MacGyver befreit eine junge Journalistin aus den Händen der kolumbianischen Kokainmafia. Kaum ist das vollbracht, erwartet ihn schon der nächste Auftrag: Seine ehemalige Schulfreundin Zoe, eine Archäologieprofessorin, bittet ihn um Hilfe. MacGyver soll den Tempel des Ambrosius finden. Für den legendären Bau interessiert sich jedoch auch der skrupellose Edelsteinmagnat Erich von Leer.

Unterwegs auf der Suche nach dem legendären Tempel, gerät MacGyvers Freundin Zoe in die Gewalt des skrupellosen Erich von Leer. Der Agent selbst überlebt nur knapp einen Anschlag. Es gelingt ihm, Zoe zu befreien. Kurz darauf entdecken die beiden den Heiligen Gral des Ambrosius in Cherbourg, Frankreich. Aber von Leer ist ihnen bereits dicht auf den Fersen.

Sophia, eine junge Bulgarin, wird zufällig in die Rivalitäten dreier Gangster verwickelt. Die suchen nach einem unermesslich wertvollen Gürtel, der von einem vierten Komplizen versteckt wurde. Auf Umwegen kam die ahnungslose Sophia in den Besitz des Stückes. Als man sie verfolgt, glaubt sie, der bulgarische Geheimdienst sei hinter ihr her. Sie alarmiert Thornton und MacGyver.

MacGyver und Thornton vermitteln im Auftrag der Phoenix Foundation zwischen zwei verfeindeten nahöstlichen Staaten. Ein Friedensabkommen soll in den nächsten Tagen unterzeichnet werden. Das aber will Verteidigungsminister Yanif verhindern. Er plant einen Anschlag auf den Präsidenten seines Landes. MacGyver kommt dem Komplott auf die Spur.

Im Auftrag der Phoenix Foundation übergibt MacGyver einer Klinik in Bangkok ein neues Dialysegerät. Zufällig trifft er dort Prämienjäger Jesse Colton. Der ist auf der Suche nach seiner vietnamesischen Exgeliebten. An ihrer Stelle aber findet er seinen Sohn, von dessen Existenz Colton fünfzehn Jahre keine Ahnung hatte.

MacGyver wird von seinem totgeglaubten Erzfeind Murdoc in eine Gruft gelockt. Der Profikiller braucht dringend die Hilfe des Agenten: Murdoc hat seinen Job an den Nagel gehängt. Jetzt ist sein früherer Arbeitgeber, die Terrororgansitaion HIT, hinter ihm her und hat deshalb seine Schwester entführt. Um sie zu befreien, müssen ihre Retter durch Tal des Todes.

MacGyver hat vor Jahren die Patenschaft für das chinesische Waisenkind Su Ling übernommen. Aus dem Mädchen ist inzwischen eine junge Dame geworden, und die steht eines Tages vor der Tür ihres Paten. Die Behörden hätten ihr gestattet, in Amerka zu studieren. Schnell findet MacGyver heraus, dass die junge Dame ihm eine faustdicke Lüge aufgetischt hat.

Billy Colton, ein Mitarbeiter der Phoenix Foundation, will sich als Kopfgeldjäger versuchen. Auf eigene Faust reist er nach Afrika, um einen skrupellosen Nashornhändler zu stellen. MacGyver eilt Billy hinterher. Denn die Foundation befürchtet, dass Greenhorn Billy gehörigen Schaden anrichtet.

Als Sam Bolinski, ein älterer jüdischer Mann, behauptet, dass er in Wahrheit der Beisitzer eines wertvollen Gemäldes ist, das die Phoenix Foundation erworben hat, stellt MayGyver eigene Nachforschungen an. Mit der Hilfe von Pete Thornton und der Kunstberaterin Dr. Laura Sands finden sie heraus, dass Nazis das Gemälde im Zweiten Weltkrieg von einer jüdischen Familie konfisziert haben und schenkt Sams Behauptung Glauben. Dr. Sand, MacGyver und Sam werden plötzlich von Neonazis als Geiseln genommen, die sich in die amerikanische Politik einschleusen wollen …

Aus Freundschaft zu MacGyver hat Rocksängerin Roxy Yeats sich entschlossen, an der Kampagne „Rock gegen Drogen“ teilzunehmen. Die Regisseurin des Videoclips ist entsetzt: Roxy erscheint ihr völlig verändert. Kurz darauf wird ein Anschlag auf die Sängerin verübt. Der gehe auf das Konto ihrer eifersüchtigen Schwester Carla, behauptet Roxy. Doch sie irrt, wie MacGyver bald feststellt.

