MacGyver prüft ein Jugendprojekt, das die Phoenix Foundation fördern will. Sein alter Freund Manny leitet das Unternehmen, das Jugendlichen eine sinnvolle Alternative zu Bandenkriminalität und Drogenhandel anbieten will. MacGyver entdeckt, dass ein Mitarbeiter aus einigen Jungs eine Miliz gebildet hat, die Angst und Schrecken in der Gegend verbreitet.

MacGyver und Thornton kommen nach Bukarest Ihr Auftrag: Als Mitglieder einer internationalen Kommission sollen sie die geheimen Archive des verstorbenen Diktators Ceaucescu auswerten. Das aber wollen einige getreue Soldaten der sogenannten K-Force verhindern. Sie überfallen die Kommission und nehmen MacGyver als Geisel.

MacGyvers Freund Breeze wird zufällig Zeuge einer Schießerei. Ein Polizist kommt dabei ums Leben. Seine Kollegen verdächtigen Breeze und verhaften ihn. MacGyver setzt alles daran, die Unschuld seines Freudnes zu beweisen. Dazu aber muss er erst einmal die Tatwaffe finden. Hinter der aber ist auch ein arabischer Waffennarr her.

Die Mauer, die die DDR und die Bundesrepublik trennte, ist gefallen. Otto Romburg bittet seinen alten Freund MacGyver um Hilfe. Er soll in dem ehemaligen Hauptquartier der Stasi nach dem Verbleib von Enkeltochter Maria forschen. Vor 15 Jahren war Romburg aus der DDR geflüchtet. Seinen Sohn, der ebenfalls dabei war, haben Grenzposten erschossen und die damals achtjährige Enkelin festgenommen.

Vor Gericht sagt MacGyver gegen den wahnsinnigen Serienmörder Zito aus. Der kann sich in einer Verhandlungspause befreien und entkommt. Er lässt MacGyver eine verschlüsselte Nachricht zukommen. Zito will sich an seiner Psychiaterin und der Polizistin, die ihn verhaftet hat, rächen. Um ihn aufzuhalten, muss MacGyver die Botschaft des Psychopathenknacken. Ein mörderischer Wettlauf beginnt.

When Mac tries to claim the station wagon left to him by his late Grandpa Harry, it starts a strange chase that leads him to an ex-con with a dream of running a restaurant, a soup kitchen in need of money, and a gang of crooks out for themselves.

Agentin Maria will ihren Job bei der Phoenix Foundation aufgeben, um eine feste Beziehung zu MacGyver eingehen zu können. Der weiß nicht, was er davon halten soll und drückt sich vor einem klärenden Gespräch. In der Nacht träumt sich MacGyver in den Wilden Westen, wo er ein Abenteuer erlebt, in dem sämtliche Freundinnen und Kolleginnen vorkommen.

MacGyver gerät zufällig in einen handfesten Streit zwischen einem Winzer und seinem Vorarbeiter. Der Mexikaner wirft seinem Boss vor, die Trauben mit verbotenen Pestiziden zu bespritzen. Die Anzahl der an Krebs erkrankten Kinder seien alarmierend und eindeutig auf das Pflanzengift zurückzuführen. Kurz darauf ist der Vorarbeiter tot. MacGyver mischt sich ein.

Eine Autopanne zwingt MacGyver zu einem Stop auf freiem Feld. Dort wird er Zeuge eines merkwürdigen Schauspiels: Neben ihm landet ein UFO. Eine Gestalt entsteigt dem Raumschiff und schlägt den Agenten nieder. Als er wieder zu sich kommt, hat er Gesellschaft. Ein Junge namens Tommy erzählt ihm, dass seine todkranke Mutter einen Flug ins All gebucht hat. MacGyver geht dem Hokuspokus auf den Grund.

Mama Colton, einer alten Freundin von Angus MacGyver, wird eine wertvolle Basballkartensammlung gestohlen. Bei seinen Nachforschungen stößt MacGyver auf eine Bande, die einen schwunghaften Handel mit gefälschten Baseball-Souvenirs betreibt. Er will ihr das Handwerk legen. Doch da wird die Tochter eines Baseballstars entführt. MacGyver setzt alles daran, die junge Frau zu befreien.

