo. El objetivo es conseguir una cinta de video que tendría importantes repercusiones políticas en un pequeño país de Amérca Latina.

Tras caer y herirse en una trampa para animales, MacGyver es rescatado por dos mujeres que le llevan a un pequeño hostal para recuperarse. Allí descubrirá que se esconde una banda de mafiosos, junto a su botín recién robado.

Murdoc decide acabar con su retiro y volver al negocio de los asesinos a sueldo. Que mejor forma de reaparecer que matando a MacGyver. Tras el intento, MacGyver acaba con amnesia en una granja recibiendo atención de una madre y su hija en contra de su voluntad.

Una compañía eléctrica quiere construir una nueva línea de energía cerca de una reserva de indios nativos americanos. Un miembro de la tribu tiene un plan en contra de la empresa, pero MacGyver intenta convencerle de que lo que planea horrorizaría a sus antepasados.

Pete está a punto de ser operado de su glaucoma, y junto a MacGyver, recuerdan algunas de sus mayores aventuras. Además, también intentarán averiguar quién puede ser el individuo que ha estado enviando mensajes amenazantes a Pete.