MacGyver ist gerade von einem Einsatz zurückgekehrt, da ereilt ihn auch schon Thorntons nächste Anweisung. Aber MacGyver lehnt ab. Erschöpft lässt er sich zu Hause auf seine Couch fallen, schaltet den Fernseher ein und träumt nun sein eigenes Abenteuer im Wilden Westen. MacGyver, als ehemaliger Soldat, will ein Stück Land kaufen, auf dem er sich niederlassen kann.

Ein Projekt in Amerika fordert MacGyvers ganzen Einsatz. Die katastrophalen Zustände an den Schulen rufen die Phoenix Foundation auf den Plan. MacGyver soll lernunwillige Schüler motivieren. Er nimmt sich besonders Tony Milanis an, der trotz seiner Begabung die Schule abbrechen will.

MacGyver besucht seine alte Schulfreundin Amy in Oregon. Die Umweltaktivistin bittet ihn um Hilfe. Der Agent soll einen mysteriösen Todesfall aufklären, der aktuell die Konferenz zum Schutz des Waldes überschattet. MacGyver lässt sich als Holzfäller einstellen. Hier lernt er Amys Exmann Jack kennen. Die beiden kommen einem skandalösen Betrug auf die Spur.

Marias Vater, ein Archäologe, wurde von peruanischen Rebellen ermordet. Mit MacGyvers Hilfe will Maria dessen letzte Mission zu Ende bringen: Die Bergung eines legendären Goldschatzes. Zusammen mit ihrem Vater starb auch der Vater des Bergführers Ramon. Der schließt sich den beiden an. Captain Diaz heftet sich an die Fersen des Trios. Der korrupte Offizier ist ebenfalls hinter dem Gold her.

Jenny Larson ist davon überzeugt: ihr Vater wurde von einem zwielichtigen Geschäftsmann, George Henderson, ermordet. MacGyver und Jack Dalton schalten sich ein. Henderson ist für sie kein Unbekannter. Er steht nicht nur im Verdacht Pferderennen zu manipulieren, sondern auch das Geld der Rauschgiftmafia zu waschen. Die Agenten legen für Henderson einen dicken Köder aus.

Die Phoenix Foundation hat unter Leitung von Dr. Gwen Carpenter ERMA entwickelt: eine neuartige Technik, die U-Boote kolumbianischer Drogenschmuggler aufspüren soll. Die Drogenbosse sind natürlich an ERMA sehr interessiert. Nick Landis, ein U-Boot-Bauer, bietet ihnen einen Prototypen an. Um an die Daten heranzukommen beginnt er eine Affäre mit Gwen. MacGyver traut dem neuen Lover nicht.

Bei einem Verkehrsunfall macht MacGyver die Bekanntschaft der hübschen Lulu. Die beiden geraten in eine haarsträubende Geschichte. Ein Geigenvirtuose wird entführt. MacGyver und Lulu gelingt es, den Musiker zu befreien. So weit zu gut. Nur: In der Hand der Gangster befindet sich noch die Amadeus, eine Stradivari, die einst unter dem Kinn Wolfgang Amadeus Mozarts klemmte.

Der Großindustrielle Eric Woodman hat das Stahlwerk seines Konkurrenten Travers aufgekauft und gegen dessen Willen schließen lassen. Aus Rache und um die 400 entlassenen Arbeiter zu entschädigen entführt Travers Woodmans Tochter Lisa und verlangt fünf Millionen Dollar Lösegeld. MacGyver, der mit Lisa befreundet ist, schaltet sich ein.

MacGyver soll in einem Mordprozess als Geschworener fungieren. Curtis Danby ist des Raubüberfalls und Mordes angeklagt. Der junge Schwarze hat ein schier endloses Vorstrafenregister. Für die Presse ist der Fall klar: Danby muss schuldig gesprochen werden. Das aber sieht MacGyver anders. Er bemüht sich unter Umgehung der Regeln, denen ein Geschworener unterworfen ist, die Wahrheit herauszufinden.

MacGyver soll ein altes Kunstwerk einem Vertreter des ägyptischen Konsulats übergeben. Unterwegs jedoch wird ihm das wertvolle Stück geraubt. Bei der Verfolgung eines des Diebes stürzt MacGyver aus dem dritten Stock in die Tiefe. Schwer verletzt und bewusstlos wir er ins Krankenhaus eingeliefert. Im Koma durchlebt er eine mystische Reise.