Face au zèle d'un groupe luttant contre la drogue, MacGyver décide de confronter leur nouvel instructeur, un ancien Marine, aux méthodes musclées. Celui-ci serait à l'origine de la violence ambiante.

MacGyver et Pete Thornton sont envoyés en Roumanie pour tenter de retrouver des documents concernant l'ex-dictateur du pays. La brigade clandestine de celui ci prend MacGyver en otage avec l'intention de le tuer.

Pour prouver l'innocence d'un homme, MacGyver enquête sur l'origine d'un pistolet. Il découvre que cette arme a une histoire hors du commun. Des trafiquants d'armes veulent l'empêcher d'en savoir trop.

La jeune Lisa Woodman est soupçonnée de vol et de coups et blessures. Elle se tourne vers MacGyver pour qu'il l'aide à prouver son innocence. Celui-ci découvre qu'elle a été abandonnée par ses amis, ivre morte, dans la maison où le vol a eu lieu.

MacGyver part à Berlin Est à la recherche de la petite fille d'un de ses amis. Il parvient à la retrouver et essaye de la faire rentrer aux Etats-Unis, mais elle a d'autres intentions.

MacGyver témoigne contre un tueur en série et s'attire des ennuis. Après le procès, le tueur s'échappe et jure de se venger.

MacGyver hérite d'une voiture de collection à la mort de son grand-père Harry. Un vieil ami de celui-ci sort de prison et veut retrouver la voiture, dans laquelle il avait caché son butin.

MacGyver est nerveux à l'idée de s'engager dans une relation sérieuse avec Maria. Il s'échappe en rêvant qu'il est au Far West. Dans son rêve, il rencontre une jeune femme ressemblant étrangement à Maria...

MacGyver est témoin d'un conflit entre des cultivateurs et leurs employés dans la petite ville de Kasabian. Il découvre que l'origine du conflit est un pesticide toxique, qui est la cause de problèmes de santé parmi les employés et leur famille.

Après une "rencontre du troisième type", MacGyver, sceptique, décide d'enquêter dans un petit village où les apparitions d'ovnis se multiplient.

Mama Colton demande de l'aide à MacGyver afin de retrouver la collection de cartes de base-ball de son fils, volée par un voisin peu commode. En recherchant cette fameuse collection, MacGyver va découvrir une organisation illégale, spécialisée dans la contre-façon de cartes...

MacGyver travaille comme bénévole pour les Jeux de Jerico, une compétition sportive internationale, sponsorisée par le riche et puissant Ralph Jerico. Il va y faire une rencontre inattendue : son amour de jeunesse, Ellen Stewart, désormais mariée avec Ralph...

MacGyver lutte contre le projet de construction d'un ensemble résidentiel dans une zone dont l'écosystème est fragile. Les très faibles ressources en eau des terres en question devraient empêcher tout projet, mais les investisseurs ne le voient pas ainsi...

Un archéologue fait appel à MacGyver pour l'aider à retrouver le tombeau d'Alexandre le Grand. Selon la légende, il aurait été enterré avec l’œil d'Osiris, pierre angulaire de l'empire égyptien sur laquelle pèse une malédiction.

Escroc mis en libération conditionnelle, Earl Dent demande à MacGyver de l'aider à convaincre RJ Montana, le sceptique officier chargé de sa surveillance, qu'il est déterminé à revenir dans le droit chemin. Mais tandis que Earl commence son nouveau travail, son ancien gang lui rend visite et cherche à le réengager...

Déguisé en clochard, MacGyver enquête sur le meurtre d'un de ses amis d'enfance, le père Jim, assassiné dans la rue alors qu'il s'occupait de sans-abris.

Pete Thornton se charge de la sécurité d'une amie réfugiée politique, Samantha Lora. Mais il s'aperçoit qu'il ne peut assurer le travail seul à cause d'un problème de vue. Il demande de l'aide à MacGyver sans oser lui révéler son secret...

En traquant un dangereux loup dans la forêt, MacGyver se prend la jambe dans un piège à ours. Il est sauvé et recueilli par deux vieilles sœurs, Faith et Hope Lacey, dans leur auberge. Mais il est témoin du meurtre d'un pensionnaire...

MacGyver et Willis, un technicien de la Fondation Phoenix, sont appelés à témoigner concernant un litige entre la réserve indienne de Wide Ridge et la compagnie électrique de New Plains...

MacGyver se rue à l'hôpital lorsqu'il apprend que son ami Pete est admis pour une délicate opération des yeux, conséquence de son glaucome. Les deux amis vont se remémorer leurs nombreuses aventures...