Bei einer internationalen Sportveranstaltung trifft MacGyver Ellen, seine Freundin aus der Schulzeit wieder. Ellen ist mit dem Veranstalter der Spiele, dem Medienmogul Ralph Jerico, verheiratet. Sie vertraut MacGyver an, dass ihr Mann sie schlägt. MacGyver legt sich vor Zeugen mit dem Medienzaren an. Kurz darauf ist Ralph tot, und Ellens Schulfreund wird des Mordes verdächtigt.

MacGyver gerät mitten in eine Fehde. Als er versucht, den Bauunternehmer Bartlett von einem die Umwelt gefährdenden Projekt abzubringen, entgeht der Agent nur knapp einem Anschlag. MacGyver ist sich sicher, dass das Attentat eigentlich dem Bauunternehmer galt. Die eigenen Kinder hassen den Tyrann nicht weniger, als die Umweltschützer der Region. – Zu Gast: „Baywatch“-Nixe Mitzi Kapture.

In der Türkei nimmt MacGyver an einer archäologischen Expedition teil. Ihr Ziel: Das Grabmahl Alexander des Großen. Leiter ist Professor Axford. Der ahnt nicht, dass unter seinen Leuten zwei Gauner sind. Die haben es weniger auf das Grab als vielmehr auf das sagenumwobene Auge des Osiris abgesehen, einen riesigen Saphir von unschätzbarem Wert.

MacGyver begegnet einem Bekannten, dem Gauner Earl Dent, der frühzeitig aus dem Gefängnis entlassen wurde. Dent bittet den Agenten, ihn zu seinem ersten Treffen mit dem Bewährungshelfer zu begleiten. MacGyver stimmt zu. Das ist der Anfang einer Kette von Gefälligkeiten. Der Zenit: Kent zieht bei MacGyver ein. Schon bald melden sich dessen alten Kumpel. Und die führen nichts Gutes im Schilde.

Pfarrer Jim, ein alter Freund von Angus MacGyver, wird ermordet aufgefunden. Der Agent will nur noch wissen: wer das gemeine Verbrechen begangen hat und warum. Vater Jim hat sich in seiner Gemeinde besonders für die Obdachlosen engagiert. MacGyver hört sich um. Er findet einen Zeugen, doch der ist Katatoniker und kann nicht sprechen.

MacGyver erhält ein hochbrisantes Videoband. Darauf werden die Gräueltaten eines südamerikanischen Diktators dokumentiert. Natürlich versuchen die Militärs, das Band in die Hände zu bekommen. Als das misslingt, bringen die Südamerikaner Pete Thornton, MacGyver und die Präsidentschaftskandidatin ihres Landes, Samantha Lora, in ihre Gewalt.

Unterwegs in der Wildnis gerät MacGyver mit dem Fuß in eine Bärenfalle und verletzt sich schwer. Die Schwestern Hope und Faith Lacey finden ihn und transportieren ihn in ihre kleine Frühstückspension. Dort beobachtet MacGyver, wie ein Gast einen Koffer versteckt. Kurz darauf ist der Mann tot. Den Agenten hält es nicht im Krankenbett. Er nimmt die Ermittlungen auf.

Profikiller Murdoc will wieder ins Geschäft einsteigen. Er nimmt Kontakt zum Syndikat auf. Der Vorsitzende aber bestimmt, dass Murdoc nur dann neue Aufträge bekommt, wenn es ihm gelingt, MacGyver zu töten. Murdoc inszeniert ein Festessen für seinen alten Bekannten, um eine Dankesschuld zu begleichen. Kaum ist der letzte Bissen verspeist macht er auch schon ungeniert Jagd auf MacGyver.

Die Lakotas wollen den Bau einer Stromleitung durch ihr Land verhindern. Sie verklagen das Unternehmen New Plains Electric und verlieren den Prozess. Anwalt Larry Whitecloud aber folgt einer Vision und kämpft weiter. Diesmal jedoch nicht mit Worten sondern mit Sprengstoff. MacGyver soll ihn stoppen.

MacGyver findet heraus, dass sein Freund und Chef Pete Thornton nicht im Urlaub, sondern heimlich in einer Klinik ist. Dort muss er sich einer riskanten Augenoperation unterziehen. Natürlich eilt MacGyver sofort an sein Krankenbett. Zum Glück. Denn Pete hat zwei anonyme Briefe erhalten. Jemand droht, ihn zu ermorden.